“神奇寶貝聯盟是真正熱愛神奇寶貝的人們互相切磋戰鬥的地方。聖火，火焰鳥的火焰在守護著我們，各位神奇寶貝訓練家，請光明正大，做出絕不留遺憾的戰鬥吧！”
本屆的關東聯盟終於開賽了，為了能將mega進化更好的融入到當今的聯盟比賽中，聯盟的高層經過多次商討最終決定廢除原有的賽制，新賽制採取積分制，具體的規則如下－
首先第一部分－擂臺賽
兩邊選手事先決定好要出場的三隻神奇寶貝，並不要求出場順序，兩邊訓練家可根據場上的變化自行決定要出場的神奇寶貝，但只能是事先決定好的三隻中的一隻，不可以使用攜帶的其他神奇寶貝，勝利者可獲得三分。
第二部分－團隊賽
兩邊各自派出兩隻神奇寶貝進行團隊賽，不允許更換神奇寶貝，當其中一方兩隻神奇寶貝全都失去戰鬥能力比賽結束，勝利者可獲兩分。
第三部分－個人賽
兩邊各自派出一隻神奇寶貝進行一對一的對決，勝利者可獲得兩分。
積分規則
第一部分附加分規則：
擂臺賽：擂臺賽的勝利者除去原本可獲得的三分之外，還可額外獲得附加積分，積分規則為，如勝方場上剩餘神奇寶貝數量大於一則可根據剩餘神奇寶貝的數量進行加分。如剩餘兩隻則加兩分，剩餘三隻加三分，剩餘一隻不加分。
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團隊賽：團隊賽的勝利者除去原本可獲得的兩分之外，同樣也還可以獲得額外的附加積分。如兩隻全部在場則加兩分，如只有一隻在場則不加分。
團隊賽的時間加分規則：比賽中將根據戰鬥的時間對勝利的一方進行加分。如結束時間在五分鐘之內則加一分，結束時間在三分鐘之內則加兩分，結束時間在一分鐘之內則加三分，超過五分鐘不加分。
第二部分－積分判定
根據三場比賽後兩邊訓練家所獲得的積分來決定最終的勝負，如出現平分則進行附加賽。附加賽將隨機從兩邊選出一隻神奇寶貝，進行一對一的對決，對決中可第二次使用mega進化。
mega進化規則
比賽中兩邊訓練家只能讓一隻神奇寶貝進行mega進化，可讓多隻神奇寶貝攜帶mega進化石，不要求事先決定要進化的神奇寶貝，但最終進化的只能有一隻，訓練家可根據場上的變化讓神奇寶貝進行mega進化。附加賽上取消對mega進化的限制規則，可以讓第二只神奇寶貝進行mega進化，但只允許在附加賽上進行第二次mega進化。
場地規則
每一輪的比賽中都會隨機生成場地，不同的場地都會對神奇寶貝產生不同的影響
比賽場地包括草之場地，水之場地，冰之場地，巖之場地，高溫場地，沉默場地，黑暗場地以及光之場地。
預賽規則
每一名參加預賽的訓練家都會從水、巖、冰、草四種場地中隨機抽取三場進行比賽，每一場都會隨機從團隊賽、擂臺賽、個人賽三種不同的賽制中抽取一種賽制進行比賽，勝利者進行下一場的比賽。