臺北撫臺街的臺灣巡撫衙門。.org
在布政使任上幹了三年多的唐景崧在他的老師張之洞的極力保薦下，終於坐到了臺灣巡撫的寶座上，不過此時必裡卻是憂慮多於喜悅。
自甲午戰爭開始，老奸巨猾的前任巡撫邵友濂預料點火將會蔓延到臺海，便開始在北京跑關係，並上書朝廷稱病請辭，想方設法離開了這個是非之地，而把這一攤子事扔給了唐景崧。
唐景崧並不是怕事的人，相反，他對於剛開始的戰爭還是蠻有些期待，想當初若不是他在廣西冒險行事，策動著中法戰爭，也不會有今日的官場風光。
戰爭，向來是搏取功名的最好時機，老唐連法蘭西老虎身上的鬍鬚都動過，還能怕了這東洋的倭寇不成？
可是，遼東前線傳來的訊息讓他越來越感到不安，老唐也算是經過陣仗的人，直覺告訴他這次可能真走了眼，黃海一役，曾是大清國的驕傲，李鴻章一手重金打造的北洋水師幾乎全軍盡墨，而朝鮮戰場上，號稱大清國最精銳的淮軍則是望風而逃，一潰千里，戰事愈發顯得不可收拾。
從日軍掌握了制海權後，就開始派出軍艦，覬覦臺灣，唐景崧也預感到了局勢的危險，一面向朝廷和自己的老師湖廣總督張之洞求援，一面派出自已的親信吳國華回廣東招募兵勇。
現在唐大人正眉頭緊皺，在署衙內不住地長吁短嘆，感慨世事不公，好容易自已熬到了巡撫的位置，正是仕途通暢，春風得意之時，不料，卻是時日維艱，又跳出一群倭寇與自己為難。
唐大人也想學著那前任邵大人一般索性稱病請辭，可又捨不得剛到手的榮華，他又沒有人家邵大人那樣的靠山。思來想去，弄得自己心裡煩燥不堪，索性端起几上的涼茶，一口氣猛灌了幾口下去，礙怎樣就怎樣，他發狠地想道。
正在他胡思亂想之時，賴鶴年拿著一份名貼進來：“撫臺，前工部主事丘逢甲求見。”
唐景崧一楞，這個丘逢甲他是認識的，此人出身彰化旺族丘氏家族，光緒十五年進士，朝廷曾授工部主事一職，這料他卻無意在京做官，辭官後曾助前巡撫劉銘傳修建臺灣鐵路，與他也相處過一陣時日。後來丘回臺中衡文書院出任山長，在臺民眾中影響巨大，雖然他沒做幾天官，但島內居民大多以“丘工部”稱之。
現在這種情形，他來臺北求見，肯定是有什麼要事。“快快有請！”唐景崧說道，見賴鶴年出去，他猶豫了一下，還是決定穿著便服與這位“丘工部”相見，以顯示自己的攏絡之意。
丘逢甲跟著賴鶴年進到內堂，見到唐景崧後深施一禮：“晚生末學丘逢甲見過撫臺大人！”
唐景崧見此連忙伸手相扶：“吉甫老兄如此豈不折殺老夫，你我兄弟何必如此多禮。”客套了一番兩人就坐，做為唐景崧的心腹，賴鶴年也在一旁相隨。
丘逢甲性情直率，很快便說明來意：“天下正值多事之秋，雖然日本正與淮軍在遼東作戰，但倭寇野心勃勃，早已垂誕臺灣久矣，如今兵船窺視臺海，不知大人有何打算？”
唐景崧倒也不加隱瞞，將自己的擔心和已作的準備對丘逢甲和盤托出，在邵友濂還在任時已經奏請朝廷調遣福建水師提督楊岐珍並三營人馬赴臺北，統領基隆各軍，以老將南澳鎮總兵劉永福率所部入臺負責臺南防務，同時調總兵廖得勝、副將佘致廷率部赴臺，負責臺北守備。
但唐景崧也面露難色，由於餉械不足，臺灣的兵力還十分薄弱。
丘逢甲聽此自告奮勇，主動請纓，願出面召集鄉民組織團練，以備守戰，並說不要唐景崧一文錢的糧餉。
唐景崧大為高興，隨即任命丘逢甲為臺灣團練總領，由其籌集餉械，召集義民進行軍事訓練。
丘逢甲得到撫衙頒發的文告，回鄉四處召集義民暫且不提，但說中日甲午戰爭的形勢是日日惡化。日軍在遼東進展順利的同時，轉而在山東半島登陸。北洋水師在劉公島內避不出戰，任由日軍在半島從容登陸。
日軍登陸後從側背攻入防衛嚴密的威海衛，北洋水師全軍覆滅，水師兵船一小半自沉，大半由日人虜走，反而平白增添了日軍的力量。
滿清朝廷面對戰場失利已經嚇破了膽，慈禧出面重掌朝政，當時旅順失守，慈禧太后害怕日軍進犯京津，便不顧光緒皇帝等人的反對，先指使奕訢委託田貝秘密向日本疏通，後於1895年1月14日正式派戶部侍郎張蔭恆、湖南巡撫邵友濂為全權大臣，並請美國國務卿科士達為調解人，赴日求和。當時日軍正在猛攻威海衛，由於軍事上的勝利，它的侵略胃口非常大，氣焰極為囂張，它覺得使清政府無條件投降的機會還未到來，因此藉口“全權不足”，將清政府的這兩位求和代表侮辱一番，驅逐回國。
日本雖然在戰場上連戰連捷，但畢竟財力有限，戰爭帶來的巨大消耗進一步加重了日本民眾的負擔，自1894年底以來，日本不少地方都爆發了農民暴動，社會動盪不安。所以日本首相伊藤博文於2月2日向清政府提出了和談的要求。但日方公開指定要李鴻章充當全權代表，並向清政府提出，必須以割地、賠款為“議和”條件，否則就無需派代表前往日本。這時慈禧等人十分害怕戰爭繼續下去，為了求得停戰，決心不惜任何代價達成和議。於是1895年3月，趕忙按照日本的旨意，改派李鴻章為頭等全權大臣，帶著美國前任國務卿科士達為顧問，前往日本與日本首相伊藤博文、外務大臣陸奧光宗進行談判。3月20日雙方在春帆樓會見，正式開啟了和談。
在和談的同時，日軍出動軍隊和軍艦，攻佔了臺灣門戶澎湖。4月17日，李鴻章代表清政府與日本簽訂喪權辱國的《馬關條約》，條約中規定割讓遼東半島和臺灣、澎湖給日本，並賠償日本政府軍費白銀二萬萬兩。
《馬關條約》簽定的當天晚上，清政府簽約割臺的訊息就透過臺北的外國洋行很快傳遍全島。臺灣巡撫唐景崧立即發電清廷詢問實情。第二天，群眾齊聚臺灣省巡撫衙門，臺灣士紳、工部主事丘逢甲代表臺灣民眾起草了反對割臺的電文：“和議割臺，全臺震駭。自聞警以來，臺民慨輸餉械，不顧身家，無負朝廷。列聖深仁厚澤二百餘年以養人心士氣，正為我皇上今日之用，何忍一旦棄之？全臺非澎湖之比，何至不能一戰?臣等桑梓之地，義與存亡，願與撫臣誓死守禦。設戰而不勝，請俟臣等死後再言割地，皇上亦可以上對祖宗，下對百姓。如倭酋來收臺灣，臺民惟有開仗!”
4月19日，朝廷覆電臺灣巡撫唐景崧，正式告訴他割臺一事，並給他解釋了割臺的苦衷：“臺灣雖重，比之京師則臺為輕。倘敵人乘勝直攻大沽，則京師危在旦夕。臺灣弧懸海外，終久不能據守。……不可因一時義憤，遂忘以前所陳種種患害於不顧也”
21日，臺北商民鳴鑼罷市，擁入巡撫衙門，哭聲震天。唐景崧電奏光緒皇上，請求保住臺灣。他在電報中說：“祖宗締造之艱，史冊俱在，傳至二百餘年，失自皇上之手，天下後世，謂皇上為何君?他日更何以見祖宗於地下？臣為祖宗守土，惟有與臺為存亡，不敢奉皇上之詔。”
為了保全臺灣，一些官紳希望依靠歐美列強向日本施加壓力，清廷先後向英、法、德提出將臺灣歸他們保護，但列強不願與開罪日本，都拒絕了。特別是德國政府斥責清廷是在鼓動臺灣民變，破壞協定，向清廷提出警告，如果中日再開戰，不僅臺灣不能保，而且割地賠款會更多。李鴻章也認為，日本方面態度強硬，如果收回臺灣將導致重開戰端，危及京畿和遼瀋。已經被戰爭嚇破膽的清廷反覆權衡，最終決心放棄臺灣。5月20日，下令“署臺灣巡撫布政使唐景崧，著即開缺來京陛見；其臺省大小文武官員，並著飭令陸續內渡。”而李鴻章也專門向伊藤博文拍了電報，稱“日本自應派遣水陸各軍，以資彈壓，保持平安。”
清政府已經決定放棄臺灣，但臺灣的官紳百姓卻不甘心就此成為日本人的順民，但今後該何去何從，上到名為最高軍政長官的唐景崧，下至普通百姓，其實每個人的心裡都沒有什麼底，也不知該如何處置。
唐景崧現在也是進退兩難，布政使顧肇熙和臺灣兵備道陳文騄已經藉機逃回大陸，二、三把手的出逃更弄得島內人心惶惶，大批官員也開始紛紛出逃。但他走不了，朝廷讓他守在臺灣辦理交接，但這可能麼？
而兩江總督張之洞卻給他拍了封電報，讓他盡力守住臺灣兩、三個月，哪怕手中有一府一城之地，就能引起列強出兵干涉，最終日本人不得不放棄臺灣。而且法國人也表示願意租借臺灣之地，又讓他心底燃起一絲希望。
經過一番商議，陳季同向唐景崧提出拯救臺灣的新計劃：仿照西方慣例，宣佈臺灣自主，成立一個臨時抗日政權，由義軍和和守臺清軍聯合作戰，領導臺灣軍民抗日保臺。這樣就能夠名正言順地進行抵抗，又免得將清政府牽扯進來，同時還可以爭取到列強的支援。
在臺灣一些留臺官員和臺灣紳商的支援下，5月25日，臺灣民Z主國正式成立。臺灣紳商林維源、林朝棟、丘逢甲等人共推唐景崧為民Z國總統，以臺灣巡撫署為總統府,改國號為“水清”，寓永遠隸於清朝之意。
這一天，臺北紳民數千人，在丘逢甲等人的帶領下，在唐景崧的衙門前，舉行臺灣民Z國總統就職典禮。唐景崧從內衙走出，先向北京行九叩大禮，然後轉身南向，接受丘逢甲和臺北民眾的兩跪六叩大禮，並接過了丘逢甲獻上的國璽和總統大印。這時，炮臺上升起了臺灣民Z國國旗，井鳴禮炮11響，在臺的外**艦和船隻也升旗鳴炮表示祝賀。
隨後唐景崧宣佈臺灣民Z國的內閣任命臺北時期政府組織：
大總統：唐景崧，軍務大臣：李秉瑞，內務大臣：俞明震，外務大臣：陳季同，義軍總兵：李惟義，團練指揮使：丘逢甲，遊說使：姚文棟，議長：林維源，臺中鎮守使：林朝棟，臺南鎮守使：劉永福。
臺灣總統唐景崧當天向清廷電告此事，並稱自己不情願當這個總統的，是被臺民強留下來的，等臺灣事稍定，如果能夠脫身，一定赴京請罪。
由臺灣人自發組織的抵抗戰爭就此開始。
1895年5月10日，即煙臺換約後的第二天，日本政府為以武力割佔臺灣，下了一道命令：“茲將海軍軍令部部長樺山資紀晉升為大將，任命其為臺灣總督兼軍務司令官，即日赴臺。”
5月13日上午，日本政府從東京致電美國駐北京公使田貝並轉給清政府，要求派員去臺灣辦理交割手續。其電文如下：“日本朝廷業已派水師提督子爵樺山資紀作為臺灣、澎湖等島巡撫，並授以欽差大臣之職，準其按照馬關所立條約之第五款末節辦理一切事宜。該撫約於兩禮拜之內赴任。抵任時，即行辦理特委事件。日本政府即希中國政府立派欽差大臣一員或數員進行交割。
給事中謝雋杭上奏，指名要李鴻章父子親赴臺灣交割。謝雋杭的奏摺這樣寫道：“此事即系李鴻章、李經方主謀，豈有功屆垂成，反自逍遙事外之理?且該大臣等即能定割地請和之策，自必具有用夷變夏之才。請旨飭派李鴻章、李經方等迅速親赴臺灣，依限交割。”軍機處認為謝雋杭的奏摺極有道理，反正你們父子惹下的麻煩，屁股還得你們自己擦，總不能讓別人再背上“賣國”的罵名吧，反正你們父子怎麼也洗不脫“賣國賊”的名聲了。
5月18日朝廷將諭旨電寄李經方：“著派二品頂戴前出使大臣李經方前往臺灣，與日本派出大臣商辦事件。欽此。”李經方接到這個諭旨大吃一驚，心想如果此次去臺灣，非但事情難辦妥，而且恐怕連性命也會不保，還是裝病不去為妙，便請父代奏請個病假。
李鴻章寫了一個奏摺，致電北京說：“李經方自馬關隨同回津後，因憂勞成疾，回南方就醫。商交臺灣事體繁重，似未便令對情形隔膜、資淺望輕之員搪塞外人，必至貽誤。李經方實不勝任，請旨收回成命，另行簡派。”
然而，李鴻章非但代奏無效，還吃到一番訓斥。光緒帝下諭旨說道：“李鴻章身膺重任，當將此事妥籌結局，豈得置身事外?現倭使將次到臺，仍著李經方迅速前往，毋得畏難退避。倘因遷延貽誤，唯李經方是問!李鴻章也不能辭其咎!欽此。”
李鴻章讀畢這個上諭，深知嚴旨不可違抗，便一面上奏朝廷，要求命科士達同往襄助;一面打電報給在上海的兒子說：“赴臺交割之事萬難辭退，俟各員到齊後刻日前往。”這兩份電報發出後，想到如李經方如果登上臺灣島，非得給人活活打死不可，李鴻章為其子的安全計，想出一個在澎湖交割的辦法。當天又給伊藤博文發了一份電報，全文如下：“臺灣主權已經交給日本，日本自應派遣水陸各軍以資彈壓，保守平安。李經方擬即前往澎湖，與日本特派大員會晤。”
伊藤博文收到李鴻章的電報，讀後知道中國大員是害怕去臺灣有危險，便想出一個辦法，讓中國大員先來長崎，然後乘日本船一同到臺灣。5月22日，伊藤的覆電到天津，其中說：“如中國特派大員先來長崎，帶同日本國家船隻前往，以資護衛，更為穩妥。”
李鴻章認為這個辦法雖能確保安全，但會招致議論，本來自己被看做倭黨，如果這樣做，更要被罵為賣國賊了。他想來想去，最後想出一個辦法——在臺灣海口會晤。23日李鴻章的辦法得到朝廷的批准。
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5月30日，李經方偕道員馬建忠，顧問科士達，外文翻譯伍光建，日文翻譯盧永銘、陶大均，文官張柳、黃正，武官呂文經、高軒春等，還有警衛40名，登上德國商船“公義”號，從上海啟航。6月1日凌晨“公義”號駛抵淡水海面，由日艦“千代田”號護送至基隆以東海面的三貂澳附近，在日本大員乘坐的“橫濱丸”右舷拋錨。是日下午4時30分，李經方派陶大均前往“橫濱丸”，告知中國特派大員到達，並商定會商時間。
6月2日上午，李經方帶領日文翻譯盧永銘、陶大均坐小船登上“橫濱丸”。樺山資紀等人親自在甲板上迎接，然後引其進入專門準備好的艙室內。
待雙方落座，樺山資紀便開口說道：“我這次奉命來臺，以為和約批准，交接十分容易，不料到淡水後派小兵輪進口，清兵開炮阻擋。因而轉道基隆，又遭清兵炮擊，不得已暫泊三貂澳。不得已只能採用武力，現在我國陸軍1萬多人已經開始登陸，數日內即可攻取基隆。”
李經方說道：“我奉命來此與閣下辦理臺灣交接事宜，究竟如何處置，還先聽聽貴方的要求。”
樺山資紀看了一眼李經方：“那等我軍攻克基隆，大家再一起去臺北辦理交接事宜。”
李經方怎麼也不肯親自登岸，於是雙方討價半天，他在“橫濱丸”上匆匆與樺山資紀辦理了交割手續，當夜就乘“公義”號客船返回，寶島臺灣就這樣被滿清政府輕率地捨棄掉了。
5月29日，日本近衛師團避開臺灣防守嚴密的基隆、淡水等地，並炮擊金包裡附近海岸，造成將要登陸的假象，突然襲擊了位於基隆東北的偏僻漁村澳底。澳底附近只有清軍兩營人馬，而且大多是唐景崧剛剛從廣東招募不久的“廣勇”，根本沒有經過什麼訓練，雙方剛一接觸，清軍立即潰散，日軍在澳底順利登陸。
隨即日軍即越過三貂嶺，直撲基隆側後。
經過日軍海陸軍數日圍攻，6月3日，防衛嚴密的基隆要塞隨即失陷，日軍轉而向臺北北部的獅球嶺進攻。
林朝棟聞聽臺北告急，立即率棟軍五營前往增援。
6月4日，清軍潰兵逃入臺北，唐景崧等人逃往淡水，清軍潰兵將藩庫搶劫一空，隨後在街頭任意劫掠，並縱火燒燬藩庫和總統府衙。
6日，唐景崧等人乘外輪逃往廈門，9日，丘逢甲下令解散臺勇，匆忙內渡廣東，剛剛成立的臺灣民主國主要官員一逃而空。
臺北數日內即告失守，形勢急轉直下。
林朝棟帶兵行至新竹，即接到臺北失守的訊息，感到大勢已去，不禁仰天長嘆：“吾盡力守臺，朝廷未必容我，若拼死奮勇殺敵，倭人必視我族人如仇寇，何必如此！”遂給屬下支付了所帶餉銀，後連夜帶著一營親兵乘船返回廈門。