第二個部門就是根。
又稱“暗部培訓部門”，是指所謂的暗部特別機動部隊，直接隸屬於木葉元老志村團藏的獨立組織，即不受火影的管制，也不受暗部所管轄，制服是白色或黑色披風。
不過因為志村團藏已死，這個部門就交給大蛇丸管理了。
第三個是行政部，輔助火影管理木葉政務的機構，其最高長官是作為原三代火影顧問的水戶門炎和轉寢小春兩位老師，他們的地位相當於村中的長老，行政部的存在也是木葉的立法形式之一。
一來是為了輔助火影工作給於一些正確性的意見，二來是作為火之國與木葉的橋樑，傳達國家的資訊，及接受國家所撥給村子的財政支出，同時也向大名反應村子的一些狀況和形勢。
馬克擔任副部長，部長是火之國大名貝塔派來的一名特別上忍。
第四個是醫療部。
木葉原本的醫療部並不發達，但由於三忍之一的綱手提出的四人戰鬥小隊中配一名醫療忍者的歷史性方案使的木葉的醫療部有了突飛猛進的發展，時至今日已經可以分成急救醫療班，屍體處理班，馴獸療養班等多個分支系統。
醫療急救班——主要負責醫治因任務或事故而受重傷的忍者的單位，其成員都是擅長醫療忍術的精英，執行任務時都穿著白色的專用醫療服。
屍體處理班——專門負責處理死亡屍體的單位，由於忍者的身體會透露出每個忍者村特有忍術的秘密和查克拉性質，還有用過特殊藥品成分的痕跡，所以為了保護這些情報必須有專業人員來負責工作，屍體處理班不但清理村子內出現的屍體而且還定期向暗部輸送優秀人才，以幫助處理一些本村逃忍的屍體。
訓獸療養班——主要工作就是醫治一些受傷的馴獸和寵物的單位，成員大多都是獸醫，由於馴獸大多都是和主人一起執行任務的受傷也是在所難免，所以訓獸療養班的存在也是非常必要的。
醫療部的部長毫不例外的交給了綱手大人來管理。
第五個是教育部。
為了保障意志的傳承，第二代火影扉間建立了木葉忍者學校，意圖培養木葉內的人才，培養更多忍者。
這裡有一點要說明一下，之前其實並非是必須在忍者學校學習才能擔任忍者，只要你能透過下忍考試你便可以成為忍者，也就是說你自己自學成才之後也不需要在忍者學校畢業，只要在每年考試的時候通過考核也同樣可以成為忍者的。
也正是因為這一點其實有很多一開始沒想要當忍者的人因為戰爭緣故稍微進行了一些修煉然後透過忍者考核便登上了戰場。
這也算是一種變相徵兵吧，不過現在這條規則被馬克更改了，他要所有人都進行系統的學習以確保忍者的質量。
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否則在中忍之下基本上戰力都是極不平均的，有些人只是勉強透過了考核然後便一直接一些D級和C級任務打發人生，這種事情馬克是瞧不上眼的。
教育部現在的部長是自來也，而馬克則擔任教育部顧問。