眾大將見姬軒轅發話，自然也都各自收手。全部看著夸父手中的蚩尤，不知這蚩尤究竟是死是活，誰也難料。所以姬軒轅命人將夸父的手掰開，將蚩尤拖出來瞧一瞧。誰知這時忽然一個童子聲音說道：“是何人在這裡攪鬧？”
眾人向聲音看去，見有兩個童子過來，一個穿著紫衣，另一個穿著藍衣。是個道童模樣，長得倒也特體。正是蚩尤那日救下的兩個小孩，如今是鎮元子的小徒弟清風和明月。
姬軒轅看了看這裡，發現已然在萬壽山附近，知道蚩尤和五莊觀的鎮元子是結拜兄弟，生怕多出事端急忙道：“我等在此緝拿罪犯，跑到了此處剛剛被拿下，攪鬧了這裡的清淨，我們這就離開。”
其中一個童子點點頭道：“哦，原來是這樣。既然事情已了，那你們就速速退去吧，免得我家師父回來說我們惹事。”
“是，是！”姬軒轅一邊答應一邊對部下人道：“快撤！”
部將們也不知首領為何對兩個童子這麼客氣，但又不得不聽首領的話，急忙將夸父抬起來，連著手中的蚩尤一起往回搬運。這時候那兩個童子清風道：“明月你看，這個還真是個魔頭，三頭六臂渾身是血，辛虧被他們抓住了，不然咱們肯定要被師父罵。”
另一個也說：“對！還是讓他們趕緊走才是！”
就這樣蚩尤最後的希望也破滅了，被姬軒轅一眾人等抬了回去，路上找了一處僻靜所在將夸父的屍體埋了起來，將蚩尤帶回了有熊。
清理完戰場之後總結了一下戰績，殲滅了蚩尤大部分隊伍，刑天和夸父自不必說，其中飛廉、屏翳、共工、龐牛、帝江、檮杌、窮奇全部戰死。逃走的人有四神獸、銀靈子、祝融。剩下的全部被俘虜，包括蚩尤的八十名弟兄和金猷，也都成為了姬軒轅的階下囚。
最後姬軒轅命人將蚩尤抬出來，放在演武場上，命姬伯去探查蚩尤的生死，只聽姬伯道：“蚩尤雖然沒了血脈，但是生命跡象還在，應該是和那八十人有氣血相連的關係，假以時日只怕他還會復活。”
眾人面面相覷，姬軒轅問道：“可否有什麼辦法嗎？”
姬伯聞聽道：“將那八十人全部斬殺，再把蚩尤的身體分割開來，分到地界的四面八方，使其無法拼湊出來，可斷絕其復活的可能！”
於是姬軒轅聽從了姬伯的話，將蚩尤的八十名弟兄全部斬首分離屍身，斷修也同樣被斬殺。又將蚩尤的身體分成了五段，派出腳力長遠的馬車將蚩尤的屍身分別送到了華夏的四個方向，將蚩尤的心臟留下來被姬軒轅用禁制鎖住，以防被人復活。
只要一個金猷則是被姬軒轅關了起來，也沒有殺死，說道：“就讓他坐一輩子的地牢吧！”
自此蚩尤的所有希望均被阻斷，獨留下蚩尤的魂魄在無盡的虛空之中徘徊，走著走著不知怎的走到了伏羲和女媧居住的山洞，見到了伏羲，只聽伏羲道：“我早已料到你的結局不會太好，所以給你留了一件禮物，你為何不用？”
蚩尤這才恍然想起伏羲曾給自己那面小旗的時候說過，這個小旗可以在自己即將面臨死亡的時候許下一個願望。如今自己已然靈魂出竅，必然是死了，不知這旗子還能用否。
想到這裡蚩尤的魂魄忽然轉到了右臂上那朱星鐲內，看到了自己的那面小旗。蚩尤魂魄抓住那族長令旗幽幽說道：“旗子啊旗子，假如你還能聽我的話，那就保佑我的魂魄永不消散，好讓我完成鬥姥給我的任務，同時也讓我的魂魄和那姬軒轅再戰一場！也好徹底了卻我的心願。”
誰知蚩尤剛說罷，只見那旗子突然將蚩尤吸收到旗子裡面，接著開始發出大量的紅光，直接穿過朱星鐲的限制來到外界，步步高昇將蚩尤的魂魄和旗子的能量融合一體，飛入天際將天空給遮蓋了起來，變成了一整片紅雲。
這一幕讓世間所有人都看到了，只見天色突然變成一片血紅色，一張大旗模樣的紅色雲彩在空中搖曳不止。
姬軒轅問手下人這是怎麼回事，眾人也都不知道，最後姬軒轅急忙跑到女媧廟內求師父，女媧也不見軒轅，想必還是惱怒軒轅的做法。
姬軒轅在外面苦苦哀求，女媧心再次軟下來便將事情的原委告訴了姬軒轅，對其說道：“這是蚩尤的魂魄，和族長令旗融合，看著架勢勢必還要與你有難。你以後小心的才是！”
姬軒轅聽完教誨，隨後和師父說道：“軒轅知道了，軒轅還有事跟師父相商。”
“算了吧，如今天下終於太平。再有什麼事情也無需為師了，你自己真酌便是……”說罷女媧泥塑迴歸原形，女媧已然消失不見了。
姬軒轅依舊對著女媧的石像道：“如今蚩尤已滅，天下終於安定，炎帝退位我想再請師傅登基稱帝，為我華夏辛勞一回，不知師父能否答應？”
等了半天不見女媧再次降臨，姬軒轅這才欣欣然的離開了女媧廟。等回到營地之後開始發愁起來，自己又要登基又要安定天下，既要抵禦外族侵略又要團結自身，上下事務大小繁雜，只把個姬軒轅累的忙不開交。
由常先算好時日，在三個月後登基稱帝，因土是黃色，能生成物，故稱黃帝，人稱軒轅黃帝。改年份為紀元元年。之後又從師伯伏羲那裡請來了四大神獸幫忙鎮守四疆，防止外敵加固防禦，更加有安穩一方的作用。
黃帝治理天下太過勞累，但功績一直上不來。跟當初做首領是大不相同，隨即聽手下人道說：“崆峒山上住著一位道術高明的仙人道號廣成子，此人修為頗高聽說是三清的門徒。”黃帝欽佩，於是就帶上文武官員前去問道。
那廣成子為了試驗他是否心誠，就把上山的路全部變成了懸崖絕壁。雖然軒轅黃帝能夠飛行，但也聽說過蚩尤拜一真道人的故事，所以不敢擅自飛行上山，只好帶著兵馬全部退下，耐心等了三個月，之後因天氣變的苦寒，手下的一些普通人類如何抵擋這些嚴寒，只得回到有熊。
三個月後，等天氣變暖到了春天時候，軒轅黃帝第二次帶上人馬又前來問道。這一次廣成子沒有難為他，軒轅見到了廣成子。他雙膝跪地虔城地說：“我聽說先生您明達至道，請問至道的精粹。我想攝取天地的精華，使五穀豐登；我還想掌握陰陽的變化來順應萬物。您說我該怎麼辦？”
廣成子聽了他的話，便嚴肅地回答道：“你要問的東西乃是萬物的本質；你要掌管的東西，只是萬物的殘渣。從你治理天下後，雲氣不待凝聚就下雨，飛鳥不待季候就迂翔，草木不待枯黃就凋落，日月的光輝越來越暗。你這樣的人，心境這般淺陋，又怎能談‘至道’呢？”
黃帝聽了廣成子的嚴厲指教，退回宮中，反覆思考。於是，他拋棄政事，走出宮殿，辭去隨從，蓋了一間陋室，鋪上草鋪，獨居了三個月。對廣成子說的話思索品味，覺得自己沒有治理好天下，就想掌管天下，改變陰陽，一則是由於驕狂，二則是由於孤陋寡聞。於是他懷著一定要親聆“至道”的決心，第三次又去崆峒山請教廣成子。
這一次廣成子便將至道的道理講給了軒轅黃帝，黃帝三次問道，得到廣成子的指教，最後才領悟了最高的道理，一心投入到治理國家的事務中去，經過二十八年的奮鬥，他以順其自然的方法，使天下實現了大治。
軒轅黃帝又派人開採銅礦，並在荊山下鑄造銅鼎，用來震懾天下。當銅鼎鑄成那天，所有的事情也都發展壯大後，軒轅黃帝終於化成尊者。
世間的某一處，一位藍色道袍之人，手中拿著一顆混元珠，正是元始天尊。觀看著姬軒轅的治世情況，點點頭對另外兩個道人靈寶道君和太上老君說道：“我那小徒兒完成了最後的事情，現在這個軒轅倒是不錯。”
太上老君道：“如今世間事情一了，鬥姆讓蚩尤去建地牢，我看著天也要改造一番才是，就讓這軒轅去吧！”
另外兩位跟著點點頭，隨即由太上老君派出自己的坐騎九龍沉香輦，去到有熊把黃帝接上天。
有熊黃帝朝堂上，忽見天上游下九條巨龍，垂著龍髯，來迎接黃帝上天。當時他的群臣們聽說要將軒轅接上天庭，都不忍離開黃帝，有的抓住龍髯，有的抓住他的靴子和衣服，結果龍髯拔斷了，衣靴拉掉了，軒轅黃帝還是乘龍昇天而去……
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不過這九龍沉香輦飛到半空之時忽然停下，只見天上的紅色雲旗突然動了起來，只聽蚩尤的魂魄現身出來說道：“想要昇天，先過我這一關！”（未完待續）