世界樹凋零之後，羅尹詢問神之心，原來三神器早在千年以前就已經預知了這件事的發生。
三神器的性格各有不同，其中——
神之心（洞悉生與死的輪迴）：公平交易、凡事皆有代價。
神之劍（窮盡一切力量的法則）：身體力行、萬事皆有可能。
神之冠（觀測過去與未來）：目的明確、做事不擇手段。
神之冠在千年前預知了世界樹的凋零，於是三神器開始積極尋找治療世界樹的方法。
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它們看中了彼時在尹甸大陸中飄無定所的人類，將他們引導至世界樹邊上，建立了主城西德尼亞。
因為西德尼亞的生存高度依賴世界樹，世界樹的凋零代表著西德尼亞與世界樹內各方小世界的聯絡將被切斷。
人類無法再從小世界中獲得資源，千年來的積蓄將毀於一旦。
因此，人類與三神器的利害在此刻達成一致，它們共同的目的都是為了拯救世界樹。
其中，神之冠在暗中掌控人類的權勢階層，便是它散播了那則傳說，指引傳承者們去攻略世界樹，它的這一代神使是薇拉·艾爾蘭。
神之劍則幻化成了少年葉傾塵，在隻身調查世界樹的過程中，它與十年前的秦柳結下了因緣，並最終選擇了她作為自己的神使。
而神之心則是選擇了羅尹，最後，三神使匯聚在了一起。
他們得知尹甸大陸也不過是一方小世界罷了，就如同它們可以侵略其他小世界一樣，第十七層的惡魔也可以透過特殊方法傳送到尹甸大陸侵略它們。
最後，人類在荒野上挫敗了惡魔的進攻，同時世界樹的攻略組也趁此機會再次攻略第十七層，將深淵的惡魔一舉殲滅。
然而當人類大軍前往第十八層的時候，卻發現他們回到了尹甸大陸。
原來尹甸大陸，便是世界樹的第十八層。
同時他們也得知了，世界樹的所有小世界的傳送通道，都在逐漸封閉，而目前的他們仍未找到世界樹凋零的原因和治癒它的辦法。
他們需要抓緊時間，通關第十九層，前往第二十層，或許能瞭解到這個世界的真相。
最後，在三神器的幫助下，他們在尹甸大陸找到了前往第十九層的入口，在與原住民經歷了一番血戰後，終於通關了它。
然而，第二十層並不是普通的小世界，而是羅尹前世的人類世界。
而三神器在調查後也發現，羅尹前世的人類世界並沒有通往下一層的傳送節點。
這已經是最後一層世界了，並且這裡也找不到治療世界樹的方法。
但是這裡的資源比貧瘠的尹甸大陸更加豐富，或許侵佔這裡是個不錯的選擇。
其實在此之前，人類內部就有過爭論，因為除開第十七層深淵的原住民惡魔，擁有較強的侵略性與進攻性以外。
其他幾層高層世界，例如龍之山脈的龍族等等，對異鄉人的態度都很友好，這讓他們開始反思，所謂的「通關」是否就是殺戮與侵略。
最後，在羅尹等人的努力下，西德尼亞決定放棄遷居其他小世界，他們回到尹甸大陸，開始建立衛星城。
利用衛星城在荒野上採集的資源，養活西德尼亞的全部人類。
最後，雖然世界樹已經凋零，但西德尼亞的人民依然走出了城牆，過上了自給自足的生活。
羅尹對自己前世的人類世界仍存有留戀，但因為艾莉亞，最後他選擇了不回去第二十層的人類世界。
在世界樹凋零，傳送節點關閉的最後一天，兩人站在世界樹的腳下，依偎在一起。
他們的身後，是重獲新生的西德尼亞。
全書完。