第二天果然出現了大沙暴，幻影之塔也跟著出現，在幻影之塔出現的後小田卷博士他們開始準備進入幻影之塔，當然仁他們也在其中。
仁他們一行人走到幻影之塔，這座塔一石頭結構，共三層。當然他們進入塔中，在塔的中間有著一個石臺，石臺上有著一些器皿，還有一些神奇寶貝的雕像，看起來是為了祭祀用的，看到這些東西小田卷博士他們這些研究員馬上開始研究，而仁他們呢則是在塔中尋找看有沒有什麼發現，，結果沒有任何發現。
在這一層沒有發現，他們就想上二層尋找，就在他們想要去第二層的時候一個研究員告訴他們："你們要上二層要小心一點，雖然第二層我們也探索過，可是我們並沒有完全探索，所以你們要小心一點，注意危險。不過這座塔應該有第三層，可是我們幾次探索都沒有發現第三層的入口，真是奇怪，不過在第二層的東西不要亂碰，知道了嗎？"
"好，知道了，謝謝你。"：仁他們說道，隨後他們就上了第二層，在第二層仁他們沒有在第一層那樣隨意，這一層顯然比第一層的時候小心些了，轉了一圈仁他們只在第二層找到和第一層差不多的東西後就沒有任何其他的發現了，沒有什麼發現的仁他們決定尋找通往第三層的通道，可是再找了一圈沒有發現後，包括以前沒有探索的的地方，沒有發現的人他們無奈放棄，他們垂頭喪氣的圍在一起，仁說著："不是說還有一層，可為什麼沒有路了，這不應該啊。"
"是啊，難道有什麼機關嗎？"：小瑤說道。
"機關！？"：仁和夢在聽到小瑤的話後突然想到什麼。
夢說道："既然沒有路，應該是有著什麼機關。"於是就有發生了這一幕，三個人就像老鼠一樣，四處亂竄，開始尋找著機關，可是在尋找了一圈後沒有任何發現，他們再次聚集在一起，就在這個時候仁把扶在牆上，只聽見"咔"的一聲，仁好像摁到了什麼，接著牆壁開始震動，這個震動就連在第一層的小田卷博士他們都感覺到了，他們察覺到這個震動是從第二層發出的，他們都放下手中的事情網第二層趕去，而在第二層的牆上竟然開始出現開始出現石階梯，然後在石階梯的盡頭處開始出現一個翻蓋門。
仁他們對視了一眼，他們都從對方的眼睛中看出了，震驚然後就是驚喜，他們都知道了這是第三層的通道，他們對視了一會兒他們走上了石階梯，很快他們就開啟了翻蓋門，進入了第三層，就在他們進入第三層的時候牆壁上的石階梯開始往回縮，很快就縮回了牆壁，而仁他們進入第三層的那個翻蓋門也在次和第二層的房頂接合，看不出一點痕跡。
當小田卷博士他們趕到第二層的時候，看到空蕩蕩的第二層，沒有仁他們的影子，這一下小田卷博士和一眾研究員著急了，他們開始尋找仁他們，可是當他們把第二層找了個遍，也沒有找到仁他們，這個時候小田卷也開始冷靜了他想著："仁他們，明明上來了這一層，可是這一層沒有他們的影子，再加上剛才的震動應該是仁他們發現了什麼，看來這個塔應該有著什麼機關，還有就是沒有聽到任何的求救聲，這表示他們應該沒有遇到什麼危險。"這麼想著小田卷就把這些研究員分成兩部分，一部分在二層考察，順便尋找關於仁他們的蹤跡，另一部分回到第一層把沒有做完的研究繼續做完。
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這一邊研究和找人都在進行，而在第三層仁他們也看到第三層的面目，第三層和第一、二層都不一樣，在第三層只有一個石頭堆成的平臺，在這個平臺上還有著兩隻石頭的桌子，桌子上有著兩塊石頭，這兩塊石頭放在支架上，看的出來這兩塊石頭被保護著，而且在這兩個桌子旁邊有著兩個雕像，是兩隻不一樣的神奇寶貝。
有一個雕像像是了一個盆栽，在雕像的表面有著一些花紋，而下面呢有著四個角的底座，中間有著一根很短的棍子，上面像是一個花盆，花盆邊上有著幾個像是觸手一樣的東西平均的分佈在周圍，不過在這些觸手的中間有著兩顆珠子，像是眼睛，不注意看的話更本看不出這是神奇寶貝的雕像。
另一個呢像是一隻甲蟲，這個雕像的兩邊著像是羽毛的東西，尾巴很短，尾巴上也有著像是羽毛的東西，不過這兩個羽毛是朝上的。
仁拿出圖鑑，圖鑑上給出了資料是，太古羽蟲和觸手百合，不過這兩種神奇寶貝都已經滅絕了，所以就沒有更多的資料了。（抱歉，小狼是在是不會寫描述一類的，抱歉。）
看到這裡仁他們走到了太古羽蟲旁邊的那塊石頭，他們看著那塊石頭，石頭上有著奇怪的花紋，仁準備吧石頭拿起，仔細觀看，可就在仁拿起石頭的一瞬間，幻影之塔開始震動，天花板、牆上開始上開始掉落石頭，很快就有剛開始的小石頭變得越來越大。
看著這些石頭仁他們知道這座塔竟然開始坍塌，就在這個時候第三層的牆上出現了一個視窗，說是視窗，但是這個視窗有一人多高，仁他們看著視窗出現抱著石頭就往視窗跑去，然後顧不了這是在第三層，他們直接就跳了下去，好在下面是沙漠，他們平安的掉在地上。
小田卷博士他們呢也在幻影之塔開始坍塌的時候就抱著研究資料往外跑，剛出來塔就塌了。就在他們以為仁他們沒有出來的時候，仁就在走到了他們的面前，看到仁他們沒事，所有的研究員都松了一口氣，他們開始整理這一次的資料，好在幻影之塔坍塌的時候已經調查的差不多了，所以損失也沒有多大。
小田卷走到仁他們那裡問道："仁，你們是不是上到了第三層，那上面有什麼？"
"是的，博士，那上面有。"：仁吧第三層的情況給小田卷說了，小田卷聽後馬上回過頭看向那堆廢墟，可是當他再次看到廢墟的時候，廢墟已經消失了。
小田卷遺憾的說道："真是太可惜了。"
突然小田卷想起仁那裡有著從上面帶下來的那塊石頭，於是就找仁拿到了那塊石頭，小田卷看到石頭的第一眼就認出了這是一塊化石。
仁知道了這是一塊化石後，就把化石交給了小田卷博士了。（上一章因為發的倉促，所以章節名和後面的劇情對不上，已經改了過來，抱歉。）