林鑠最近大部分時間一直呆在天津，整個日俄期間他對於戰局預判的準確程度讓袁世凱手下的王士珍、段祺瑞、馮國璋等心腹大將都歎為觀止。.org
朝廷終於同意將馬尾造船廠改歸商辦，林鑠被任命為船政提調兼馬尾船廠總辦，不過為了將福建船政掌握在自己手裡，他還是煞費苦心，辭去了棟軍統領一職，改任布政使銜的船政提調。
沒有辦法，文武不能兼得，南北不能兩顧。
由於俄國人一直在窺視蒙古地方領土，庚子年趁機出兵強佔了部分唐努烏梁海土地，清廷對於蒙疆的安全愈發擔憂。棟軍在日俄戰爭後被調往大同，其後又移駐河套，林鑠不可能隨軍蹲到寧夏。
跟隨林家三代的老將林建藩出任棟軍統領兼寧夏鎮總兵，袁世凱對棟軍還算很關照，畢竟這也算是北洋的旁系，由他保奏朝廷將棟軍編制擴大到12營，滿編後已經足有6000多人。
雖說規模擴大，棟軍的主要兵源仍然來自林氏義莊，所以這支軍隊對於林家的忠誠絕對沒有多大問題。
滿清的主要弱點是軍隊的國家觀念和民族觀念十分淡漠，兵為將有，軍隊對國家的忠誠度幾乎為零，包括新建的北洋軍也是如此。這也是滿族人數百年來一直在弱化民族觀念所造成的惡果。
對於漢人執掌兵權，清廷這也是迫不得已而為之，即用且防，袁世凱手中現在只有三鎮北洋新軍已經讓滿朝的滿洲親貴們寢食難安，成為攻訐的物件。
福州，馬尾造船廠。
林鑠在徐建寅和船政會辦沈希南陪同下，一起參觀船廠，站在羅星塔前，俯看著顯得十分清冷的廠區，不由心生感慨。
1866年12月23日，在左宗棠和沈葆楨的努力下，中國第一座現代造船廠在馬尾中岐全面興工。為了在當時中國工業和科技近乎空白的條件下建立現代化的機器造船廠，左、沈採取了從歐洲引進技術、裝置和工程人員的辦法，並聘請法國人日意格為船政正監督。經過數年建設，中國第一座官辦專業造船廠崛起在馬江之畔，佔地面積600餘畝。其設備齊全，設施完備，規模宏大，在遠東地區首屈一指。
自1868年1月，福建船政開始開工興造中國第一艘千噸級木殼兵輪“萬年青”號，次年建造完工。至1874年，在外國技師的指導下，船政共造出各式兵商船15艘。其間1872年建成的兵艦“揚武”號，排水量1560噸，相當於國外二等巡洋艦水平。1875年，船政辭退外籍技師，進入自主造船階段，首制成功“藝新”號炮艦，表明中國人已掌握了近代造船技術。1877年，船政更新造船技術，開始生產鐵木合鉤輪船。10年後，又造出了中國自己生產的第一艘鋼殼甲軍艦“平遠”號。
在20年時間內，船政實現了從造木殼輪船到鋼質輪船的技術進步。以蒸汽機為動力的輪船產生，是世界近代科技一大成果。左宗棠、沈刨楨認識到，設廠造船並求得發展，必須培育人才。遂在辦廠同時，創辦了船政學堂。這是中國第一所以近代科學技術為主課，引進西方有關教材，課程及管理制度的新式學校。船政學堂按專業不同分為前、後學堂。前學堂培養造船、造機人才，後學堂培養駕駛和輪機管理人才，船政辦學重視馨知，於1875年開始，又分批選拔優秀學生出洋留學，直接接受西方科技教育。辦學數十年間，不斷培養出技術人員，促進了船政技術進步，也為近代中國的海軍建設、航運、機器、礦冶、電訊、鐵路、外交、教育等領域，造就了一大批卓越人才，從多方面推動了中國近代化程序。嚴復、鄧世昌、薩鎮冰、魏瀚、劉步蟾、詹天佑等，是其中的傑出代表。
1884年8月23日，法國遠東艦隊在馬江發動突然襲擊，重炮轟擊船廠，造成重大損失。戰後，船政員工竭力修復，一個月後重新恢復正常生產。
至1905年，福建船政共造艦船40艘，總排水量4.7餘噸，佔國內自造艦總量的70%。1874年，在抗擊日本侵臺行動中，以船政早期所造艦為主體，組建了中國第一支近代代海軍——福建水師。
由於缺少投入，這座當年曾經輝煌一時，號稱遠東最大的造船廠如今已經顯得破敗不堪，三座船臺上空蕩蕩的沒有一絲生氣，一旁堆積著一些長滿鐵鏽的各種造船材料，船臺四周長滿了雜草。
看到這一切林鑠不由在心底發出一聲聲嘆息聲。
林鑠一行在沈翊清的陪同下開始參觀廠區，一部分從滬東船廠調來的技術人員也開始對馬尾船廠的設施進行評估。
由於活計不多，大部分的工人都被辭退，工廠如今只剩下800多人，大部分工人上班時間都無聊地守在機器前閒談，沒有多少人注意到林鑠等人的到來。
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回到船廠辦公樓，下到各分廠進行評估的技術人員陸續回來，彙總的情況並不象表面看起來那麼糟糕。馬尾船廠歷年的技術資料儲存完整，而且重要的是船廠曾擁有三千多名能熟練操作機器的工人，這裡受過中、高等教育的技術人員儲備再國內絕對是首屈，令人意外的是當初船政大臣斐蔭森主持建成不到十年的青州石船塢能容納一萬五千噸級的船舶進塢修理，不能不讓人佩服他的非凡見識。
馬尾船廠最大的問題是投入不足，絕大部分的機器設備都屬於老舊的淘汰裝置，基本上要全部進行更新。船政下屬的三座船臺中兩座為簡陋的泥船臺，另一座稍大一點的木質船臺也最大只能建造三千噸排量的輪船，馬尾船廠即使改歸商辦後，也很難接到大的商船定單。
總的來說，船政的技術力量和人才儲備在國內各洋務企業中僅次於江南制造局，經過重新規劃和技術改造，也許不用一年就能恢復生產。林鑠現在反而比較擔心的是船政學堂，這座中國近代第一所高等技術學校由於經費短缺，時辦時停，現在只有大約四十多名學生，如何讓船政學堂重新恢復生機這才是個大問題。
鑑於閩江航道的通航能力，重新規劃的馬尾造船廠將以建造10000噸排量以下的中小型船舶為主，根據改造計劃將把原有的兩座泥船臺和一座木質船臺改建成鋼筋混凝土結構的永固船臺，原有的兩座一千五百噸級的泥船塢改建為兩座3000噸級的鋼砼結構船塢，木質船臺將改造成一座5000噸級的永固船臺。另一方面船廠大批的設施已經老舊，需要更換。
林鑠決定對馬尾船廠進行改造和更新的主要裝置都由國內工廠進行仿製，雖然自造裝置要比從國外進口要多花三十多萬元，而且對船廠改造的工期也有很大的影響，但林鑠認為這筆花費還是合算。這樣做第一使得國內擁有了重型機械的製造能力，更為重要的是能培養出大批的技術工人。
為了保證馬尾船廠的鋼鐵需求，就有必要對大田和漳平等地的鐵礦進行開採，這又需要修建一條鐵路將福州、三明、龍巖。漳平等鐵礦連接起來。
福建是多山地區，交通多有不便，修建鐵路的難度不小，還好，現在大清國對於工商投資一直持鼓勵姿態，由林鑠出面，在福建紳商和一部分華僑的努力下，民間各界共集資800多萬銀元，成立福建鐵路公司。
為了管理鐵路資金，又特別成立了福建興業銀行。
根據勘測結果，福建鐵路建造方案和路線基本和後世相吻合，鐵路線路沿主要的河道依山而建，雖然路程稍遠，但確實降低了施工難度。
1907年5月，福建鐵路終福州至南平段和廈門至漳平段分別開始開工修建，雖然各西方列強一直在覬覦中國的鐵路權益，但相互牽制，而且民間自行籌資修建鐵路的呼聲漸漸高漲，清政府終於批准各省開始自行籌資修建鐵路。