1883年8月27日，丁雲桐正式向內務部下令，逮捕所有正受監控的日本間諜，徹底搗毀其在華的情報網，如有反抗，格殺勿論。
命令的末尾有兩句醒目的話：
寧可錯殺一千，不可放走一個！
活的沒有，死的也成！
隨後的幾天裡，遍及全國的大逮捕開始了。
在間諜密集的上海，早已準備就緒的數百名內務部秘密警察，全部手持柯爾特左輪手槍，對所有的間諜機構同時發動了襲擊。
在崑山路，秘密警察衝進了玄洋社建立的東洋學館，要裡面所有的人全部舉手跪下。正有幾個東洋浪人，夾雜在十幾名真正的日本留學生當中，叫囂著要衝出去。眼見於此，秘密警察立刻就是一頓亂槍，將這些人全部打死了；
在浦東，日資的廣業洋行，被秘密警察破門而入，其負責人松田滿雄被當場逮捕；
在河南路，相鄰的日清貿易研究所，以及樂善堂上海分店，被同時查封，日本間諜商人岸田吟香以及陸軍大尉根津一，當場被秘密警察擊斃；
在漢口，樂善堂漢口分部遭到搜查，荒尾精在被逮捕前，揮刀自盡；
在天津，松昌洋行以及天津樂善堂分部也被查封，負責人瀧川具和、川畑丈之助隨即被抓；
北京的青木宣純逃跑途中被殺；山東煙臺的宗方小太郎反抗被擊斃；湖南長沙的鍾崎三郎被捕；杭州的藤島武彥自殺；假扮和尚，躲在浙江普陀山法雨寺的高見武夫跳海自盡等等，大批間諜幾乎在一天之內被掃蕩一空，日本用十幾年時間，辛苦建立的間諜網幾乎是被連根拔起了。
內務部馬上對活捉的間諜，進行了殘酷的突審，在確信已經榨乾了一切有用的資料後，全部裝上火車，連夜送往北京。
27日晚，數十名秘密警察湧入了軍機處行走何如璋的家中，並將萬分錯愕的楢原陳政五花大綁帶走，從他床下搜出大量資料，以及抄錄的何如璋日記。見此，何如璋面如土色，嘴唇顫抖，被內務部一同綁走了。
楢原陳政淚流滿面：“義父，是我害了你，我對不住你！”
何如璋不理他，自己卻是捶胸頓足：“我昏聵，不察奸人計謀，有負君王，有負國家啊！”
30日，北京香山雙清別墅，日方代表團駐地，首席代表井上馨拿著國內發來的電報，正與伊藤博文商量。
在電文中，日本政府基本同意了目前雙方達成的各個共識，但還是有了新的指令：根據間諜的報告，朝鮮北方的鐵路進展迅速，竟然已經抵達了平壤，大大超過日方的估算。因此日本政府要求伊藤等人，在雙方的談判中再次附加條件，要求中國暫緩鐵路的修建。
在隨後的瀛臺會談中，日方果然提出了這個要求，這讓早已不厭其煩的李鴻章，更是火冒三丈。在向皇帝的彙報中，他直言日本人“狡頑無恥，不足與之共語。”
丁雲桐卻是一臉的燦爛，他不生氣，只覺得好玩，他首先慰勞了李鴻章幾句，畢竟扯淡了這麼久，沒有功勞也有苦勞啊。
然後，丁雲桐很淡定的告訴李鴻章，不必再與日本人糾纏了，讓他們直接滾蛋！之前的一切談判一律作廢！不過在此之前，要給他們看一場好戲，以示送別之意。
聽到這話，李鴻章激動的熱烈盈眶，他終於明白所謂的中日會談，純粹是皇帝在“逗你玩兒”。這些日子他可是憋了一肚子的火，現在總算是能發洩一下了。
8月31日，雙方的會談再次進行，但這一回會場氣氛大為不同，中方代表個個表情曖昧，而李鴻章則是一臉的興奮，甚至身子都微微顫抖。他直接幹淨利落的打斷日方發言，說道：“由於日本代表一再提出蠻橫無理的要求，可見日方毫無解決任何相關問題，改善兩國關係的誠意。因此，本大臣正式宣佈，談判到此結束！同時中方嚴正要求日方立刻釋放琉球國王，無條件歸還竊佔的琉球群島。同時，中國將根據自己宗主國義務，對日本在朝鮮非法經濟行為進行全面的清查！”
井上馨等人目瞪口呆，完全不明白事情竟會發生這樣的轉折，之前的融洽氣氛，去哪兒了呀？慌亂之下，伊藤博文趕緊聲稱任何條款都可以重新探討。
但李鴻章卻不為所動，在盡情欣賞了一番日方人員的精彩表情後，中方人員全部離開了會場，只留下呆若木雞的日本人。
9月1日，丁雲桐下令，邀請日本使團以及駐華公使榎本武揚等，一起前往宣武門外的菜市口“觀禮”。
日本眾人不明其意，正午時分來到菜市口。
只見此地早已是彩旗林立，花團錦簇，弄得像過年過節一般。兩旁酒肆茶樓人山人海，中間空地上，方陣一般排列著幾十架鍘刀，每個鍘刀上都躺著一個犯人，手腳拴在前後的木樁上，動彈不得，腰部上方正對著雪亮的鍘刀口。
日本人這才明白，所謂的“觀禮”，原來是叫他們來觀看腰斬犯人的。
所謂腰斬，就是刀斧將犯人從腰部一分為二，“手足異處”。聽起來殘忍，其實最開始是一種文明進步，早期殷商時代的死刑，都像是在吃人肉，如“醢”是把人剁成肉醬，“脯”是把人做成肉乾，“炮”是把人烤成熟肉，而“鑊烹”是把人煮成肉羹。
直到周代，漸漸文明起來，才用“斬殺”代替“烹飪”，斬就是腰斬，殺就是砍頭。開始是刀斧，技術難度較大，逐漸改用鍘刀，又快又容易，包公的三口鍘刀就是用來腰斬用的，而不是鍘頭。
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此前中國歷史上最後一個被腰斬的，是雍正年間的湖北學府主考官俞鴻圖，由於洩露考題而被處此極刑，雍正覺得確實太慘了，就下令廢除了腰斬。
今天，丁雲桐又把這個極刑搬了出來，準備給前方出征的將士好好血祭一下。
突然，榎本武揚驚叫起來，他是軍人出身，曾擔任過海軍卿，而且是海軍中將，明治政府的高級將領他都很熟。
他在望遠鏡裡，發現躺在最中間的犯人，竟然是前段時間失蹤的陸軍少將川上操六。他立刻告訴了其他人，整個日本使團一片譁然，正要派人去交涉，空地卻已經開始行刑了。
只見一聲號令，數十把鍘刀一起切下，劊子手抓住犯人的雙腳一拉，圍觀人群轟然一聲，受刑者已經一分為二了。
鮮血如泉湧，汩汩流出，大多犯人還未死透，川上操六兩眼翻白，上半身還在那蠕動，雙手漫無目的在地上來回的抓撓。
楢原陳政則是雙肘撐地，顫抖著，竟然還能緩緩往前爬行，身下的鮮血不斷噴湧而出，彷彿刷油漆一般，在空地上留下了一大片印跡。此時，他的心裡能想到什麼呢？後悔來中國當間諜？或者懷念家鄉的櫻花？
犯人的血很快匯成了一灘灘，在正午炙熱的陽光烘烤下，把整個菜市口蒙上了一層朦朧的血腥氣。眼見如此慘狀，日本使團中有膽子小的，當場就暈了過去。
在過去的幾天裡，從全國各地押解進京的日本間諜，今天全部被當著日本人的面，當眾腰斬。
這不是示威，這是丁雲桐的政治暗示：中日之間的對決，將是你死我活，赤裸裸的血腥和殘暴，沒有憐憫，沒有寬恕，沒有餘地，沒有退路，只有殺戮和滅絕。
當天榎本武揚向中國政府提出嚴正地抗議，指責中國無端用酷刑殺害無辜的日本公民。中國外務部回覆，被處決的是一批間諜，沒有任何所謂“無辜的日本公民”，並反駁日方公使干涉中國司法內政。
事已至此，伊藤等人已經無法再待下去去了。9月2日，日方就匆匆啟程回國了，在碼頭上，伊藤和井上，發誓除非是武力佔領中國，否則決不再踏入中國一步了。
經過幾天航行，日本使團於9月5日剛抵達馬關，就收到了天皇的命令，要求立刻趕往東京，參加緊急會議。
原來就在使團離開中國後，9月3日，日本駐朝公使竹添進一郎向國內發來急電：朝鮮政府於9月2日，突然頒佈了三道禁令。
首先是防谷令，禁止向日本出口任何穀物，包括大米、油菜、甜菜、粟、高粱、大豆等等，尤其是大米，更是嚴禁輸出，凡有觸犯者，一律斬首。
其次是限金律，禁止向日本輸出黃金，凡有觸犯者，一律斬首。
最後是禁布諭，禁止從日本進口任何紡織品，凡有觸犯者，一律斬首。
9月7日，日本召開緊急御前會議，而在這短短幾天裡，日本國內已經炸開了鍋。朝鮮斷絕經濟聯絡的訊息，在各大報紙刊出後，很快就傳遍了日本全國。各地的大米價格應聲暴漲，大米經銷商趁機囤積居奇，以牟取暴利。東京，大阪，名古屋，京都，廣島，長崎，神戶，福岡，熊本等各大城市，米價每天都以一到兩成的速度上漲，幾天之內價格已經翻了一番。相應的大麥，小麥，蕎麥，豆類，蔬菜，海鮮類，味增等，所有食物的價格也迅猛飛漲，接著所有商品價格全都恐慌性跟著暴漲，底層的百姓本就生活艱難，突遭這般打擊，頓時一片譁然。
此三道命令一頒佈，日本的經濟血脈被一手掐斷了，日本人最當心的情況出現了，東亞局勢除了戰爭，已經別無他途。