在神奇寶貝研究學院重新遇到小智等人，智輝就算是想把他們甩開，也暫時沒有機會，只好等著到枯葉市，再把小智甩開。
不過帶著小智，智輝也的確感覺到了一丟丟的不方便。
遇到好的神奇寶貝，不好意思跟弟弟搶。
然後這一路上吧，還真就遇上了幾只好的神奇寶貝。
不是別的，就是動畫裡的妙蛙種子、小火龍、傑尼龜，小智的元老御三家，後期戰鬥力，一個比一個過分，智輝看的心動，可是結果，自然是一隻都沒抓地給了小智這個到現在都還沒有湊齊六隻神奇寶貝的傢伙。
不過，因為智輝加入的緣故，劇情還是發生了不小的變化，動畫裡，小智收服了傑尼龜軍團的老大，然後剩下四隻留在當地成立傑尼龜消防隊。
可是因為智輝插一手的緣故，老大還是給小智收服了，可是剩下四隻也沒留下來，小霞小剛各要一隻，小次郎也手快地搶了一隻，最後一隻，送給科拿了。
你說，為什麼智輝不收服啊？
傑尼龜老大，江湖方丈哥一心跟著小智，你讓智輝收他手下，以後兩兄弟比試，各自放出神奇寶貝，然後智輝的傑尼龜還沒打，就先敬個禮，鞠個躬，說聲老大好？
那樣子，智輝這個做哥的面子在哪裡？
果斷放棄，以後如果想要的話，再去橘子群島的水箭龜王國抓一隻卡咪龜不更靠譜？
一路上走走停停的，一行人總算是走到了正輝燈塔。
“哥，這就是你目的地啊？正輝博士，是個怎麼樣的博士啊？很厲害嗎？”小智道。
“厲害當然厲害，能當的上博士這兩個字的，就沒有差的，至於這個人怎麼樣嗎？你見了面就知道了。”智輝想起正輝的特殊愛好，表情古怪道。
走到燈塔前面，智輝朝站在門口和裡面的正輝通訊，大門自動開啟，一群人走入其中，第一次來的小智三人組好奇地東看看西看看，緊接著高臺上忽然一道光芒爆發，一個一人高的化石盔坐在上面。
“這是什麼神奇寶貝啊？”小智一臉驚訝道。
“這是化石神奇寶貝化石盔吧，相傳不是已經滅絕了嗎？”小剛也驚訝道。
“以後你們多走走就會發現化石盔這玩意，其實壓根兒沒滅絕，另外這貨也不是化石盔。”智輝表情古怪地看著“化石盔”道，“正輝，你這cosplay的愛好還沒有玩膩啊。”
“什麼cosplay，我這是用神奇寶貝的方式生活，然後用心體驗神奇寶貝。”高臺上的化石盔也就是正輝反駁道。
“穿上神奇寶貝的皮套就是用神奇寶貝的方式生活啦？別開玩笑啦，另外，你每次穿皮套容易，脫下來難，現在坐在上面沒動，是不是脫不下來了？”智輝一副看透你的表情。
“知道了，就快點上來幫我，解開皮套的按鈕在背後，化石盔的手伸不到。”正輝道，雖然是求人幫忙，但顯然沒有求人的態度。
“我真的很好奇，你平時一個人到底是怎麼活下來的。”智輝一邊埋怨著，一邊到上面幫正輝解開皮套。
“正常活下來咯，還有智輝，我廚房裡還有些面，你能不能幫我做份炒麵啊，被困在皮套裡面這麼久，我肚子有點餓了。”正輝道。
“你這傢伙是把我當保姆了吧。”智輝嫌棄地看了眼正輝，然後熟門熟路地走向廚房，準備做飯。
“小智，智輝大哥對神奇寶貝研究學院很熟悉，對這裡好像也很熟悉，你知道他到底熟悉多少個地方嗎？”小霞看著智輝熟練的行動，忍不住偷偷問小智道。
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“這個，我也不知道誒。”小智尷尬道，他就忙著和小茂鬥嘴了，別的事情，真沒怎麼觀察。
小霞一副絕望表情，心裡暗暗發狠，以後有事都不問小智，反正都是毫無意義的。
“你就是智輝的弟弟小智吧，看來你哥還真不炫耀，就讓我來給你說說你哥在關東學術界的地位吧，從這裡越過白銀山到達城都地區盡頭，所有的博士都是你哥的朋友，基本上你報上一句，你哥是智輝，看在你哥哥的面子上，大家都會給你提供一定的幫助。”正輝道。
“我哥（智輝大哥）這麼厲害的嗎？”小智三人組難以置信地看著正輝道。
“沒錯，其實也不止是關東和成都，還有芳緣、神奧這些地方，智輝也很熟，只不過沒有這邊這麼密切而已。”科拿道。
“原來智輝大哥這麼厲害的。”小剛一臉崇拜道。
“關都學術界上，老一輩最權威的是大木博士，而年輕一輩的領軍人物就是你哥哥智輝。說起來，他明明是我學弟來著，現在研究上比我的強些，而且全面的過分，從妖精屬性，到神奇寶貝進化，再到人與神奇寶貝和諧相處，最後還研究古代神奇寶貝。”正輝抱怨道。
“那還不是因為你成天研究那個神秘的神奇寶貝，差點完不成聯盟每年規定的要求。”智輝的聲音從廚房裡響起。
“那是一隻獨一無二的神奇寶貝，就算等上十年，我也要等到他。”正輝興奮道，“這個星球形成大概有四十六億年，關都地區發現已知的有一百五十只神奇寶貝，但是還有無數不為人知的神奇寶貝，作為研究者，我們的使命要把它研究出來。”
“獨一無二的神奇寶貝？”小智好奇道。
“沒錯，獨一無二的神奇寶貝，你是訓練家，需要收服更多的神奇寶貝，而我就要等待那一隻的神奇寶貝。”正輝眼神中帶著股狂熱道。
“對，讓我們為著彼此的目標一同前進，我要收服更多的神奇寶貝，超越小茂。”小智激情澎湃道。
“小智，你給我閉嘴吧你，你是神奇寶貝訓練家而不是飼育家，要那麼多神奇寶貝，你顧得過來嗎？到時候，疼愛了新收服的，冷落了以前收服的，傷害了神奇寶貝，什麼結果，你想過嗎？記得，對多數神奇寶貝來說，訓練家就是他們的全部。小茂比你冷靜，比你學識淵博，你要是能有小茂一半的知識，你現在就是精英級別的訓練，但是唯獨收服神奇寶貝這方面，別跟他亂學。”智輝端著碗炒麵走出來道。
“這樣啊。”小智不好意思道。
“你以為呢？小茂現在收服了四十五只的神奇寶貝，一出門收服這麼多，不說重複的，就說小拉達這樣的神奇寶貝，小茂怕是一輩子都不會用上兩次。”智輝道。
“哥，可是你不是說沒有弱小的神奇寶貝，只有弱小的神奇寶貝訓練家嗎？”小智道。
“沒錯，只要訓練家培養得夠好，傾注足夠多的資源，即便表面弱小的神奇寶貝也有非凡的戰鬥力，曾經就有一個訓練家用一隻拉達用必殺門牙解決過一隻班吉拉，但這是因為那只拉達是從小陪他一起到大，投了不知道多少的資源，實際上一般訓練家求快，在有資質更好的神奇寶貝的情況下，通常是不會訓練一般的神奇寶貝的。而你吧，除了皮卡丘之外，我看你萬物都可放生。”智輝道。
“皮卡”皮卡丘興奮地叫了聲。
“那正輝博士說的神奇寶貝是什麼神奇寶貝啊？在海邊，是水系神奇寶貝嗎？”小霞問道。
“不知道，那是一隻獨一無二，而且無比巨大，可能是世界上最大的一隻神奇寶貝。”
正輝接過智輝的炒麵，飛快地吃著，等三五口吃完之後，才走到門外道：“沒有人真正見過那只神奇寶貝，但是已知的是，那只神奇寶貝正為了尋找自己的同伴，而徘徊全世界。”
“難道那只神奇寶貝沒有家人或情人嗎？”小霞道。
“就是因為沒有才徘徊啊。”正輝道。
“正輝，不要說得這麼武斷，你不知道，怎麼知道沒有？如果說沒有的話，就不會尋找，只能說失散。”智輝道。
“也對，總之啊，那是一隻很神奇的神奇寶貝，有一天，我就從大海對面聽到一種奇怪的聲音，我的第一感覺是‘我好想你，好想你’，然後我就建造了這個燈塔，把這個聲音記錄下來並傳播回去，然後在某個白霧的一天，我就又聽見了，應該是‘我想見你，我想見你’的意思，於是我肯定，在某一個白霧的一天，他會過來見這個失散的同伴。”正輝道。
“你是想要收服嗎？”小智問道。
“收服它幹什麼呢？我只是想要見到它，只要見到了它，就等於認識了整個世界。”正輝道。
“不過，正輝啊，我想說，你考慮過那只神秘神奇寶貝的心思嗎？如果是我，找了一個世界的同伴，然後發現有人騙我，我會毫不留情地弄死他。”智輝道。
“會嗎？我沒想欺騙他啊。”正輝後知後覺道。
“但你做了這樣的事情。”智輝聳了聳肩。
“老大，對面有一個很大的黑影。”小次郎忽然叫起來道。