朱由校的登基大典結束以後，皇帝與群臣商議的第一件國事是安排先皇的泰昌紀年。
先皇朱常洛改年號為泰昌，以明年為泰昌元年。可是他嗣服一月即死，距離泰昌元年開始的時間還有四個月。而朱由校即位時，又宣佈以明年為天啟元年。這樣一來就產生了父子二代的紀年互相打架的問題：
如果以明年為泰昌元年，則朱由校即位以後，將有一年又四個月的時間沒有紀年。
如果以明年為天啟元年，則朱常洛的紀年實際上已不復存在。
父傳子，子傳孫，此為萬世之經；帝統必不可缺遺，世系必不容紊亂，此為綱紀之大。為了使朱由校的嗣統具有連續性，維護明帝世系的完整性，必須刻不容緩地解決先皇的泰昌紀年問題。
在早朝上大臣的討論中，禮科左給事中李若珪提出了一個和稀泥的萬全之策。他建議把萬曆四十八年一分為二，以朱常洛登基之日為界始：八月初一以前稱為萬曆四十八年；八月初一至十二月底為泰昌元年。
李若珪的改元之議提出之後，有人立即表示反對。御史黃士彥說：
“若中歲改元，使人君不得畢其數，嗣君不得正其初，於義為不經。先帝即位一月，善政不勝書，未及改元，修史誰能隱之。臣子乃於後改之，是以過舉遺先帝耳。”
而御史左光斗，則不同意黃士彥的說法。他根據唐代“父子共有一年”的先例，上疏贊成李若珪的建議。說：
“今距登基只一日。若今日之議，萬曆自四十八年，泰昌系以元年。但史自八月一日前仍書萬曆，自八月一日後至十二月則書泰昌，並行不悖，古今通行。泰昌之於萬曆，猶天啟之於泰昌也。泰昌不忍其親則存之，天啟獨忍於其親則削之，是陷皇上於不孝也，既不忍於祖而於其父，猶之不孝也。忍於全泰昌之孝，而不思所以全皇上之孝，是議者之過也。”
朱由校最後拍板，採取了李若珪和左光斗的說法，繼統問題就明確了。他真正當上皇帝的第一個下午，就討論了這麼一件說大不大說小不小的國事。
到了晚上，朱由校轉移到養心殿西暖閣繼續辦公。
此時的西暖閣，早已被值事太監擦拭得窗明几淨，鑲嵌了幾十顆祖母綠的鎏金宣德爐裡，也燃起了特製的檀香，異香滿室，聞者精神一爽。而在小皇上的御座與李太後落座的繡椅之間，有一個小巧玲瓏的單盆花架，上面放了翠青六孔蓮瓣花插，那本是南宋龍泉窯的舊物。花插上了六枝猩紅欲滴的玫瑰，也分外奪人眼目。
司禮監秉筆太監王安帶著一堆奏章給皇帝批閱。朱由校瞄了瞄几案上早已放好的十幾份奏章，問道：
“王公公，奏章還未拆封？”
按規矩，所有呈給皇上的奏章，先都集中到通政司，再由該衙門轉呈大內。奏章寄呈時就已封套緘口，通政司收到後再加蓋火印關防。只有呈至御前，皇上下旨才能開拆，此前任何人不得與聞。
“沒有皇上的旨意，奴豈敢拆封？”
王安恭恭敬敬地站在几案前，朱由校見狀，叫一名小內侍給他搬了個凳子。
“王公公，坐下說話吧！”
“謝陛下！”王安剛坐定，皇上又問話了。
“朕剛開始處理國事，有些事還需要請教王公公你。”
“奴不敢當請教二字，皇上有何事垂詢，請明示。”
“通政司每日送來很多奏本要朕審閱，這些公文事體浩繁，形式各異，應該怎樣區別對待？”
聽到這問題，王安心裡很高興，他本來還有點擔心這位喜好玩樂而著稱的皇帝不理朝政。現在，天子有心處理政事，熟悉掌故了，這對國家來說實在是一件好事。王安應聲答道：
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“皇上所問之事，乃宮府間移文方式，奴曾在司禮監掌印太監陳矩手下做事，對這方面的處理是再也熟悉不過了。”
“朕提的問題，你快快回答。”
王安一直正襟危坐，此時“嗯”了一聲，略一思忖，答道：
“皇上在各類奏章上的批覆或者御製文章，雖總稱聖旨，但因體裁不同，大略可分十類：一曰詔、二曰誥、三曰制、四月敕、五曰冊文、六曰諭、七曰書、八曰符、九曰令、十曰檄……至於各衙門所上奏本，體制亦分十類：一曰題、二曰奏啟、三曰表箋、四曰講章、五曰書狀、六曰文冊、七曰揭帖、八曰會議、九曰露布、十曰譯……”
接下來，王安就自上而下以及自下而上傳遞的各十種文體作了詳細的介紹說明，每種文體的法式、物件及作用都引經據典由淺入深剖析明白，皇帝聽得很認真，沒有聽懂或心存疑惑之處便及時提問，這樣言來語往，不知不覺過去了大半個時辰。
皇帝站起身來，伸了個懶腰。
“萬歲爺，該歇會兒了。”王安提議。
“看茶。”朱由校吩咐道。
立刻就有兩個小內侍抬了兩桌茶點上來，主奴一人一桌。每張小桌上擺了三五種飲品和十幾種茶點。
休息之後，朱由校正式看邸報和奏章。
首先是一份邸報，內容是建奴攻克蒲河千戶所，大明官軍將士陣亡和失蹤者達七百與人。
蒲河是在瀋陽的東北方向的屏障城市，看來韃子的軍隊已經逼近瀋陽了。
還有一份邸報是關於台州士兵譁變。
浙江兵因為徵調頻繁，糧草供應不上，五年之間之中發生兩次譁變。這一次是因為水陸營的把總單道亨、哨官楊思勳等貪汙侵佔士兵軍餉，不滿的呼聲四起，備倭把總陳泰階聽信讒言，濫施刑罰，各營兵卒群噪而起，闖入陳泰階的官衙，毀掉公座，鬧了很久才散去。
“皇上，兵部關於此事上疏的題本是主張將這三人革職。”王安給皇帝講解兵部對於這件事的處理方案。
“王安，朕可否直接批覆呢？”
“陛下，這是您的權力。可是事關軍隊，總該跟大臣們商議一下。”
“朕決定直接將這三人處死，然後抄家。你可以擬聖旨了。”
“陛下——”
“怎麼，王公公不想做秉筆太監了嗎？”朱由校講完話，用銳利的眼神盯著王安。
“奴馬上擬旨！”王安此時知道了皇帝的性情，對於這樣一個不好伺候的主兒，他急忙收斂鋒芒、韜光晦跡。
“王安
，朕不是那麼難伺候的皇帝。”朱由校察覺到了王安的心理變化，“只是現在人心大壞，朕必須以整頓吏治為宗旨，清肅綱紀、嚴峻刑律。你過去一直幫著我父皇，現在你應該全心全意地幫著我。”
王安聽到此話，立刻跪在地上，叩頭說道：“奴王安一定為皇帝陛下勤勤懇懇做事。”
“好，朕要的就是你的才學和忠心。”
隨後，朱由校又看了其他的奏章瞭解國事，他對現在的形勢有了一個大概的瞭解，那就是財政接近崩潰。
萬曆初年，內閣首輔張居正有感於財政紊亂，收入日減，於是大規模整理財政，內容包括清丈田土，重整稅收，普遍實施一條鞭法。在張居正雷利風行下，國家財政的收入確實增加不少，府庫也充盈了許多。
但在張居正死後，疆場之變接連發生，耗去了大量的財富。萬曆三大徵是最明顯的例子。三大徵指的是寧夏的哱拜之亂，朝鮮的倭亂，以及播州楊應龍之亂。這三次戰役，在總計不到十年的時間，千里轉餉，共用去一千二百萬兩白銀。
到了萬曆末年，朝廷沒有銀子用來征討建奴。萬曆皇帝於是決定加派遼餉。萬曆四十六年田賦每畝加派三釐五毫，四十七年加派增加到每畝七毫，四十八年加派最終增加到每畝九毫。
現在靠著遼餉，大明全國每年增加賦稅五百二十萬兩白銀。
然而對於一個官僚嚴重腐敗的體系裡，在收稅時大部分錢糧進了中飽私囊的官吏口袋裡，百姓被剝削得赤貧。在把稅款投入軍餉時，又有大量的軍費被貪汙，軍戶們往往拿不到錢，不能養家餬口。
皇帝著急，老百姓著急，貪墨的官僚卻樂開了花。
吏部尚書周嘉謨上奏本，直白地講述大明官場的現狀，其內容是：
今天下民困極矣。始因礦稅之剝削，皮骨僅存。繼以徵派繁興，髓脂立竭。近來有司貪墨之吏亂立名目，任意科派，重扣輕出，表裡為奸，反覆滋擾，掠奪商賈，詐騙百姓，蠹治殃民。
看了一個半時辰的奏章，天色已晚，朱由校覺得看豎版的文字有點眼暈，他準備休息了。王安回到司禮監，皇帝則在西暖閣坐著閉目養神，腦海裡還在思索從哪方面著手整頓吏治。
魏進忠在旁伺候，他觀察到皇帝的眉頭緊鎖，料是有煩心事，他主動建議道：“萬歲爺，您原來有什麼不高興的時候，去乾清宮底下的老虎洞跟宮人們玩一次捉迷藏就舒心了。”
【什麼？乾清宮底下有個地洞？】
朱由校表面上不動聲色，他笑著讓魏進忠帶他去地洞看一眼，沒想到還真有。在乾清宮的西北角奉先殿附近有一個地下洞口，人可以直接走進去。這個洞穴叫老虎洞，洞中砌石成壁，洞的最裡邊在乾清宮下面，朱由校小時候經常來玩。
【萬曆皇帝心可是太大了啊！乾清宮底下這麼個大洞，睡在上面不跟兩腳踩空感覺一樣嗎！】
朱由校想到自己作為皇帝，可以說是身處於大明社會的金字塔頂端，底下是百姓，中間是層層官僚。現在中間的人拼命地挖牆腳，他目前其實也是雙腳踩空。想到這裡，他覺得太恐怖了，他跟魏進忠說道：
“魏進忠，明日你帶著人把這個地洞給我徹底填上。”