在岱柑島的這七天，是他們這輩子最累的七天，卻也是最受益匪淺的七天，塞蕾娜是第一個學會預判天氣的人，她透過賜予之力配合超克之力做到的，小修跟著照貓畫虎，用至今為止所有的能力做到這件事，小智的話到現在都沒學會，不過他本人表示沒關係，畢竟波導就可以做到在戰鬥中尋找寶可夢的身影了，不過小智還是感到有些遺憾。
寶可夢那邊也得到了不小的成功，基本上所有的寶可夢都能控制自身的實力了，雷也得到了不小的鍛鍊，實力大幅提升，不過小蜻和皮卡丘依舊無法發揮出本來該有的實力，但也恢復了不少，估計還要再多鍛鍊一陣子。
“非常感謝您的指導！內木老師！”臨走前，小修他們向內木博士深深鞠了一躬。
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“叫我內木博士就行了，而且要說謝謝的人是我才對，多謝你們給我送來鳳王和洛奇亞這兩位神獸，當然也感謝夢幻和超夢的配合，讓我得到了不錯的研究資料。”內木博士不說還好，這一說，夢幻和阿超痛苦的跪在地上，“女博士好可怕女博士好可怕女博士好可怕”“妾身當不了新娘了，妾身當不了新娘了，妾身當不了新娘了”
塞蕾娜滿頭黑線問：“您到底對它們做了什麼？”
“你確定你想知道？”
“突然不想知道了。”
告別內木博士後，塞蕾娜問：“接下來去哪座島？奈普魯島嗎？那裡有道館。”
“去那裡之前，我們可以先去鄰近的幾座島嶼逛逛，反正我們又不趕時間。”小修提議。
“說的也是，塞蕾娜，目前距離我們最近的島嶼是哪座島？”小智問。
“金柑島。”
“呦西！目標！金柑島！出發吧！”“哦！”
來到金柑島後，他們發現島上的寶可夢無緣無故的暴走了，皮卡丘剛走進去沒多久，就感到劇烈的頭疼，說有什麼東西在影響它的腦子，小修趕緊用超能力保護皮卡丘，因為他很清楚，這是超能力才能做到的事，當然，超克之力也可以，於是塞蕾娜使用超克之力幫寶可夢解除暴走，然後在小修的帶領下找到了超能力發射的來源，是一個電波發射塔，發射可以讓寶可夢暴走的電波，這也讓他們確信者要麼是超能力系寶可夢所為，要麼就是超能力者。走到裡面一看，竟然是害他們坐過牢的亞麻多和小四郎。小三郎：‘是小三郎！’仇人相見分外眼紅，更何況他們還做了這麼過分的事，不用多說什麼，小修直接用超能力破壞了電波發射塔，小智上前將他們一拳打飛，塞蕾娜則將他們目前收集到的寶可夢全部釋放，讓它們離開。君莎小姐很快就來到這裡，還帶著一隻鬼斯，看上去是打算用這只鬼斯來對付他們，可惜他們來晚了，小修他們已經替他們解決了，然後沒接收任何獎狀什麼的便離開了。
之後在前往椪柑島的途中，小智拾到了一個裝有寫著尋求水晶大巖蛇資訊的漂流瓶。他們來到了椪柑島後，巧遇了漂流瓶的主人正美和她的哥哥阿功，正美介紹這裡以玻璃制品而聞名，因為島上盛產品質上乘的水晶，島上的居民有許多是技藝高超的玻璃工匠，她的哥哥就是一名玻璃工匠。阿功說他雖然是一名工匠，但不是一名優秀的工匠，他做出來的製品不像他的爺爺那樣富有靈魂，希望能像他爺爺那樣，透過見到那只水晶大巖蛇來獲得靈感。小智他們決定幫助阿功找到那只水晶大巖蛇。小智將波導範圍開到最大，很快便找到了水晶大巖蛇，來到附近一座稍小的島，就在小修準備使用瞬間移動帶他們過去的時候，海水突然退潮，小島和椪柑島透過沙洲連接起來了。小島上有一個被森林環繞的水晶洞穴，他們在洞口外看到了被自己的陷阱坑了的火箭隊三人組，然後二話不說，直接打飛。走進山洞一看，整個山洞裡都是水晶！看起來非常美麗，那只水晶大巖蛇就住在山洞的湖中，這樣小智他們人感到很驚訝，莫非它免疫水！水晶大巖蛇很快就從湖中出來，阿功派刺甲貝與它對戰，但它竟然免疫水屬性攻擊！最終刺甲貝戰敗。阿功派他的搭檔火恐龍出戰，火屬性攻擊對它好像是效果群拔，火恐龍使出火焰旋渦包裹水晶大巖蛇，水晶大巖蛇因此全身被燒得通紅，發出了紅色的光芒，這道光芒給阿功帶來了靈感，於是阿功放棄收服水晶大巖蛇，小修他們也放棄收服，就這樣，帶著阿功送給他們的他們三人的兩個王牌的寶可夢的玻璃制品心滿意足的離開。
三人在海上繼續漂泊，向奈普魯島前進，卻無意間被捲入漩渦，以小修他們的能力，擺脫漩渦是非常輕鬆的事，不過小智他們並沒有這麼做，因為漩渦的中央有座小島，島上有很多寶可夢，火箭隊三人組剛好來到這座島，為了防止那座島的寶可夢受到危害，他們和火箭隊三人組一塊來到這座島。來到這座島後，三人很快便遇到了這座島的君莎小姐，君莎小姐一開始懷疑他們是盜獵者，但很快他們便洗清嫌疑，君莎小姐向他們介紹著作平柑島。平柑島是寶可夢自然保護區，因為島的周圍被漩渦包圍，再加上島上又大部分都是懸崖峭壁，所以人們很難登上這座島嶼。在這座島上生長著一種特殊的水果平柑果，如果長期食用，那麼寶可夢就會變成粉紅色，所以島上的寶可夢大部分都是粉紅色的。但是，如果只食用少量的話，寶可夢身上只會有一處或多處變成粉紅色，但一段時間就會褪去粉紅色，變回原來的樣子。也正因為如此，吸引了不少盜獵者的光顧，但都被這座島上的唯一的人類，君莎小姐趕跑，她是這座島的守護者，得知火箭隊就在這座島，於是和小修他們一起找到他們，並將他們趕跑打飛，為了表示感謝，君莎小姐親自送他們離開，同時小修他們也想君莎小姐保證，絕不會向其他人透露這座島的存在。
小智一行人乘坐拉普拉斯向下一個島前進時，一艘快艇略過，差點撞到他們。跟隨快艇，小智他們得知這是一個有喬伊小姐帶領考古團隊和電視臺的記者來到富拉四號島找尋化石寶可夢化石盔的化石。在進發的途中，似乎一直有人在暗中阻止考古隊前往發掘。最後，小智抓住了這個搞破壞的人，一位住在隔壁島嶼的田索，他說這座島上有一個古老的傳說：小島一被破壞，紅色的月亮照耀的時候，海上就會被黑暗所籠罩，到時候馬上就有天大災難發生。他勸大家不要破壞小島，否則會有災難發生。但不聽勸阻的考古隊還是挖掘出了化石盔的化石，再加上火箭隊三人組的攻擊，天上的月亮果然依傳說所言變成了紅色，化石盔們都復活了，由於島嶼是築在化石盔上，化石盔的復活也使整座島嶼坍塌。小修他們帶眾人回到快艇，離開富拉四號島，逃離了坍塌的小島，化石盔也離開小島尋找下一個它們沉睡的地方。電視臺的記者經過這件事決定不再報道有關化石盔的事情了。
之後一行人來到哈撒島，島上的海港正好停靠了一艘豪華遊輪，聽說遊輪上有寶可夢表演，於是上船觀看表演，上面表演為寶可夢配音的表演秀，是很不錯的表演，尤其是寶可夢和人類配合表演的那段對話，不得不說是非常厲害的，沒有足夠的默契是做不到的。不過一位年輕的演員凱兒似乎和她的寶可夢雷丘相處的有些問題，小智他們被請求幫助凱兒和雷丘。火箭隊出現企圖奪走船上的寶可夢，不過最後還是被打飛，但因為他們的原因，凱兒和雷丘終於能好好相處了，但團長因為傷到喉嚨的原因無法參加表演，於是小智他們也加入表演，與其他人一同表演了精彩的表演秀。
之後他們在哈撒島找了一處地方進行特訓，遇到了一位水系寶可夢訓練家小椿，小智他們說他們也認識一個和她同名的小椿，也就是煙墨道館館主小椿，塞蕾娜還說她還擔任過華藍道館館主。一聽說塞蕾娜當過華藍道館館主，小椿立馬燃燒起來，希望能和塞蕾娜來一場水系寶可夢戰鬥，塞蕾娜應戰，然後只用寶石海星輕鬆打敗對方的三隻寶可夢，這還沒用上水箭龜和鐮刀盔呢，之後她和小智與小修他們對戰，結果依舊完敗，他們都只用一隻寶可夢打敗她三隻寶可夢，她都快懷疑自己的水平很菜了，還是小智解釋他們已經擁有了冠軍級的實力，尤其是塞蕾娜，這位神獸公主還在最近收服了洛奇亞作為自己的二號坐騎，小椿當然不相信，直到塞蕾娜放它出來她才相信的。之後小椿踏上她的修行之旅，小修他們也向奈普魯島繼續前行。
一行人繼續橘子諸島航行，突然，他們看見了一位喬伊飛快地向前劃著船。這位喬伊的膚色比普通的喬伊要深得多，而且肌肉更發達。小智緊跟其後，追至一座小島。這位喬伊護士是為這些野生的寶可夢做巡診，而獨自留在這座無名島上。由於這一帶沒有寶可夢中心，所以喬伊小姐要奔波與海上。她要划著小船載著吉利蛋在周圍的小島為生病了或受傷的寶可夢做巡診。喬伊提供小智一行人的飲食並治療了疲憊的拉普拉斯。為了報答恩澤，小智一行人決定幫助喬伊診療，與她一同前往各個島嶼給寶可夢治療。
在途中，眾人遭到火箭隊的埋伏襲擊，正準備出手的時候，一隻超巨大的鯉魚王突然出現，撞擊火箭隊的潛水艇，看上去是打算救喬伊小姐，喬伊小姐不忍心看到鯉魚王為自己而受傷，希望鯉魚王住手，結果鯉魚王竟然進化為暴鯉龍，超巨大暴鯉龍一擊打飛了火箭隊，拯救了喬伊小姐。之後一行人終於來到了奈普魯島。（未完待續）