引子--極光之下
2016年的一天，極光開始異常的在全球範圍內出現。
這一現象，是類似隕石的‘熱熔體’撞擊地球大氣層所致。
巨大隕石般的‘熱熔體’在地球大氣層分解，並釋放了大量的發光粒子——‘希德粒子’，就像pm2.5引起的霧霾一樣，這種微小粒子對人類極具危害，它能抑制生物的自由生長，輕則使人類喪失生育能力，重則立即死亡，這對整個人類來說是致命的威脅。
人類不得不聯合起來，共同對抗這次滅世危機。
根據天文學家觀察，那些名為熱熔體的‘類隕石’物體，是從木星的衛星木衛一上投送而來，其投送者，是一種類似植物的外星生命體，因為主體結構長得像植物的種子，所以被稱作‘seed’，音譯作‘希德’。
為了不讓熱熔體進入地球大氣層，人類開始發射載人航天器，宇航員在外太空中使用精確制導武器，來逐一摧毀進犯的‘熱熔體’。
這次行動有成功有失敗，比如宇航員保羅犧牲自己，用肉體撞擊‘熱熔體’，用生命的代價得到了的珍貴資料，化解了人類滅亡的危機。
這個階段的最終結果是木衛一上的希德不再發射‘熱熔體’，人類取得了階段性的勝利。
中期--月光之旅
主人公陸川，對希德粒子擁有特殊的遮蔽作用，不止自己不受粒子危害，他還可以遮蔽方面六米空間內的希德粒子，具有保護其他人的能力。
地球防禦委員會EDC發現了他的存在，並將他的特殊性應用在航天上，由於太空中具有致命劑量的希德粒子，所以陸川成了每次航天行動中的常備乘員，專門負責保護其他宇航員的安全。
在對抗‘熱熔體’的行動中，陸川幾乎全程參與，對整個行動的成功做出了重要的貢獻。
然而，當人類消滅了熱熔體後，威脅並未解除，木衛一的希德開始朝地球投放威脅更為驚人的‘自我複製品’，那是兩枚種子結構的航天器，它們一枚飛往火星，一枚飛向月球，在抵達目的地後，它們竟就地植根，像參天大樹一樣成長起來。
臥榻之側豈容他人鼾睡，EDC決定動用核武器摧毀月球上的希德種子。
一輪核彈過後，人類觀測到希德種子已被摧毀，為了瞭解自己的敵人，EDC提出一個大膽的想法，重啟1969年的阿波羅登月計劃，派人登上月球，提取希德樣本，研究希德科技。
新的登月飛船已經準備好了，陸川，材料學家林青，駕駛員雲端，逆向工程學專家劉瀟共四人參加了這次危險重重的任務。
然而，就在飛船臨近月面，準備登陸的時候，他們遭遇了希德的‘隕石火力’，原來，希德種子並沒有被徹底摧毀，仍舊殘存下一部分的希德種子將主體躲入月面以下，它把自己改造成原始的‘投石機’，開始不停的朝著地球投擲質量巨大的月岩。
飛船最終被隕石擊中，墜毀在希德挖出的月面巨坑中。駕駛員雲端昏迷不醒，劉瀟在墜軌過程中當場死亡。
隕石雨摧毀了大量地球上的城市，由於希德躲入地下，人類從地球發射的核武器已經無法命中它，摧毀它的任務落在了陸川和林青的身上。然而，沒有陸川的保護，不會有新的載人飛船飛到月球解救他們，他們的當務之急是想辦法回到地球。
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兩人想到了利用希德種子的‘投石機’原理，將他們拋擲回地球軌道，在一連串不順的行動中，兩人終於找到了‘拋石機’的利用方法，並做好了回家的萬全準備。
在拋石機發射之際，林青突然變卦，聲稱要攜帶更多的希德樣本，陸川和雲端竟被先行拋離。
在返回地球的途中，陸川才被告知，林青肩負著另一個重任，月球上的希德種子必須被摧毀，而林青將犧牲自己，引爆飛船的發動機炸燬它。
作為一個並不怎麼重要的材料學家，他被EDC放棄，用來執行這個自殺任務，而陸川作為全世界唯一能遮蔽希德粒子的人，得到了生存的資格。
這其中有不少人類意志和人性的探討，是一個重要的燃點。
陸川和雲端孤獨的太空漂流，是全篇感情線的重要支撐部分。
高潮--遠征與最後一戰
即便存在著大量的犧牲，勝利的天平還是開始朝著人類傾斜。
EDC決定發起最後一戰，他們將發射兩艘巨大的星際飛船‘人類意志號’和‘星座號’，這兩艘巨型飛船將肩負著人類文明的希望，遠征木星，徹底摧毀盤踞在木衛一上最後的希德種子。
由於飛船的速度並不快，整個航程往返，需要兩年的時間，EDC選擇了一大批英雄人物來完成這個壯舉。
這是賭上人類命運的終極一戰，然而，誰也沒有料到，最先發射的‘人類意志號’居然在飛離地球軌道後改變了航向，它的船員集體叛變，他們決定逃離太陽系，飛往格利澤581太陽系的宜居星系進行星際殖民。
EDC自然不會允許此事發生，為了攔截‘人類意志號’，‘星座號’被緊急發射，兩艘船在地月軌道遭遇，並展開了激戰，最終，‘人類意識號’被摧毀，‘星座號’也因為完成度不高，解體自毀。
人類的希望居然如兒戲般破滅，EDC並沒有放棄，他們決定，用兩艘飛船攜帶的小型‘掛載機’，繼續執行遠端任務。
這就像將波音客機開往木星，蜉蝣橫渡太平洋一樣異想天開，然而，為了人類最後的希望，這個瘋狂的計劃竟執行了下來。
幾艘蜉蝣般渺小的掛載機開始了漫長的遠征，它們將橫渡茫茫星海，漂流兩年的時間。
飛船的老化、損毀，希德的新型攻擊手段，乘員的精神問題成了這次航程中新的威脅，在離開地球一年後，他們甚至一度認為，地球已經被希德摧毀，他們已經無家可歸了。
他們成了星空中的孤兒，再也沒有未來。
即便如此，他們還是決定貫徹最初的使命，摧毀木衛一上的希德。
在強大的意識支撐下，木衛一上的激戰最終迎來。
在犧牲了很多人後，陸川駕駛著飛船，與早已經成長為參天大樹的希德種子同歸於盡。
然而，當塵埃落定，戰爭結束時，人們才發現，一直威脅人類的希德，並不是人類想象的那樣，而陸川能遮蔽希德粒子的原因，也在這時得到了答案。
倖存者們愕然發現，人類一開始……就打錯了敵人。
《先鋒》的第一部故事線梗概告一段落。