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既然是正式形成建制，秦兵第一團的編制，朱由檢儘量按照現代軍隊最正規的路子來。首先設團部，團長為解勝，副團長為陳五娃。因為嫌陳五娃這個名字太土，朱由檢給他改名“陳武”，與三國時期吳國的一員大將同名。陳武當然感激不盡，也發誓要全力配合解勝，將第一團儘快帶出個樣來。
團部中下設參謀處、政治處、裝備處和後勤處。參謀處負責在作戰時輔助軍事長官制定和執行作戰計劃；政治處負責士兵的教育、宣傳以及人事獎懲工作；裝備處負責武器彈藥的分發和維護；後勤處負責全團的糧餉和醫療。另外，團部還直屬一個警衛連，負責團機關的保衛工作，可以說是麻雀雖小，五臟俱全。
團以下設八個營。一營、二營為步兵營；三營、四營為騎兵營；五營為炮兵營；六營為工兵營；七營為偵察營；八營為車兵營。
這其中，兩個步兵營的兵力最多，分別各有六百人。軍事長官為營長，下設三個作戰連，一個通訊排，一個警衛排，一個炮兵排，一個狙擊班。普通單兵的裝備包括鳥銃、長矛和盾牌。
當然，儘管兵工廠對於鳥銃的生產已經很嫻熟，但畢竟產量有限，之前生產的鳥銃又大多數交付給了有作戰任務的李定國、李來亨、解勇、郝永忠等部，分給解勝的只有不到三百支。這樣平均到一個營，才有一百多支鳥銃，只能等待兵工廠產能增加以後慢慢補充。至於長矛和盾牌，可以直接採購，數量倒是很充足。
步兵營的作戰方式是以鳥銃為主，長槍和盾牌為輔，形成多列輪換射擊的陣地戰。在之前的戰鬥中，這種戰鬥模式已經得到了充分驗證，不僅對敵軍步兵和弓箭手有極大的殺傷力，就是對付騎兵也有一定效果。這樣的兩個營部署在戰場正面，朱由檢有信心對付數千敵軍的衝擊。
而營部直屬的那幾個排和班，則各有各的功能。通訊排負責和上級及平級的聯絡；警衛排負責營部的保衛；炮兵排在營長的直接指揮下，輔助作戰連正面作戰；狙擊班則配備新研製出來的燧發魯密銃，對敵軍重要目標進行遠距離狙殺。
兩個騎兵營的兵力要少一些，分別各有三百人。他們的裝備中沒有鳥銃，因為在馬上作戰的特點，決定了根本沒有填裝彈藥和瞄準的時間。相應地，他們的裝備都符合騎兵作戰的特點。營長以下，設兩個輕騎兵連，一個重騎兵連。輕騎兵的標準裝備是單手馬刀、短弓和皮甲，適應長途奔襲作戰；而重騎兵的裝備則是雙手長刀、長槍和重鎧，只為短距離衝鋒所設。
當然，解勝麾下的戰馬現在只有一百匹，這兩個營還只能說初具雛形，離形成戰鬥力還早，現階段還是以訓練為主。不過比起騎兵營來，炮兵營就更慘了。雖然人數同樣是三百人，但是一門能用的炮都沒有！
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可時間不等人，朱由檢要做的是先把部隊的架子搭起來，儘快展開訓練。至於裝備，只有慢慢添置。炮兵營下設兩個輕炮兵連和一個重炮兵連，輕炮兵連以速射炮、開花炮和小型佛朗機炮為主，是野戰的主力；重炮兵連的裝備則是大型佛朗機炮和紅夷大炮，是攻堅戰和守城戰的重要部隊。但秦王莊兵工廠現在還沒有生產大型炮的能力，這個連只能暫時也配備速射炮，待以後生產出來或繳獲到了再逐步換裝。
工兵營的兵力也很多，達到四百人。他們不直接擔負作戰任務，而是進行輔助性的工作，如挖戰壕、架橋、給主力部隊運送彈藥等等。雖然是輔助，卻是不可或缺的，而且真正打仗的時候，最苦最累的就是他們，所以要挑選那些最吃苦耐勞的士兵。
偵察營的設定有點奢侈，因為在現代軍隊中，一般師以上的建制才會有直屬的偵察營。但朱由檢現在是著眼未來，因為今後軍隊的規模肯定要擴大，現在的新兵會變成老兵，以後分散到其他部隊中都是骨幹，可以直接做軍官，因此偵察營這二百人頗有些培養人才的意味。他們在戰鬥中是一支奇兵，主要負責偵察、穿插敵後和執行特殊作戰任務，單兵素質也是所有各營中最高的。
最後是車兵營，兵力二百餘人。這是一支作戰與輔助並重的部隊，也是朱由檢受到戚家軍車陣的啟發而設定的。在沒有戰鬥的時候，車兵負責運輸輜重；一旦發生戰鬥，則可組成車陣，對付騎兵的衝擊有奇效。
在朱由檢的構想中，以後車兵還要發展成類似前世坦克部隊那樣的重裝甲部隊，可以直接衝鋒陷陣，根本不懼普通步兵和騎兵的威脅。當然現在科技還沒到那個水平，如果真有了那樣的部隊，秦兵簡直可以橫行歐亞大陸了。
在完成建制的設定後，就是任命各級軍官了。這可是件麻煩事，因為解勝手下可用的頭目並不多，今天來參加會議的只有二十多人，最多只能任命到連一級。至於下面的排長、班長，朱由檢就放手讓解勝等軍官自己去任命了。
雖然是職位多而頭目少，這些職位可是有級別高低的，眾人頓時為了爭當營長而吵鬧起來，誰都覺得自己不含糊，除了團長解勝和副團長陳武，不應該再受別人指揮。
對於這種情況，朱由檢倒是很滿意，因為他覺得軍人就是要有一種當仁不讓、捨我其誰的氣質。不是有那麼句話麼，不想當將軍的士兵不是好士兵。如果連職位都不敢爭，那面對兇殘的敵人時，還不全得嚇得麻了爪？
當然，職位的競爭還是要有一個公開公平的選拔制度，否則難以服眾。朱由檢當即笑道：“各位不要著急，如果是在戰時，咱們可以憑藉戰功來晉升職位。現在第一團還沒有什麼戰事，那就公開競聘，來個綜合素質大比武。不光是你們，全團將士有一個算一個，誰有能耐誰就當營長！”
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