雖然赤木律子講的好象很多，但總體來說就是那麼些事——很久以前，某個外星天體攜帶著莉莉絲降臨地球，與地球原本就存在的亞當發生接觸，爆發了第一次衝擊，碎片上升太空形成了月球，融合的兩者誕生出生命之樹與十八使徒，只不過因為生命之樹本身孕育的果實的數量有限，最後只有早出生的那幾位率先吃到了生命之果，最後的使徒（李林）只能吃剩下的智慧之果。
但既然叫做智慧之果，那麼力量上自然和生命之果有所不同，所以最後的使徒李林因為力量不足的關係無法再維持住AT力場保有住現有的型體，分散成了'群';，形成了星球上的霸主——人類。
而完成了孕育使命的生命之樹也因為精華的耗盡，迅速枯萎，只留下一截殘枝形成了擁有讓所有使徒力量迴歸如初的朗基奴斯長槍。
然後消耗掉了一定力量的亞當和莉莉絲開始沉睡，任由新誕生的人類茫然的生活在那片蠻荒的世界上...直到1947年，一些吉普賽人偶然在約`旦溪谷的洞窟中發現了死海文書，這才算是解開自身的誕生之迷。但也在同時，讓人類知道了一個可怕的事實，那就是當某個時間到來時，亞當所生的使徒會迴歸'白之月';，莉莉絲所生的使徒會迴歸'黑之月';，重新生長出生命之樹並產生新形態的生命體。
這也是亞當為什麼會被稱為第一使徒，莉莉絲被稱為第二使徒的原因。
而其中若亞當的使徒率先迴歸，將引發撞擊，作為代價，另一方的後代將獲得死亡！反之若是另一方迴歸莉莉絲，也會成為新生命形態。儘管最後的結果也是死，但靈魂將得到拯救。因此在這個約定時刻到來之前，人類要想順利完成迴歸，就必須在此之前消滅全部的使徒。
這才是人類必須要和使徒戰鬥的根本原因，為了活下去！
只不過在這過程中，一群宗`教瘋子卻想要連最後一步也要進行下去，讓全部的人類融合成一體，形成新的生命體——全靈，亦或者神，永恆的在宇宙中存活下去，用以來證明人類曾經存在過的痕跡，由此透過有著共同願望的人建立了極機密組織SEELE，並制定出了所謂的'人類補完計劃';。
然而想要完好、順利的實行'人類補完計劃';，那麼作為第一使徒的亞當就必須要控制在自己的手裡才行！所以為了這一目的，SEELE開始在全世界招收有才華的科學家。EVA計劃的重要參與者及設計人之一的碇唯，明日香的母親、冬月副司令便是這個時候加入SEELE的。
同理的還有葛城美裡的父親，赤木律子的母親等，只不過所負責的專案並不相同罷了。
而其中葛城美裡的父親，理論推倒出了S機關存在形式的葛城博士所負責的就是亞當的胚胎化迴歸的內容。當然，是被隱藏和閹割過的版本，也因此，他才會稀裡糊塗的將自家的女兒帶到南極，並因為不知情的原因傻傻的引發了第二次衝擊，葬身南極。
反到是同樣知道這一計劃，且還知道的很詳細的碇元渡率先帶著資料跑路了，直到第二次衝擊過後，才重新以救援人員的身份返回南極，救下了被葛城博士拼死救下的葛城美裡。
而這之後，亞當因為釋放完體內積累的全部力量迴歸成了胚胎，被碇元渡收回。莉莉絲的身體被炸成了碎塊，也被碇元渡和SEELE的人帶走，只剩下朗基奴斯槍因為某些原因被滯留在了南極深海當中。
與此同時，除了亞當、莉莉絲外的全部使徒正式開始甦醒。存有亞當靈魂的諸燻誕生，並被SEELE找到。初號機被製造完成，碇唯以犧牲自己的方式把靈魂融進了利用莉莉絲的肉`體複製出的初號機中，在想利用初號機的重要性阻止第三次衝擊誕生的同時，作為EVA永生下去，向宇宙的其他文明或未來生物證明人類曾經存在過的痕跡。
同時也因此，碇元渡制定出了人類補完計劃二號，為再見碇唯一次而努力中...
用亞當的血肉製造的其他號數的EVA被提上計劃，開始製造。為此，明日香的母親成了第二位犧牲者，被二號機吞噬了一半的靈魂，發瘋。
利用莉莉絲的血肉精華混合碇唯殘留的LCL物質中提取的資訊程式碼的零波麗被製造成功，並透過早期的Dummy System系統將莉莉絲的靈魂轉移到了零波麗的體內。
當然，這裡的零波麗是複數的。畢竟使徒的靈魂何等強大？可不是區區一具普通人的身體就能承受的。至於現在嘛，則因為初號機的漸漸覺醒——暴走，以及零波麗本身的人格誕生而變得能夠承受，這也是周朝為何敢就那麼銷燬中`央`教條區的靈魂之間中的克隆零波麗的主要原因。
再然後，就是使徒來襲，NERV迎戰，基本大家都知道的事情了。
...
"這些...都是真的？"聽完赤木律子那開誠佈公的詳細陳述，葛城美裡臉上的表情即憤怒又悲傷，語氣很是複雜的輕聲追問道。
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"是的，一切都是真的。"赤木律子語氣平淡的確認道。
"這，怎麼可能！？"明日香雙目發直，表現呆滯的喃喃自語道。顯然，母親被二號機吞噬一半靈魂的事情對她衝擊很大。
不過想想也是，一直被當做重要工具的二號機中居然存在著自己的母親的靈魂...這事放誰身上在知道後都不會好受。
"謝謝你告訴我這些，律子。"片刻後，葛城美裡深吸口氣，閉眼輕輕說道。然後驟然睜開眼睛，眼中滿是殺氣的咬牙切齒道"這樣我就更應該留在這裡了！SEELE那些傢伙，居然敢這麼利用爸爸...我是絕對不會放過他們的。"
"看來，我們要就此永別了。"赤木律子看了看葛城美裡，搖頭低聲說道。
"如果你執意要找SEELE復仇的話，你可以聯絡一下加持良智，我想他應該願意，也有能力幫助你。"一旁的周朝暗暗嘆息一聲，開口說道。
"我知道了。"葛城美裡沉聲說道。
"這些都不是真的！你們在騙人！騙子！"然後就在這時，一直在那裡喃喃自語的明日香突然歇斯底里的大叫一聲，轉身朝指揮室外跑了出去。
"明日香！"被嚇了一跳的葛城美裡叫道。緊接著邁動腳步，就要去追明日香，但是還未等她徹底行動起來，奔跑向指揮室大門的明日香便突然悶哼一聲，身體軟軟的摔倒在了地面上。
"撲通。"
而後周朝拿出物質數字化轉換器，對著明日香按下了轉換鍵。
霎時間白色的光芒在指揮室中亮起，將昏倒的明日香變做光子洪流，收進了物質數字化轉換器中。
葛城美裡見狀張了張嘴，最後還是沒有說出什麼，預設了周朝的行為。
"既然你要留下來，那麼這裡原本的工作人員就也給你留下好了，不至於讓你的反抗看起來那麼悽慘。"收好了明日香的周朝轉身面向葛城美裡說道。
當然，這也就是這麼一說，賣葛城美裡人情而已，因為在周朝原本的計劃中，就沒打算帶走那些傢伙，要能力不如大唐世界的調整者，要才能也沒有像赤木律子和伊吹摩耶這種得到赤木律子開小灶的人那麼驚豔，最多也就是普普通通，只是單純帶回去組裝EVA的話，還不如周朝手裡的骨架機器人來的效率。最多半個小時，就能從初學者成為技術高超的熟練工，絕對完爆這裡的工作人員。
至於說他們手中掌握的技術什麼的，有了赤木律子和MAGI在，周朝一點都不擔心複製不出來，更何況，他的手裡還有個玩生物改造技術同樣不差的紅後存在，推陳出新什麼的一點都不是問題。
"那就多謝了。"葛城美裡撇嘴道。
真想給我留班底，那你到是把MAGI留下啊！把它帶走了，光留一幫人又能有多少用？再加上現在的爛攤子，到時候鬼知道還能留下多少人。
然後場面靜默下來，只剩下高能聚束光束切割混凝土和金屬的聲音在指揮室中不停的迴盪著。
如此半個多小時後...
就在這時，一陣急促的警報聲在NERV基地中響徹了開來。
"怎麼回事？"葛城美裡下意識的問道。不過一問完，就馬上想起現在可不是平時，沒人會向她彙報外邊到底發生了什麼。
"是戰自，他們的進攻到了，目前正在破壞外層的隔斷裝甲。"周朝伸手在虛空虛點了數下，隨口回答道。頓了頓，又說道"他們來的到是時候。"
而幾乎就在周朝話音落下的瞬間，賈維斯的聲音便在他的耳邊響了起來。
"先生，分拆完畢，您隨時可以對MAGI進行收取了。"
"我知道了。"周朝說道。
"什麼？"葛城美裡莫名其妙的問道。
"你們三個先出去，我接收一下MAGI。"周朝道。
赤木律子微一點頭，帶著伊吹摩耶就出了指揮室，接著葛城美裡也是一樣。然後眼見平臺上再無閒人的周朝也沒羅嗦，直接身形一動，在超能力的加持下飄飛到指揮高臺前方與大屏幕之間用來投射三維地型圖的空間當中，轉過身，面向指揮平臺，取出物質數字化轉換器，對著面前的指揮平臺按下了轉換鍵。
瞬間，足夠照耀整個指揮室的耀眼光芒亮起，巨大的指揮平臺便以肉眼可見的方式驟然分解開來，變成一股充斥空間的磅礴光子洪流，飛速的湧進了周朝手中的物質數字化轉換器中，直到十來秒鐘過後，才算是徹底停下。
而後，一個深達二十多米，最寬處也接近二十米的巨大深坑就呈現在了周朝的眼中。下方電子火光微微閃耀，在漆黑的深坑中如同螢火蟲般一閃一滅著。
"啊啊啊啊啊！"緊接著，屁股下面沒了支撐的戰自俘虜們慘叫一聲，高速向著深坑當中墜`落了下去。
不過既然已經留下他們的性命，自然也就再沒有讓他們摔死的道理，因此就在他們快要墜`落到地面時，周朝立刻放出超能力包裹住戰自的俘虜，將他們轉運到了旁邊的地面上。
"撲通！"
到此算是仁至義盡的周朝沒再管他們，身形飄動，飛出了已經沒有任何價值的指揮室，來到了外邊的走廊中。
"我們就在這裡分別吧，你帶上那些工作人員想辦法儘快離開這裡，我再在這邊幫你們拖延一下時間。"腳踏上實地的周朝扭頭看向一旁的葛城美裡說道。
"好吧，那就拜託你了。"葛城美裡看了看周朝，又看了看自己的好友赤木律子，以及相熟的同事伊吹摩耶，語氣中滿是感慨的低聲說道。
"律子，這次一別，想來我們以後應該也很難再見面了，希望你一切順利，能找到一個好的歸宿。"
"你也是，SEELE的勢力很大，你要反抗他們就等於是在和整個國聯進行對抗，記得小心，不要送了性命。"赤木律子也是滿心感嘆的輕聲囑咐道。
"恩，祝你們好運。"葛城美裡上前分別和赤木律子還有伊吹摩耶擁抱了一下，然後無視掉剛剛抬起雙臂的周朝的存在，就直接轉身離開，向日向誠、青葉茂等工作人員所在的地方快跑而去。
"呵，呵呵..."見狀，周朝尷尬的對身旁的赤木律子笑了笑，無奈的收回了雙手。
"算了，再幫她一把吧。"赤木律子微微搖了搖頭，輕聲說道。然後也沒理身邊的周朝，抬起手筆敲打虛空，藉助賈維斯的力量連線上衛星網絡，將有關'人類補完計劃';的真實全貌以公開署名的方式發送到了聯`合國眾多成員國政`府及各分支NERV的資訊渠道當中，從根本上打擊著SEELE的存在。
畢竟讓全人類融合成一體，成為全靈，成為神什麼的，只有瘋子才會願意，正常人類可沒有一個人會有這種想法。
而事實也正式如此，在接收到赤木律子的公開資訊的各成員國和NERV組織內的工作人員們果然大譁，在加緊調查這文資料的真實性的同時，也紛紛聯絡上了各自的盟友或著是友好勢力，開始商量著如何對付SEELE。（未完待續）