後來的事實證明，華人軍誰都不想幫，他們是想獨佔呂宋。
不過在此之前，一些必要的戰略欺騙還是得有的。
對呂宋軍方面，華人軍表示自己也是受到殖民者壓迫的受害者，因而天生同情呂宋人，華人軍願意幫助呂宋人一起打擊萬惡的殖民者。
但對佛郎機人，華人軍又是另一套說辭——我們都是文明人，雖然之前確實有仇，但我們跟土人也是有仇的。
若是土人攻陷馬尼拉，毫無疑問所有呂宋的白人都會陷入萬劫不復的地獄，所以你們不如把馬尼拉交給我們，我們背後是偉大的大明帝國，足以保證馬尼拉不會陷入野蠻人手中。
然而這個時候，佛郎機人仍然抱著不切實際的殖民地老爺風範，他們不僅傲慢的拒絕了華人軍的提議，甚至還把邱寶仁的最後通牒也一併退回。
這給了邱寶仁一個完美的藉口，5月1日下午14點10分，退回最後通牒的小艇帶著15點開戰的訊息剛剛返航，邱寶仁立刻命令艦隊生火備戰。
而佛郎機艦隊也意識到情況不妙，各自生火拔錨，準備迎戰。
然而此時已在港內停泊數天的明軍早就把佛郎機人全都看住了，他們甚至沒有規避的空間。
15時整，邱寶仁下令開火。
明軍在1500米左右的距離上，向佛郎機艦隊射擊，強大的速射炮火力劈頭蓋臉的向佛郎機人壓過去，換裝不久的苦味酸榴彈給予無裝甲的佛郎機戰艦可怖的殺傷，戰鬥一開始就呈現一面倒的狀況。
二十分鍾之內，佛郎機艦隊的無防護巡洋艦“維拉斯科”號，“唐?璜?德?奧地利”號，“唐?安東尼奧?德烏格亞”號三艘小型鐵肋木殼巡洋艦被擊沉。
旗艦“蕾娜?克裡斯蒂娜”號和巡洋艦“卡斯蒂利亞”號重創起火，艦員傷亡慘重，不得不搶灘擱淺。
然而搶灘也不是說就能得救，明軍的炮彈還在不斷落下，火焰四處亂竄，濃煙瀰漫，在佛郎機水兵試圖棄艦逃生的時候，大火燒到“蕾娜?克裡斯蒂娜”號的彈藥艙，隨著一聲巨響，這艘鐵殼巡洋艦徹底消失。
“卡斯蒂利亞”號的情況稍微好一些，這艘船被打得大量進水，很快淹沒了彈藥艙，這反而救了很多人的命。
最終“卡斯蒂利亞”號燒了整整6個小時，所有露在水面上的船體和上層建築物全都被徹底焚燬。
剛一開戰，佛郎機人就損失了5艘軍艦，剩餘的兩艘小型巡洋艦和兩艘炮艦面對明軍強大的火力，完全不敢應戰，趁著邱寶仁處決五艘巡洋艦的機會，直接離開錨地，向馬尼拉灣外駛去。
人頭狗邱寶仁第一次沒有去追擊敵艦，而是轉移火力，與馬尼拉灣防禦炮臺展開對射。
然而即使如此，四艘佛郎機戰艦也沒能逃出生天——馬尼拉港外還有明軍南洋艦隊的四艘偵查艦呢。
南甲級四艦即使在南洋艦隊中也不算什麼了不起的主力，但面對四艘全無戰心的佛郎機戰艦卻是足夠了。
只有10節航速的炮艦“杜阿羅侯爵”號成了南甲級偵查艦的第一個刀下之鬼，這艘在19世紀最後幾年還裝著前膛炮的可憐戰艦被噸位幾乎是其兩倍，航速20節，且一側有兩門120速射炮的“南丁”號偵查艦追著打了2個多小時，最終翻沉在南海溫暖的海水裡。
而炮艦“萊索將軍”號的抵抗則更成功一些，其諾登飛速射炮和120架退炮兩次逼退試圖迫近射擊的“南乙”號，不過不到10節的航速根本無法讓其逃離。
最終，“萊索將軍”號的魚雷發射管被“南乙”號的速射炮掃中，一枚魚雷被引爆，這艘520噸的炮艦當場被炸成兩節。
“古巴島”號和“呂宋島”號原本應該是有機會逃離的。
這兩艘艦的航速比南甲級慢不少，但火力上有反抗的餘地——6門120架退炮對南甲級的3門120速射炮，但是佛郎機人的士氣早就已經崩潰了，兩艘小型防護巡洋艦與明軍“南甲”、“南丙”之間交火不到20分鐘，“古巴島”被命中2炮，“呂宋島”被命中1次之後，這兩艦直接掛起白旗向明軍投降，結束了這場一邊倒的海戰。
898年5月1日的馬尼拉灣海戰，明軍10艘戰艦被擊中15次（包括幾次被諾登飛命中），一共只有一名海軍少尉受傷（被彈片切掉一根半手指），其餘沒有損失。
佛郎機亞洲分艦隊有7艘戰艦被擊沉，2艘小型巡洋艦和停在港內的1艘大型運輸船被明軍俘虜。
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399人陣亡，208人被俘或投降。
輕易幹掉敵艦隊之後，邱寶仁炮擊馬尼拉灣各處炮臺足足4個小時，一直打到夜間，然後派遣陸戰隊逐一佔領那些只有舊式火炮的炮臺。
第二天，打著義和拳旗號的華人軍武裝到來，接管了岸防炮臺。
由於殖民者特有的傲慢心裡，佛郎機人失去了他們的艦隊，而且又給自己製造了一個強大的敵人。
五月二日下午，佛郎機總督派人來與邱寶仁談判，這一次他倒是一改以往狂妄的態度，以失敗者的身份表示願意交出馬尼拉——因為佛郎機人擔心明軍艦隊和義和拳佔據的炮臺轟擊馬尼拉市區。
佛郎機人的投降條件是要求明軍保證馬尼拉所有白人的安全，而且要求不得讓任何一個有武裝的土人進入馬尼拉。
明軍本來就不是來幫呂宋人的，不可能容忍土人武裝進入馬尼拉，所以邱寶仁對這個條件一口答應下來。
隨後佛郎機人又提出一個令人摸不著頭腦的要求——他們要求明軍進攻馬尼拉一次，但不要真的打，只要做個樣子就行了。
按照佛郎機人的說法，這是為了證明他們不是不戰而降，而是進行了“英勇”的抵抗之後，光榮投降……。
邱寶仁無法理解這種心裡，不過他還是同意了。
五月三日清晨，明軍350人的陸戰隊和4200人的義和拳發動對馬尼拉的進攻，明軍與佛郎機人槍炮齊鳴，互相射擊了一個多小時，沒有造成任何傷亡。
10點整，佛郎機軍隊降旗投降，隨即義和拳進入馬尼拉。