以深水道館微目標的小樂一行人，在先後戰勝了超級暴鯉龍和超級胡地之後，他們接下來會解開其中的秘密嗎。
正在地上的暴鯉龍同樣被小濤收回了神奇寶貝球，眾人在仔細的觀察著周圍的石像的時候，突然前方出現了一片大屏幕。裡面播放的影片正是小濤的父親。
小濤的父親穿著白大褂，身後全都是用來實驗的儀器吧，帶著象徵著學問的眼睛，看上去很是斯文。
"小濤，當你看到這個影片的時候，那麼你就一定沒有讓我失望，成功的透過了我的考驗。"
小濤的父親一邊說著，一邊流著眼淚。
"想必你也應該知道，父親作為神奇寶貝研究家，不得不長期和你們分開，我相信你也能原諒父親。"
"接下來，我希望你能夠完成我未完成的夢想，尋找超進化的秘密。"
小濤的父親一邊說著，一邊解釋著超進化的秘密。果然小樂他們沒有猜錯，如果訓練家沒有和神奇寶貝形成羈絆，或者羈絆不夠深的話，就容易產生錯誤的邪惡進化。
小濤的父親在影片中又說明了他們研究的偽超進化石，能夠講眾多的神奇寶貝能量收集在一起，同時在戰鬥時候瞬間釋放，來達到超進化的目的。
小濤的父親在影片中演示著偽進化石的操作方法。他收集了火球鼠的噴射火焰能量，菊草葉的寄生**，小鋸鱷的水槍能量。將三種能量混合在一起，注入到偽進化石之中。
有將啟動偽進化石的鑰匙放在了手腕上，成功了將超進化了暴鯉龍。
"原來石像裡面儲存的就是偽進化石的能量，怪不得沒有訓練家希望能夠超進化。"
緊接著，他們對暴鯉龍的一切資料進行合理的測算，他們發現了其中巨大的隱患，接下來就是他們實驗日記：
七月十一日
我們成功的儲存了非戰鬥時的能量，偽進化石成功吸收了三分之一的能量。
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七月***
成功的將偽進化石之中的能量釋放出來，並且在實驗儀器中獲得了全部能量。
八月一日
暴鯉龍在對戰的時候成功超進化，下邊是一張暴鯉龍超進化的照片。
八月五日
越來越多的神奇寶貝透過偽進化石成功超進化。
八月七日
目前的偽超進化力量只能將已經進化至頂級的神奇寶貝再次進化，成功超進化之後，他們的身體，外貌，甚至是屬性都會發生變化。
八月十七日
在一次實驗之中，我突然觀察到了，超進化的神奇寶貝的細胞正在加速燃燒，我猜測可能是超進化的能量能夠加速神奇寶貝身體的損耗。
九月三日
我與我的夥伴形成意見分歧，我不同意將偽進化石的研究交給火箭隊。面對著不成熟的技術原因，我雖然選擇了拒絕，但是依然是勢單力薄。
九月四日
我將我全部的實驗資料儲存到了地下實驗室，並且將暴鯉龍的偽進化石儲存在石像當中。
九月五日
正當我最後一次和他們進行實驗的時候，透過偽進化石進化的神奇寶貝出現了邪惡進化的狀態，或許我已經意識到了他們的目的。
面對著小濤父親的說法，超進化的秘密雖然還沒能全部解開，但是他們竟然能夠掌控邪惡進化的力量。
"這件事果然和火箭隊有關，我猜測你父親應該是被火箭隊抓了起來。"
"你們認識火箭隊嗎。"
面對著小濤的質疑，小樂陷入了沉思，手中擺弄著神奇寶貝球，思考著下一步的對策。
"火箭隊，他們經常透過暴力的方式搶奪別人的神奇寶貝，曾經在超夢和急凍鳥的地方就見過他們。"
小濤很是感嘆，他們竟然都和傳說中的神奇寶貝交過手，火箭隊究竟要幹嘛呢。
"意圖很明顯，他們想利用偽超進化的力量，統治地球，我是不會讓他們得逞的。"
四人聚在一起聊著應對辦法，但是現在唯一有用的就是這實驗室的一大堆的資料，或許只有真正的解決了超進化的秘密，才能夠擊敗火箭隊。
眾人走出了研究所，好像全都是若有所思的樣子，但是誰都說不好哪裡的問題。
"接下來我們就要分手了，我們還是要祝你好運，最終一定能超越你的父親，成為最棒的神奇寶貝研究家。"
"謝了，接下來我就要留在研究所了，我相信我一定能完成我父親交給我的任務。"
眾人在研究所門前分開了，三人又持續的踏上了旅程。
"出來吧，快龍。"
"你們說快龍的超進化會對他造成什麼樣的損害呢。"
"kuailong——"
快龍認真的聽著小樂的講話，不過好像並不關心，畢竟自己身為神奇寶貝，訓練家才是他最親密的夥伴。
小剛和小遙一時間也不能解答小樂的問題，不過這種神秘的進化力量一定有其中的緣由，只不過還沒有被人們掌握而已。
想到了這裡他們快速跑回了靜安鎮，他們想到了大木博士沒準能夠瞭解到超進化的秘密，於是打通了大木博士的電話。
"大木博士，你好，我們剛剛遇見了偽超進化的暴鯉龍，你還知道超進化的其他事情嗎。"
"偽超進化？那是什麼東西，我最近也是一直在和其他的神奇寶貝研究家們研究超進化的秘密，估計就快有成果了。"
"那您有成果了一定要提前告訴我哦，還有一件事，我的快龍也能夠超進化了，而且沒有用到超進化石。"
"kuailong——"
"是快龍啊，看上去很有精神啊，一定要好好培養啊。"
"我們也得知了一點點關於火箭隊的事情，他們可能會利用這股超進化的力量來搞破壞，大木博士一定要留心。"
掛掉了電話，小樂他們並沒有獲得什麼有價值的線索，看樣子要想搞清楚超進化的秘密，還得好一陣子了。
以深水道館為目標的小樂一行人，在經過了靜安鎮的時候，突然得知了偽超進化的秘密，接下來他們的旅行不僅僅需要為了自己的目標而努力，還有觀察著火箭隊的行動。接下來他們的旅行又會發生什麼驚險的故事呢，我們拭目以待。