蜘蛛毒液也有治療家族基因遺傳病的功效，哈里·奧斯本當即來了精神，他開始調查那個特殊專案，卻無意中發現了麥克斯也就是電光人的真相。
原來電光人在被蜘蛛俠打敗後，又落到了奧斯企業手裡，明面上將其送入了一家精神病院，可背地裡卻在精神病院開展人體試驗，淪為小白鼠的麥克斯只差被大卸八塊了，更要命的是，這個特殊專案上明確表明是他哈里·奧斯本批准的。
可事實上，哈里·奧斯本對這些事完全一無所知，他這個奧斯企業名義上的CEO被架空了，哈里·奧斯本還想繼續查下去，想要拿到那批變異蜘蛛的毒液，結果卻被告知許可權不足，也就在這個時候，企業高層光頭董事帶著安保直接闖進了辦公室。
光頭董事一見面就怒斥哈里·奧斯本非法隱瞞了麥克斯的事蹟，涉嫌犯罪！
哈里·奧斯本明明什麼都沒幹，卻被扣了這麼個大帽子，他徹底明白過來了，企業高層不僅架空了自己，並且還故意陷害自己，要把自己這個名義上的CEO也送進精神病院去！
他一個才二十出頭的小年輕自然鬥不過這些成精了的高管，最後只得含恨離開了奧斯企業。
另一邊，小蜘蛛則較為順利的進入了隱秘的羅斯福站臺，開啟了一列塵封已久的車廂，這裡是他父親曾經打造的秘密基地，裡面有一臺老實的大屁股電腦，當初彼得父母在飛機上遭遇殺手追殺，臨死前就將絕密檔桉都傳輸到了這臺電腦上。
於是彼得·帕克也就看到了自己父親留下的影片，在影片中，彼得父親也說出了當年的真相，原來他是在得知諾曼·奧斯本企圖用自己的研究成果打造出生化武器，賣給境外勢力掙錢，這才選擇銷燬實驗體蜘蛛，並遠逃海外。
他開展變異蜘蛛的研究專案，是為了造福全人類，而不是給全世界帶來生化災難的，但他也只是個科學家，對抗不了諾曼·奧斯本這樣的大人物，遭到對方的陷害，不得不選擇逃難。
不過在此之前，他也留下了後手，在那批試驗蜘蛛中注入了自己的DNA，換言之，如果沒有他或者他的直系後代，相關的實驗專案就永遠無法開展下去，這也解釋了，為什麼奧斯企業這麼多年在變異蜘蛛的專案上毫無進展。
而彼得·帕克卻在被變異蜘蛛咬了之後，就獲得了這些超凡能力，變成飛天遁地的蜘蛛俠的原因。
在影片的最後，作為一個父親，理查德·帕克也表達了對自己孩子的虧欠，而看到這一切的小蜘蛛，早已經是淚流滿面了，他解開了心結，也原諒了自己父親當初的所作所為，因為父親所做的都是正義之舉。
正如同現在的她為了守護紐約、打擊犯罪，不得不犧牲掉和格溫的愛情一樣，他的父親當年也為了制止災難，守護自己的科研成果，不得不放棄了親情甚至是生命。
光幕外，彼得·帕克眼眶泛紅，嘴角卻勾起，笑著說道：“我就知道，我父親怎麼可能會是賣國賊？他是個偉大的科學家，一個善良、正義的好人！”
旺達則更好奇另一點：“按照你父親的說法，你之所以能變成蜘蛛俠，完全是因為你父親注入了他的DNA……哇哦，雖然我不太懂這些科學，但真的很神奇，你父親創造了蜘蛛俠！這算不算解開了蜘蛛俠誕生之謎？”
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影片中，當彼得·帕克在探尋父母離去的真相時，哈里·奧斯本也沒閒著，他被公司高層趕出了奧斯企業，但並未坐以待斃，而是想了個破局之法，單槍匹馬闖入了關押電光人的精神病院，繼而又假扮成實驗人員，製造混亂，試圖接觸電光人。
一個二十歲出頭，並且還患有絕症的富家子弟，在這種時候表現得卻如同一個接受過訓練的特工一樣，不得不說，死亡的威脅確實能夠大幅度的激發人的潛能，為了能活下去，哈里·奧斯本確實是豁出去了。
他想到的破局之法也不複雜，就是找電光人聯手，兩人都記恨上了蜘蛛俠，並且也受到了奧斯企業高層的打壓和迫害，擁有共同的敵人。
看到這兒，彼得·帕克收斂了笑容，皺眉道：“哈里變了，他變得讓我感到陌生……還有可怕，他不該找電光人合作，他寧願相信這個怪胎瘋子，也不願意相信我！”
旺達瞥了他一眼，說道：“或許在他眼裡，你和電光人都是怪胎，為了活下去，他會做任何事。”
電光人在這精神病院飽受折磨，但卻也悄悄積攢了大量的電力，面對哈利·奧斯本的合作要求，他沒怎麼猶豫就答應了下來，於是兩人立刻開展行動，先是回到了奧斯企業，對付那個光頭董事。
電光人在飽受折磨後，正應了那句殺不死他的都會讓他變得更強大，如今能力又得到了大幅度增強，甚至能夠藉助電流進行瞬移，在他的突襲下，光頭董事毫無反抗之力就被挾持，哈里·奧斯本逼迫他交出變異蜘蛛的毒液，然後一狠心注射到自己體內。
注射變異蜘蛛毒液後，哈里·奧斯本產生了強烈的不適反應，他的皮膚開始角質化，原本英俊帥氣的臉龐也變得逐漸猙獰可怕起來，但這並沒有讓他恢復健康，反而加速了病情發展，趴在地上顯得格外痛苦。
但也是運氣好，他看到了公司秘密研發的一種外骨骼戰甲，這個單兵戰甲具備適時治療功能，哈里·奧斯本艱難的爬了過去，最終穿上了這套戰甲，在接受了緊急治療後，他的身體狀況逐漸穩定下來，但心理卻緩緩墜入了深淵。
這套綠色的裝甲，觀眾們都很熟悉，正是上一輪問答遊戲曝光出來的綠魔套裝！
哈里·奧斯本最後還是變成了綠魔，他和電光人聯手，下一個要對付的就是蜘蛛俠了，然而此刻的小蜘蛛卻並不知曉危機來臨，他正忙著幹別的事。