就在林俊秀開始進組拍攝《午夜飛行》的同時，同名小說也透過文藝春秋出版社開始發行。按照林俊秀與文藝春秋及講談社達成的諒解，偏嚴肅題材的小說將由文藝春秋出版社發行，而偏大眾題材的小說則交由講談社發行。林俊秀這本小說因為涉及到校園霸凌、青春期同性戀等等社會題材，因此自然就交給了文藝春秋出版社發行。
雖然小說中的部分素材是由林俊秀的助理們蒐集的，但是小說的署名權還是林俊秀的。這本來就是創作圈的規則，想要索要署名權那就必須為作品做出了一定程度的原創貢獻才行。僅僅是為小說蒐集創作素材是無論如何也歸類不到“原創貢獻”裡來的，所以這本小說還是林俊秀的小說。
和韓版的《夜間飛行》相比，林俊秀在《午夜飛行》裡加入了許多日本特有的元素。特別在風格上，林俊秀融入了不少當初對《壞孩子的天空》的理解。很多人賦予了青春太多的美好詞彙，結果到了北野武這裡，將青春的殘酷和殘忍赤裸裸地展現出來。
有人說，青春是人類從孩童過度到成人的動盪階段，人一旦度過這個時期，那孩童時的純真就消失得乾乾淨淨，人也就從“動物人”變成“社會人”。林俊秀覺得這段話說得沒有錯，但是很多人認為這種轉變是負面的。可很多人卻沒有意識到一件事，人在青春期的時候往往會做出他自己都不敢想象的最殘酷的事情。所謂少拳打死老師傅，除了老師傅體力衰退之外，還在於少年人是不會也不知道要收斂自己的。所以，少年人一旦犯錯，錯誤往往讓人感到可怕。
林俊秀從不覺得青春有多美好，所謂“美好的青春”只不過是成年人選擇性地遺忘罷了。當他還是那個四十歲掙扎在社會上的駐日記者時，他曾經和一個中學時代的朋友喝酒。在林俊秀和所有同學的印象裡，大家那個時候無憂無慮，過著“美好的清楚”。
特別是林俊秀喝酒的這個男人，他可是學校裡的風雲人物，高喊一聲就有無數人應和的那種“大哥”。但是他卻告訴林俊秀，中學的那幾年是他過得最黑暗的歲月，他好幾次都想自殺了斷自己。他所謂的“強大”和“彪悍”都是被人逼出來的保護色。他家境貧寒同時又學習成績不好，在當年很多農村地區的中學就是原罪。
在一些教書育人的老師看來，你這樣的人還來唸書幹嘛？不是來降低我們班或我們學校的升學率麼？在這些老師的暗示和縱容之下，很多人開始疏遠乃至於攻擊他。為了保護自己，他才不得不揮拳。可一旦他揮拳了，關於他是混混等訊息就坐實了。於是不僅讓更多的老師討厭他，連帶著許多不明真相的家長也開始對學校施加壓力，希望將他趕走。他只能用拳頭征服其他人，讓自己擁有一群“朋友”。
可為此他也付出了慘重的代價，少年的名聲一塌糊塗，他的父母也越發在村子裡抬不起頭來。因為很多人都告訴他們，你們的兒子就是流氓！他長大了只會浪費糧食，而且肯定在18歲的時候被國家抓去槍斃啥的。所以，他高中後就沒有唸書了，而是南下打工。
等他奮鬥出一份小小的事業之後，他幹的第一件事就是捐錢。因為，他要洗掉他過往的名聲，否則他依舊無法面對他所出生和成長的這個地方。聽完他的話，林俊秀才發現自己和很多人當年都不過是藉著“純真”的名義在霸凌這個可憐的少年。如果要比起殘忍，成年人是遠遠比不過少年郎的。
小說裡有俊、澤和志雄三個少年，三個少年曾是鄰居，在小學時代一起度過。
志雄的父親因為在公司裡犯下不可饒恕的罪行而被公司開除，由於志雄父親曾供職的那個公司非常有名，於是志雄父親在整個職業圈子裡臭了名聲，沒有任何人敢聘用他，志雄父親不得不從白領變成每天在工地上打零工的苦力工人。
日本的苦力工人其實薪資不錯，因為他們對應需要繳納的社會福利更少，所以僱傭單位在薪資方面就顯得稍微“大方”一點。但是志雄父親每天卻都將工資花在居酒屋和風俗店裡，志雄也從一個普通少年變成人人唾棄的孩子。於是志雄就和林俊秀的那個同學一般，學會了用暴力保護自己。他成了小混混，帶著一幫兄弟收取保護費，成了高中附近一帶出了名的黑幫小頭目。
和志雄相比，俊和澤的生活則幸福了許多。俊是英俊瀟灑的學霸，學校裡公認的校草，集萬千寵愛於一身；澤則是俊身邊那個溫潤少年，雖然不盡俊那般奪目，但也是學校少有的英俊少年。隨著兩人升入高中，情竇初開的彼此都察覺到內心與常人的不同，但卻怯弱地將這種情感隱藏在內心最深處。因為此時的日本還是個異常保守的社會，同性戀在一定程度上被視為“不正常”乃至於“不應該存在”的事物。
澤聽說學校附近有一所同志酒吧，名字就叫“午夜飛行”。好奇的他帶著試探和憧憬的情愫在某次補習後騎著腳踏車前來窺視，只不過當他在酒吧裡被不懷好意的大叔嚇走之後卻發現自己的腳踏車被偷走了。鬱悶的澤只好步行回家，還因此受到了父母的抱怨。澤家雖然還算小康，但是澤還有弟弟妹妹在唸書，因此很難再有錢給澤買腳踏車。
不過澤很快發現許久沒有見到的志雄推著腳踏車來找自己了，因為偷澤腳踏車的小偷就是志雄手下的人。而志雄認出了澤的腳踏車，就要了過來還給了澤。知道澤偷偷摸摸去了“午夜飛行”，志雄還告誡他不要去那些魚龍混雜的地方。但是此時的澤卻完全被多年沒有見過的志雄給吸引住了，尚未完全褪去少年青澀的志雄身上展現出了屬於成年男子和少年男孩的兩種氣質。一見傾心是什麼？此時的澤就明白了。在相愛的那一刻，你就知道你愛上了他。
和志雄重新聯絡上的澤開始和志雄走動起來，志雄也不排除昔日的好友來找自己，畢竟自己的手下也沒幾個和自己是真心好友。只有在澤的面前，志雄才會收起自己的暴戾，露出溫柔和開心的那一面。在這個時候，澤是志雄陰暗生命裡的唯一光芒，讓墮落在地獄深淵的自己尚不至於沉底沉淪；而志雄則是澤心底最美好的那片芬芳，那種註定無法在陽光下怒放的薔薇花就在這那旮旯裡倔強地生長。在相處中，少年們都察覺到各自心底的那種感覺。愛究竟是什麼？沒有人能給出一個完整的定義，但是少年卻知道他們之間是愛。
被澤疏遠的俊吃醋了，他發現他原來是那麼愛澤。當澤在自己身邊的時候，他並沒有覺得什麼；可澤離開之後，那個空洞卻逼得他發了瘋。他跟蹤澤，然後偷拍到了澤和志雄的親密行為。俊的理智在這一刻崩掉了，他用這個影片威脅澤，並在校園裡肆意地霸凌和蹂躪澤。甚至他還公開傳播澤是同性戀，於是澤在學校和社團裡受到的霸凌更多了。進教室被其他男生潑冷水，女生們嫌棄他是異類，老師覺得他很骯髒。甚至在廁所或社團的角落裡，他被人羞辱得更加過分。但是澤還是倔強地堅持著，因為他知道在放學後，會有人微笑地等著自己。
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而就在昔日好友互相折磨的時候，俊手裡的記憶卡被老師真彥拿到了。原本以為只是惡作劇的俊發現事情開始超出自己的控制，真彥將這件事徹底曝光了，志雄和澤的關係那麼直接的攤開在所有人的面前。為了保護澤，志雄說一切都是自己強迫澤的。但是真彥不依不饒，他向志雄索要了一個高昂的價格。
為了贖回這個記憶卡，志雄開始替組織販賣藥品。於是志雄被警方逮捕，為了給志雄籌律師費，一無所有的澤再次去了午夜飛行，找到了那個大叔。從那一晚開始，他不斷地前往午夜飛行，然後再跟不同的人離開。
當俊得知澤為了幫志雄開始出賣身體的時候，他找到了真彥老師，希望他能放過澤。但是真彥卻告訴俊，澤和志雄這種社會垃圾應該趁早消滅掉，否則給社會將帶來更大的災害。此時的真彥彷彿是真理的掌握者，同時他們也反映了一種社會態度，那就是教育應該和自然界一樣主動去淘汰那些無法成長的幼苗。但是不少的“不合格者”本身就是教育所造成的，然後又被教育說要主動拋棄。
這樣的理念其實串起來就可怕了，因為人並不是一個物件，並不是一個你玩壞了就可以丟棄的物件。俊雖然無法理解真彥說法背後的恐怖，但是他卻知道他真的會將自己的朋友給弄死。他不喜歡志雄，是因為嫉妒志雄；不喜歡澤，也是因為嫉妒。但是，他並沒有考慮過自己要真正失去他們。趁著真彥還在侃侃而談的時候，俊抓起了棒球棒……故事的最後，三個少年騎著腳踏車在夕陽的小路上你追我趕，笑聲隨著太陽緩緩消失。
和電影劇本相比，小說其實更加殘酷。因為文字可以削弱視覺的衝擊力，所以同樣的力度，用文字和用畫面表現出來的效果是不一樣的。但同樣的，畫面留下的衝擊力雖然強，但很快就會被遺忘；可文字的衝擊力卻是刻在骨子裡的，有的時候幾乎是終身難忘。
作為林俊秀在春秋文藝出版社的編輯，磯嶋恆康看完小說之後，說道：“林君，如果可以的話，我真希望這本書能夠不被出版。因為這個故事實在是太殘酷了，你不但戳破了‘美好青春’的虛幻泡泡，而且還將它最醜陋的一面展現了出來。我想，等到圖書上市的時候，教育界會有很多攻擊你的意見。看來，這會是一本惹來社會熱議的小說呢。”
為了應對教育界可能的抨擊，林俊秀在文中所涉及到的校園霸凌事件都能找到相應的原型，而且這些事件時至今日並沒有得到妥善的解決。畢竟日本政府的官僚主義作風與西方人權等東西結合到一起之後，所謂的正義和公平往往就無人知曉了。