於是眾神開會了，們交頭接耳地說：“一連五次，滅絕人類的計劃一連五次都被妨礙了！”
神王對伊吉吉滿腔怒火：”我們所有大阿努納基們一致下的命令，安努與阿達德守護天界，南納和涅伽守護中間地帶，恩基將海的閘門和草木一同守護，一起保證計劃實施。可是恩基所到之處，解除枷鎖，允許諸國如願豐收！”
惱怒的神王命令努斯庫將恩基捉拿到諸神的會議桌前，向大吼道：“我們全體一致下的命令，阿達德控制了雨水，農耕之神尼沙巴控制民眾的收成，不讓土地養活那麼眾多的民眾。而你卻為人類解除枷鎖、施予繁榮！”
恩基雖然坐著卻厭倦了，在諸神集會處，這位神忍不住笑了起來。對諸神說：“寧胡爾薩格曾將各位的勞役轉交了人類，各位曾為人類大聲呼籲，各位曾為了創造人類將一位神及其人格一同殺戮！而現在，各位卻在執行著一個完全相反的決定！”
諸位大神們面面相覷，恩利爾惱怒地說：“我們應該詛咒王子恩基，應該將束縛吧？竟然一次一次地意圖謀反！”
恩基開口對諸神兄弟說：“你們究竟為何要用詛咒束縛我呢？是要讓我對我的人民說，要他們舉起手來向你們投降嗎？還有各位一直在討論的大洪水，那究竟是什麼呢？我不明白，是說要我來發動洪水嗎？那是恩利爾的事情，請讓暴風雨的使者舒爾拉特和哈什尼去做吧！請讓涅伽將纜樁砍斷，派尼努爾塔使水溢位堤壩吧。這些事情我不管！”
“那你得發誓，這次絕不再阻撓我們的計劃！”恩利爾指著恩基的鼻子大聲說。
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恩基舉起手：“好的，好的，我發誓！”
眾神商議的正是發動大洪水消滅人類的計劃，這次殲滅行動比之前任何一次力度都大，人類將全部滅絕！為了不洩露天機，與會的天地諸神全都以安努和恩利爾的名義發了誓言。
洪水來臨前的日子已然很不好過，氣候改變、農業歉收、饑荒橫行，各種徵兆都預示著更大災難的來臨。
祭司吉尤蘇德拉做了一個關於末日的夢，他的內心的充滿惶恐，總覺得那個夢即將變成現實。
他走進神廟，在神廟的牆壁旁呼喚著天地的名字，他向恩基祈禱說：“恩利爾對諸國民眾做了壞事，不對於不順從的人類，諸神想要把我們全部滅絕。請將夢的意義指點給我，使我能尋出結果！”
恩基開口對的僕人說：“我正要將神諭偷偷說給你聽：牆壁啊，聽我說！蘆葦小屋啊，我的話要留心聽！”（恩基對著牆壁喃喃自語，裝作是無意中將秘密洩露出去的。至於蘆葦小屋，它的形狀就像帶著兩根長長的天線，是古人對通訊裝置的一種代稱。）
恩基吩咐道：“一場毀滅世界的大洪水即將來臨，這是諸神會議的決定。你趕快拆掉房屋，建一艘大船。清點你應拿的東西，忘掉那些無法搬走的財物，首先保住你和家人的活命，再將一切生命的種子帶進船中。你們應該建造的那只大船既定尺寸不容變通，它的寬度和深度必須一致，要像蓋得像四面封閉的阿普蘇那樣！”（“阿普蘇”是恩基在深淵裡的住所，目測是一艘潛艇。）
吉尤蘇德拉聽明白了，就對恩基說：“我的主神啊，你所指令我唯命是從。可我怎麼說服那市鎮上的人們和長老？”
恩基開口說：“你可以這樣對他們講我的神（恩基）和各位神的意見不合，恩基和恩利爾互相惱火。我知道恩利爾對我有意見，我不能再住在你們的市鎮之中，也不能在恩利爾的領地裡涉足。我要到阿普蘇去，和我的主恩基生活，你們要是跟著我一起去，將賜給你們豐盈的物產，使國土上五穀豐登！”
吉尤蘇德拉領了命，在黎明時分開始造船。在一片水邊的開闊地上，他請來的木匠們扛著斧頭，工人們搬著材料，家裡的孩童背起了瀝青，老弱者帶來了所需的一切物品。
鎮上的人們好奇地圍觀著，不知道吉尤蘇德拉頭腦裡哪根筋犯了神經病，非要造這麼大一艘船舉家搬走。
吉尤蘇德拉心中痛苦，他多想將自己知道的全都告訴人們。但是他知道說出來別人也未必相信，而訊息一旦洩露，不止計劃失敗，他和恩基都得遭殃！
吉尤蘇德拉知道自己的使命他是人類最後的希望，一切生靈的種子都要靠他挽救！他得痛下狠心，忍辱負重……
吉尤蘇德拉根據恩基傳來的“靈視”也就是方舟的立體模型畫出了它的內部結構，將它各個部分的細節全都畫在了泥板上，讓工匠們按圖實施。
方舟分成六層甲板，從而將它劃分為七個層次，每層甲板內部分為九個隔間。
第五天時，方舟的骨架已經建成，船的面積達3600平方米，四壁各十伽爾（60米）高，六塊覆板一一鋪平，每塊覆板都有十伽爾（60米）寬。吉尤蘇德拉吩咐工人們用瀝青給船體做了二、三層防水，整整用掉了一舍爾（3600升）的一桶的瀝青，預留二舍爾的瀝青儲存在水手手中備用，最後向爐灶倒進了六舍爾的油（難道是燒燃油的動力爐？）。
工人們被吉尤蘇德拉逼得疲憊不堪，於是吉尤蘇德拉每天殺牛宰羊，犒勞工人的飯食簡直就像開新年聚餐一樣，葡萄汁、紅葡萄酒、白葡萄佳釀和肉湯，他們喝起來像河水在流淌。
第七天方舟竣工了。這艘巨船下水十分困難，他們想了很多辦法，好不容易才使船身的三分之二進入水中。
金銀和食物，吉尤蘇德拉把他所有的一切統統放進船裡；所有的動物，無論是天上的飛鳥、地上的野生動物還是家畜，他把這些動物一公一母配成對趕進船中，各種植物的種子也一一挑選存留。
然後他讓家眷和所有的工匠都乘上船去，只等著命運時刻的來臨。
末日時刻終於來到，夜裡天空降下苦雨，天色陰沉異常。吉尤蘇德拉便進入船內，將艙門堵上，將船整個交給船工、水手執掌。
他在船艙裡虔誠地祈禱：“偉大的恩基，榮耀的神啊，我已經照你說的去做了，請保佑我們存活下來！”
到了晨光初露的時候，天邊烏雲湧起。氣象神伊希庫爾在空中響起霹靂，預告暴風雨的使者舒爾拉特和哈尼什作了先行。尼努爾塔架起諸神的戰車，衝開一切向前推進，使堤壩滿溢，戰爭與瘟疫之神涅伽將纜樁砍倒，邪神安祖的利爪撕裂天空。
阿奴恩舉起火來，光輝所及處整個國土烈焰頓起；伊希庫爾的恐怖直達九重高天，使烏雲覆蓋蒼穹，白天的光明重歸黑暗，只有閃電雷霆在雲中不停地炸響。
天地間颳起了暴風，風勢越刮越烈，風速有增無減。
暴雨在天地間展開陰沉的黑幕，洪水和海嘯同時來臨。巨浪如高山一般壓向人們，它們推進如軍陣，人群如戰敗一樣潰散奔逃，遼闊的國土如同被陶器一樣被砸得粉碎。
一日之間大地上一片汪洋，看不見一寸土地，只有高高的山峰還在水面上露著山尖。高山在波濤中顫抖，陸地在鉅變中呻吟，身處急流中的人們認不出彼此，從高天上也無法把他們看清。
當洪水將萬物生靈無情吞沒時，它們甚至來不及互看一眼……