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NERV本部，位於第三新東京市正下方。
雖然NERV本部，擁有類似人工智慧系統的MAGI系統，但也僅僅只是一個偽人工智慧系統而已。
Butler擁有強大的計算效能，以及先進的構架，只花費了數分鍾的時間，便取得了MAGI系統的許可權。
NERV本部的司令公務室。
葛城美裡正在向碇源堂彙報著關於石磊的資訊，司令公務室的全景螢幕中，顯示著石磊所在的房間。
石磊正無聊的逗弄著畸形魔，雖然畸形魔不存在智慧，但存在動物本能，感覺到了石磊的強大之後，畸形魔彷彿一隻小狗一樣，匍匐在石磊身邊。
石磊翹著二郎腿，但作為支點的那只腳，居然踩在了畸形魔身上。恐怖的畸形魔，根本沒有半點反抗的意思，反而溫順的匍匐著，一動不動的讓石磊有更好的踩踏感。
石磊知道NERV本部的相關人員，正在透過監控錄影檢視他，但他根本不在意。石磊突然升起了一股惡趣味，右手一招，在休息室中的一把椅子遭了秧，其中一條腿被石磊拆解了下來。
握著剛剛拆下來的金屬椅子腿，石磊踢了踢畸形魔，使用日語開口道：“等一會我將這個東西拋出去，你要給我撿回來。如果無法完成，將會受到懲罰！”
說完之後，也不管畸形魔是否聽得懂，石磊將金屬椅子腿拋了出去，然後用力踢了一腳畸形魔，又指著空中的金屬椅子腿。
畸形魔彷彿理解了石磊的意思，快速站了起來，向金屬椅子腿追去，當金屬椅子腿下落的時候，畸形魔跳了起來，兩隻爪子對著金屬椅子腿一抓。
擁有龐大力量的畸形魔，足以洞穿裝甲車和坦克的防禦，區區一條金屬椅子腿，顯然無法承受畸形魔的力量。
畸形魔看著變成了一地碎片的金屬椅子腿，顯然不明白發生了什麼事情，它只能返回石磊的身邊，匍匐著身體。
石磊故意惱怒道：“你這個蠢貨，你犯了兩個錯誤，你是一隻狗，怎麼可以站起來走路？還有，我叫你把它拿回來，不是讓你把它弄成碎片！”
說完之後，石磊右腳對著畸形魔踢去。這一次，隨著石磊右腳的動作，空氣中泛起了一圈圈肉眼不可見的圓形波動，畸形魔彷彿被萬噸重錘擊中，猛地倒飛出去，撞擊在了休息間的牆上，將牆壁撞擊得龜裂了一大片。
石磊卻彷彿不過癮一樣，伸出右手對著畸形魔一握，隨後上下擺動著手臂，畸形魔隨著石磊的動作，不停在天花板與地板撞擊。
連續撞擊了十數次之後，哪怕畸形魔的肌肉強度超過了鋼絲，但也被撞擊得七葷八素的。
石磊將畸形魔拉回了身邊，彷彿自言自語的說道：“哎呀呀，好像把牆壁、地板和天花板弄碎了，也不知道葛城美裡小姐會不會怪罪我！不管了，反正要是問我，我就說不知道。”
司令公務室的葛城美裡，額頭冒出黑線，有些無語的看著全景螢幕中的石磊。
碇源堂推了一下眼鏡，彷彿詢問葛城美裡和冬月耕造，又彷彿在詢問自己，“強大的精神力量具現化，還是直接控制向量，亦或者是控制重力？”
葛城美裡搖頭道：“不知道！這個神秘的少年，之前抵擋了N2的爆炸衝擊波，那種力量，簡直不應該是人類擁有的，他是使徒嗎？”
“不！根據我們的檢測，他不是使徒，而是純正的人類。”碇源堂隱藏在眼鏡背後的眼神，閃過一絲狂熱的目光，隨後恢復平靜。“無論如何，我們應該與這個神秘少年，保持良好的關係。葛城部長，這一個少年，交給你處理。”
碇源堂說完之後，全景螢幕中，石磊再次做出了驚人之舉。
只見石磊雙手捏拳，左右手的食指與拇指挨在了一起，隨後兩個拳頭各自分開移動，原本空無一物的雙拳之間，出現了一條黑色的繩索。
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葛城美裡驚呼了一聲，“那是什麼？”
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石磊並不是虛空造物，而是從儲物空間中，取出了一條黑色的繩索而已。石磊將這一條黑色繩索，套在了畸形魔的脖子上，彷彿將畸形魔真的當成了一條狗。
葛城美裡被石磊的舉動弄得有些發笑，“這個神秘的少年，將畸形魔當做寵物狗嗎？”
冬月耕造不善言辭，沒有說話。
碇源堂也沒有說什麼，只是吩咐道：“葛城部長，這個神秘的少年，就拜託你了！另外，還有碇真嗣，他需要寄宿在你家裡。下去吧，讓碇真嗣駕駛初號機，迎戰第三使徒！”
“是！”葛城美裡雖然有心反駁，但碇源堂是NERV本部的司令，她反駁不了，只能執行命令。
另一邊，石磊在畸形魔的脖子上，繫好了繩套之後，便牽著畸形魔離開休息間，按照Butler的指引，往凌波麗的方向走去。
一路上，不少NERV本部的人員，看著石磊牽著畸形魔，紛紛躲避開。雖然畸形魔在石磊手中，表現得如同一條狗一樣，但作為NERV本部的工作人員，誰不知道畸形魔的強大之處？
“那個少年是什麼人？”一名穿著白大褂的青年，低聲詢問著身旁的同伴。
另一名負責內部安全的人員，小心的握著突擊步槍，使用通訊器聯絡著上級部門，“緊急情況，緊急情況，在第十二休息區，發現一名未知身份少年，以及一隻畸形魔，請求支援。”
NERV的作戰部，立刻給予了回應，“緊急情況解除，沒有危險。”
但內部安全人員，依舊小心的戒備著畸形魔，哪怕他手中的突擊步槍，完全無法對畸形魔造成什麼重大傷害。
石磊沒有理會這名內部安全人員，牽著畸形魔繼續前進。
在司令公務室，雖然碇源堂表面上沒有對石磊有太多的顧忌，但實際上，他卻非常防範石磊。全景螢幕中，一直追蹤著石磊的畫面。
石磊牽著畸形魔繼續前進，畸形魔走在前面，石磊透過控制繩索的偏移方向，而改變畸形魔的行走方向。
“冬月，這名少年，你有什麼看法？”碇源堂詢問著副司令冬月耕造。
冬月耕造搖了搖頭，表示自己不知道，“無法確定這名少年的資訊，我們已經將這名少年的影象，發送到了魔都情報中心，但魔都情報中心，沒有發現這名少年的身份資料。無論是沃桑國、南朝國，還是夏國，都沒有這名少年的資料存在。”
“明白了！”碇源堂沒有說什麼，只是安靜的看著石磊。
石磊一路來到了醫療區域，他並沒有直接去找凌波麗，如果直接去找凌波麗，又怎麼解釋他為什麼知道凌波麗？
所以，石磊來到了醫療區域，攔住一名醫療人員，客氣的詢問道：“我需要一些補充鈣質的藥品，請問在哪裡可以獲得？”
初號機的機庫中，葛城美裡正在勸說著碇真嗣，因為碇真嗣並不想駕駛初號機和剛剛的第三使徒戰鬥。
碇真嗣現在還比較膽小與迷茫，再加上一點負氣的幼稚與懦弱，他坐在了初號機面前，只是使勁的搖頭。
站在上方觀察視窗的碇源堂，推了一下眼鏡，聲音冷淡道：“更換凌波麗駕駛，讓凌波麗再出擊一次。”
“可是，凌波麗的傷勢…”
碇源堂冷血的哼了一聲，“又不是死掉了！”說著，NERV總部一陣搖晃，顯然第三使徒正在向NERV總部進發。
“是的，司令。”
碇源堂與凌波麗通話後，確定了凌波麗再次出擊。
另一邊，石磊獲得了增加鈣質的藥品，他解開了畸形魔的繩套，將鈣片取出來，一顆一顆的丟出去，彷彿逗小狗一樣，讓畸形魔直接凌空吞食鈣片。
似乎無意之間一樣，石磊來到了初號機庫。雖然相關的人員試圖阻擋石磊，但看著石磊身邊的畸形魔，誰也沒有上來阻攔，而是快速的向上彙報。
“咦，葛城美裡小姐！”石磊高聲喊了一聲，然後帶著畸形魔走了過去。隨後又看著坐在地上的碇真嗣，捏著下巴道：“喲，你這是怎麼回事呢？”
葛城美裡瞪了一眼石磊，輕哼道：“少年，這裡是NERV機密區域，你怎麼進來的？”
正當葛城美裡說話的時候，三名醫務人員推著一個移動病床走了進來，凌波麗躺在床上，右眼和右臂分別包著紗布，情況有些悽慘。
凌波麗掙扎著想要從病床上起來，但她的傷勢似乎有些嚴重，正好這個時候，NERV本部再次發生了劇烈晃動。
病床上的凌波麗被晃倒在了地上，但她依舊想要堅持著站起來，駕駛初號機。
“葛城美裡小姐，這位少女是誰？”石磊饒有興趣的看著凌波麗，也不見石磊有什麼動作，凌波麗詭異的懸浮了起來，飄向石磊這邊。
碇真嗣雖然想要扶凌波麗，卻被石磊搶先了一步。
葛城美裡奇怪的盯著石磊，但還是回答道：“她是凌波麗，零號機的駕駛員，也可以駕駛初號機。”
“這樣說起來，你們希望她駕駛初號機出去和那個叫什麼使徒的醜陋生物作戰？”石磊皺著眉頭道，“她的傷勢很重，大約失去了百分之二十七的活動能力，戰鬥力至少下降了百分之六十，她怎麼戰鬥呢？”
葛城美裡咬了咬牙道：“如果凌波麗不去戰鬥，我們NERV本部有可能遭到毀滅。並且，全人類都會陷入危機之中。你這個傢伙，根本不明白啊！”
凌波麗雖然詭異的懸浮在空中，但她看向了石磊，聲音有幾分類似衣卒爾，冰冰冷冷的，但多了少女的音色。
“請讓我…呼…請讓我…參加戰鬥！”凌波麗的聲音有些斷斷續續的，夾雜著痛苦的呻吟，但語氣很堅定。
石磊有幾分無禮的撫摸著凌波麗淡藍色的頭髮，輕聲道：“Hi，Ayanami Rei。我暫時忘記了自己的名字。不過，你可以叫我石村七次郎。因為這個名字，讓我非常熟悉。”
凌波麗呼吸急促，NERV本部再次搖晃著，“石村君，請讓我…戰鬥…”
石磊笑著搖頭，“凌，假如說外面那個醜陋的生物死亡，你就沒有戰鬥的理由了吧？”
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