喬丹感到無力和憤怒，從來沒有過這種情況。他認為自己無法操控局勢，手下的人各自為政，自己又沒有絕對的領導權。他開始和那些名義上的下屬交換意見，結果他發現，一切都亂了。於是他向他的老闆請求權力。波林不是勞斯多夫，也不是辛恩，他既不會遮遮掩掩、避重就輕，也不會冒天下之大不韙拒絕喬丹，相反他很尊重喬丹，或者說他很尊重喬丹的價值，於是他只是作樣子一般開了個董事會，就給了喬丹足夠的權力，任命喬丹為籃球事務部總裁，也就是說只要和籃球有關的東西他都有權過問和處理。這樣喬丹已經完全成了奇才籃球方面的國王，對所有人有生殺予奪的本錢。很快，喬丹就找到了第一個開刀物件，就是他一直看不上的三個毒瘤。
說喬丹看不上霍華德，可能有些過分，因為在成為喬丹管理者之前，喬丹還是很欣賞霍華德的，他認為霍華德有一個內線球員該有的所有條件，他身體高大強壯、作風兇悍，既會籃下的各項技術，又具備中投能力，由於欣賞，喬丹在95到98之間的幾個夏季中一直邀請霍華德參加自己的訓練營，作為主要的內線對手。
可是喬丹顯然忽略了一點，那就是籃球並不是只靠天賦就能完成的，信念也是不可或缺的一環，而霍華德除了開始三個賽季中體現出極強的，上進心之外，在大額合同到手後就落入了中產階級球員的俗套，他根本不值上億的身價。於是喬丹開始考慮放棄這個中看不中用的傢伙。不能解約，否則違約金、的處罰和球員工會的控訴就能讓奇才隊徹底解體，也不能簡單的買斷，那是太大的一筆錢，奇才如果這麼做，最少三年內無法翻身，這顯然不是喬丹希望看到的，他需要的是奇才迅速崛起，所以只剩下一個好辦法，就是交易。
前面說過，霍華德是一個很有天賦的球員，這樣的球員就算長年消極怠工，也會有人感興趣，畢竟好的內線球員越來越少了。小牛就是其中一個，小牛在庫班入資之後，已經徹底擺脫了貧困的帽子，他們最想做的就是一步登天，內線是他們最緊迫要解決的問題，所以霍華德的市場價值就在於此。2月22日，轉會截止日之前，喬丹祭出他的第一樁大手筆，一下讓奇才球迷們心跳加速到180，他把表現穩定、但卻因年薪1690萬美元而倍受責備的霍華德請出帳營，送到了靠網路發家的庫班當老闆的小牛隊。
其實喬丹接手奇才隊後，一直致力於徹底改造球隊，但他受到的最大限制就是球員薪金過滿，所有動作都有心無力。這次交易無疑是球隊邁向新起點的開始，而這也是喬丹所希望的。從喬丹的言語就能瞭解一二“奇才過去一個賽季的成績非常令人失望，我希望這筆交易將是球隊走出困境的開始。”這項奇才同小牛的交易中還涉及另外7人，包括奇才的布斯和埃科濟，小牛的萊特納、亞歷山大、戴維斯、沃特和托馬斯，但他們都只是湊數的擺設，其功能僅限於進行交易時為各自球隊的球員薪水額創造一定的空間。小牛送走的五人薪水總額為1600萬，而奇才布斯和埃科濟的薪水均為42萬。
不得不說，喬丹完成了一項壯舉，因為像霍華德這樣的球員，就算他再犯濫，一般球隊也是不敢動的。第一，他很年輕，他未來怎麼樣誰都不清楚，而且他幾乎成了球隊的唯一支柱;第二他是內線球員，別看喬丹不是內線球員，可他比誰都瞭解內線球員的作用，當年一個尤因就能改變整個尼克斯，甚至影響東部形勢，他和尤因是朋友，所以他更知道尤因的力量;第三，霍華德天賦並不差，他之所以成績下滑，是因為他心態有問題，而不是說他真的一無是處，他的背對籃筐單打和防守能力還是非常出眾的。
這樣的情況下，喬丹毅然送走霍華德，換來群隨時可以清走的二線，很明顯，喬丹要給奇才動個大手術。將霍華德送到小牛之後，喬丹瞄準了下一個目標老傷號斯特裡克蘭。斯特裡克蘭先天並不出色，但他很有頭腦，他打球非常聰明，喬丹在打球的時候曾經盛讚斯特裡克蘭，說他簡直是奇才的大腦。可現在就是這個控制奇才整支球隊的傢伙開始散漫，他打球明顯心不在焉，加上傷病纏身，喬丹已經對他不耐煩了。
未來的一個賽季斯特裡克蘭將從奇才領走1000萬美元工資，這對希望重建的奇才是非常不利的，而且已經34歲的斯特裡克蘭和奇才的合同還有最後一年，買斷合同看來是最佳方式。斯特裡克蘭在全明星賽後的比賽中突然受傷，這成了喬丹絕好的理由。於是，經過談判之後，喬丹用250萬美元的低廉價錢買斷了斯特裡克蘭最後一年1000萬美元的合同，然後宣佈他可以投奔任何一支球隊。
喬丹之所以能用低廉的價格買下斯特裡克蘭的合同，完全憑的是超人一等的洞察力。他看出斯特裡克蘭的心願，由於傷病和矛盾，斯特裡克蘭已經在奇才淪為替補，他厭倦了這種板凳生涯，很想轉到一支有希望打進季後賽的球隊。與此同時，那些季後賽的常客球隊開拓者、湖人，熱火、76人、步行者都對這位有豐富經驗和穩定表現老將表達了自己的興趣，這樣斯特裡克蘭離開心切，剛好落入球隊的圈套。
趕走了霍華德和斯特裡克蘭之後，奇才唯一個老家夥就是里奇蒙德了。說實話，喬丹和里奇蒙德的私交非常好，他甚至認為里奇蒙德是一個可以媲美他自己的得分後衛，但是隨著年齡的增長，里奇蒙德已經不復當年之勇，他的得分跌到了低谷，喬丹也只能揮淚斬馬謖。當時里奇蒙德與奇才隊有4年4000萬美元的合同在身，還有兩年才到期。最後里奇蒙德這位六屆全明星球員也不得不接受被炒的命運，喬丹送給他2000萬，將剩下的兩年合同全收。將里奇蒙德順利送走後，奇才有10001200萬美元的工資空額來招兵買馬。而喬丹也感到前所未有的輕鬆。
這個時候，出現了一種傳言，說喬丹要復出。這個訊息雖然引起軒然大波，但沒有多少人真的相信，畢竟喬丹已經38歲了，再次復出極不明智，何況他在管理位置上幹的有聲有色，何必到球場上受罪呢。喬丹出面闢謠，但是他說得不肯定“我退役的時候已經說過了，我將999不會復出，是的，999，你們非要相信那01嗎”這句話表面上把傳言推翻了，可是從另一個角度想想，所謂01也不是完全不可能，他再次重複999正好也在強調那01。
這時候奇才的賽季剛剛結束，說奇才的賽季結束並不代表整個的賽季結束了，因為他們和季後賽沒沾邊。16強的季後賽進行的如火如茶之時，喬丹只能靠復出的猛料讓人們想起自己，真的讓人感到難過。隨後喬丹換了一種方式宣傳自己。在5月6日，全球200多家影院，同時上演了一部喬丹傳記電影ihaelranhe。喬丹上一次出現在銀屏上還是96年，他那部太空大灌籃曾讓無數喬丹迷趨之若鶩。
這次喬丹顯然也不會讓他的擁躉失望，這部為時45分鐘的寬銀幕電影耗資720萬美元，講述了喬丹不僅是一名籃球天才，還是超越國界、文化和種族的英雄。影片由8段小故事組成，以喬丹在公牛隊最後一次奪冠時的情景開頭，用高科技將飛人以前的比賽錄影揉合在起，讓觀眾有一種身臨其境、喬丹在球場上飛躍自如的感覺。在影片中，人們再次清楚地看到爵士大個中鋒奧斯特塔格在98年總決賽第三場中，被喬丹在頭頂上飛身扣籃後的痛苦表情;聽到前公牛教頭傑克遜講述喬丹如何成為最好的防守隊員之一;目睹喬丹獨自坐在空蕩的聯合中心球館回憶往事的場景。這些都是喬丹最輝煌時期的真實寫照，相對於管理方面的失意，這個影片無疑是一個極佳的補償。
現實往往不像電影那麼寫意，影片中的喬丹戰無不勝，不過作為奇才總裁，喬丹卻不得不在賽季結束後為新賽季的換帥費盡思量。在打出了19勝63負之後，喬丹對主帥已經怒不可遏，無論各是已經解僱的漢密爾頓，還是臨時教頭沃克，留下沃克的可能甚至比喬丹復出還渺茫。於是喬丹開始遴選新的奇才教練。
喬丹說他要在5月22日前正式確定主帥。5月3日喬丹和歷史上勝績最多的威爾肯斯在芝加哥會晤。威爾肯斯剛交出老鷹帥印一個月，據威爾肯斯的經紀人介紹，威爾肯斯和喬丹兩人惺惺相惜，都覺得見面很重要。而此時的奇才總經理昂塞爾德拒絕就此事發表評論，只有大老闆波林最近說了一句，奇才對威爾肯斯很感興趣。
從這裡可以看出，喬丹在奇才已經凌駕於任何人之上，波林雖然不能對他言聽計從，最少可以做到他想做的都不反對。此後喬丹還表示對聖約翰大學教練賈維斯頗為欣賞。81年喬丹參加全美高中生麥當勞杯大賽時，教頭正是賈維斯。然而這位於90到98賽季執教過喬治。華盛頓大學的教頭表示，他根本沒接到過來自奇才隊的任何會晤邀請。
奇才的教練位置一下子成了香餑餑，有人眼熱，有人競爭。很快喬丹開始自己獨霸奇才之路，在夏季中旬，他開除了奇才的一位重要人物總經理昂塞爾德。昂塞爾德是什麼人這裡就不多說了，總之他在奇才的地位比喬丹在公牛不遑多讓。像昂塞爾德這樣的奇才元老居然都被掃地出門，喬丹的鐵腕可見一斑。
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在整理球隊內部的同時，喬丹還在進行著另一項活動，就是復出。對於這個詞，喬丹忌諱頗復多，但有時候他也會敞開心扉，一次專訪喬丹，只想請他談談退役後一些事情，沒人敢挑戰他的權威，誰也不願意去提復出的事兒，因為瞭解喬丹的媒體都遵循一個守則採訪喬丹，等於和他一對一地進行比賽。如果他對你所代表的媒體晁有好感，或者不討厭你這個人，他會讓你得幾分，暑然後他就轉過身去，讓你對這個背影再度產生猶王豫和疑惑。他是永遠的勝利者，他很少讓外界瞭解真實的喬丹。
所有人都認為退役前的喬丹是這樣，退役後也沒有改變。但那次的專訪無疑是最成功的一次，因為他們的到了許多別人無法想像的細節。喬丹和電視臺沒有過節，他和主持人談話時，就像和他的老朋友拉沙德一樣輕鬆，這是非常難得的，因為喬丹從沒在拉沙德以外的人面前如此侃侃而談，並且沒有忌諱。
有四次，喬丹主動打斷了攝影師的工作，和主持人講敘一些鏡頭外的故事。他漫談起和兒子打一對一籃球的樂趣，在訓練中和科爾打架的場景，在完成最後一投前如何與拉塞爾這些故事，從他低沉的語調中有一種寂寞和孤獨的感覺當時的主持人和攝影師在採訪後不約而同的這樣說。
喬丹提供給人一種這樣的感覺他是被環境所迫提前離開的，他仍然深愛著這項運動，但克勞斯提前開始肢解公牛，而傑克遜“在向另一個方向發展”，這種方向就是“只要克勞斯不會出現的地方”。鏡頭外的喬丹，真切地表達了他和公牛的感情“我給予了你們一切，犧牲了自己的生活，但他們根本不要這些。”