二月初三，朱慈烺首先對軍隊做出了重大調整。
衛所制被廢除，管理全國衛所的五軍都督府自然名存實亡，沒了作用。
朱慈烺將五軍都督職能重新分化，安排各地駐軍。
五軍都督府，建立於元朝至正年間，朱元璋最初設定統軍大元帥府，後來了改成了樞密院，最終又改為大都督府，節制中外諸軍事。
為了鞏固皇權，洪武十三年，明太祖朱元璋以“權不專於一司，事不留於壅蔽。”為由將大都督府一分為五，為前後左右中五府，自此之後成為定製，一直延續到現在。
起初五軍都督府很牛逼，掌天下兵馬大權，兵部只是虛有其名，甘願當小弟。
後來慢慢的，兵部和五軍都督府互相牽制，最後兵部完全凌駕於五軍都督府之上，成為國家軍事最高的管理結構。
這一變化過程，也是大明文武之間的博弈，因為五軍都督府的官員基本都是勳貴，而兵部是文官。
即便權力不如以往，但五軍都督府的指責基本沒變，主要負責掌管軍籍、管理地方衛所屯田，募兵、軍糧調運等事務。
大明兩京一十三省（現在十四省），共有府140個，州193個，縣1138個，軍事上由493個衛，259個所管轄，這就是衛所制。
五軍都督府管著各省的指揮使司，各省指揮使司管理若干個衛，衛下轄一定數量的千戶所和百戶所。
五軍都督府分為中軍都督府、左軍都督府、右軍都督府、前軍都督府、後軍都督府，劃片管轄地方衛所。
遇到戰事，五軍都督府得服從兵部安排，領軍作戰。
當然了，五軍都督府可以推選將領，武官的世襲考核及任官比試，由兵部、五府共同主持。
也就是說，五軍都督府的武將們，負責管理地方衛所軍隊，負責募兵、練兵、作戰。
而兵部的文官老爺們，負責調兵。
經過與軍機部幾個勳貴的商議，朱慈烺正式改左軍都督府、右軍都督府、前軍都督府、後軍都督府為東軍都督府，西軍都督府，南軍都督府，北軍都督府。
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加上不變的中軍都督府，五軍都督府重置，管轄的地方亦做出變動。
中軍都督府，領導指揮直隸、浙江、福建境內所有武裝力量，設都督府於直隸南京，由天武三軍戍衛直隸，。
東軍都督府，領導指揮湖廣、河南、江西境內所有武裝力量，設都督府於湖廣武昌，由安武軍駐紮。
南軍都督府，領導指揮廣東、廣西、雲南、貴州境內所有武裝力量，設都督府於雲南昆明，由靖武軍駐紮。
西軍都督府，領導指揮陝西、四川境內所有武裝力量，設都督府於陝西西安，由定西軍駐紮。
北軍都督府，領導指揮北直隸、山東、山西、大寧境內所有武裝力量，設都督府於北直隸北京，由天雄軍駐紮。
新的五軍都督府，既負責守土邊疆，又負責攻略四方，如同五大戰區.....
中軍都督府，攻略東番、南洋、清國、日本、澳洲，範圍是整個南海、東海、太平洋，往美洲發展。
南軍都督府，攻略東南亞諸國、印度等地。
北軍都督府，攻略漠北，配合徵北都護府和徵東都護府，攻略清國和西伯利亞，範圍到北冰洋。
西軍都督府，攻略漠西蒙古，準格爾汗國、葉爾羌汗國、和碩特汗國等，範圍到中亞。
東軍都督府，負責補位機動，哪方有戰事便出兵助攻。
為了調動將士開疆拓土的積極性，朱慈烺實行領地封邑制，只要軍功卓著，為大明開疆拓土者，皆可賞賜領土，給予土地使用權。
比如，周遇吉如果能打下漠西一個汗國，為大明開疆拓土百萬平方公裡，將會得到一縣之地的領地，擁有領地內所有土地使用權、經濟自主權、人事任免權。
在繳納賦稅和盡其他義務的條件下，周遇吉的子孫後代亦可世襲領地，但不能轉讓，直到爵位世襲完了為止，朝廷再收回土地使用權。
如果周遇吉子孫後代有人出息了，再次立功，朝廷優先給周家續上該領地的土地使用權。
為了防止封國的出現，朱慈烺定下規定，所封領地不得超過一縣之地，土地上限為五百萬畝地。
家族領地內的私兵不得超過一千，必須遵循《大明律》，受朝廷節制。
也就是說，在封地內，經濟上不管你怎麼折騰都行，政治上和軍事上，少折騰，老老實實享福，多培養子孫後代成才續杯。
自古以來，中國歷朝歷代對外擴張乏力，多以守成為主。
即便出現幾個喜歡擴張的朝代，也不懂轉化收益，盡是往裡賠錢，搞得所有人都不願去打仗擴張。
不像此時的西方，大航海後全世界到處跑，打仗搶地盤，搞殖民地，販賣人口，挖黃金發財。
一方得到好處，周圍個個跟風，積極的搞殖民，從方方面面影響後世幾十代人。
關於中小級別將士的封賞，都在各都督府轄下的各省執行，根據軍功大小賞賜田地和銀錢。
經過長年戰亂，大量土地荒蕪，現在朝廷可分配的土地資源太多了，尤其是北方。
南方除了直隸、浙江、湖廣等地，其餘地方也的地廣人稀，有著大量土地沒有利用到位。
對於一些退休的軍人，朱慈烺也對他們提供了就業機會，自主選擇，可以在本地當個里長、村長之類的基層幹部，或者進入軍工廠。
甚至可以進入皇家集團的武裝力量，成為遠洋貿易，殖民海外的僱傭兵。
為了增強五軍都督府下軍隊的戰鬥力，朱慈烺考慮再三，將練兵權和統兵權合二為一，朝廷只保留調兵權。
北伐的幾場大戰，雖然打的漂亮，但同樣暴露出明軍很多問題。
比如各部將領與士卒的磨合、火器搭配運送、後勤等方面，都需要再度加強。
一些部隊差點出現北宋時期“兵不識將，將不識兵”的局面，影響軍隊戰鬥力。
軍隊應該是一個高度集中統一的武裝集團，因為只有高度的集中統一才有較強的戰鬥力。
從這個角度來看，大明以前的五軍都督府，權力削弱，兵部權力的加強，這其實是一種進步，對增強軍隊戰鬥力有利，兵部由文官掌握，不會對皇權構成威脅。
可以說，明後期基本建立了既能增強軍隊戰鬥力，又不妨害中央集權的中央軍事領導體制。
然而這種領導體制並不完善，兵部文官們對前線指揮干預過多就是其中之一，外行人指揮內行人，盡他媽的添亂！
因此，接下來的大明朝廷格局，朱慈烺將會徹底的進行文武分治，政務與軍事分開。