因為被那個什麼雷納德攪局，滿充與杜鵑之間的勝負無法決定，不過小修決定再給他們上一個月的課，因為那家夥說要找他報仇，誰知道他要什麼時候過來，萬一他過來了，沒看到他，會不會一怒之下毀滅卡那茲市，所以他決定暫時停留在卡那茲市。
因為小修要逗留在卡那茲市好長一段時間，為此我們將鏡頭轉向在城都地區旅行的小智他們。
小修之前在卡那茲市上課的那五天，小智他們一路遇到了不少的人和事。先是與一個名叫奈奈的新人訓練家成為了朋友，之後再赫拉克羅斯之森收服了赫拉克羅斯，塞蕾娜在鹿角鎮收服了一隻驚角鹿；之後在旅行中小智收服了那只好勝的菊草葉，火箭隊的武藏則收服了她的好朋友幸福蛋，雖說是因為小智的原因導致他們的關係暴露的；來到桔梗市的時候，經過一所學校，幫助一個孩子開導心靈，並使他得到一隻喇叭芽，順便挑戰了桔梗道館，然後離開；塞蕾娜在旅行中幫忙照顧了一隻愛哭鬼瑪力露，她的波克基古還與一隻尾立成為了好朋友，之後來到噴火龍山谷，小智發現這裡的噴火龍都很厲害，於是把他的噴火龍留在這裡特訓。
他們繼續旅行，來到了陽光鎮，幫助前剎解決了她的向日花怪的心情問題；離開後來到了一個大草原，因為一隻走路草希望可以向那些毽子草一樣飛行，一直在努力學飛，但怎麼也學不會，不過後來那孩子找到了自己的意義，也就不再糾結了；之後他們在路上天蠍和天蠍人，差點沒犯尷尬症，不過確實是好人，而且最終他的女兒願意繼承他的名號，成為天蠍少女，當然這也是在塞蕾娜和小慧的忽悠下；之後他們遇到了一隻很有實力的巨鉗螳螂的偷襲，不過這種程度的偷襲根本上不了他們，反而是他們給了對方迎頭痛擊，順便教育了一個名叫新吾的小鬼；之後小智收服到了一隻很有潛力的火球鼠，塞蕾娜在檜皮鎮收服到了一隻榛果球。打敗了阿筆後，之後在前往滿金市的路上，小智收服了戴魯比閃光貓頭夜鷹，塞蕾娜收服了原本應該是小智收服的小鋸鱷。
有驚無險的穿過圈圈熊森林後，小智和塞蕾娜繼續旅行。
“啊好睏啊”塞蕾娜打哈欠說。
“確實啊，這些圈圈熊這麼緊追不捨，搞得我一晚上都不能好好睡呢。啊”小智也跟著打哈欠說。
“你只是沒睡好，我是根本沒睡，圈圈熊內心的聲音真的太雜吵了，我壓根睡不著”說著塞蕾娜都快倒下了。
“塞蕾娜！”小智趕緊扶住塞蕾娜，問：“要不我背你？”
塞蕾娜點頭，小智將塞蕾娜背起來繼續趕路。走著走著，塞蕾娜睡著了，小智也就放心了，這時遇到了一位女訓練家，女訓練家看到小智揹著塞蕾娜，走上前問：“這是你女朋友嗎？你對她很好呢。”
小智臉紅了，想解釋，但又不知該怎麼解釋。
“誒看來還是對很害羞的情侶呢？莫非是女追男？”
“那個那個那個”“好了好了，就不調侃你了，你是寶可夢訓練家吧，跟我來一場對戰吧。”
“好哇！”對戰是小智最喜歡的了，他從不拒絕任何人的對戰。
“嘻嘻，那就來吧，不過我介意你先放下她，不然不好指揮吧。”
“好吧。”小智將塞蕾娜輕輕地放在旁邊的草地上，拿下她的帽子，脫下上衣給她蓋上，然後再和這位女訓練家戰鬥。
“我是真新鎮的小智！”“小凌，請多指教。”
戰鬥沒過一會就結束了，小智整場都是用自己最近才收服的寶可夢，然後派甲賀忍蛙最後出戰，輕鬆打贏了小凌。
“啊啊你好強啊，跟你打完全沒有勝算。”小凌說。
“嘻嘻，那是自然，我可是要成為精靈掌門人！沒有這點實力怎麼行呢？”
“是嗎？那你加油哦。”
“哈啊”此時塞蕾娜也醒了過來，看到小智正在和一位陌生人聊得很開心，而且對方還是美女，有些小小的吃醋，不過看到小智把自己的上衣脫下來給她蓋上，很快就不吃醋了，走上前問：“小智，她是？”
“你醒了塞蕾娜，她是”“我叫小凌，請多指教。”小凌沒等小智介紹，自己上前和塞蕾娜握手介紹說。
“我是來自卡洛斯地區的塞蕾娜，請多指教。”
“卡洛斯地區？你來自那麼遠的地方的啊，對了，要不要一起吃點東西，我對自己的手藝還挺有自信的。”
“讓我也來吧，小智他的飯量可是很大的。”
“好哇。”
三人愉快的吃了頓美味的午餐，小凌說：“今天大家的寶可夢都很累了，我們去綠地鎮的寶可夢中心休息一下吧。”
“綠地鎮？”塞蕾娜拿起地圖觀看，找到了綠地鎮的介紹：“綠地鎮，又名‘綠色原野’，是個綠意盎然的地方，吹拂過那個地方的風，能安撫人類和寶可夢的心靈。在城都地區女生最想去的地方裡名列第一，在最適合情侶約會的地方裡也是排名前三”塞蕾娜看到後面還寫著這個內容，臉一下子紅了起來，小智一聽到“最適合情侶約會的地方”立馬臉紅起來，小凌看到他們二人這種反應，調侃說：“啊啦啊啦你們這對小情侶怎麼一聽到這個就臉紅了呢？莫非你們到現在都還沒過？”
二人的臉更紅了，還冒蒸汽了。
“不是吧！你們真的還沒啊！為什麼呢？”
他們沒有解釋，小凌也不再追問下去，說：“正好我也想去綠地鎮，一起去吧。”
二人點頭。
一路上，小智他們一直低著頭，一言不發，小凌以為是她剛才調侃太過了，使他們現在害羞到不敢抬頭，連忙道歉說：“抱歉抱歉，我剛才不是有意”
“好奇怪？”“誒！”小凌不理解塞蕾娜說的好奇怪的意思。
“我在前方聽到了一個人在哭。”“哭？我什麼也沒聽到啊？”小凌豎起耳朵仔細傾聽，但什麼也聽不到。
“不對，是心靈在哭，她很寂寞，很孤單，現在那股聲音越來越小了，就好像她給她的心靈設下了重重的屏障！照這樣下去！那個孩子將永遠都沉浸在她的世界裡！”
“前方有股巨大的波導，很奇怪？像是連在一起的鎖鏈？”小智說。
“就是那個！快去看看！”“你們等等我啊！”小凌雖然聽不懂怎麼回事，但她能聽得出前面發生了很不好的事，連忙跟上去看看。
越過一道山丘，眾人看到不是美麗的綠色草原鎮，而是冰冷的結晶城，水晶以肉眼可見的速度正在不斷地向外擴張，覆蓋，照這樣下去，這座城鎮將會被毀滅，連同周圍的城鎮也會遭到同樣的災難的！
“這到底是怎麼回事！”“這股奇怪的能量是怎麼回事！和賜予之力有點像！”“確實，但又完全不一樣！這裡到底發生了什麼！”
小智他們看到有很多人趕往寶可夢中心，看來是打算在那裡商討這裡所發生的一切。小智他們也前往寶可夢中心，看到了幾個熟悉的人。“老媽！大木博士！還有小建！你們怎麼都來了！”小建他們也是最近才認識的，第一次見面的時候是和大木博士通話的時候，他說自己來自橘子群島，因為久仰大木博士，於是來到他的研究所當助手，因為很多時候不是大木博士接電話，而是小建負責接聽，久而久之也就熟了。
“朋友的女兒出事了，我能不來嗎？而且那個孩子說起來還是你妹妹呢！”花子說。
“妹妹！小智你也有妹妹！是誰啊？”塞蕾娜驚訝地問。
“她叫小美，是秀力叔叔的女兒，我跟她第一次見面的時候，她才剛滿1歲，最後一次見面是6年前，後來就再也沒見到她了，你說的那個孤寂的聲音估計就是她了。”小智說。
“這樣啊。大木博士，你知道這裡到底發生了什麼嗎？”塞蕾娜問。
“目前尚不清楚，總之你們先去休息一下，等我們有結果了再說。”大木博士說。
“正好，我想和小智塞蕾娜好好聊聊，順便問問你們打算什麼時候結婚？”
小智和塞蕾娜一下子就臉紅了，“老媽（花子阿姨）”
四人找了張桌子坐了下來，花子跟塞蕾娜和小凌說：“秀力史諾頓年輕的時候來大木博士這邊學習過，當時的我和你爸爸幫他做過功課，後來他就來真新鎮玩過好幾次，6年前也來過，就是帶小美過來的時候。”
“可為什麼這張照片中沒有小智的父親呢？”小凌問。
“孩子他爸在小智還不到1歲的時候突然離開，說有很重要的事，到現在我都不知道那是什麼事，重要到他必須拋下我們母子，不過我相信他會回來的，而且小智也說過他會幫我狠狠的教訓他。”
“這樣啊”就在這時，除了小凌，其他人都感覺到有什麼東西在高速接近他們。
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“奇怪？有什麼奇怪的傢伙在接近我們，速度很快，和皮卡丘平時的速度沒差。”“不是真正的生命，我聽不到它內心的聲音。”
這是那個奇怪的傢伙也出現在他們的面前，竟然是炎帝！
“這是什麼寶可夢！”小凌說。
“是一隻披著炎帝外表的冒牌貨！”小智非常肯定地說。
“你來這裡做什麼！”塞蕾娜問。
炎帝無視其他人，看向花子說：“你是媽媽。”
“納尼？”4
“你是媽媽！”炎帝突然大喊，花子拍了下臉頰說：“如果我連這麼低劣的催眠術都能中招，那我早就被人控制不知多少回了。”
“怎麼會這樣！不管了！為了小美！我一定要帶你走！”炎帝看到催眠術無效，打算用強搶的方式把花子帶走。
“小美！好吧，我跟你走。”花子說。
“上來。”炎帝看到花子主動跟她走，示意讓花子坐在它背上，花子照做，小智擔心地問：“媽媽？你真的要跟它走？會不會太危險了？”
“別擔心，你忘了我是誰，我可是地王哦。”說完炎帝帶花子前往水晶塔了。
看到花子和炎帝走了，小凌問：“你不擔心你媽媽嗎？”
“與其說我擔心老媽會不會出事。”“我覺得我們應該先擔心的是花子阿姨會不會一怒之下一拳把這裡夷為平地。”
“納尼！”
“小智！這裡發生了什麼事！”大木博士他們聞聲趕來，問這裡發生的情況。
小凌將這裡發生的情況一五一十地說出來。
“納尼！小智！你犯了件大錯！”“怎麼了？”
“我們剛才分析的結果出來了！這些水晶是未知圖騰的傑作！”
“是的！那也是我們正在研究的專案！”秀力的助手約翰說：“未知圖騰擁有著到目前為止仍然無法解釋的神秘力量，博士和我希望能揭開未知圖騰神秘的面紗，結果秀力博士突然就消失了！我將從遺蹟中找到的東西帶回他的府邸，結果沒想到那些竟然是未知圖騰！這些未知圖騰可能是感覺到了小美孤寂的內心，於是將她內心的孤寂化作水晶具現化，就連那個炎帝也是如此！炎帝離開小美太遠的話，無法發揮出正常的能力，一旦它回到城堡，就算你母親在怎麼厲害！也一定會被控制的！”
“老媽”（未完待續）