在小鎮的小精靈中心與大木博士通話後，小智提出要去見正輝博士的要求。大木博士覺得這對小智也是有所幫助，就告訴了地址。
幾天後，小智三人來到了正輝博士的所在地。
來到燈塔門前，小智按下了那嚇人的門鈴。門鈴的通話器裡傳來了正輝博士的詢問：“是誰啊？”
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“你好，我是來至真新鎮的小智。我是透過大木博士，來見正輝博士的。”
“哦，就是那個現伊布第四進化形態的小智啊。請進。”
隨著正輝博士的回答，大門自動向兩邊開啟。
來到，大廳內。看到樓梯上站著一隻化石盔。
“化石盔，這不是已經絕種的小精靈嗎？正輝博士是上那裡弄的啊。”小智看著眼前的化石盔，明知那是正輝博士，卻裝傻道。
“你們好，我是正輝博士。這個是我特製的布偶裝，那個小智，你能幫我按下這個按鈕嗎？化石盔的手太短，我按不到啊。”
“好的”
小智按下按鈕後，正輝博士終於從布偶裝裡出來。
“真是太感謝你了，小智。因為設計的失誤，我已經這個樣子很久了。”
“那個，正輝博士。你這個是樣子，是行為研究嗎？”小剛問道。
“可以這麼說，但我研究的不僅僅是小精靈的行為，還有它們生存的心情。”
“心情？”小霞不解的問道。
“是的心情，我們人類生活在這個世界上，有著各種心情。同樣的我想小精靈也是有著各種心情，所以我想知道它們的心情是如何的。只有知道了它們的心情，才能更好的研究和理解它們。”
“不說這個了，你們今天應該也是很累了。先休息一下，有什麼事情明天在聊。”
翌日，小智在早餐後帶著小精靈來到沙灘上。
“六尾你的任務是，領悟噴射火焰、壓縮火焰形成更高階的火焰。”
“小火龍，你上午先跟著六尾訓練，下午要鍛鍊你的身體。因為遇到你的時候，你已經嚴重的傷害了你的本源，所以你在沒有育好之前，不要進化。”
“皮卡丘，你的任務是提升自身的電壓容量和電擊技能的威力，最好能夠領悟十萬伏特。同時對於尾巴的鍛鍊也不要放棄。”
“傑尼龜，你要進到深海內，利用水壓和阻力。鍛鍊的你的身體和技能威力。”
“比比鳥，你的人物是貼著水面飛行，利用度的破空能力切割海面，衝破海浪。這兩樣如果能夠做到，那麼燕反和神鳥的技能也就可以學會了。”
“妙蛙種子，你要用藤鞭擊打岩石和水面，記住一定要快的去做。這樣你的藤鞭就想是一把鋒利的刀片一樣。同時也不要忘了，在使用藤鞭時，積蓄陽光烈焰並射出去。這樣在戰鬥時，沒有人會想到你會一心二用，就會大意。”
佈置完的小智，回到燈塔內與正輝博士就當時錄影裡的一些問題進行了討論。
半晚時，小智來到海邊陪著小霞一邊聊天，一邊用著小精靈釣竿垂釣。
晚上睡覺的時候，在小剛的幫助下，為小精靈進行按摩。
就這樣幾天的時間過去了，小智利用小精靈釣竿，抓到了大舌貝和鯉魚王。
晚飯時，小智向正輝博士說道：“正輝博士，謝謝你這些天對我的指導，明天就要繼續我們未完的旅程了。”
“沒什麼，能對你有所幫助就是很好的結果了。那麼就祝你們一路順風。”
“謝謝你，正輝博士”x3