李定國和李來亨向來雷厲風行，下午即返回駐地選拔將士，連夜準備出征事宜。朱由檢的聖旨也於晚間傳到，將二人均升為正二品副總兵，李定國掛“定南將軍”軍銜，李來亨掛“平南將軍”軍銜。
其實按照朱由檢原來的構想，是一定要對明軍進行徹底改革，廢除不合時宜、戰鬥力低下的軍戶和衛所制度，和秦兵一樣改為現代編制。但這可不是一蹴而就的事，現在自己剛剛登基，又經歷了遼東之敗，還沒有建立足夠的權威。若貿然強推改革，不但效果不佳，搞不好還會引發激烈的反彈。
所以朱由檢還是按照明代的武將官職晉升二將。而掛了“將軍”銜，就可以節制當地衛所官軍配合行動。至於具體指揮和作戰，則仍是按照現代建制來。為了速戰速決，這次出動的全是騎兵營，而且完全棄用了火器。
第二天不到四更，二將就拔營起寨，趕赴第一站武昌了，三大營的指揮交由解勝和郝永忠負責。等群臣在早朝上得到這個訊息，大隊人馬早走得遠了。這就叫“生米煮成熟飯”，誰再反對也沒有用了。
但還是有相當多的大臣並不甘心，尤其是東林黨人。昨天一下被罷官數十人，更讓他們認為皇帝不遵祖制、剛愎自用，視國事如同兒戲。現在皇帝不與群臣議定，自行派軍平叛，又是引發一片譁然。
這次又是成基命帶頭質問道：“陛下，依祖制，武將領軍出征，必得文官出任監軍，以文制武。如今二將就這麼走了，陛下讓誰監軍？”
“哦…這確是朕的不是，怎麼把祖制給忘了！”朱由檢做出一副恍然大悟的表情道。
成基命頓覺一陣得意，心想別看皇帝昨天極其強硬，可能只是有些愛面子，說到底他還是顧忌祖制以及文官們的議論的。
可是還沒得意完，就聽朱由檢道：“解鈴還需系鈴人，既然成大人提出監軍之事，那就由您來做這個監軍吧！不過二將已經出發，為了把這個軍監好，成大人也請趕緊上路吧！”
這下成基命弄巧成拙，欲要推辭，又顯得自己貪生怕死，只得硬著頭皮領旨。下朝以後他連家也沒回，直接打馬出城追趕李定國和李來亨去了。
朱由檢也不禁為自己這個“神來之筆”而感到得意，因為此舉可謂是一舉數得。首先，自己在表面上接受了大臣們的建議，可以讓大臣們對自己的不滿情緒稍稍得到平復。沒辦法，朱由檢就是再鐵腕，也不可能一下子把所有大臣全罷免了吧，那可就真沒人幹活了。所以對這幫又臭又硬的大臣們，朱由檢還得哄著點！
第二，成基命這個監軍其實只是掛了個名，自己馬上就可以用飛鴿傳書通知李定國和李來亨，要他們全速開赴前線，不必理會什麼“監軍”。他們不用公然違抗命令，只需讓成基命摸不著他們就行了。到時候只推說不知道有這麼回事，看他怎麼監！
第三，成基命可不是一般人，而是東林黨的領袖人物之一。眼下廷推在即，成基命自然也是熱門人選。如果讓這樣的人物進入內閣，天天質疑自己的決策，那還不得麻煩死。因此朱由檢正好藉著這個由頭，把他打發出京去，他自然也就沒法當閣臣了。
安排完西南平叛的事，朱由檢又連下兩旨，要皮島副總兵黃龍和自己的岳父老泰山、登萊都指揮使戚顯宗立即集結水師，出海搜尋後金水師的蹤跡，發現之後予以殲滅。
對於朱由檢的這個決定，大多數官員也並不贊成。一派認為來自海上的騷擾並非大患，與其大動干戈在海上搜尋敵人，還不如讓皮島駐軍上岸攻擊建虜的後方，戚家軍也應調至山海關。
而另一派則恰恰相反，把後金水師想象得無比可怕，認為應該調福建的鄭芝龍來助陣。
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朱由檢對這兩種意見都置之不理。因為他很清楚，後金水師其實就是孔有德、尚可喜、耿仲明他們幾個，也沒有造船的能力，只要讓明軍逮著，必能一舉消滅，所以根本沒必要調鄭芝龍。再者說，鄭芝龍也未必奉詔，更何況他本身就是個大海匪。請神容易送神難，現在遼東方面已經夠亂了，朱由檢可不想鄭芝龍再來攪局。
另一方面，皮島和登萊水師，是朱由檢未來打造海軍的基礎，他可捨不得讓這支力量現在去和後金硬拼。現在他們只要能保護好向山海關運送糧食的航線就可以了，如果能順便抵禦倭寇的不時襲擾，就算超額完成任務了。
不過調鄭芝龍這個建議，也給朱由檢提了個醒，他驀然想起，也許還有一支力量可以為己所用，那就是葡萄牙人！
早在陝西之時，他就與葡萄牙公爵若昂秘密達成協議，並且還派遣鄭森等人赴澳門建立船廠、加入葡萄牙海軍，暗中學習葡萄牙人的造船和航海技術。現在時間已經過去了將近半年，也不知道鄭森他們在那邊進展怎樣了。如今自己已經是皇帝，也不用再藏著掖著了，和葡萄牙的合作完全可以公開化。
於是朱由檢立即給仍在西安的湯若望、馬爾蒂尼飛鴿傳書，讓他們馬上聯絡澳門的葡萄牙人，看看能否派出一部分艦隊北上。另外，他也希望和若昂以兩國元首的身份，正式簽訂合作條約，在軍事、經濟等各個方面全面展開合作。並建議葡萄牙在京師建立使館，雙方互派使節，建立像前世那樣的外交關係。
對於洪承疇的奏章，朱由檢倒也沒敢置之不理，咬著牙從內帑銀中撥出五萬兩，送往襄陽軍中。他壓根就沒指望洪承疇能剿滅流賊，這五萬兩銀子只為能安其心。說得難聽一點，只要洪承疇不造反，朱由檢已經燒高香了。
經過一天的忙碌，後金、海上、流賊、土司四大軍事威脅，朱由檢已經對後三個做出了相應部署，就剩下後金了。對於這個最為兇殘的敵人，朱由檢把他留給自己！