這些天朱由檢做的第一件大事，就是調查到底是何方勢力的艦隊衝入長江，救走了朱由崧和白蓮教主等人，現在又身在何處。當然在明面上，周延儒及沿海各地官府都在調查，但這支艦隊並未在任何地方靠岸，自然一無所獲。
朱由檢則是在暗中調查，主要由錦衣衛完成。其實按照朱由檢的構想，錦衣衛的功能應該類似於前世的武警，是高於地方治安力量之上、負責國家內部安全保衛的武裝力量，職權都是在明面上的。至於情報收集、特勤行動、反間諜等涉密事務，則應由剛剛秘密成立的大明情報部負責。
但情報部剛剛成立，人手還很緊缺，而且現在把全部精力都投入到了絕密的“一號行動”上去了，朱由檢不想讓他們分心。所以調查任務就落到了錦衣衛指揮使嚴振綱的頭上。這項工作其實早就安排了下去，到朱由檢移駕暢春園的時候，調查也基本上水落石出了。為防洩密，嚴振綱深夜進入暢春園彙報，第二天深夜才悄然離開。
錦衣衛在各地都有分駐機構，但調查方式與地方官府完全不同。地方官府無非就是派衙役在沿海村鎮巡視一下，沒發現艦隊登陸，就上報了事。
錦衣衛則不然，他們派出了大量的便衣，在街頭巷尾打探各種小道消息，尤其是在浙江、福建、廣東、廣西四地廣撒人手。因為朱由檢和嚴振綱都知道，規模如此之大、武器如此先進的一支武裝艦隊，不可能是憑空冒出來的，也不可能是散兵遊勇、零星水匪。而在東亞地區擁有如此強悍實力的勢力，實在屈指可數。
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首先可以排除滿清。滿清八旗過去根本沒有水軍，孔有德、尚可喜、耿仲明等一干漢奸反出皮島投降滿清時，帶走了一部分原屬於明軍的戰艦，讓皇太極如獲至寶，就以這幾艘戰艦成立了“大清水師”。
但這個“水師”實在太過寒酸，最大的戰艦不過四百料，艦體破舊不堪，雖有幾門佛朗機炮，但彈藥少得可憐，只要在海上碰到皮島水師，肯定幾炮就全軍覆沒。因此這個“大清水師”自成立之日起，就一直甘當縮頭烏龜，停泊在遼河入海口內。而且冬季渤海處於封凍期，就算這幾艘破船想出也出不來。
同理，也不可能是朝鮮水師。朝鮮水師雖然戰艦比滿清多，但大多是二百料以下的小船，而且剛被北海艦隊和皮島水師痛揍了一頓，借他個膽子，也不敢來長江撒野。
至於倭寇，起初朱由檢是很疑心的。不同於前世，在這個時空裡，本已銷聲匿跡的倭寇捲土重來，而且比嘉靖時期更為兇殘，竟敢侵入渤海。他自己也親眼見識過倭寇，這些日本鬼子戰鬥力強悍，心狠手辣，若不是戚美鳳和李貞妍拼死相救，他早就命喪大海了。
不過認真分析了戚顯宗和王在晉等人送來的戰報後，朱由檢也很快排除了是倭寇的可能性。因為這支艦隊的船型以福船為主，配備橫帆，主要以火炮攻擊；而倭寇的船主要是千石船，只有一面大縱帆，武器也只有火繩槍和倭刀。而且據觀察，船上的水手似乎來自天南海北，既有倭人，也有西洋人，但看著像中國人的最多。
如此一來，目標範圍就縮小多了。西班牙、荷蘭等西方國家的戰艦，當然也有這個能力，但他們的戰艦外觀與福船區別很大，另外也不可能有中國人和日本人。那就只剩下一種可能：海盜！
而當前盤踞在東亞海洋上的海盜勢力，最大的無疑是鄭芝龍。鄭芝龍雖然在名義上接受了朝廷的招安，還官拜福州總兵官、水師都督，但從不在福建登岸，只是藉著這身官衣，更加明目張膽地進行走私貿易，碰到別的船隻就搶，儼然是海上的土皇帝。
既然大海是鄭芝龍的安身立命之所，他自然也對海戰非常重視。朱由檢在登州親眼見過鄭芝龍的旗艦“寶船”，竟然是八千料的龐然大物，就連西方國家的海軍亦不可望其項背。除旗艦外，大小戰艦亦多如牛毛，且均裝備了橫帆與火炮，在東亞海域算是非常先進了。因此別看鄭芝龍的老巢魍港在臺灣，而荷蘭與西班牙均侵入了臺灣，但他們也不敢與鄭芝龍輕啟戰端，三方在海上維持著脆弱的平衡。
至於其他海盜，能有這種戰艦規模的還有兩家：李旦、林鳳。李旦也是福建人，和鄭芝龍是同鄉，“出道”比鄭芝龍還早，據說鄭芝龍剛做海盜時，還認過李旦為乾爹。李旦與日本倭寇勾結頗深，據說與德川幕府還有千絲萬縷的聯絡。但鄭芝龍崛起後，李旦的勢力受到打壓，加上本人年紀也大了，不得不暫避鋒芒，主要在琉球一帶活動。
而林鳳則更為“傳奇”，據說竟是一名年輕女子。她“子承父業”，接手了父親的海盜勢力以後，主要在呂宋島附近活動，而且與西班牙人和鄭芝龍都發生過衝突。
朱由檢最懷疑的當然是鄭芝龍。其他海盜，一是離長江口太遠，二是沒有動機。而鄭芝龍對朝廷一直陽奉陰違，朱由檢早就懷疑他有異心。
再說當年朱由檢以秦王的身份迎娶戚美鳳，天下轟動，鄭芝龍自然也不可能不知道。他弟弟鄭芝豹與戚美鳳的婚事被“戚儉”攪黃了，鄭芝龍就是再笨，現在也應該猜到“戚儉”就是當今天子朱由檢了，豈能不驚懼？以此推斷，鄭芝龍很有可能會與白蓮教勾結，救出朱由崧等人，徹底與朝廷決裂。
但畢竟鄭芝龍現在還沒有公開叛亂，朱由檢就算懷疑他，也需要有充足的證據。明著調查肯定不行，那樣即使鄭芝龍沒反也得被迫反了。所以他才要錦衣衛暗中調查，查實以後，再決定如何應對。
當一口氣看完嚴振綱送來的密奏後，朱由檢拍了拍滾燙的額頭，苦笑著道：“怕什麼來什麼，鄭芝龍這個王八蛋還真反了…”