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因“k”之卡組而引起的風波平息後，新一屆的海馬杯決鬥大賽（簡稱kc大賽）終於在俊也等人的暑假中迎來了開幕式。作為怪獸決鬥的熱衷者，俊也和神原等人理所當然的也參加了大賽。但是，在這場大賽的幕後，卻有著錯綜複雜的事情不斷發生：存放在海馬財團裡的另外一套“k”之卡組莫名失蹤；參加比賽的決鬥者在賽前不斷的遭到自稱“法老王”的神秘人襲擊；兩批來自中國的神秘決鬥者和佩戴著金色手鈴的埃及少年同時盯上了俊也胸前的無名碎片；名為“梅比烏斯”的千年刺客團混在比賽選手中不斷向俊也等人襲來。而且，海馬財團的代社長圭平竟然在幾名比賽選手身上見到了十五年前的熟悉面孔和卡組…
主角簡介：
高橋俊也：本書主角，十五歲，目前童實野中學三年級就讀中。受到身為漫畫家和職業遊戲人的父親影響，從小就喜歡看漫畫和玩怪獸決鬥，因此也一直沒少挨母親的大棒教育（笑）。志向是考上著名的決鬥學院，然後畢業成為職業決鬥者。為人強調決鬥六感中的心靈交流，他使用的卡組是名為“k之世界”的超珍稀卡組（全世界限量三套發行）。
荷露斯：俊也隨身攜帶的一塊銀色碎片（神諭的律法書）中被封印了三千餘年的神秘靈魂，因為被俊也無意中以自己的鮮血從碎片的封印中解放出來，所以為了報恩而把俊也稱為“老大”，自己則以俊也的小弟自居。
布洛克神原：俊也的同班同學，十五歲，從決鬥學院中等部轉學到俊也所在的童實野中學的少年。由於喜歡使用積木型卡組，所以被人稱為“布洛克（block，方塊的意思，這裡作‘積木’解釋）神原”。其真實身份是世界ocg協會的“規則維持部”派出奪取“k”卡組的監察者之一，在與俊也的交戰中化敵為友。暗戀六音，經常為了六音而敲打俊也的腦袋…本人相當的熱衷於怪獸決鬥和收集怪獸卡，以前曾經因為得到第二代決鬥王遊城十代專門製造的珍稀卡片而自豪的宣揚了將近半年。受俊也的影響，開始慢慢的執著於決鬥六感中的“觸覺感官”中。他所使用的卡組名為“積木王國”，在得到兄長的卡片強化後進化為“積木；天地亞神”卡組。
不動煌：俊也的同班同學和死黨，十五歲，名門不動家的二少爺。雖然同樣喜愛怪獸決鬥，但是與出身自決鬥學院的兄長不動信吾不同，他的決鬥技術極差…使用的卡組是帶有自閉性質的防衛卡組。
貘良六音：俊也的同學，十五歲，個性非常文靜的女孩子。因為和俊也等人同樣喜愛怪獸決鬥，所以經常和他們混在一起。雖然表面上看起來沒什麼關係，但是她從名字到相貌都和從前某人死去的妹妹非常相像…她所使用的卡組是強調“決鬥六感”中較弱的一環：重視聽覺的音樂卡組。
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貘良天音：藉助神秘的銀色指環的力量潛藏在六音體內，長得和六音一模一樣的靈魂。雖然個性較為殘忍，但是卻對六音關懷倍至。她的真實身份到底是…？
海馬紀紗：海馬財團社長海馬瀨人的女兒，十四歲，俊也等人的學妹，童實野中學二年級生（現跳級三年級就讀中）。個性孤傲冷漠，沒有什麼過於起伏的感情。因為擁有與普通人不同的奇特藍色眼瞳和出眾的白色秀髮，因此被要好的同學們戲稱為“白龍公主”。平時家教甚嚴，尤其是被父親禁止玩怪獸決鬥，所以幾乎沒什麼朋友。因為這一段時間父親去了埃及，照料權落到了她的叔叔圭平和負責公司事務的磯野身上，這才讓她與外界有了更多的接觸，同時在決鬥方面的天份也逐漸發揮出來。在她身上唯一的謎團就是她那從來沒有在任何人面前出現過的母親，因為據說海馬瀨人似乎從來沒有女朋友，更別說妻子了…她所使用的卡組叫做“海馬樂園”，是圭平託佩格薩斯專門為她製作的卡組。
本篇登場配角：
海馬瀨人：kc大賽的主辦者之一，海馬財團社長兼決鬥學院理事，紀紗的父親。
歌特薩多；克裡夫特：kc大賽的主辦者之一，歌特薩多財團的社長，同時也是哈妮的養父兼家庭教師。總是帶著一臉平和的笑容，讓人覺得他很容易親近。
不動信吾：kc大賽的主辦者之一，不動集團的老闆，同時也是阿煌的兄長，為人喜歡刁難人…
海馬圭平：海馬財團的副社長及代理社長，在兄長海馬瀨人遊走於世界各地忙於公司業務的時候，一直是由他和他的妻子姬原由美負責打理日本總部的工作。因此上這一屆kc大賽名義上是由海馬瀨人主辦的，其實所有的事項都是由他們夫妻一手經辦。現在的他因為工作的緣故，已經放下了當年由佩格薩斯專門為他製作的數碼卡組很多年了。對他來說，目前平常的生活雖然緊張但也樂趣十足，唯一的願望就是家裡能再添一個健康的寶寶。
遊城十代：g的主角，第二代目的決鬥王，現在是海馬財團和幻影公司特聘的自由卡片設計師。因為曾經幫助過俊也，所以俊也對他很有好感，但卻有一段時間根本不知道他的真正身份。作為kc大賽的“彩頭”，他將被安排在決鬥中心等待著與這一次kc大賽的冠軍交手的機會。而他現在使用的卡組，是完全經過他自己重新製作的全新e；hero卡組。
天上院明日香：十代的同學兼愛妻，現任ocg協會；規則維持部的規則制訂員。跟隨著十代來到海馬樂園，目前擔任的是部分決鬥的現場記錄及資料收集的工作。
遊城夜：十代與明日香的愛女，雖然年紀不大但決鬥實力卻極度強勁。真實身份是決鬥王遊城十代和天上院明日香的女兒，使用的卡組是混合了e；hero和電子女郎的電子英雄卡組。
夏克；杜樸爾：遊城夜的跟班，不明國籍的西方少年，綽號“鯊魚小正太”。外表年齡和遊城夜差不多，實際年齡不詳。因為“不小心”欠了小夜的人情所以“被迫”充當她的跟班，為人有著和外表不相稱的老成感。卡組據說是…？
萬丈目準：kc大賽的主辦者之一，世界級大財團萬丈目財團的代理總裁及日本分部總裁，是將萬丈目財團提升到與海馬財團同等地位的傑出人物。但卻意外的不喜歡呆在辦公室裡批改檔案，而是經常駕車（動用財團的財力為自己特製的純白色法拉利，全世界僅此一輛）出去兜風，據說是為了找某人決鬥。不過從他頻繁出門的次數來看，每次恐怕都是他在輸…
哈妮；克裡夫特：歌特薩多財團的副社長，經常以一身火辣的粉紅緊身裝出現的女子，曾經是身為漫畫家的俊也父親的學生。由於自幼受到決鬥教育，決鬥技術相當出色。受俊也“決鬥六感”的薰陶，喜歡把自己的戰術風格稱為“決鬥六感中的味覺戰術”，使用的卡組是pink怪獸和天使系怪獸混合在一起的天使卡組。
魂天繞：看上去只有十歲的少年，身上穿著與決鬥學院制服式樣相同的黑色制服，經常帶著一輛銀色的玩具四驅車出沒在賽場附近，真實身份不詳，似乎更像是某人派來的探子…
森蘭丸：世界ocg協會的常務理事長，魂天繞的直屬上司，身上擁有著數不清的謎團。
尤利婭：世界ocg協會的三大監察官之一，以三幻魔之一命名，綽號“神炎的尤利婭”，本名不詳。
哈蒙：世界ocg協會的三大監察官之一，以三幻魔之一命名，綽號“降雷的哈蒙”，本名不詳。
拉比艾爾：世界ocg協會的三大監察官之首，以三幻魔之一命名，綽號“幻魔的拉比艾爾”，本名不詳。
雷鵬：為了參加這次的kc大賽而和妹妹雷燕從中國的決鬥世家：雷氏宗家遠道而來的少年決鬥者，十七歲，為人冷靜沉著，有著與常人不同的決鬥方式。
雷燕：和兄長雷鵬一起從中國來到童實野町參加kc大賽的少女，十五歲，性格活潑開朗。
遊南龍：一個性格孤僻的中國少年，十六歲，從小到現在沒有什麼朋友，只有以決鬥來排遣自己的孤獨，唯一的朋友是雷鵬兄妹和洪家少爺洪風翔。這次本打算跟著他們一起來到日本參加kc大賽，但是卻因為洪家人的阻撓而遲來一步，幾乎沒能報名。後來得到海馬的幫助，才得以順利的進入大賽。他所使用的卡組名為“c；hero”，是一套能和“k”之卡組和遊城十代的“e；hero”卡組產生奇妙共鳴的卡組。而這套強大到足以壓制“k”和“e”系列的卡組來歷，卻有著一個不為人知的內幕…
蘇爾；曼尼：沙烏地阿拉伯的決鬥王，為人豪邁爽朗，擅長使用各種壺類怪獸組成的壺卡組。
龍魔天勝：參加kc大賽的決鬥者，名字是化名，其本名及來歷均不詳，似乎曾經是上一全球職業怪獸決鬥大賽青年組的冠軍，也就是初代決鬥王；武藤遊戲的弟子…表面上性格冷淡，對於其他人表現出的態度總是愛理不睬的，但實際是個相當注重朋友情義的人。
天上院吹雪：在第二輪選拔賽中和俊也同樣分配在一個四人小組內的男子，和身為決鬥王的遊城十代似乎關係相當密切。雖然年紀已經不小，但卻仍然喜歡耍帥出風頭，在他的身後也經常跟著一群被他所迷倒的女子，每次都讓看到他的俊也等人尷尬不已。
冰狩獵：來自太平洋諸島上的十五歲少年，日裔決鬥者，性格如冰般冷漠。真實身份是千年前的神秘王族--冰狩家族的現代當家主。相傳冰狩家族是守護著神秘的圖畫“撒旦的天使者”的世族，在家中潛藏著超越常人力量的“七魔使”，以及更強力的護衛者…
持明院草六：參加kc大賽的決鬥者，名門持明院家的現任家主，是個熱愛自然的環保主義者，對於海馬財團長年以來因為發展而無端破壞自然的做法非常不滿，因此才決定參加這一屆的kc大賽，希望可以藉此找到對海馬財團的社長海馬及副社長圭平進行勸誡的機會。因為熱愛自然，所以連使用的卡組都是結合了所有動植物系怪獸的自然卡組，但也因此對於破壞自然的人類極度仇視，除了必要的接觸外幾乎都不怎麼去理會其他的決鬥者。另外，他長得和前作的某人很像…
普羅斯特；藤原：從美國而來的少年決鬥者，身份不詳。因為在來日本的遊船上和冰狩獵相識，因此便作為臨時的夥伴一起行動。經常掛在嘴邊的話是“別總叫我藤原！”
洪寒水：從中國到來參加參加kc大賽的決鬥者，出身自和雷氏宗家敵對的洪氏宗家，此次的目的並不是為了奪取冠軍，而是奉家主之命借決鬥來打擊雷家兄妹，他所使用的卡組是和他的心一樣冰冷的水系卡組。
洪風翔：和管家洪寒水一起從中國到來參加參加kc大賽的決鬥者，身為洪氏宗家的長子負有不得不與少時的好友雷鵬一決高下的使命，他所使用的卡組是由熾烈的風和火熱的炎組成的雙屬性卡組。
拉姆西斯；萬世：參加kc大賽的決鬥者，背負著曾經戰勝過埃及兩大決鬥王安亞拉特和瑪利克；伊修達爾的“最強決鬥者”之名由埃及而來。在他的手上戴著古埃及皇族末裔才能擁有的“千年手鈴”，指名要和前兩代的決鬥王武藤遊戲和遊城十代一決高下。
千年刺客團“梅比烏斯”成員：
羅德羅；利：自大又無能的千年刺客，目空一切的性格令人生厭，因為本領太低而只配持有邪器碎片，使用的卡組是集合了多種破壞效果卡片的破壞型昆蟲卡組。
斯提魯；卡邁羅：梅比烏斯的下級千年刺客，和羅德羅一樣只配持有邪器碎片，使用的卡組是以“氣球蜥蜴”為主力的爬蟲類卡組。
蛟島政：參加kc大賽的決鬥者，千年刺客之一，為人陰險狠毒，擁有千年邪器“千年牙”。使用的卡組是以多種融合效果為主的爬蟲卡組，主力卡是複製的三大妖神獸之一“神降的魔蛇王”。
永珍娟子：參加kc大賽的決鬥者，千年刺客之一，同時也是俊也的級任老師，擁有千年邪器“千年腰帶”。使用的卡組是多種怪獸搜尋型的獸族卡組，主力卡是複製的三大妖神獸之一“恐懼的獄象帝”。
爪田刃太：參加kc大賽的決鬥者，千年刺客之一，喜歡開別人的玩笑，同時也經常是挑起現場氣氛的開心果，擁有千年邪器“千年爪”。使用的卡組是以綜合多種常用卡為主的獸族及獸戰士族卡組，主力卡是複製的三大妖神獸之一“魔皇的黑豹神”。
火馬遊雲：參加kc大賽的決鬥者，在外人面前表現出一副溫文有禮的樣子，但是其真正的身份，則是千年刺客團“梅比烏斯”的最高領導者“k”…