約在熹平年間（172-177年），冀州巨鹿郡人張角以學習黃老道為名，創立太平道。隨著信徒日益增多，遍布全國八州，張角漸生異心，暗中籌備起兵反漢。
範書《皇甫嵩傳》：十餘年間（約170-184年），（太平道）眾徒數十萬，連結郡國，自青、徐、幽、冀、荊、楊、兗、豫八州之人，莫不畢應。——其實，司隸、益州亦有信徒。
張角在鄴城（鄴縣屬冀州魏郡，且為郡治。）起家，再與信徒會於真定（真定縣屬冀州常山囯。），取“大業可定”之意。張角原定於中平元年（184年，按干支法，本年為甲子年。）三月五日起事[3]，不料其門徒唐周【範書《皇甫嵩傳》作“濟南唐周”，袁紀作“濟陰人唐客”。】向東漢政府告密，靈帝劉宏下詔查辦太平道並捉拿張角。
《搜神記·卷6》：起於鄴者，天下始業也，會於真定也。
範書《皇甫嵩傳》：（馬）元義數往來京師，以中常侍封諝、徐奉等為內應，約以三月五日內外俱起。
二月，張角見事情敗露，便提前發動叛亂。張角自稱“天公將軍”，其弟張寶、張梁分別為“地公將軍”和“人公將軍”。叛軍皆以頭戴黃巾以相識別，所以被稱為“黃巾賊”。
《太平御覽·卷687·服章部四》引《續漢書》：鉅鹿張角自稱天師，弟子數十萬人。始起兵，皆著黃巾以相識別，故世謂黃巾賊。
一時間，黃巾軍聲勢浩大，打得地方政府措手不及，官員百姓紛紛逃亡。
冀州甘陵王劉忠及安平王劉續被俘，常山王劉暠棄國逃走。後，劉忠與劉續被朝廷贖回並復國。
劉宏問計於群臣後，三月七日，朝廷宣佈解除黨錮，鼓勵士人及善於軍事者加入政府軍【曹操、孫堅、劉備均在這次歷史事件中嶄露頭角。】。河南尹何進拜大將軍，設八關【分別為雒陽周邊的函谷、廣成、尹闕、大谷、轘轅、旋門、小平津、孟津這八個關卡。】都尉，佈防雒陽周邊。
皇甫嵩與朱儁分別出任左、右中郎將，率軍四萬餘人，東討豫州潁川黃巾。北地傅燮拜護軍司馬，從皇甫嵩部；河間張超拜別部司馬、下邳丞吳郡孫堅拜左軍司馬，從朱儁部；侍御史太原王允拜豫州刺史，協同作戰。
盧植拜北中郎將，護烏桓中郎將【按《百官志》，並無“護烏桓中郎將”一職，疑為“護烏桓校尉”。】宗員為其副將，率軍至冀州討伐張角。
荊州南陽黃巾渠帥張曼成，自稱“神上使”，聚眾數萬人，攻殺太守褚貢，屯兵宛城。朝廷以江夏都尉秦頡為太守，與荊州刺史徐璆合力圍剿。
四月，朱儁部先入潁川，為黃巾渠帥波才所敗，朱儁與皇甫嵩退守長社縣城，波才隨即圍城。
汝南郡太守趙謙與黃巾軍戰於邵陵縣，大敗，趙謙僅以身免，功曹封觀等七人臨陣戰死。
幽州刺史郭勳與廣陽郡太守劉衛為黃巾軍所殺。劉備從校尉鄒靖討伐黃巾。
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五月，皇甫嵩定下夜襲火攻之計，騎都尉曹操率軍適時趕到，前後合擊，大敗波才軍，政府軍乘勢追擊，又在潁川郡陽翟縣（郡治）擊敗波才。
大將軍何進查辦馬元義桉，中常侍封諝、徐奉受牽連，一併伏法。何進因此功封慎侯。
六月，秦頡擊敗張曼成，斬之，黃巾餘黨擁趙弘為渠帥，據守宛城。
皇甫嵩與朱儁又擊敗黃巾渠帥彭脫於汝南郡西華縣，再平陳國黃巾，至此，豫州平定。皇甫嵩將功勞歸於朱儁，朝廷拜朱儁為鎮賊中郎將，封西鄉侯，轉討荊州南陽郡黃巾軍，皇甫嵩封都鄉侯，率軍東伐兗州黃巾軍。
盧植率軍數敗冀州黃巾軍，張角、張梁退守廣宗城，其弟張寶據守下曲陽城。盧植使巨鹿郡太守郭典圍攻下曲陽，自己率軍包圍廣宗，制器械籌備攻城。監軍小黃門左豐回京後卻誣陷盧植消極作戰，圍而不攻，劉宏大怒，將盧植以罪徵回，又以董卓拜東中郎將接管冀州戰事。
七月，董卓率軍與郭典合力攻打下曲陽，曠日攻城，仍未攻克。
《太平御覽·卷317》引《江表傳》：郭典字君業，為鉅鹿太守，與中郎將董卓攻黃巾賊張寶於下曲陽。——此條史料另見卷496。
八月，皇甫嵩率軍與兗州黃巾軍戰於東郡倉亭，大破之，傅燮率軍勇擒三名渠帥。另，兗州黃巾起事時，東阿縣丞王度燒倉庫響應，縣人程昱擊敗王度，保全一縣。
八月三日，朝廷詔令皇甫嵩北伐冀州黃巾軍，董卓以罪徵回。
自六月至八月，朱儁等人攻宛城而不克，劉宏求勝心切，欲罷朱儁，司空張溫勸解。朱儁聽聞，急令攻城，雖仍不克，卻斬殺趙弘。黃巾餘黨又擁韓忠為渠帥。
朱儁又以聲東擊西之計，攻破外城，韓忠困守內城，使人求和，朱儁不許，再戰之時，韓忠突圍失敗，遂降。秦頡以積忿殺韓忠，黃巾餘黨又叛，擁孫夏為渠帥，困守內城。
約九月，張角病死於廣宗城。
十月，皇甫嵩與張梁交戰於廣宗，斬之。皇甫嵩將張角剖棺戮屍，傳首京師。再北上圍下曲陽，與郭典合力攻城。
十一月，皇甫嵩攻破下曲陽城，斬張寶。朝廷拜皇甫嵩為左車騎將軍，領冀州牧，封槐裡侯，封邑八千戶。
十一月二十二日，朱儁攻破宛城，孫夏突圍而出。朱儁率軍追至西鄂精山，斬之。朝廷拜朱儁為右車騎將軍。朱儁以孫堅先登有功，表為別部司馬。
陳志《孫破虜討逆傳》：汝、潁賊困迫，走保宛城。（孫）堅身當一面，登城先入，眾乃蟻附，遂大破之。（朱）儁具以狀聞上，拜堅別部司馬。
十二月二十九日，朝廷宣佈大赦天下，改元“中平”。
曹操拜濟南相，傅燮拜安定屬國都尉，劉備拜安喜尉；盧植、董卓免罪，盧植官復原職。
皇甫嵩奏請免除冀州一年田租，劉宏批准。
本年，劉宏在南宮查閱舊章，見到楊賜等人在光和四年（181年）及六年（183年）上書要求查辦太平道的奏章，便下詔以“先策黃巾”為楊賜等人封侯。
中平二年（185年）春，朱儁班師回京，復領光祿大夫，封錢塘侯，封邑五千戶，加位特進。
揚州黃巾軍攻打廬江郡舒縣（郡治），太守羊續率軍討平之。
中平四年（187年）二月，司隸河南尹滎陽發生黃巾軍叛亂，攻殺中牟縣令落皓及主簿潘業。河南尹何苗率軍平叛。
三月，何苗平定滎陽黃巾，朝廷拜何苗為車騎將軍，封濟陽侯。
中平五年（188年）二月，黃巾渠帥郭泰起兵於幷州西河郡白波谷，攻打太原郡、河東郡，聚眾十餘萬人。其部下有韓暹、楊奉、胡才、李樂等人。
四月，汝南郡黃巾起兵於葛陂鄉，攻打周邊郡縣。沛國譙縣人許褚率宗族與其對抗，陳王劉寵率數千強弩屯兵都亭。
範書《孝明八王列傳》：中平中，黃巾賊起，郡縣皆棄城走，寵有強弩數千張，出軍都亭。國人素聞王善射，不敢反叛，故陳獨得完，百姓歸之者眾十餘萬人。
六月，益州黃巾渠帥馬相、趙祗起兵，攻殺綿竹縣令李升，聚眾萬餘人；
馬相又派遣王饒、趙播等人攻克廣漢郡雒縣（州治及郡治），殺益州刺史郄儉【王饒、趙播見《華陽國志·卷5》及“卷10下”，《太平御覽·卷441》引《益部耆舊傳》作“趙蕃”。】。
馬相自稱天子，再攻克巴郡，斬殺太守趙部。
益州從事賈龍率軍擊敗馬相，使人迎新任益州牧劉焉入蜀，劉焉以綿竹縣為州治。
初，從事（郄儉置）燕邠聽聞郄儉遇難，獨自赴難而死。劉焉聽聞此事，將不敢赴難的從事董馥、張胤二人誅殺以示懲戒。
《華陽國志·卷10下》：（燕）邠為刺史郄儉從事，使在葭萌，與從事董馥、張胤同行。儉為黃巾賊王饒、趙播等所殺，邠聞故哀慟，說馥、胤赴難，二人不可。邠嘆曰：“使君已死，用生何為！”獨死之。牧劉焉嘉之，為圖象學官，誅馥等。
縣令錡裒遇害，主簿韓揆隨賈龍參與平叛，斬殺馬相後，韓揆自殺殉主。
《華陽國志·卷10中》：韓揆，字伯彥，綿竹人也。為令錡裒主簿。值黃巾賊入界，扶裒走入草中。裒遣求隱翳處，未還，裒為賊所得，見害。揆殯殮葬埋訖，詣從事賈龍求兵討賊。賊破，曰：“本報令君，而苟自活，非忠。”乃自殺。錡裒疑為雒縣令。
十月，青、徐兩州又出現黃巾軍。朝廷拜陶謙為刺史，陶謙以泰山人臧霸、孫觀等人為將，大破黃巾。
十一月，朝廷令下軍校尉鮑鴻討伐葛陂黃巾，不克。
十月三日，朝廷（董卓）使牛輔率軍討伐白波黃巾，不克。
因為孔融多次忤逆董卓，董卓使三公府舉孔融為北海相。孔融實無領兵之才，先後為黃巾渠帥張饒、管亥所敗。鄭玄之子鄭益恩率家兵赴難，為管亥所殺。
張饒見範書《孔融傳》，《袁紀·卷30》作“張餘”；管亥見範書《孔融傳》及陳志《太史慈傳》等。
初平元年（190年）正月，關東反董聯軍起事，白波黃巾攻打河東郡。
孫堅率軍在荊州南陽郡內宛縣及鄧縣兩地討伐黃巾。
陳志《程普傳》：（程普）從孫堅征伐，討黃巾於宛、鄧。
此後，袁紹、袁術等人均聯絡附近黃巾為盟友，共同反董。
陳志《武帝紀》：汝南、潁川黃巾何儀、劉闢、黃邵、何曼等，眾各數萬，初應袁術，又附孫堅。陳志《臧洪傳》：足下（陳琳）譏吾（臧洪）恃黑山以為救，獨不念黃巾之合從邪！
青州刺史焦和率軍西進欲參加反董聯軍，但青州黃巾起事，焦和率軍與黃巾軍隔河對峙。後，焦和病逝，袁紹與公孫瓚爭戰，青州遂亂。
陳志《臧洪傳》裴注引《九州春秋》：是時英雄並起，黃巾寇暴，（焦）和務及同盟，俱入京畿，不暇為民保障，引軍逾河而西。……黃巾遂廣，屠裂城邑。
初平二年（191年）十一月，青州黃巾軍攻打兗州泰山郡，為太守應劭所敗，遂轉攻冀州勃海郡。公孫瓚與青州黃巾軍戰於東光縣，大敗黃巾。朝廷（董卓）拜公孫瓚為奮武將軍，封薊侯。
本年，前將軍趙謙討伐白波黃巾軍，有功，封郫侯。
範書《趙謙傳》：（趙謙）轉為前將軍，遣擊白波賊，有功，封郫侯。
——可推楊奉此時歸李傕，郭泰、韓暹、胡才、李樂等重返黑山。於夫羅在流亡期間，多次聯合白波、黑山作亂。
豫州刺史（袁術置）孫堅表奏朱治行督軍校尉，率步兵騎兵，前往徐州，協助徐州刺史陶謙平定黃巾。
陳志《朱治傳》：（孫堅）表（朱）治行督軍校尉，特將步騎，東助徐州牧陶謙討黃巾。
初平三年（192年），青州黃巾軍入兗州，攻殺任城相鄭遂。兗州刺史劉岱迎戰，敗亡。濟北相鮑信等人迎東郡太守（袁紹置）曹操入兗州，至本年冬，青州黃巾三十萬降於曹操。
約初平四年（193年），青州黃巾渠帥管亥圍攻北海國都昌縣，孔融使太史慈向平原相劉備求援，待劉備率三千人馬增援，管亥解圍而走。另，鄭玄之子鄭益恩在此戰中殞命。
《太平御覽·卷362》引《鄭玄別傳》：（鄭）玄一子名益，字益恩。年二十三，相國孔府君舉為孝廉。府君以多寇屯都昌，為賊管亥所圍，乃令從家將兵奔救，遇賊見害，時年二十七也。
興平二年（195年），皇帝劉協從長安返回雒陽途中，被李傕等人率軍追擊。護送將領之一的楊奉，原為白波黃巾軍將領，他派人去聯絡白波黃巾軍將領李樂、韓暹、胡才及匈奴左賢王去卑前來護駕。
十二月，東歸隊伍抵達河東郡安邑縣。
建安元年（196年）正月，曹操討豫州汝南、潁川郡黃巾，何儀降。朝廷（劉協）拜曹操為建德將軍。
李通討伐汝南郡黃巾軍，生擒渠帥吳霸，吞併其部。後，李通率眾歸附朝廷（曹操），拜振威中郎將，屯兵於汝南郡西界。
陳志《李通傳》：（李通）又生禽黃巾大帥吳霸而降其屬。李通本荊州江夏郡人，亂世時起兵於汝南郡郎陵縣。
六月，胡才留在安邑縣，李樂、楊奉、韓暹、董承隨劉協返回雒陽，途中李樂退出。
六月二十二日，東歸隊伍抵達雒陽，韓暹拜大將軍並領司隸校尉，楊奉拜車騎將軍。曹操寫信盛讚楊奉，楊奉大喜，表曹操為鎮東將軍、嗣其父爵位費亭侯。
之後楊奉出屯梁縣，韓暹與董承在雒陽爭權。
八月，董承私招曹操進京為援，韓暹被迫投楊奉。曹操騙過楊奉，將劉協轉移至許縣定都。
十一月，楊奉、韓暹作亂，被曹操擊敗，轉投袁術。
之後，楊奉被劉備詐殺，韓暹北歸途中遇難，李樂病死，胡才為仇家所殺。白波黃巾自此消亡。
本年，鄭玄自徐州返鄉（青州北海國高密縣），途遇黃巾軍，黃巾軍聽聞鄭玄大名，沿途跪拜兩旁，約定不去侵略高密縣。
建安五年（200年），曹操與袁紹相持於官渡，汝南黃巾劉闢叛曹應袁，袁紹使劉備助其攻打許都，曹操則派曹仁討平之。
建安七年（202年），吳郡太守、行扶義將軍（孫權置）朱治，討伐黃巾餘黨陳敗、萬秉等人。
陳志《朱治傳》：（朱治）征討夷越，左定東南，禽截黃巾餘類陳敗、萬秉等。
自孫權掌權，揚州各地多有黃巾作亂，長史張昭率軍討平之；會稽郡官吏留贊與黃巾軍作戰，陣斬渠帥吳桓。
陳志《張昭傳》裴注引《吳書》：（孫）權每出征，留（張）昭鎮守，領幕府事。後黃巾賊起，昭討平之。
陳志《孫峻傳》裴注引《吳書》：留贊字正明，會稽長山人。少為郡吏，與黃巾賊帥吳桓戰，手斬得桓。
建安八年（203年），曹操部將樂進討伐青州樂安黃巾，定樂安郡。
建安十二年（207年）十月，濟南、樂安黃巾徐和、司馬俱等攻克郡縣，殺害濟南王劉贇。朝廷（曹操）令典軍校尉夏侯淵督泰山（太守呂虔）、齊、平原三郡【建安十一年（206年），朝廷（曹操）廢八郡國，齊國、平原國名列其中，故本年稱郡。】討平之，屯兵徐州東海國的威虜將軍臧霸亦有戰功，戰後領徐州刺史。
自此，漢末史書再無黃巾起事。