884年10月3號17時15分，隨著“鎮遠”和“滄遠”擊沉“尼埃利”，歷時四個小時的鎮海海戰基本結束。
之後丁汝昌提督才前往艦艉艦長室，由船醫處理傷口。劉步蟾少將在“定遠”號上掛起少將旗（之前雖然仍是他指揮，但一直掛提督的中將旗），召回“鎮遠”和“滄遠”，開始打掃戰場。
17時35分，明軍發現擱淺在淺海的“康濟”號，隨即“定遠”號上前將其拖出，18時20分，“泰安”號返回戰場歸隊。
明軍五艦在此進行一夜短暫的休整，“鎮遠”號排除主炮故障，使能用的305主炮恢復到3門（損壞炮閂的一門必須入港修理），劉步蟾花了些時間，讓各艦平均調配炮彈，使損失慘重的艦隊多少恢復了一點戰鬥力。
884年10月4號，北洋水師再次開進，不過他們在鎮海港外遇到的不是法軍艦隊，而是出港迎接的南洋水師。
原來，就在昨天戰鬥還在進行的時候，法軍旗艦“巴雅”號提前撤出戰場，與裝甲艦“勝利”、巡洋艦“都威爾”和炮艦部隊會師。
利士比向留守艦隊通報了海戰戰況，並且下令艦隊放棄封鎖鎮海港，然後……
撤退。
利士比不是不知道北洋水師同樣已經精疲力竭，但鎮海港內還有6艘2200噸級別巡洋艦，若是把留守艦隊帶走應戰北洋，南洋從港口裡出來，法軍有被夾擊的可能性。
而且，鎮海海戰中定鎮兩艦的強大戰鬥力給利士比留下了深刻印象，後面法艦陸陸續續返回後，利士比更是震驚於定遠級裝甲艦強大的生存能力和305巨炮可怖的威力。
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參戰法軍艦長經過短暫商議後，一致認為在本土增援到來前，他們無法對付這兩艘鉅艦，因而一致同意利士比的撤退命令。
於是，當天夜裡，法軍趁天黑放棄對鎮海港的封鎖，撤圍而去。
第二天，鎮海港炮臺岸防軍發現這些天一直堵在港外的法軍艦隊不見了蹤影，南洋水師提督李成謀這才派船出港檢視。
當搞明白法軍確實已經撤退後，李成謀帥軍出港，迎接北洋水師。
由此，鎮海海戰正式結束。
戰鬥中，明軍損失巡洋艦“超勇”、“揚威”，炮艦“威遠”共三艦，其他各艦除“濟遠”號輕傷逃離外，全部受到重創，官兵傷亡400餘人。
而法軍損失裝甲艦“拉加利桑尼亞”、“阿塔朗特”，巡洋艦“羅蘭”、“尼埃利”、“香伯蘭”五艦，另有裝甲艦“巴雅”受重創，其餘各艦受輕傷，傷亡1000餘人，由於控制了戰場，此後兩天，明軍又陸陸續續抓到差不多200人的俘虜（有部分人在船沉後游到岸上）。
明軍可謂拼了個慘勝，不過好歹完成了給鎮海港解圍，並與南洋水師匯合的戰略目的。
而且，再慘的勝利也是勝利，比之前船政和南洋總是被法彌斯艦隊胖揍強得多，也多少拉近了一點雙方越來越大海軍差距。
884年10月4號11時20分，大明帝國南北兩洋終於完成了會師。
然而會師之後，明軍已經無力按照原定計劃南下尋求與法彌斯艦隊決戰，也基本無法完成掩護陸軍的海上補給線等任務，丁汝昌給朝廷發報，認為此時最重要的任務是修復海戰中嚴重受損的軍艦，讓疲憊的水兵得到休整，同時統一指揮，把南北兩洋真正結合成一個整體。
這是在要權。
內閣的人精們對此也是心知肚明，不過戰事緊急，前線將領不合是大忌，建立統一指揮也是理所當然。
而北洋水師在戰場上的表現明顯強於南洋和船政，如果一定要建立統一指揮，那麼海軍統帥人選必然是丁汝昌，不做他選。
實際上，連丁汝昌唯一的競爭對手李誠謀也明白這一點，當他在鎮海港外看著一艘艘還到處冒著黑煙，彈洞遍體的北洋戰艦駛入港內時，他就明白這一點了。
因此，在朝廷還未下達明確指示之前，南北兩洋就先進行了一些準備工作。
丁汝昌向刑部和海軍大臣發報，要求逮捕戰場上臨陣脫逃的“濟遠”號巡洋艦艦長方伯謙，然後讓艦上其他軍官帶隊把“濟遠”號開到鎮海來歸隊。
同時，因為馬尾船塢太窄，受傷嚴重的“鎮遠”號無法入塢維修，這艘船在艦長林泰曾少將的指揮下前往尚海的江南造船廠維修，其他受創戰艦，抵達馬尾後，以“滄遠”、“泰安”、“康濟”的先後順序進入馬尾造船廠，在那裡維修。
北洋仍然保持戰鬥力的“定遠”號鐵甲艦，以及南洋的開濟級六艦，掩護滄遠等艦前往馬尾之後，先前往澎湖巡邏，恢復臺澎閩之間的海峽航運，掩護運輸船給臺島守軍提供增援和補給，然後再南下前往羊城，為閩省提供海上防務，等待各傷艦修復後，南下安南尋找戰機與法彌斯艦隊再戰。
10月10號，朝廷給北洋發報，同意丁汝昌的計劃。
第二天，一路狂奔逃回劉公島的“濟遠”號艦長方伯謙，以及向南逃回羊城的南洋水師“登瀛洲”、“海境”兩艦艦長被捕，三天後，方伯謙以臨陣脫逃的大罪被處斬，南洋兩艘炮艦的艦長則因為當時整個艦隊都在逃，他們並非主謀而僥倖得生，但也被降職為上尉，責令戴罪立功。
10月13號，明廷追究李誠謀遇敵不戰而逃的責任，考慮到他的任務確實是與北洋會師，而且抵達會師地點後沒有繼續逃亡而是從沉著防守，因此只把他從中將降職為少將。
至此，南北兩洋已經只剩下丁汝昌一位中將。
朝廷也沒有繼續猶豫，給丁汝昌加銜太子少保，命其在戰時總領帝國各路水師（包含北洋、南洋、船政和各省、長江舊式水師）。
之後，丁汝昌給海軍部發報，對鎮海海戰的有功人員論功行賞，大明內閣和海軍大臣李少荃一律准許，甚至還主動賜予北洋水師官兵一萬兩銀，作為犒賞。
官兵們對此歡呼雀躍，但丁汝昌、劉步蟾等人則不為所動，向朝廷開出更多價碼——請朝廷無論如何想辦法調撥一些炮彈。
在丁汝昌看來，相對要權要官要錢，這個要求可能是最讓朝廷為難的。
卻沒成想，內閣還是一口答應下來，並表示很快就會有幾艘運輸船前往澎湖，給南北水師運送一批寶貴的炮彈！