漩渦鳴人雖然理解木葉村忌憚曉組織的存在，幾乎將她禁足，但是理解歸理解，不代表她本人樂意接受。
還好自來也提出折衷的方案：“如果你的實力能夠獨當一面，足夠在曉組織面前全身而退，放任你在外執行任務也不要緊。等你什麼時候學會仙術再說吧。”
於是她繼續前世未完成的仙術修行，並很快畢業回到木葉村。
回村休息放鬆了兩三天，正準備接取新的任務，但是不知為什麼，本該日後才發生的監獄暴動事件，被水木提前引發了。
從監獄裡逃跑的犯人，比前世多了很多音忍俘虜。而負責抓捕犯人的忍者，卻比前世更少。這是因為大蛇丸的穢土轉生軍團，令木葉村元氣大傷，造成的忍者損失比前世的木葉崩潰計劃更慘重。所以留守在木葉村的忍者嚴重不足，捉襟見肘。偏偏與此同時，日向寧次居然叛逃了。
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劇情裡的佐助追擊戰，雖然抽調不出戰力，但好歹拼湊出幾個木葉小強。
可這次，連木葉小強都去幫助抓捕越獄的罪犯了。
於是漩渦鳴人自告奮勇，負責將寧次帶回木葉村。她也暗下決心，這次不會犯前世的錯誤。即使日向寧次抗拒，她也有把握將他強行帶回木葉村。
綱手看她躍躍欲試的樣子，再加上自來也提前打包票說漩渦鳴人確實學會仙術，就將追回日向寧次的任務交給漩渦鳴人了。
漩渦鳴人留下兩個影分身製造仙術查克拉後，下意識的按照前世路線追擊。
她的第一個對手是還次郎坊。她被次郎坊用土遁·結界·土牢堂無困住後，知道攻擊土牆也會馬上恢復，還會被土牢吸收查克拉。
她也沒有慌張，本想著直接進入仙人模式，然後強行突破。
卻沒想到次郎坊吸收了仙術查克拉後無法控制，身體變成石蛙。
“我還沒動手呢，你就死了。”
漩渦鳴人修煉仙術時，儘管森作仙人再三強調危險性，卻因為森作仙人一旁護法最多區域性蛙化，沒有什麼實感。首次見識仙術的危險還是敵人給她上了一課。
第二個對手鬼童丸令她心情複雜。
前世鬼童丸將他們戲耍，後來是被寧次解決的，這次居然是帶走寧次的人。
不過，不論是戰鬥經驗還是實力，她已經今非昔比。
鬼童丸的混合查克拉的蜘蛛絲，她能用附著風性質查克拉的苦無切斷。
鬼童丸用通靈之術召喚大蜘蛛釋放大量小蜘蛛，她也能用火遁燒個乾淨。
“難怪弟弟說忍術用時放恨少，要是不會火遁還真有點麻煩。”
不過，她不像波風鳴人什麼忍術都想學，風火土各類淺嘗輒止的學兩三個忍術就夠用了。而且，簡單粗暴而又出其不意才是她的戰鬥風格，至於波風鳴人說的融會貫通、千般忍術信手拈來什麼的，她想想都覺得麻煩。
鬼童丸的秘術·粘金之鎧，能從身體的汗腺分泌出粘金後形成堅硬的保護膜。劇情裡此術曾正面抵擋了寧次的八卦六十四掌，卻被螺旋丸一擊破碎連人轟飛。
正面交戰，鬼童丸手段盡出也不是漩渦鳴人的對手，反而被她用影分身圍毆。
鬼童丸只好進入咒印二的狀態，在森林中不斷變換位置，遠端放冷箭。
漩渦鳴人一想：音忍五人眾在木葉村折損了君麻呂和左近右近，又幹掉一個胖子，剩下的兩個，剛好還有兩次進入仙人模式的機會對付。至於寧次，前世就是手下敗將，充其量和前世此時的佐助一樣。而我更強了，手到擒來。
於是為了節省時間，她解開一個影分身，直接進入仙人模式，以仙人感知鎖定鬼童丸。然後瞬身到鬼童丸身邊，一發仙法·大玉螺旋丸將鬼童丸砸到地面，轟出一個大坑，鬼童丸當即血肉模糊的粘在土坑裡。然後頭也不回的追擊多由也。
情況比她想象得還順利。仙人模式狀態的她速度大增，在仙人模式狀態結束前，就追上了多由也。
多由也以通靈之術召喚出三隻鬼怪一樣的人形通靈獸，使用魔笛·幻舞操曲操縱三隻怒鬼，吹奏引以為傲的死亡旋律。
結果令多由也驚駭的是，體型巨大肌肉膨脹的三鬼，反而在力量方面被漩渦鳴人碾壓。三鬼被漩渦鳴人三下五除二打成重傷消散。
多由也只好使用笛子吹奏魔笛·夢幻音鎖，試圖以幻術對敵，卻發現對漩渦鳴人無用，才想起對方是人柱力，可以用尾獸查克拉干擾自身查克拉破解幻術。
殊不知發揮破解幻術作用的是漩渦鳴人體內另一個龍脈查克拉生命萌妹子薩拉。
在仙人感知下無處藏身的多由也毫無懸念的敗了。
漩渦鳴人擔心用大玉螺旋丸會誤傷多由也背後桶棺裡的日向寧次，因此她只是一手用螺旋丸轟中多由也，另一只手順便在多由也被擊飛前奪下桶棺。
多由也沒被大玉螺旋丸按在地上摩擦，再加上處於實力倍增的咒印二狀態，所以她只是重傷退出咒印二狀態，吐了幾口血，沒有當場死亡，比鬼童丸命好。
漩渦鳴人迫不及待的揭開桶棺上的封印咒符，開啟後卻發現空無一人，只有寧次的外套和女款式的衣服。
她不由轉身怒視多由也，氣急敗壞的質問道：“可惡，寧次在哪裡？”
她還以為是因為桶棺上的封印阻礙了仙人感知的探查，沒想到日向寧次根本就不在，這和前世佐助的情況不一樣。那麼，寧次在哪裡？
手腳張開躺在地上的多由也嘴角溢血的說道：“雖然現在你知道也晚了，但是為了避免節外生枝，我一個字都不會告訴你。”
漩渦鳴人一邊走向多由也一邊威脅道：“不說？那就去死。”
多由也嘴巴一張一翕的說道：“即使你不殺我，以我現在苟延殘喘的狀況，也活不下去了，橫豎都是一死。”
漩渦鳴人啞口無言。戰鬥她會，療傷她就不會了。九尾查克拉雖然能恢復她自己的傷勢，但是如何用來救人，那是她到目前為止都不會的事。
“果然是忍術用時方恨少啊。”
轟——聽到爆炸聲，漩渦鳴人下意識的回頭看，旦見林間樹木枝葉搖晃，婆娑作響。滾滾氣浪撲面而來，似乎有點溫熱。
“發生了什麼事？”
漩渦鳴人內心疑惑，但更重要的是日向寧次的下落，回頭發現多由也不見了。
“多由也呢？傷到那種程度還能跑嗎？不過，她跑不了多遠。”
她再度擴大仙人感知範圍搜尋多由也，卻感知到多由也在高速移動遠離自己，身邊還有一個查克拉波動。
“原來還有同夥啊，我就說嘛。如此快的速度，大蛇丸還有什麼我不知道的王牌嗎？該不會是大蛇丸等不及了親自到場了吧？如果是大蛇丸，正好前世今生的賬一起清算。咦？前進方向是終結之谷？呵呵，這次我可不會失手了。”
精神世界裡的九尾說道：“說出來你可能不信，另一個是你弟弟的查克拉。”
漩渦鳴人果然不信：“別開玩笑了，怎麼可能是我弟弟？就算查克拉一樣，也可能是敵人偽裝挑撥離間。
有偽裝外貌的變身術，誰能肯定沒有偽裝查克拉的能力？我記得有個紅眼甚至能製造虛擬的經絡系統和查克拉流動騙過寧次的白眼呢。”
薩拉明智的沒有“汙衊”波風鳴人。漩渦鳴人本來就天真，涉及弟弟更容易感情用事，智商欠費。