對三大營軍田的改革，是從處理“軍中官田”入手的。
在軍戶制剛開始實行的時候，三大營的軍田還基本上算是平均分配的。可是二百多年下來，隨著土地的不斷兼併和軍戶的不斷流失，已經出現了幾十萬畝軍中的“官田”。名義上，這些田地不屬於任何一個軍戶，而是歸朝廷所有；可實際上，誰是監軍太監，“官田”收成就歸誰支配。京師地區雖然並非傳統產糧區，但幾十萬畝地，每年至少也能收幾萬石糧食，折銀就是十幾萬兩。
過去不管是王朝奉還是其他監軍太監，這筆鉅額收入向來都是中飽私囊，從來都沒分給過三大營官軍一個銅板。現在王朝奉做為逆案欽犯已經伏法，太監制度也不復存在，這幾十萬畝“官田”頓時“無主”。
除“官田”之外，還有一些黨附魏忠賢的高級將領被籍沒所有家產。他們都是世襲武將，一二百年積累下來，每人都坐擁幾萬畝良田，與“官田”合計，竟達八十多萬畝，幾乎佔到了京營軍田的一半。
按照戶部的意思，這些田產應該正式收歸朝廷所有，然後朝廷再賣給百姓，照常繳納田賦。朱由檢卻拒絕了這一建議，因為他很清楚，普通老百姓不賣地就不錯了，哪有閒錢買地？如果真這麼幹，這些土地只能賣給大地主。而這些人有的是辦法少交或不交田賦，因此土地越集中，國家能收上來的田賦就越少。在對田賦制度進行徹底改革之前，朱由檢是絕不會主動加劇土地集中的。
所以，他就以“京營軍田不宜裁減，恐軍心動搖”等冠冕堂皇的理由，把這八十萬畝地仍留在軍中，並依其用途劃分為三種。
第一種是“安置田”，即所有併入三大營的秦兵，每人賜田一畝。這一措施可謂極大地鼓舞了原秦兵的士氣，因為在理論上有了土地，他們就可以把家安在京師，就可以把家眷從陝西接到京師來住。京師的地理位置當然比陝西要優越得多，誰不想有個“北京戶口”？秦兵為國家浴血奮戰，如今得到皇帝這樣一份優厚的“大禮”，自是感覺汗水和鮮血沒有白流，對皇帝和國家更為忠誠。
第二種是“軍功田”。從改編之後開始，不論是過去的秦兵，還是經過比武大會篩選而留下來的官軍，只要在訓練和戰鬥中表現卓異，立下軍功，便有資格獲得田產獎勵。三等功獎勵三分，二等功獎勵一畝，一等功獎勵五畝，特殊功勳從優敘議。
這一招又極大地調動了全體官軍的積極性。其實過去立下軍功也有賞賜，不過都是現銀，沒幾天就吃酒耍錢揮霍光了。現在賞賜田產，這可是能祖輩相傳的，也更受到官軍歡迎。自從公佈這條規定後，三大營上上下下無不洋溢著一種期待打仗、渴望立功的情緒，一些原本害怕嚴格訓練的官軍，精神風貌也煥然一新。
第三種還是“官田”，在八十萬畝土地中仍佔大頭。這部分田產不屬於任何軍戶，說白了就是由朱由檢直接調配。
過去“官田”都是監軍太監強迫官軍為他耕種的，現在朱由檢又照搬在秦王莊時的成功經驗，出錢僱傭軍戶的家屬耕種。有償勞動和幹了白乾，積極性當然大不一樣，現在這幾十萬畝地已經按照朱由檢的要求，全部種上了紅薯，長勢喜人。如果秋季正常收穫，還可續種一茬馬鈴薯。
按照去年試種的經驗，紅薯的畝產約為八百斤，馬鈴薯的畝產約為七百斤。雖然這個產量比前世動輒幾千斤的畝產差得還遠，但比起過去種植小麥，每畝一二百斤的產量，已經算得上是超級豐產了。如果真能順利收穫，這兩季收成就有八百多萬石，不但軍糧徹底無憂，還可以投入到京師糧食市場，把糧價一舉打壓下來！
至於那六萬多“解甲軍”，朱由檢並沒有讓他們直接去幹農活。除了修築防禦工事以外，他主要是讓這些人修建基本農田水利設施。
京師附近有五條大的河流，分別為無定河、潮白河、拒馬河、溫榆河和泃河，其中以無定河水量最大。由於朝廷財力不足，已經幾十年沒有治理過河工，這幾條河流多次氾濫，尤其是無定河，因為上游桑乾河水土流失較為嚴重，河水含沙量大，河道淤塞嚴重，被老百姓戲稱為“小黃河”。
而朱由檢一是有在涇陽修水渠灌溉農田的經驗，二是得到了徐光啟獻上的《農政全書》手稿後認真研讀，對徐光啟的“農政重於農技”、“水利先行”等觀點極為認可。所以他先命“解甲軍”集中治理無定河，除了清淤、築壩等常規措施以外，還大力開鑿引水渠，並在低窪之處蓄起幾座小湖。有了水渠和小湖的分流，無定河水水位大幅下降，通行洪水的能力大為加強。
其時京師百姓深受無定河之害，朱由檢藉著整頓三大營，把這一害也給治理了，自是深得民心，就連常與他對著幹的東林系大臣也不得不由衷地讚歎。閣臣錢龍錫還賦詩一首，稱頌朱由檢治水的功德，其詞如下：壽宮福地開嵯峨，高秋風日回熙和。羽騎初旋大峪嶺，鑾輿載指桑乾河。
桑乾之水何湍激，觸石縈岸迸沙磧。濁漲沮洳九百裡，驚濤噴薄三千尺。
下瀨驟如風雨聲，廻波忽變煙霞色。重瞳一顧三嘆息，何物洶湧如斯夫。
吾觀此水僅衣帶，猶然衍溢為民害。況復黃河天上來，百折狂瀾趨渤澥。
異時平陸翻洪波，氾濫不止如人何。美玉長茭愁不屬，金錢歲費何其多。
微臣稽首頌吾皇，儆予諮爾符陶唐。欲笑秦王稱得水，還輕漢武築宣房。
真主一言雷霆疾，群吏百神胥受職。坐令陸海俱安瀾，還見蒿萊成黍稷。川輪嶽貢億萬年，休氣榮光常四塞！
朱由檢覽詩龍顏大悅。錢龍錫又趁機奏道：“無定河本名桑乾河，因其氾濫不定，故得‘無定’之名。今聖主治世，不惟河水，天下亦將大定，再以‘無定’為名，便有不恭之感。不如陛下為此河重新賜名。”
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朱由檢靈機一動笑道：“過去是‘無定’，現在定下來了，希望它以後也不要再氾濫，永遠安定。京師不是有永定門麼？乾脆就改名叫‘永定河’吧！”
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