實際上日本人建立臺灣聯隊的初衷並不是為了攻打中國，而是因為從1895年日本佔領臺灣後，臺灣人民包括漢人，閩人和番社土著不斷地反抗日本統治，日本前後派遣四個師團以傷亡三萬兩千人的代價歷經十年時間才逐漸平息了大股反抗，而小股反抗依舊持續不斷。
第四任臺灣總督兒玉源太郎上任之後，與幕僚後藤新平商議認為，當下靠日本人以武力強制統治臺灣，日本需要花費太多的人力與物力，於是後藤新平提出以臺治臺的理念，即一方面在臺灣進行日本化去漢化，一方面拉攏番社土人和明朝移民來的閩人打擊清朝中葉從福建移民到臺灣的漢人，而在治理百姓方面，他吸取了元朝的保甲制度連坐制度，殘酷鎮壓臺灣百姓。最後，他建立了一支以土人和閩人為主的臺灣聯隊，用以鎮壓小顧反抗勢力，在這些人殺了漢人之後，他們將走向不得不繼續屠殺漢人的道路，從而將本來對抗日本的勢力發展成幫助日本的武裝。
兒玉源太郎的計劃得到了明治天皇的支援，他被授予更加重要的權力，並負責指揮對沙俄的戰爭，從而主導了日俄戰爭。兒玉源太郎從臺灣總督位置上辭職之前，晉升了後藤新平擔任臺灣民政總長，第五任臺灣總督佐久間左馬太到任之後，充分信任後藤新平，兩人合作三年之後，後藤新平擔任滿鐵公司董事長。
佐久間左馬太治理臺灣期間並沒有改變兒玉源太郎的政策，他更加極力地進行臺灣去漢化運動，並首次提出臺灣人非中國人的概念，同時他還提出日本人應該娶臺灣女子，等到十幾年後這些混血人將會成為臺灣人，從而在血統上去中國化。
而關於建設臺灣聯隊方面，佐久間左馬太委任橫田羽次郎擔任聯隊長，增加了臺灣聯隊的軍隊數量，大量的番社土著加入軍隊，而經過了十幾年的洗腦，不少閩人也忘記了自己漢人的後裔身份，轉而認為自己是日本屬下的臺灣人。橫田羽次郎擔任聯隊長後，更加注重培養臺灣聯隊戰士與漢人之間的仇恨，安排隊員們對於臺灣反抗者進行殘殺，逼迫他們沒有退路，只能僅僅依靠日本人。這些臺灣聯隊士兵在手上沾滿了漢人的鮮血之後，漸漸地暫時忘記了自己曾經是一個中國人。
但是這一次進攻中國，臺灣聯隊的士兵們心中多少還是有一些忌憚的，一來他們的對手可不是臺灣島上孤立無援的漢人反抗者，而是正規的中**隊，二來儘管經過日本奴化，閩人們淡忘自己曾經是中國人，雖然這些閩人的祖先從明朝就來到臺灣，他們雖然嘴上表示自己不是漢人不是中國人，但畢竟從小父母就教導他們漢語寫漢字說漢話，骨子裡對中國的情愫讓他們的情緒逐漸複雜起來。因此在登陸南通之後，一種非常奇怪的情緒便縈繞在臺灣聯隊士兵之中，說不上是厭戰還是懼怕，他們心中的情緒非常復雜。
日本軍官們意識到臺灣聯隊中的奇怪氣氛，畢竟沒有了往日喧囂和胡鬧，而他們卻單純的認為臺灣聯隊士兵是在面對正規軍的時候產生恐懼，因此軍曹與教官們中國士兵是多麼的弱小，多麼的懦弱，多麼的厭戰，尤其是對清政府的厭惡讓他們在面對外**隊的時候大多數選擇了反戈一擊，所以對大家不必害怕云云。
然而一天之後軍曹們的教導被一個叫做老馬的士兵給打破了，幾天前旅華聯隊士兵抓到了一個前來偵查的中國士兵，除了知道這個士兵叫做老馬之外，什麼都不能從他口中拷問出來。
為了振奮士氣，旅華聯隊士兵將老馬拉到了臺灣聯隊，準備當眾侮辱這名中國士兵。
日本兵要求老馬跪在地上，但這個四十多歲叫做老馬的老兵輕蔑一笑，梗著脖子大聲罵道：“我艹你家日本狗皇帝！”
“八嘎！”
日本士兵大怒，上去兩個耳光將他打造在地上，便要拔出戰刀將其砍死，此時一個軍曹組攔住了他，轉身問：“如果你說我願意做日本人，我們不會殺你。”
那中國士兵冷笑：“老子生是中國人，死是中國鬼！讓我做你們小鬼子，讓我跪在你們面前，我呸！”
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“你真不怕死？”那軍曹大怒。
老馬嘆道：“你們知道我為什麼被你們抓住嗎？”
“為什麼？”
“江邊漁村一百多口是你們殺的吧，老人，孩子，還有女人？”老馬紅著眼睛怒吼道，“我艹你姥姥的小鬼子，你們殺了我全家，我恨不得吃你們的肉，扒你們的皮，喝你們的血，我艹你個鬼子狗皇帝！”
軍曹一刀將老馬的腦袋砍掉，一言不發地走了，而這一次非但沒有讓臺灣聯隊士兵覺得中**隊軟弱，反而覺得他們應該重新認識中**隊和中**人。
第一大隊大隊長黑崎羽丹對這一次虐殺中國戰俘一事非常不滿，他找到橫田羽次郎，說出了自己的擔憂，但橫田羽次郎雖然尊重前輩鈴木三十二，卻一點也不尊重臺灣人，因此他輕蔑地說道：“這些臺灣的笨蛋胡思亂想，就讓他們胡思亂想吧，只要作戰的時候他們拿起武器衝向敵人的陣營就是游泳的臺灣人，如果他們不前進，那麼一律殺掉。”
“我們培養一個臺灣士兵，是培養六個日本士兵的精力。”黑崎羽丹苦笑道。
“這些都不重要，戰士們必須經歷戰火才能成長，他們還沒有經歷戰火，這一次對華作戰之後，他們就會習慣了。”橫田羽次郎笑道。
日軍增兵的同時中國江北守軍也在增兵，最先抵達南通的便是鞏學文的第九師，第九師在與馮國璋的軍隊作戰中傷亡頗大，如今依舊尚未恢復元氣。在瞭解第九師的情況之後，李士銳將他們安排在了如皋縣作為預備部隊使用。隨後進駐南通的守軍是第六師和第七師，兩天後第二師，第三師也抵達了南通，王永安從各處調集了六個預備團也被緊急調遣來到南通，中國守軍數量達到十萬人之多，這給本來信心知足的日本人一記響亮的耳光。