皇帝時隔將近一月之後第一次上朝，大臣們自是來得極多，幾乎將乾清宮外的廣場擠滿了。而且相當多的人都面色不善，一看就是憋著極大的怨氣。
果然，朱由檢升座之後，吏部左侍郎成基命率先發難。此人是天氣年間的首輔、東林黨魁首葉向高的得意弟子，葉向高被迫辭官後已經身染重病無法復出，因此成基命就成為了東林黨新一代領袖人物之一。朱由檢剷除閹黨後，當年被魏忠賢排擠的東林黨人紛紛復職，成基命做為吏部的實權人物，起到了很大的作用。
“陛下將近一月不上朝，臣等初時還以為龍體偶有微恙。”成基命面色凝重地道，“後來建虜大舉入寇，在群臣一再追問下，宮中才據實以告，說陛下自率三千輕騎去遼東了，還有吏部尚書孫承宗相陪。陛下，還有孫大人，能否向臣等解釋一下，御駕親征如此大事，為什麼要瞞著群臣，為什麼？！”
見自己的下屬向自己猛烈開火，孫承宗是滿臉尷尬，有苦難言。其實他本來是去阻止朱由檢的，沒想到皇帝居然把他“劫持”了。欲要說出實情，又覺得更損皇帝尊嚴，只得垂頭喪氣地不發一語。
朱由檢倒沒讓孫承宗背黑鍋，微微一笑道：“各位不要責怪尚書大人，他原不知情。朕本來也沒想御駕親征，原薊遼總督閻鳴泰討要糧餉，朕想給他來個突然襲擊，親自檢查軍中吃空餉的情況。只是後來陰差陽錯，又不得不去了皮島和大凌河。現在朕已經平安回來了，各位也就不必責備尚書大人了吧。”
“陛下此言，臣實難苟同！”禮部右侍郎李標立即抗聲奏道，“陛下貴為天子，九五之尊，身系社稷安危，只宜居中排程全國，諸事皆交臣等督辦。臣等若督辦不力，陛下罪之則可，豈能擅離京師，尤其還是以身犯險，竟至被建虜包圍？若非祖宗庇佑，又一個土木堡之變已經釀成！孫承宗身在帝側而不能止，罪莫大焉！臣請陛下降旨，罷去孫承宗官職，交刑部議罪！”
這位李標也是東林黨人，性情耿直，向來敢於直言進諫，在朝中頗有名望。此時拿皇帝與被俘的明英宗相比，實在是很不恭敬。
朱由檢瞭解李標的為人，倒沒因此而生氣。但他怎麼也沒想到，李標居然要以此事來罷孫承宗的官，實在有些小題大做，便微笑著搖頭道：“李大人似乎言重了。朕至大凌河是去解邊軍之圍的，雖然過程驚險了些，也折損了不少人馬，畢竟把邊軍的主力救出來了。而且從頭至尾，都是朕獨斷而行，不幹尚書大人的事，罷官之議不允。”
話音剛落，剛剛升任為詹事府少詹事的黃道周出班厲聲奏道：“陛下難道還以為這是小事麼？遼東一役喪師辱國，棄地千里，誠我朝前所未有之大敗！朝廷在遼東經營數年，耗費糧餉無算，好不容易才構築成關寧錦防線，如今一旦棄之，豈不令天下震動？不惟孫承宗有罪，陛下亦難辭其咎！臣萬死，恭請陛下降詔罪己，並將孫承宗罷職，袁崇煥、祖大壽等邊將更應明正典刑，以謝天下！”
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黃道周此言一出，滿朝立刻大譁。袁可立是黃道周的座師，雖然對朱由檢擅自出京也很不滿，可他也不知道黃道周居然敢請皇帝下罪己詔，氣得立時大聲指責自己這位性格火爆的學生。
黃道周卻是寸步不讓，連老師的面子也不給，師徒二人就在朝堂之上唇槍舌劍起來。而除了施鳳來等幾位閣臣樂得看熱鬧以外，其餘大多數官員竟是站在黃道周一邊。
朱由檢倏然警覺，心想無論是成基命、李標還是黃道周，可都是東林黨人。這些大臣群情激奮，一方面確實是因為丟了錦州、寧遠，感到無法接受；而另一方面，也未必沒有借此事與皇帝爭權，排斥異己，造成東林黨一黨獨大的意味在裡面。
而朱由檢也有難言的苦衷，因為寧遠和錦州他是本來就要放棄的，但他知道以這些大臣的死腦筋，是絕對不會同意的，所以他才有偷偷離京之舉。既然他不能說破這一層，那麼遼東之役就無論如何是個大敗，群臣要追究責任，似乎也不為過。
但要朱由檢下詔罪己，還要治孫承宗等人的罪，這可是朱由檢絕對不能答應的。如果這次低頭讓步，那以後再想出京，就會遭到更大的阻力，皇帝的權威也會受到空前挑戰。
因此朱由檢只得耐著性子向群臣解釋：此次遼東之役，並非將士不用命，亦非指揮有誤，實是後金軍力過於強大所致。如今邊軍已經退守山海關，可說是退無可退，只應激勵士氣。與其追究責任，倒不如知恥而後勇，把山海關守好。
見皇帝不欲治任何人的罪，顯然不願意承認失敗，一部分大臣知趣地閉住了嘴巴。但以黃道周為首的數十名官員，大多數是言官，仍然不肯罷休，一定要朱由檢下詔罪己。
尤其是黃道周，更是臉紅脖子粗地道：“不惟遼東失利，陛下自登基以來，施政多有乖謬之處，於祖制大有更張。像廢除內監、改立七處、任用女官、飛鴿傳信等等，無不離經叛道，實非社稷之幸。如今既有遼東之敗，又有各地災報頻傳，難道不是天象示警，要陛下檢討自己的過失麼？”
朱由檢見和這些人怎麼說也說不通，不由得勃然大怒。他冷冷地盯著黃道周一眼道：“照你這麼說，各地發生的災難，也全都是因為朕而造成的？”
“正是！”黃道周毫不畏懼地道，“皇帝為天子，受命於天而治九州。若皇帝順天而行，則風調雨順，天下大治；倘若逆天而行，輕則天象示警，重則社稷傾頹…”
“住口！”朱由檢瞋目大怒道，“黃道周殿上惡言謗君，本應從重議處；念在他是一介書生，不懂邊事，從輕發落，立即革職為民！”
這一句恰似捅了馬蜂窩！黃道周可不是一個人在戰鬥，立即有數十名官員出班，異口同聲地說黃道周直諫無罪，奏請皇帝收回成命。否則，他們情願與黃道周一齊罷官！
朱由檢氣極反笑，良久才緊咬牙關道：“你們這是要挾朕麼？你們以為朝廷離了你們就不成了麼？告訴你們，地球離了誰都轉！既然你們要與黃道周為伍，朕成全你們，全部罷官！”
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