背景介紹
陰陽師操縱靈魂，溝通陰陽兩界，而武士們追求技藝與極意的極限。大妖怪在此時縱橫。世間諸國林立。
有一天不知從何處到來的外來者進入了這一世界，當世的大妖怪們站出來想要將入侵者消滅於天外。然而即便打到月亮破碎，也沒能成功阻止入侵者。而戰爭的最後，在妖怪們紛紛落敗之後，冥土之神也參與進來。
然而外來者的到來終究打破了一切，舊有的力量遭到壓迫與消滅，冥土的神明也遭到重創，此界的靈魂不在受到約束。
然而以陰陽師為首的人間勢力並不甘於臣服，殘存的妖怪們也不甘心就此消亡。於是戰爭不斷在世間展開，比原本更加混亂的戰亂爆發了。輝夜姬不斷鎮壓著一切，最終也漸漸厭倦了這一切，她的到來不是為了無休止的戰爭。
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在此間，外來者卯月之女神也就是輝夜姬誕下了兩個孩子，一之名羽衣，一之名羽村。他希望兩個孩子的到來可以撫慰他孤獨於此世不得回到家鄉的苦痛。
然而兩個孩子逐漸長大，開始有了自己的想法。他們感到此間活在戰亂中的人們實在太過於苦難。他們欲與此間的力量達成和解，祈求和平。
然而終究有太多的人死於戰亂，有太多的人放不下對輝夜姬的仇恨，世間最難以改變的莫過於人的意志。
得知自己孩子厭惡戰爭渴求和平的輝夜姬，為了滿足孩子的願望，也為了自己厭倦的無休止的戰爭。啟動了月之眼計劃，準備開啟無限月讀，讓世間再無戰亂，每個人都活在美好的夢中。
和平或許會到來，但這不是羽衣與羽村想要的和平。於是在於世間勢力的代表商定後，他們聯手封印了輝夜姬，而普世間也接受他們這與眾不同的存在。
羽衣創立了忍宗，而羽村到了月球上看守輝夜姬。
散落的查克拉被戰後殘存的九大妖怪之魂奪取，藉此恢復一定的力量，然其本身也受到了制約。
忍宗的創立，查克拉的盛行給了普通人取代世間超凡者地位的機會。
後來者學會了查克拉的修行，但並不滿足，他們開始掠奪知識，而知識帶給使用查克拉的忍者們更強的力量。於是在羽衣去世後，隨著他兩個兒子因陀羅與阿修羅的對立，忍宗分崩離析。
倖存者們透過自己從舊有勢力那裡獲取到的知識，開發出了獨特的術式，開創了自己的家族傳承。
於是忍界家族混戰時代開始，其間也充斥著舊有勢力的不斷掙扎求存。
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羽村和雨衣受到當時倖存者的求助，站出來封印了自己的母親，給了舊有力量存在下去的機會，也帶來了忍者崛起的時代。然而世界不會就此屈服，而是不斷抗爭！
於是新的傳說開始了.............