天啟元年，十月初一。
現在剛剛任命的刑部侍郎溫體仁正在負責錦衣遇襲案，所有在仕途做官的桓臺新城王氏家族的人全部停職。僉都御史王象乾被勒令待在家中，不得擅自出行。
西南叛亂的速度和程度都超出了朱由校的想象。重慶府以及周邊大大小小的州縣被攻佔，前線的戰敗報告一封又一封地送入紫禁城。在沒有穿越者的世界線上，奢安之亂持續了十七年之久，極大地消耗明廷的財力，造成大量百姓的死傷，徹底動搖了明朝在西南的統治。
皇帝和內閣首輔來到城外的京營，向已經全副武裝即將出征的一萬大明將士訓話。朱由校已經下詔書任命在成都的官員朱燮元為四川巡撫，調派楊愈茂為四川總兵官，入川平叛。面對這樣緊急的軍情，朱由校準備委派孫傳庭領一萬京軍南下，帶著輕重火炮二百門，協助四川巡撫朱燮元徹底平定西南的叛亂。
天子派京軍南下，目的也是為了顯示中央的軍事實力，只要能夠平定奢崇明的叛亂，當叛亂者付出了生命的代價，那麼西南地區其他土司就不敢反叛朝廷。孫承宗提出要聯合當地的土司打仗，尤其是石砫宣慰使秦良玉。
秦良玉是一員巾幗不讓須眉的女將，她膽智過人，擅長騎射，又擅長作文章，是猛將亦是儒將。行軍治兵，號令嚴明，所領軍隊號稱“白桿兵”，遠近聞名。
這位名留青史的愛國女將，朱由校是欽佩不已的。但是對於聯合土司作戰的思路，皇帝卻有些質疑，他擔心其他的土司趁機做大，朱由校命令主要的戰役都由明軍來負責，依附朝廷的土司兵負責策應。天子特地囑咐孫傳庭要徹底擊潰奢崇明的叛軍，朱由校送孫將軍一句狠話：先降者可赦，後降者應殺。
身著龍袍的皇帝站在高臺上，俯視著臺下整齊排列的軍士，穿著剛從倉庫領來的頭盔鐵甲，一色全新鮮亮整齊。演武臺上和轅門兩邊，由錦衣衛的幾十名校尉守護，一個個手握繡春刀，目不斜視，精神抖擻地站立著。朱由校封閉廉泉閘，增強說話聲音的音量，用他最大最洪亮的聲音說道：
“強悍耐勞的京軍士卒們，智勇雙全的將軍總兵們，主管後勤的文官廉吏們，還有現在在西南叛軍手下任賊蹂1躪的百姓們，朕作為大明的皇帝向你們致敬。”天子的雄音環繞著校場，渾厚的聲音鑽入了每個在場文武將士的耳朵裡。
“吾皇萬歲萬歲萬萬歲。”一萬京軍士卒發出了發自肺腑、震撼人心的吼聲。
“在場的文武將吏，都是朕的大明赤子。奢酋本是我大明的屬夷，乘著多難之秋，反叛中原，西南的百姓正處於水深火熱之中。養兵所以衛民，兵不愛民，何樂有兵。凡有正氣者，未有不痛心切齒於賊寇。朕現在命令你們出征，入川平叛，還百姓一個太平天下。”
“願為陛下披堅執銳、掃清叛賊。”這一萬將士一齊跪在地上向皇帝承諾到。
“起來吧，士卒們。叛軍並不可怕，他們不過是一些土司的民兵罷了，他們沒有精良的火炮火槍，缺少足夠的兵員。雖然我們丟掉了一些城池，那只不過是他們趁我大明不備，突然襲擊才僥倖
獲勝的。今天朕命令你們要徹底的剿滅這些擾亂天下的賊寇，這是你們京軍完全可以做到的事。”將士們認真的聽皇上對於戰事的分析。
“戰爭的勝利是建立在軍紀嚴明上，朕現在重新說一遍軍令——違命不尊者斬！臨戰退縮者斬！救援不力者斬！殺戮良民者斬！奸宿民婦者斬！臨期不至者斬！搶掠民財者斬！好了，你們在沙場上建功立業名留青史的時候到了。出征吧，朕的大明將士們。”
“吾皇萬歲萬歲萬萬歲！”
呼喊完萬歲，一萬精銳將士在孫傳庭的帶領下浩浩蕩蕩地向四川進軍，朝廷購買了大量的馬騾為平叛軍運輸大炮火藥、供應糧草。被皇帝從民間啟用的少年英才閻應元就在這出征強軍中擔任前鋒。
奢崇明的叛亂正在進行，明軍和所屬土司已經開始反擊了。
名揚天下的女將秦良玉今年已經四十七歲了，帶兵來到了重慶府城周圍準備作戰。她雖是女子，但是身材高大、武藝高強，沙場搏殺遠超一般的將領。想當年萬曆三大徵的最後一場戰役，平定播州楊應龍叛亂中，秦良玉和她的丈夫石柱宣撫使馬千乘率領三千人，隨當時的四川總督李化龍前往征討，夫婦二人殺敵無數，為南川路戰功第一。
可惜萬曆四十一年時，秦良玉的丈夫馬千乘被太監邱乘雲誣告，病死於雲陽的監獄。馬千乘被害後，因其子馬祥麟年幼，秦良玉於是代領馬千乘的職位。邱乘雲是礦監，在去年天啟皇帝對礦監的清算運動中，被許顯純大刑拷掠，抄了他將近三十萬兩的白銀以後，在牢裡頭悲慘死去。遠在四川的秦良玉聽到這個訊息以後，大呼萬歲聖明，帶著兒子到丈夫墳前祭奠，痛哭一場呼喊大仇得報。
今年秦良玉的兩位兄長秦邦屏、秦邦翰在遼東瀋陽與後金軍野戰，不幸戰死。秦良玉久在沙場，早已有了心理準備，但兄弟的去世對她而言仍然是晴天霹靂一般。雖然朝廷的撫卹一點都沒有減少，但是皇帝卻以不聽軍令的名義不給予戰死的名譽。秦良玉對此事有些忿忿不平，但她仍然是忠於大明朝的好將軍，奢崇明叛亂，秦良玉是西南眾多土司中第一個帶兵反擊的人。
秦良玉先是派弟弟秦民屏、侄子秦翼明等將領率士卒四千人進駐南坪關，扼重慶叛軍歸路，又分兵守忠州，秦良玉和他的兒子馬翔麟自統精兵六千人沿江西上。秦良玉讓她的兒媳張鳳儀守在家中，她的兒子與年輕的妻子依依不捨的離別。
兒媳張鳳儀也是熟讀兵書史集，能文善武之人，她是張銓之女。張銓今年作為遼陽巡撫不聽軍令亂指揮，被皇帝流放到四川來，說是流放其實就是免官，張銓一直住在石砫土司府秦良玉家裡，受女兒女婿照料。天子知道此事，睜一隻眼閉一隻眼也就默許了。
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在秦良玉的軍中最精銳的是白桿兵，所謂“白桿兵”，就是以持白杆長矛為主的部隊，這種白杆長矛是秦良玉根據當地的地勢特點而創制的武器，它用結實的白木做成長杆，上配帶刃的鉤，下配堅硬的鐵環，作戰時，鉤可砍可拉，環則可作錘擊武器，必要時，數十杆長矛鉤環相接，便可作為越山攀牆的工具，懸崖峭壁瞬間可攀，非常適宜於山地作戰。
叛軍將領樊龍在遵義府城附近紮營休息。秦良玉帶著六千精兵趕到城下，秦將軍沒有攻城器械，就不敢擅自進攻城池。天色已近黃昏，秦良玉在高處遙望城中，燈火連天，刁斗聲不絕，巡哨的兵士往來如雲。
觀察了一會兒，秦良玉想好了對策，她派兒子馬翔麟前去罵陣誘敵出城作戰。叛賊樊龍是一個驕傲自大之人，受不了譏諷，開城門出來野戰。秦良玉命令白桿兵列陣迎敵，一排排的長槍刺穿了無數反賊的胸膛，樊龍見勢不好，親自帶兵斷後，讓士卒快快撤到城裡。
此時，從秦良玉軍中衝出來一個白袍小將，他帶著二百名騎兵衝入敵陣與樊龍廝殺，後面的步兵緊隨其後。這位小將軍就是秦良玉的親兒子馬翔麟，他是東漢伏波將軍馬援之後，勇力絕倫，英武瀟灑，能文善書，穿銀鎧，騎白馬，有單騎衝陣、取敵將首級之勇。
只見馬翔麟一馬當先，二百個騎兵跟隨，吶喊一聲，一齊衝入敵陣，逢賊便殺。馬翔麟一杆鐵槍，好似出海的蛟龍，向著人叢中攪去。但見賊陣中人人倒退，因在晚上，賊眾不知官兵多少，又是倉促迎敵，各人自相踐踏，死傷無數。叛賊將領樊龍畢竟老於軍旅，喝令軍士有序進城。樊龍揮舞著一柄鐵錘，也如流星趕月，殺傷了不少官兵。
馬翔麟見樊龍勇猛，就拍馬上前來與之激戰。打鬥數個回合，白袍小將用他的長槍刺穿了叛軍老將的喉嚨。馬翔麟用他的雁翎刀割下樊龍的腦袋，衝著敵軍大喊：“樊龍已死，速速投降者不殺。”
敵軍聽見喊話，看見主將的頭顱，士氣大減肝膽盡碎。秦良玉乘此時機帶領全軍殺入城中，殺賊兩千多人，俘虜的賊人也有兩千多。經此一戰，秦將軍收復了遵義城。
進入城中，秦良玉目睹了一座人間地獄，到處都是殘破的房屋、倒閉的屍體。那叛軍將領樊龍在遵義府衙門住宿享樂，在他的住所蓄養著幾十條金毛的大犬，犬身高三尺，遍體的毛和金絲一般，形貌十分兇惡，鳴吠時聲音很是響亮。
據當地倖存的老百姓所說，反賊攻入遵義城的時候，奢崇明隨後朝著成都進軍，樊龍留下守城。樊龍性格粗野，對那些反對他的明朝官吏極其殘暴。樊龍往往是一刀斫了反對者的首級，叱左右臠割成為片片，就在廳前烹煮了，把肉餵狗。
那犬吃過人肉，雙眼發赤，尖牙長出唇外三四寸，見了生人便怒眥齧齒，縱身搏噬。樊龍經常在酒醉的時候，往往將擒得的人，扔進犬舍，十幾條惡犬似虎吼般地奔將出來，向生人亂撲亂咬，不多一會兒，那人已被惡犬咬的體無完膚、血肉橫飛，樊龍看了撫掌大笑。
聽完這些惡行，秦良玉覺得心裡一陣噁心，她下令將這些吃人的惡犬亂箭射死。十幾條猙獰惡犬死得一頭也不剩。秦良玉隨後向士卒們嚴明軍紀，嚴禁騷擾百姓，嚴禁一切奸1淫擄掠的行為，違者斬。
然後秦良玉吩咐下去，遵義城四門緊閉，部署哨兵防守。秦良玉將那些城中的屍體收斂，給死難的官吏們準備棺材，草草地安葬靈柩。舉行完祭奠儀式，讓士卒在城內休息了兩天之久，養精蓄銳完畢，秦良玉帶著兒子繼續前行與叛軍交戰。