電影中，在尼奧覺醒之前，一個機器人特工就足以擊敗墨菲斯他們所有人，這就是雙方之間的實力差距。
此時，帝國學院的十三個人也全都化身機器人特工，一群人浩浩蕩蕩的從樓裡走出來，營救尼奧已經是不可能的了。
但就這麼放棄尼奧，更是不可能。無奈眾人只能遠遠尾行著，看看特工們到底會怎麼處理尼奧。
不出肖寒所料，尼奧被帶走之後，很快就又被放了出來。
“看來肖寒說的沒錯，他們不知道尼奧的重要性，所以準備放長線釣大魚，透過尼奧來弄清楚我們的真正目的！”
墨菲斯語氣輕鬆了許多：“我們先撤，他們肯定在尼奧身上放置了追蹤蟲子。不過他們的做法，只會讓尼奧更加堅定矩陣的存在，接下來我們聯絡他就簡單多了。”
尼奧作為救世主，自然擁有特別之處。他是為數不多在沉睡中就能感知到矩陣存在的人，所以墨菲斯在尋找他的過程中，他也一直在尋找墨菲斯。
在這個基礎上，肖寒他們只要找到了尼奧，想要接觸到他其實很簡單。只不過現在尼奧身上帶有“尾巴”，需要幫他解除掉那條“尾巴”才行。
一行人再次分開行動，墨菲斯帶人回到了大本營，肖寒、鍾玥汝、崔妮蒂還有李驚龍則遠遠跟在尼奧周圍，排除隱藏風險。
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晚上八點，天上突然下起了大雨。肖寒他們跟著尼奧一整天，發現並沒有人監視尼奧之後，墨菲斯便正式開始聯絡尼奧。
尼奧果然在等待著墨菲斯的聯絡，很快，便按照墨菲斯的指示，來到了約定地點。
肖寒接到尼奧之後，立馬把特工們放在他體內的追蹤器取了出來，這才帶著他去見墨菲斯。
在矩陣之中的尼奧，並不是本體，而是尼奧思維構建成的虛幻角色。墨菲斯他們想要推翻機器人的統治，必須要找到尼奧的本體。
但尼奧的本體跟全世界的人類一樣，沉睡在機器人的培養皿中，盲目的尋找是絕不可能找得到的。
所以墨菲斯在尋找隊友的時候，會拿出一紅一藍兩個藥丸讓對方進行選擇。選擇藍色藥丸，便會繼續沉睡。而選擇紅色藥丸，則會被喚醒。
沉睡的人只要服下藥丸，墨菲斯他們就能捕捉到他所發出的訊號，然後就能從機器人的“巢穴”之中準確找到目標。
此時尼奧在跟墨菲斯聊了一會之後，便也選擇了紅色藥丸。很快，藥丸開始發揮藥效，矩陣外面的人快速鎖定尼奧的訊號。
大約過了半個小時，外面的人便傳來訊息，他們已經救出了尼奧！
聽到這個訊息，墨菲斯立馬帶領眾人離開矩陣，回到了飛船上。隨後，他們就看到一個瘦骨嶙峋的禿頭。
因為從出生之後就生活在培養皿中，尼奧從來沒有機會真正腳踏實地的活動，所以他渾身的肌肉已經萎縮了。
眼下他完全就是皮包骨，還需要很長的時間才能恢復過來。而在尼奧完全恢復之前，肖寒他們沒辦法進行下一步的計劃。
等待尼奧恢復的這段時間，大家也都沒有什麼事，這一晃也不知道過了多久，但好在尼奧終究還是恢復了。
不過身體上的恢復只是開始，如何讓尼奧接受真實的世界，這才是困難所在。畢竟前半生的尼奧，一直生活在矩陣之中，突然告訴他之前的一切都是虛幻的，這確實很難讓人接受。
尤其是知曉現在這個世界，是機器人統治的世界之後，尼奧的世界觀都被完全顛覆了。
但他是救世主，承載著墨菲斯所有的希望。因此，墨菲斯對他有十足的耐心，徐徐漸進的引導著尼奧，終於讓尼奧接受了真實的世界。
隨後，墨菲斯便開始繼續指導尼奧如何戰鬥，如何更好的理解矩陣，又如何開啟自己的“救世主能力”。
要把尼奧這樣一張白紙，培養成帶領人類推翻機器人統治的先驅，這並不是一件簡單的事情。
相較於以往，這一次的副本挑戰對肖寒他們這些試煉者來說有些平庸。因為從進入副本到現在，已經過去不少時間了，但在這期間他們似乎並沒有真正做什麼事情。
倒是肖寒，整天閒著沒事就進入矩陣，也不知道是在幹什麼，就連鍾玥汝問起來，他也都是含糊其辭的糊弄過去了。
這天，肖寒再度進入矩陣，等出來的時候，就發現鍾玥汝、李驚龍他們全都圍在他周圍。
“我靠，你們這是幹什麼？嚇我一跳！”肖寒抬手取下後腦勺的連接線，笑著說道。
鍾玥汝一臉嚴肅的盯著肖寒說：“肖寒，你老實告訴我，你進矩陣幹什麼了？這次你別想糊弄我，我不信你會毫無緣由的頻繁進矩陣！”
李驚龍也說道：“對呀，我們都進副本這麼長時間了，一直這麼閒著，都閒出毛病來了。你到底在忙什麼，告訴我們一下，我們也好幫幫忙啊！”
肖寒摸摸鼻子，看了看四周，發現沒有其他人之後，小聲說道：“我進去抓叛徒了！”