生錯了時代的正德皇帝
明孝宗弘治四年，明孝宗的嫡長子朱厚照，即後來的正德皇帝誕生了，由於孝宗皇帝只有張皇後這一個妻子，所以朱厚照生下來不到半年就被立為太子，據史書記載，其相貌奇偉，面質如玉，再加上孝宗只有這個兒子（孝宗次子早夭），自然深得孝宗和張皇後的溺愛，朱厚照少年時喜歡騎射，孝宗想治國安民也少不得武功，就沒有干涉。
弘治十八年，孝宗病危，就把大臣劉健、李東陽、謝遷叫到乾清宮，面諭道：“朕承祖宗大統，在位十八年，今已三十六歲，不意二豎為災，病不能興，恐與諸先生輩，要長別了。”並親自握著劉健的手說：“東宮質頗聰穎，但年尚幼稚，性好逸樂，煩諸先生輔以正道，使為令主，朕死亦瞑目了。”有句話說得好“知子莫若父”，後來武宗行事果然不出孝宗所料。
孝宗死後，年僅十六虛歲的朱厚照登上了皇位，少年天子自然要找點樂子，文官集團馬上來了精神，奏摺如雪片似的飛來，大學士劉健把它們集中起來，搞了個精裝版，主要有五條內容：
一、皇帝單騎出宮，不帶隨從；二、皇帝在宮內亂轉；三、皇帝去北海划船；四、皇帝喜歡打獵；五、皇帝亂吃零食。
然後，幾位老先生把這份精裝版奏摺以關係到國家興亡的鄭重態度交給了武宗。
武宗忍了一段時間，又去行樂，另一位大臣楊守隨立刻苦諫道：“我聽說皇上去西郊打獵、南城登高、還在宮中練兵，這都不是天子應該做的。”可憐的人，他一定沒有讀過《漢書》的《孝武本紀》，看看一千多年前另一位少年天子的作為。
文官集團拿已經聽膩說教的皇帝沒有辦法，於是他們得出的結論是“皇帝身邊有小人，必須除掉這些人，國家才能生存。”
武宗為太子時，已經寵信宦官劉瑾，劉瑾和他的七個朋友馬永成、谷大用、魏彬、張永、邱聚、高鳳、羅祥等稱作八虎，給事中陶諧，御史趙佑等，看不過去就上表彈劾，武宗將原奏發回內閣討論，戶部尚書韓文和下屬討論時，為天子被小人矇蔽大哭起來，郎中李夢陽建議他上表彈劾劉瑾，韓文毅然說道：“汝言甚是，我年已老，一死報國便了。”
於是兩人一起起草了份奏摺，又叫了不少官員在上面聯名簽字，等武宗上朝時當面呈遞，武宗看完，不由的愁悶起來，退了朝不停哭泣，連中午飯也不吃了，躊躇了半天，派了司禮監宦官去內閣與大臣們商量，一日來回了三次，說自己準備將劉瑾等八人流放到南京，沒想到大學士劉健推案大哭道：“先帝臨崩，執老臣手，囑付大事，今陵土未幹，遂使宦豎弄權，敗壞國事，臣若死，何面目見先帝？”謝遷亦正色道：“此輩不誅，何以副遺命？”於是大臣們群情激昂，非要將劉瑾等人處死方心滿意足。
武宗只好讓太監向大臣們求情說：“各位先生忠君愛國，所言甚是，但這幾個人跟我很久了，不忍心殺掉他們，這事先放一放。”大臣們堅決不肯答應。
這事一拖延，很快被劉瑾知道了，八虎半夜去在武宗面前痛哭，說是有人誣陷他們，武宗相信了小時的玩伴，很快，上書的大臣除了李東陽以外，全被強迫退休，而朝政大權落到了劉瑾的手中。
劉瑾是壞人是史書上有定論的，然而若是大臣們不堅持非將他處死而是流放的話，會怎樣呢？
劉瑾的好日子沒過多久，正德五年，因為他牽扯到寧夏安化王謀反的事，被正德皇帝派宦官張永逮捕處死。
正德二年，明武宗搬出紫禁城，在西華門內另起大宅，名叫“豹房”，裡面住著的並非是我們通常所知道的佳麗三千，而是武宗從全國各地區召集來的樂師、軍官、道士、番僧等等，甚至包括一名葡萄牙人叫做火者亞三的，正德皇帝通曉音樂，他親自創作了由多種樂器合奏的《殺邊樂》；其另一種愛好是親自和老虎搏鬥，有一次被虎抓傷休養了一個月才好。
但正德皇帝最喜歡的還是在宮廷裡搞軍事演習，在其寵信的邊防軍官江彬的支援下，在宮廷裡操練的士兵最多達到了萬人以上，正德皇帝經常穿著盔甲親自帶士兵們操練，呼喊聲和炮聲在紫禁城九門外面都能聽到。
正德皇帝白天練兵，晚上玩樂，文官集團對此憂慮萬分，多次上疏勸阻，武宗一概不聽。
正德十二年，蒙古達延汗（又稱‘小王子’）率領五萬騎兵入侵，正德皇帝聽說後準備御駕親征，藉此體會戰爭的實況，並且檢驗幾年來練兵的成效，文官集團想起英宗的土木堡慘敗，自然極力反對，正德皇帝富有想象力，既然那些老先生們說皇帝不能親自上戰場，於是正德皇帝任命自己為“總督軍務威武大將軍總兵官”，然後自己命令自己帶軍上戰場殺敵。
不過‘威武大將軍’要出去也困難重重，首先是御史張欽不讓他出關，他只好等了幾天，等張欽去巡視白羊口時才微服出關，出關之後立刻命令邊防軍堵住關口，不許讓任何文官出關相隨，前後四個月，北京的臣僚幾乎和皇帝完全失去聯絡，但正德皇帝並不是把國家大事丟下不管了，他的第二道命令就是北京官員們把應該遞交的公文交給專使，由專使送到行營自己處理。
十月，正德皇帝終於盼到了一顯身手的機會，蒙古小王子部五萬人前來與正德皇帝親率的六萬明軍會戰，正德皇帝非常高興，親自佈置方略，同時命令戶部拿出一百萬兩白銀準備賞賜立功將士，戶部卻和皇帝討價還價，最後同意拿出五十萬兩。
應州發生的這場戰鬥十分激烈，明軍主力一度被蒙古軍分割包圍，明武宗見狀親自率領一軍從陽和來援救，才使得明軍解圍，日暮正德皇帝與普通將士一起在應州城外臨時建的軍營裡過夜。
第二天蒙古主力又來，雙方大小百餘戰，武宗在前線的戰車曾險些被包圍，兩軍從早晨一直打到晚上，最後，小王子自度難以取勝，引兵西去，明軍取得勝利，史稱“應州大捷”，此次明武宗率軍隊抗擊四五萬蒙古軍取得了軍事上的勝利，此後蒙古正德年間再沒有來過。
正德皇帝興高采烈的回到了北京，把俘獲的武器裝備陳列於官門之前作為戰勝的證據，還特製了紀念這次不世之功的銀牌，上附各色彩帶，但翰林院全體官員拒絕向他祝賀，文官集團堅決不承認這次勝利，據《明史》記載，明軍亡五十二人、傷五百六十三人，而僅僅殺敵十六人。
正德十四年，皇帝打算去江南遊玩一次，理所當然的遭到了文官集團的激烈反對，皇帝被激怒了，甚至動用了廷杖，但最後還是取消了計劃。
沒想到幾個月後傳來訊息，江西南昌的寧王造反，正德皇帝聽到後不但不氣憤，反而高興，這位酷愛舞刀弄槍的萬歲爺總算找到一個機會可以率兵打仗了，於是決定御駕親征，可是出了北京不遠，接到快報寧王已被地方官王守仁（即王陽明，我國歷史上著名哲學家）擒拿，沒必要皇帝親自動手了，可好不容易有這樣一次機會，哪能放棄？他毫不理會，照原計劃南下，於是在“御駕親征”的名義下，去錦繡江南鬧了一年。
正德十五年，朱厚照在淮安府清江浦模仿漁民打漁時落水染病，第二年死在了北京。
正德皇帝如果生在別的時代，他性格中好的一面也許能發揮出來，掩蓋住他的缺點，但他偏偏生在了程朱理學昌明的時代，被當做昏君載入史冊，他沒有留下一個子嗣，也沒有過繼任何一個侄兒輩作為兒子，皇位繼承問題出現了危機，群臣商議，將他皇族的一位堂弟從封地湖北鍾祥弄到北京，作為朱厚照老爸的過繼兒子繼承大統，是為嘉靖皇帝，最後才鬧出了把整個大明朝廷折騰得天翻地覆的“大禮議”事件。
2、不能認老爸的嘉靖皇帝
“大禮議”是嘉靖朝最重大的一項政治事件，內容說明白了也很簡單，就是即位後的嘉靖皇帝朱厚熜稱自己的伯父孝宗為父親還是伯父？稱自己的生父興獻王為父親還是叔父？
這看起來好象是廢話，再糊塗的人也能夠搞清楚自己的老爸是誰，可是在封建社會，宗法制度要求“名份”必須正確，名份不正，王位合法性乃至整個社會的安定團結都要受影響，中國外國莫不如此，有心者可以研究一下，紅樓夢中探春為什麼不肯認趙姨娘為母親？歐洲國王的私生子為什麼不能繼承王位？朝鮮庶生子為什麼連叫親生父親“爸爸”的資格都被剝奪。
言歸正傳，武宗死了後，內閣大臣楊廷和等人起了遺詔，以正德皇帝的口氣，讓武宗的堂弟弟，遠在湖北安陸府的朱厚熜“嗣皇帝位”，可當時15歲的嘉靖帝說，我是來做皇帝的而不是來做皇子的，堅決不幹，寧願不進紫禁城，這下大臣們沒辦法，只好折衷一下，讓他從大明門進，以朝見太后即武宗的皇后嘉靖的堂嫂為名進宮。
卻說世宗即位後才過了六天，便下詔議祭祀興獻王，討論應上尊號，禮部尚書毛澄因為事關重大，就到內閣中向大學士楊廷和請教，楊廷和道：“足下不聞漢朝定陶王、宋朝濮王故事麼？現成證據，何妨援引。”毛澄諾諾連聲，立刻出來會合公卿臺諫諸官，一共六十餘人，聯名上奏，他們認為嘉靖帝是首先過繼給伯父即已死去16年之久的孝宗做兒子，然後因為他的哥哥武宗死了沒有後代，他才獲得即位的資格，這樣自然要稱孝宗為爸爸，改稱自己的親爹親媽為叔父叔母。
奏議一上，世宗看了勃然變色道：“父母名稱，可這般互易麼？”命令發回再議
嘉靖帝認為自己只是繼位，而不是過繼給伯父當兒子，即“繼統不即嗣”，嘉靖的理由也很充分，他不可能給自己的堂哥哥當兒子吧，那麼又憑什麼拐個彎一定要給死去的伯父當兒子？伯父這個長房已絕，自己的爸爸也是憲宗的親兒子，自己是爺爺活著的孫子中年齡最大的，當然有資格自然繼承爺爺傳下來的江山，為什麼非得給伯父當兒子，才有資格？
但文官集團不肯撤消自己的意見，皇帝的聖旨批示被大學士楊廷和原樣封好送回，再批再送回，如此一共封還聖旨四次，同時，僅楊廷和一人就在同期發奏章大約三十份，要求皇帝認可文官們的意見，嘉靖皇帝無奈下有屈服的跡象。
但是，這時候半路殺出一人，使局面急轉直下。
正當明世宗無可奈何時，進士張璁獨自上了個奏摺，引經據典，來說明應該把興獻王尊稱為皇考，嘉靖帝一看自己的想法有了理論基礎‘龍顏大悅’立刻命司禮監宦官帶著張璁的摺子給內閣大臣看，說：“此議實遵祖訓，拘古禮，爾等休得誤朕！”楊廷和將摺子一瞧，冷笑道：“新進書生，曉得甚麼大體！”把摺子又還了回去，明世宗很不高興。
這時候興獻王妃蔣氏正在趕往北京的路上，已到了通州，聽說朝廷上的議論後，憤慨的說：“是我親生的兒子，為什麼要認別人做父母親？”不肯再上京了，於是嘉靖帝和文官集團又爭論了很久，最後雙方各讓一步，把尊誰為父的問題先擱一下，而把慈壽皇太后（孝宗皇后）尊為昭聖慈壽皇太后，武宗皇后尊為莊肅皇后，嘉靖皇帝的親生祖母皇太后邵氏尊為壽安皇太後，母親興獻後尊為興國太后，暫時平息了爭論。
嘉靖二年，南京刑部主事桂萼忽然上奏，請嘉靖皇帝改稱孝宗為皇伯考，興獻帝為皇考，興國太后為聖母，明世宗見了大喜，召見桂萼和張璁，將舊話又重提起來，楊廷和見勢頭不好，就要求退休了，北京城裡的官員們聽說後更是激動，給事中張淛等人立刻彈劾張璁和桂萼兩人有罪，大臣們紛紛跟著行動，於是張淛把大臣們的奏章彙集起來送給刑部，讓他們把張璁等人罪名預先擬好，尚書趙鑑回答說：“若是皇上降旨定張璁他們的罪，馬上就把他們殺了。”嘉靖帝聽說後大怒，下旨把他們痛罵了一頓，立刻提升張璁和桂萼為翰林學士，翰林院隨即炸了鍋，翰林學士們表示不願和張璁等人為伍，辭職信不斷的飛到紫禁城裡。
嘉靖帝見事情越鬧越大，反而決心幹到底，現在他覺得這個問題已經關係到他這個皇上有沒有威信，將來說話文官們聽不聽的程度上來。
於是示意張璁等人再上奏摺，堅決要將孝宗改稱皇伯考。
但他還是低估了文官集團的膽量，大臣們得知嘉靖帝的計劃，群情激昂，尚書金獻民、少卿徐文華立刻說：“我們的奏摺皇上一直不回答，肯定要改稱孝宗為皇伯考了，此事不可不爭。”吏部右侍郎何孟春義憤填膺：“憲宗的時候，議論給慈懿太后的徽號，大臣伏闕力爭才挽回，今天又得這麼辦了。”大臣楊慎但覺一股浩然正氣從心裡直冒出來，振臂高呼道：“國家養士百餘年，仗節死義，正在今日。”
於是大臣們一起說：“萬世瞻仰，在此一舉，今日誰不去力爭，大家一起討伐他。”
於是集中了京城大大小小的官員，有九卿二十三人，翰林二十二人，給事二十人，御史三十人，諸司郎官及吏部十二人，戶部三十六人，禮部十二人，兵部二十人，刑部二十七人，工部十五人，大理寺屬十二人，都跪在左順門外，一起大呼高皇帝和孝宗皇帝，聲震屋瓦，明世宗在文華殿聽到聲音，立刻派人勸說大臣們散去，大臣們根本不加理會，尚書金獻民還把這件事告訴了內閣，大學士毛紀、石珤馬上也去左順門跟大家跪在一起。
從早晨到中午，嘉靖帝多次派人勸說大臣們不要再鬧，沒人理他，明世宗終於大怒暴怒加狂怒，命令錦衣衛逮捕帶頭的豐熙、張翀、餘翱、餘寬、黃待顯、陶滋、相世芳、毋德純八人，一律扔進監獄，楊慎、王元正於是搖晃著大門大哭，群臣們一齊哭號，振盪宮殿，全北京城都轟動了。明世宗愈怒，索性一不做，二不休，命記錄所有這些大臣的姓名，抓住馬理等一百三十四人，只有大學士毛紀、石珤，尚書金獻民，侍郎何孟春等，命令退下等待處理，然後流放帶頭的八人，四品官以上奪俸，五品官以下廷杖，編修王相等十六人，因杖受傷，先後畢命。
大禮儀事件終於告一段落，嘉靖皇帝借用暴力手段才壓服了群臣，但嘉靖皇帝和文官集團的裂痕，永久種下了。
嘉靖皇帝自從大禮儀事件後，對文官集團始終抱有不信任的態度，加上自己對道教的興趣越來越大，於是在嘉靖年間的中後期，明世宗不再上朝，他將日常行政事務全部交給自己信任的大臣（夏言、嚴嵩、徐階），但自己仍然牢固掌握著軍國大事的最後決定權。
不過明世宗迷信道教卻意外地為中華民族增添了新的光榮，因為明世宗道士掌管了太醫院，一位剛進太醫院不久的醫生憤而辭職，雲遊四海去寫他的醫學著作，這個醫生就是李時珍，他在世界醫學領域和生物學領域內的地位，比起和他同時代的韓國‘大長今’也高不了多少，也就千兒八百倍吧。
但世宗並沒有在求仙煉丹中平靜的過完一生，在其晚年，一個默默無聞的戶部主事海瑞向嘉靖皇帝遞上了在中國歷史上赫赫有名的奏疏，奏疏中指出，他是一個虛榮、殘忍、媗自私、多疑和愚蠢的君主，舉凡官吏貪汙、役重稅多、宮廷的無限浪費和各地的資匪淺熾，皇帝本人都應該直接負責，皇帝陛下天天和方士混在一起，但上天畢竟不會說話，長生也不可求致，這些迷信統統不過是“捉風捕影”，普天下的官員百姓，很久以來就認為你是不正確的了。
這樣的奏疏確乎是史無前例的，往常臣下向皇帝作淨諫，只是批評一種或幾種政策或措施，這種指斥皇帝的性格和否定他所做的一切，等於說他這幾十年的天子生涯完全是尸位素餐，而且連為人夫及人父的責任也沒有盡到，其唐突之處，真的是古今罕有，任何一個專制君主都不會容忍這樣的攻擊，上疏者的下場不難預料，採用那種酷刑和牽連多少人君主完全可以自由決定，海瑞事先預料了自己的下場，平靜的和家人訣別。
嘉靖皇帝讀罷奏疏，自然怒火萬丈，立刻把奏摺往地上一摔，高叫：“抓住這個人，不要讓他跑了！”旁邊的宦官黃錦連忙跪奏：“萬歲不必動怒，這個人向來就有痴名，聽說他已自知必死無疑，所以他在遞上奏本以前就買好一口棺材，召集家人訣別，僕從已經嚇得統統逃散，這個人是不會逃跑的”，嘉靖皇帝聽完後長嘆一聲，又從地上撿起奏本一讀再讀。
嘉靖皇帝暫時沒有給予海瑞任何懲罰，但是把奏章留中不發，他的情緒顯得很矛盾，有時把海瑞比做商朝忠臣比干，但自己不是紂王；有時又痛罵他為“那個咒罵我的畜牲”，他責打官女，宮女就會在背後偷偷地說：“他自己給海瑞罵了，就找咱們出氣！”
過了幾個月，嘉靖倒底氣憤難平，下令錦衣衛把海瑞逮捕下獄，刑部建議：海瑞詛咒君主，如同兒子詛咒父親，應該處以絞刑，然而嘉靖皇帝沒有在刑部的建議上作任何的批覆。
海瑞就在獄中住了十個月後，等到了嘉靖皇帝的死訊，隨後海瑞立刻被釋放出獄。
之前是無名的六品小官、之後卻成了整個明帝國乃至中國人千秋萬代的偶像。
《明史》中評價明世宗是中等才能的君主，然而要指出的是，明朝這條大船一直以來有皇帝和文官集團兩個發動機，當武宗和世宗前期，雖然皇帝不理朝政，但文官在李東陽和楊廷和領導下仍然能夠維持國家的運轉，但是世宗任命的嚴嵩卻因為其所作所為遭到文官的普遍憎恨而不能領導文官集團，加上世宗剛愎自用，愛聽好話，使文官集團這一發動機也遭到了破壞。
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好在明王朝很快迎來了自弘治中興後的第二次中興，有趣的是，這次中興的前期領導者明穆宗是個平庸無奇的人，但可貴的是，他有自知之明。
3、只能裝啞巴的隆慶皇帝
關於隆慶皇帝的記載很少，因為他從未作出任何重要的政治決定，大學士高拱後來回憶，皇帝智力平平、笨口拙舌，優柔寡斷，經常不說話，有的大臣甚至以為自己的皇帝是啞巴。
一方面沒有證據表明，隆慶皇帝是如何英明果斷；另一方面，也沒有證據表明，他智力遲鈍。文官們有時拉他參加一些場面盛大的典禮中，想讓隆慶皇帝的到場來使百官萬民獲得深刻印象。但是隆慶皇帝甚至不把在這種場合該說的套話說完，就讓大學士們代他講話。
隆慶皇帝顯然對明朝制度和自己能力有明白認識，他即無力像孝宗那樣勤勞、又不想象武宗那樣離經叛道和世宗那樣剛愎自用，他也知道自己手下的大學士徐階、高拱、張居正都是精明強幹又野心勃勃的人精，他不想讓自己捲入大臣的人事鬥爭中去，於是他選擇了默不作聲。
但隆慶一朝的內政外交都有了進展，除了隆慶開關外，北方邊疆又重現和平。
原來蒙古俺答汗娶了自己的外孫女三娘子，結果三娘子的未婚夫不答應，俺答只好把孫兒把漢那吉的未婚妻給了三娘子的未婚夫，把漢那吉大怒，投奔了明朝。
結果俺答的原配妻子恐怕她的孫兒被明朝殺掉，日夜不停地向俺答哭鬧，俺答無奈，於是率領十萬人前來要人，王崇古派人前去談判和解，保證他的孫兒還活著，俺答不肯相信，差遣他的親信到大同窺探，看見把漢那吉穿著蟒衣貂帽，和明朝軍官們一起騎馬，俺答大喜，和明朝相約和好了。
柏楊說明朝是‘斷頭政治’，但明穆宗統治時期的穩定和繁榮證明，國家事務可以沒有皇帝的親自指導而繼續進行，明穆宗的無能或不願干預國家事務，實際上使得有能力的大臣們幹得更好。
明神宗繼位時，年紀還小，國家大事完全由大學士張居正決定，張居正實際上行使了皇帝的職責，他可以指揮東廠和錦衣衛對貪官汙吏進行調查；隨時可以用以前只屬於皇帝的權力進行懲罰，還對以往獨立的都察院進行控制，以避免以前彈劾奏章滿天飛的情況。
他不但起用水利專家潘季馴、名將戚繼光、李成梁等人，還派人清量全國土地、創立‘一條鞭法’，而且利用科道以加強行政紀律，他要求科道官員們運用他們的彈劾權力支援他的計劃，而不要在瑣碎而膚淺的問題上互相攻擊，張居正要求報告中提及的任何問題都必須在按時解決，他要求富人的欠稅必須全部徵收，盜匪必須全部捕獲，還要求中央每月和每半年要總結任何沒有完成的公務，不然長官就要受罰。
總之，張居正就象鳳姐掌管寧國府一樣，在不對行政機構進行改革的前提下，透過施加壓力，使明朝的國家機構以驚人的高效進行運轉。
同樣，他也受到過慣了好日子的官僚們的憎恨。
4、堅決不上朝的萬曆皇帝
就在張居正勵精圖治時，萬曆皇帝由孩子變成了青年，這個在宮中的皇帝，有一次去慈寧宮，遇見一個宮女，宮女連忙向皇上請安，神宗叫她起來，見她面目端好，舉止幽嫻，問她姓名，宮女說她姓王，神宗仔細端詳了一會，向她要水洗手，宮女端水過來，神宗見她雙手苗條潔白，就叫周圍人都下去，然後就（以下省略五百字）。
萬曆皇帝和其他任何人沒有想到，這件事在將來會深刻地影響整個明王朝。
幾個月後的一天，神宗的生母李太後突然命令宮中設宴，連陳太後（穆宗皇后）也一塊前來入座，和神宗一起吃飯，席間突然說：“宮女王氏蒙皇上臨幸，已經懷孕，神宗聽了鬧了個大紅臉，口中還要抵賴，說是沒有此事，李太後卻把內起居簿錄扔給神宗說：“你去看明，曾否妄載？”神宗無可抵賴，只好冊封王氏為恭妃，王氏的孩子就是皇長子朱常洛。
不久張居正死了，官員們象拉車的馬一樣被他拿鞭子驅趕著累死累活工作了十年，早就怨氣沖天，紛紛上奏摺彈劾張居正作威作福、虛偽狡猾、霸道專橫，這些大多不是事實，但正所謂“慌言重複一千遍就是真理”，加上萬曆想起自己的老師張居正曾經強迫自己嚴格的個人品行準則，過著儉樸生活，而老師自己卻過著奢侈浪費的生活時，再也忍不住了，神宗下令籍沒張居正的財產，並把他的幾個兒子發戍邊疆，張居正的長子也被逼自殺，同時，下詔公開指責張居正的罪惡，張居正的“罪惡行為”於死後被揭發對萬曆皇帝有深遠影響，他不再相信任何人，除了他寵愛的鄭貴妃。
萬曆十四年正月，鄭妃生下一子，取名朱常洵。
開始，萬曆皇帝曾經想象張居正一樣親自掌管天下大事，但神宗很快發現，二十歲的自己缺乏政治經驗，根本控制不了局面，御史們在奉旨清算張居正追隨者時，胡言亂語地給任何自己看不慣的大臣扣一頂‘同黨’的帽子，最後連萬曆皇帝也看不下去了，他憤怒地質問御史們：“如果皇帝任命的人都不中他們的意，都是貪官汙吏，那他們推薦幾個清官和忠臣呀？”這些以忠誠勇敢聞名的御史們啞口無言，的確，除了指責別人外不做任何事的人永遠不會出錯。
萬曆皇帝很快對國務感到厭倦，但真正導致明朝統治集團四分五裂的是‘爭國本’（立誰為太子）事件。
萬曆皇帝最寵愛的無疑是鄭貴妃，傳說鄭貴妃父親因為家裡貧苦，曾將女兒許給一位秀才做妾，臨別時父女相對抱頭痛哭，秀才好心，看這情形大為不忍，情願不要人，也不索還聘禮，鄭貴妃感激萬分，入宮得了寵幸，就告訴神宗說：“妾非某孝廉，哪得服侍陛下？”神宗就把秀才提拔為縣令，幾年後又當上了鹽運使。
鄭貴妃活潑大膽，敢於挑逗和嘲笑皇帝，同時又傾聽皇帝的訴苦，鼓勵皇帝增加信心，曾對皇上撒嬌說：“陛下，您真是一位老太太！”
的確，神宗總的來說是個寬厚的人，在他統治時期，很少讓廠衛特務騷擾官吏和百姓。
鄭貴妃生子後，萬曆皇帝立刻冊封鄭氏為皇貴妃，位於皇后之下而在其他妃嬪之上。
子以母貴，常詢超越常格而立為皇儲，就可以順理成章，然而在絕大部分文官看來，這是以幼苗長，自然不合於倫常之道，大學士申時行等人因為皇長子常洛已經五歲，生母王恭妃尚未加封，而鄭貴妃甫生皇子，即晉封冊，明顯見得鄭貴妃專寵，將來定有廢長立幼的事情，遂上疏請冊立東宮，以尊宗廟，重社稷。
萬曆皇帝軟弱無能，不敢公開說明他的意圖，找出種種藉口，第一個藉口是常洛年紀太小，經不起各種典禮的折磨；第二個藉口是立儲大計屬於皇帝的權力，不容許別人插手，但文官們不肯罷手，神宗在和大臣們往來爭辯之際，又突然別作心裁地同日冊封三個兒子為王而不冊封太子。臣僚們不接受這個辦法，萬曆皇帝又找出了第三個藉口，即皇后年紀尚輕，仍有生育的可能；如果皇后生下兒子，那就是當然的太子而用不著任何爭議了。
這種種藉口全都無效，言官愈加激烈，你上一疏，我奏一本，統是指斥宮闈，攻擊執政。
被觸怒了的皇帝下令責打進諫的官員們和洩漏訊息的宮廷人員以進行報復，但這無濟於事。這時鄭貴妃父親鄭承憲為去世的父親請封，神宗準備封他個伯爵，禮部以歷代貴妃向無祖父封伯爵的故事駁回，神宗只好自己拿五百兩白銀給愛妃父親了事。
文官們捲入了“國本”的爭論，因為他們必須選擇兩個皇子中的一個作為他們未來的主人；他們從過去的經驗中知道，錯誤的一步，即使這時無聲無息，當繼位問題最終確定以後，也可能斷送他們自己的生命乃至親友九族。
如果神宗是永樂那樣的梟雄，他可以用屠殺讓文官們閉嘴；是弘治那樣的君子，他可以巧妙地將文官們的意見轉向；是正德那樣的嘻皮士，他可以根本不考慮文官們的意見；是嘉靖那樣的自大狂，他可以提拔新人來支援自己，但他都做不到。
立誰為太子已經引起了如此重大的爭論，可是萬曆皇帝卻缺乏實現他的計劃的決心。
他已經提升了幼子，卻又承認長子繼承權不可違背，優柔寡斷的神宗採取了逃避問題，不敢面對矛盾，終於，他想了一個自以為聰明的方法------皇帝罷工了
萬曆皇帝以為能將文官集團慢慢的拖垮後屈服自己的意見，但他實在是不瞭解這些文官，批評他的人遠沒有氣餒，用皇帝自己的話來說，他們不顧懲罰以博取當前的名聲。
在皇帝‘罷工’初期，大理寺評事雒於仁上書批評皇帝，說他有‘酒色財氣’四個毛病。
說神宗“嗜酒則腐腸，戀色則伐性，貪財則喪志，尚氣則戕生”神宗看了他的上書後大怒，還是申時行代為解免，才將他削職為民，時日一久，萬曆懶惰之名大著，有的歷史學家認為他的惰性來自先天遺傳，也有歷史學家則懷疑他已經染上了抽鴉片的嗜好，金庸在《袁崇煥評傳》中就採納了認為他抽鴉片的學者的意見。
皇帝遲遲不立太子，導致皇宮內外和全國上下謠言四起，有些謠言還記錄於史書，比如說恭妃王氏是一個年長的女人，在和萬曆邂逅相遇的時候就已經消失了青春，此後她又一目失明，所以不能繼續得到皇帝的寵愛。
另外一個故事則說是萬曆病重，自度即將不起，有一天一覺醒來，發現恭妃王氏的胳臂正枕在他的腦袋下，臉上的淚痕未乾，而貴妃鄭氏則無影無蹤，還有一個故事提到了常洛的祖母慈聖太後，她反對皇帝棄長立幼的企圖，為此和他作了一次專門的談話：
皇太后：“如果你真要這樣做，你將何以向天下臣民交代？”
皇帝：“這容易，我只要說他是一個宮女的兒子就可以了。”
皇太后：“你不要忘了，你自己也是一個宮女的兒子！”
這時國內外形勢危機四伏，楊應龍在西南叛變，脖拜在寧夏造反，日本的豐臣秀吉侵略朝鮮，東北的建州女真，但是北京城裡的文官們最關心的，還是當今聖上一旦官車宴駕，誰將繼他登上萬歲的寶座。
有一位名叫顧憲成的文官，他的同僚王家屏因為‘爭國本’批評了皇帝，皇帝一氣之下，就罷了他的官。閣臣缺員，照例由吏部會同其他官員“會推”幾個人選供皇帝選擇，而顧憲成等人把王家屏列為“會推”名單中的第一人選，這不是分明在和皇帝對著幹嗎？
不僅如此，顧憲成還得罪了首輔，有一回首輔王錫爵找他談話說：“現在竟有這等怪事！內閣以為是的，外廷總要反對；內閣以為非的，外廷卻都贊成！”顧憲成針鋒相對回答道：“是啊！現在的事情實在奇怪：天下以為是的，內閣都要反對；天下以為非的，內閣卻都贊成。”這樣，他把皇帝和首輔全都得罪了，還能有好果子吃嗎？皇帝降旨：將他“削籍為民”，這是萬曆二十二年的事。
回家後，顧憲成和朋友高攀龍、錢一本、薛敷教、史孟麟、於孔兼等人開了家書院講學，還把一幅對聯掛在門口：風聲、雨聲、讀書聲，聲聲如耳；家事、國事、天下事，事事關心。
東林書院將正直的士大夫吸引過去，而這些人自然支援書院創立者的看法，在他們看來，萬曆皇帝對他長子的偏見（這種偏見導致他偏袒他的第三子繼位）是不合乎道德，不合乎禮儀的，他們反對萬曆皇帝立朱常洵為太子的熱情，不遜於任何狂熱的宗教信徒。
萬曆二十九年，皇帝最終屈服了，皇長子朱常洛被立為皇太子，朱常洵為福王，即日詔告天下，次年正月，並為太子冊妃郭氏，但文官們看來事情還沒有結束，那位掩袖工讒的鄭氏日夜挨在皇帝身旁，誰敢擔保情況不起變化？
但萬曆皇帝在文官集團面前已經充滿了屈辱感和無力感，他對文官集團早就不再信任，現在更是滿懷憎恨，皇帝的罷工持續了下去，臣僚們抗議的奏章不斷向他提出，他也不加答辯，因為他知道，只要在麥本上一加未批，不論是激烈的駁斥� �是冷靜的辯說，這些硃批和原來的奏摺都要送到給事中的辦公室裡傳抄公佈，這就正好中了那批抗議者的下懷，使他們達到了沽名買直的目的而暴露了自己缺乏雍容的氣度，最合適的辦法就是把這些可惡的奏本留中，即扣押在宮內不加批示。
於是有良心的官員覺得無法執行他們的任務，只好提出辭呈，萬曆以同樣的態度對付這些辭呈，既不接例慰留，也不準離職，有的官員在盛怒之餘徑自掛冠而去，吏部建議對他們追捕而加以究問，萬曆同樣還是置之不理。
到他臨朝的後期，一個文官自動離職就意味著一個名位已被廢革，因為不再有人補缺，到萬曆四十二年，國家的六部尚書中，現在只剩下一部有尚書了，全國的巡撫、巡按御史、各府州縣的知事已缺了一半以上，皇帝即不批准吏部對官員的升遷，也不批准處罰官員，這等於將國家機構的激勵機制和監督機制全部破壞。
但萬曆皇帝現在已經一無所求，既然愛子不能當上皇帝，那就多給他點零花錢吧，土地稅和人頭稅有明太祖制定的祖宗家法在，不到危急關頭不能加稅，神宗於是徵收商稅，除書籍與農具免稅之外，一切商品交易都收稅百分之三，另外就是臭名昭著的“礦稅”。
神宗派大批太監四面八方的出去收礦稅，只要“礦稅使”認為甚麼地方可以開礦，就要地產的所有人交礦稅，這些太監無惡不作，隨帶太批流氓惡棍，到處敲詐勒索，亂指人家的祖宗墳墓、住宅、商店、作坊、田地，說地下有礦藏，要交礦稅，結果天下騷動，徵收的財物繳入神宗內庫的只十分之一、太監剋扣的是十分之二、隨從瓜分的是十分之三、流氓棍徒乘機向良民勒索的是十分之四，萬曆皇帝給福王朱常洵婚娶時，排場闊綽，花費了多至三十萬兩白銀，建築王邸又花了二十八萬兩。
福王去河南就藩時攜帶了大批財物，百姓們默默地看著這個將富裕建立在他們苦難之上的年輕王爺，祈求上天給他懲罰。
幾十年後，李自成大軍攻破洛陽，將福王的血和鹿血一起倒入酒中，取名叫“福祿酒”。
在明代歷史中，神宗經常被過度地描寫成一個荒唐、好色、懶散的皇帝，從萬曆三大徵看來，神宗絕不是一個平庸的皇帝，雖然，我們可以說他是好大喜功，但是不要忘了，他在給朝鮮國王的信中始終強調朝鮮要力求自保的事實，實際上，神宗對於每一次軍事行動，似乎都充分認識到其重要性，而且，在戰爭過程中對於前線將領的充分信任、對於指揮失誤的將領的堅決撤換，都顯示了神宗的膽略。
但是，他和文官集團的關係實在處理得太糟了，換了更強硬一點或者更軟弱一點的皇帝，都會比神宗處理的好，神宗既不聽從文官的意見，也不明確加以反對，使得文官們都想自己像海瑞一樣以直言敢諫留名青史，大家都崇尚虛名而不幹實事，加上他把對官員監督權和獎勵權全都放手，文官們想幹事的都走了，剩下的陷入無意義的清談爭論之中，得明末終於形成黨爭的風氣，文官們黨同伐異，彼此攻擊，東林黨、宣黨、昆黨、齊黨、浙黨，名目眾多，整個國家陷於癱瘓狀態。
梁啟超說，明末的黨爭，就好像兩群冬烘先生打架，打到明朝亡了，便一起拉倒，這樣的惡果，未嘗不是由神宗的荒怠造成的，所以，《明史》對於明神宗的蓋棺論定是這樣表述的：“論者謂：明之亡，實亡於神宗。”明朝的皇權和文官集團這兩部發動機，在萬曆年間同時停止了運轉，內憂外患的大明王朝走向了黑暗的深淵。
在中國歷史上，皇帝集神權、皇權、族權於一身，忠君是最高的的政治原則和道德準繩，但到了明朝萬曆中葉的時候，這種情況發生了前所未有的鉅變。
歷史上，大臣勸誡帝王的現象是一直存在的，但在萬曆年間，朝中大臣們爭相暴風驟雨般地抨擊皇帝，言辭之激烈，態度之強硬，在整個中國歷史上是前所未有的，而在古代社會中也是空前且絕後的。
右都御史漕運總督李三才上書指責皇帝：“今闕政猥多，而陛下病源則在溺志貨財。”
御史馮從吾上書警示皇帝：“（皇帝）謂聖體違和，欲以此自掩……天下後世，豈可欺乎？”
禮部主事盧紅春揭露皇帝“裝病”說：“若真疾耶？則當以宗社為重，毋務為豫樂以為基禍；若非疾也，則當以詔旨為重，毋務以矯飾以起疑。”
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戶科給事中田大益痛斥皇帝：“陛下驅率虎狼，飛而食人，使天下之人，剝膚而吸髓，重足而累息，以致天災地坼，山崩穿竭。”
工科給事中王德完責道：“民何負於君？而魚肉蠶食至於此極耶！”
注意，這些激烈的言辭，放在任何給一個朝代，恐怕帝王都難以容忍，而上述的話還不是最激烈的。
大理寺評事雒於仁痛斥皇帝“酗酒”“戀色”“貪財”“尚氣”，言辭之激烈、情緒之憤慨，簡直到了破口大罵的地步了。
李三才歷數歷代昏庸君王比較萬曆皇帝，聲稱：“陛下邇來亂政，不減六代之季。”甚至說出了“天神共憤，大難將作”的駭人心魄的話來，而李三才竟然也因這樣的奏疏，被朝野傳頌，他本人居然幾乎被大家擁戴入閣！
當時的朝中大臣都以“批鱗”為榮，一個個摩拳擦掌、躍躍欲試，而皇帝對此的態度呢？《明實錄》記載萬曆皇帝埋怨大臣們“訕言賣直”，但諫諍者因此被貶責的確實有，而受重罰的卻很少，幾乎沒有發生過因疏諫皇帝而喪生的事情。就連痛罵皇帝酒色財氣俱足的大理寺評事雒於仁也只受到引兵告退的處理。
萬曆朝廷對“非君”浪潮的寬容態度，是歷史上罕見的。
這樣的事情不僅在古代歷史上是空前的，也是絕後的。因為到了清代，這樣的事情是無法想象的。連主編《明史》的清代學者對此都極其不理解，說：“懷忠憤之士，宜其激昂抗辭以匡君失。然納諫有方，務將以誠意，絞圩摩上，君子不為。謂忠厚之意薄，而炫沽之情勝也。”意思無非是說，諷諫皇帝要注意方式方法，怎麼能對皇帝破口大罵呢？簡直不是為人臣該做的事情。
正所謂夏蟲不可語冰，完全被調教成皇帝重視奴才的清人，是難以理解明朝中後期士人的“大膽”的。
其實，以上還只是部分朝廷大臣的“非君”，在朝野之外，“非君”浪潮已經到了街談巷議的地步了。不想贅述，僅舉一例，首輔沈一貫談及萬曆二十六年的情景時候說：“往時私議朝政著不過街頭巷尾、口喃耳語而已。……今公然編成套數，抵掌劇談，略無顧忌……”
萬曆年間是一個孕育著變動的王朝，有人也許會說，萬曆皇帝的某些做法當然會引起大家的抗議和指責了，但歷史上昏庸的皇帝不計其數，有哪個皇帝當時能受到這樣暴風雨般的斥責呢？有哪個王朝能給大家這樣相對寬鬆的言論環境呢？有哪個王朝的大臣和普通百姓能有這樣大膽的做法和意識？
萬曆王朝，實際上已經孕育著中國社會的某種變動，一種啟蒙思潮，一種打破皇權至上的思想幾乎已經深入人心，可惜的是，它被後來的歷史變動所扭曲了，中國的命運在某扇很有希望的大門前嘎然止步。