朱由校看完彈劾孫承宗的奏章以後，心中一團怒火在燃燒。內閣首輔在皇帝微服私訪期間做的這些事，都是在事先徵得朱由校同意的。有很多事情是朱由校交給樞輔的任務，比如說招募新兵，加強訓練，擴充軍備，嚴防國內奸商走私物資給後金。而今孫首輔的這些功勞卻變成了他謀反的罪狀。不過看到這些奏章，朱由校也確實覺得在明朝的政治體系下，內閣首輔抓軍權確實有些敏感，儘管是皇帝授權。
面對著這個尷尬的局面，朱由校先是安慰孫承宗：“先生，最近辛苦了。朕出巡山東這三個多月，你管理朝政管得很好，天下安穩，這是一份功勞。”
“回陛下，臣沒有功勞，臣只是謹遵聖喻而已。臣年老體弱，希望陛下能准許我辭官回鄉。”
“先生不要受那些卑鄙官僚的影響，不要輕易退縮。你明明知道，朕需要你的輔佐，朕怎麼可能讓你辭官呢。”
“臣面對他們的指責，百口難辯，何況臣只有一張嘴。”
皇帝翻看了幾份奏章，他發現有已知的東林黨人的姓名。朱由校覺察到這可能是黨爭的開始，東林黨內部有人想藉此升官發財，這個事情要好好調查，說不定能揪出一條大魚。為了慎重起見，他詢問孫承宗對此事的看法。
“先生，你希望朕如何處理這些惡意誹謗的朝臣？”
“回稟陛下，臣以為真的對他們進行嚴厲處置的話，會阻塞言路。如果陛下還想重用臣的話，聖上可以寫一道詔書說明臣在皇上外出之時執政沒有過錯，這樣臣就心滿意足了。”
“如此輕易地饒過這些偽君子，太委屈先生了？”
“陛下言重了，受不了委屈還當什麼內閣首輔。”
“行，目前就這樣辦吧，不過這些居心叵測的亂臣，朕是不會放過他們的。先叫司禮監的王安緊急發一道詔書，說朕巡遊完畢，現在已回到紫禁城。然後禮部尚書袁可立，你寫一份票擬說明孫承宗這幾個月的功績，在傍晚之前送到司禮監蓋章發出去。”
“是，陛下。微臣一定如實表彰樞輔的任勞任怨。”袁可立應聲答道。
“你們都退下去做事吧，朕旅途勞累，要休息一下。”
“是，陛下，臣告退。”二人應聲答道。
孫承宗和袁可立退下以後，皇上回到乾清宮休息。朱由校先是在宮人的伺候下，沐浴洗去一身的辛苦與疲憊。朱由校靠在澡桶的邊緣上，慢慢回憶起微服私訪時發現的問題。皇帝不是不知道做事，他是要做的事情太多，但又不可能一次性做完，朱由校準備分出個輕重緩急依次來做。
在皇上深思國事的時候，在皇帝返京的同一天，雄偉壯麗的北京城來了兩位官員，他們年齡不同，官職不同，但他們都是有
政治抱負的人物，他們都希望出人頭地，在官場上更上一層樓。
年紀較大的這位官員來自浙江烏程，他叫溫體仁，是萬曆二十六年的進士。溫體仁本來是南京的官員，他是詹事府少詹事，職責是掌南京翰林院事。但因為即位僅僅一年，皇帝就以貪汙罪名處死不少官員，京城出現了官員短缺一時供應不上，就從南京調官員來北京，溫體仁就是這其中的一員。
溫體仁今年已有四十八歲了，在南京的官僚裡頭，他以清廉和能幹而著稱，他從不收受賄賂，不管多麼複雜瑣細的檔案到他手裡頭都能快速解決。但是在處理朝廷公文方面，他是效率奇高的行家裡手，但是在具體的行政事務上，他沒有實際操作能力，畢竟他沒當過地方官僚，也不是在邊疆的戰火氛圍中長大，溫體仁只是一個精通文墨的老翰林而已。
老翰林對自己的官職並不滿意，他的理想在內閣。溫體仁的特殊心計能力似乎是與生俱來的，他無法用高深的概念、抽象的理論來解釋社會，但能憑直覺感受到人際關係的真諦，現實感要遠遠超過那些風雅的書生。溫體仁不願意跟士大夫們去煙花脂粉之地喝酒作詩，因此他在南京這些年遭到了同僚的冷落。他對人性之惡有著切膚之痛，以毒攻毒、以惡制惡成了他的人生信條。溫體仁現在最需要的是一個機會，一個得到皇帝信任的機會。
年紀較小的這位官員來自廣東東莞，他叫袁崇煥，是萬曆四十七年的進士。對於當了十三年舉人的袁崇煥來說，這是他人生的重大轉機。近三十年的苦讀與家庭供養，終於自平民而致仕宦。袁崇煥的第一個職務是福建邵武知縣，今年他來京城朝見皇上。他很幸運，袁崇煥得到了御史候洵的賞識與推薦。
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袁崇煥身材短小精悍，膚色較暗。作為一個三十七歲的下級官員，他自信、膽識過人，有時甚至顯得狂妄和目空一切，終生對於權力與榮譽的追求是個人的激情所致，這是袁崇煥固有的習慣。在講究班次、資歷的王朝政府中，屈在下層的官員能脫穎而出，在於捉住契機而敢於冒險。如今正是明朝的多事之秋，袁崇煥以熟讀兵法自傲，他和那些懦弱膽怯的文官很不一樣，他想在戰場上建功。
這兩位官員對未來有美好的憧憬，但目前來講，他們的事業還只是鏡中月水中花。皇帝從濟寧帶過來的閻應元已經住進了京軍營房，穿上了嶄新的盔甲，把堅固的護臂套在胳膊上面，戴上了六稜鐵頭盔。這是京營哨長的制式防護裝備，閻應元初來乍到就當上了哨長，大約管一百五十個步軍士卒。
閻應元在京營的大銅鏡面前照來照去，他看到自己威武挺拔的身影，很是高興。作為一個關係戶，哨長閻應元需要實實在在的戰力來讓底層的大兵服氣。來到京城的第一天，他顧不上休息，在京營接受體能上的測試。
測試的結果非常不錯，閻應元能把四百斤的石頭舉過頭頂，他射箭百
發百中，負重跑的速度在全軍中名列前茅。他唯一需要的是訓練騎術和練習火器的使用，以及熟悉軍營的規章制度。
皇帝並不是獨自回來的，他在泰山花了一千兩白銀為妙蘭、妙蕙兩位道姑贖身，並帶到了紫禁城，安置在后妃居住的啟祥宮居住。這兩位道姑和鐵冰之鐵媚父女倆是在濟寧，朱由校與河道總督左光斗對話時，才知道面前的這位貴人就是大明的真龍天子，這二位道姑自覺撞了大運。
朱由校回到乾清宮，他先是用午膳，然後就馬不停蹄地繼續辦公。皇上在這裡召見了司禮監秉筆太監劉若愚和錦衣衛指揮使駱思恭，他將彈劾孫承宗的奏章交給劉若愚，皇帝下令駱思恭協助劉若愚調查寫彈劾奏章的每一位官員，要調查清楚他們的籍貫、家庭背景和人際關係。調查完畢以後，儘快向皇帝彙報。兩人領命退下去調查。
天子依舊待在暖閣裡，他把微服私訪的心得整理在紙上。朱由校先把問題寫出來，然後再加以分類，比如說土地問題、吏治問題、海貿問題、私鹽問題等等。寫了整整一個下午，到了傍晚，禮部尚書袁可立把寫他的關於為內閣首輔辯解的奏章送給皇上稽核，主要內容就是論述了內閣首輔在得到聖上授權以後，對朝政的管理沒有絲毫的問題，論證了孫承宗謀反一事純粹是子虛烏有。朱由校看完以後蓋上他的大印，作為詔書釋出出去。
晚上，朱由校到坤寧宮和皇后張嫣一起用膳，為了慶祝巡遊歸來，特地準備了九道菜的大宴。皇帝當政以來，厲行節約，每頓飯只是四菜一湯，九道菜已經可以說是大宴了。九道菜擺在席上，異香馥郁，菜品新鮮。
小皇后張嫣今天上午就知道皇帝回宮了，這兩個多月懸著的心總算放下了，她真的害怕皇上一去不回。然而皇上一回來就忙著國事連後宮的門也沒邁進一步，張嫣到了晚膳才與朱由校見面。帝后二人對面而坐。張嫣鼓起勇氣把她的想法跟皇上講：
“皇上，您可否記得正德皇帝下江南的事？”
“正德皇帝下江南發生什麼事了？”
“下江南回來時，在淮安的清江浦，正德皇帝在運河西岸的積水池泛舟。正當興高采烈的時候，不料船翻了個底朝天，這位大明天子竟然落水，左右侍臣一齊爭搶入水救護，七手八腳好不容易把正德皇帝撈上岸。受到冷水的刺激和落水的驚嚇，正德皇帝就此染病，身體一蹶不振，直至病死。”
“皇后對朕有什麼看法，直說就好了，不必拐彎抹角的。”
“臣妾不敢，臣妾只是擔心皇上的安危，希望皇上以史為鑑保重好自己的身體。”
“朕知道微服私訪確實有些風險，但是這朕作為一位君王的決定，是為我大明江山的長治久安。皇后應該理解，而不是干預。”
“臣妾知錯了。”