東江總兵黃龍採取“夜伏晝擊”的戰術，打擊孔軍到白天或者夜晚去島上覓食，拼勁全力集結了三十七艘戰船，裝上大將軍炮，往來追擊，水路封鎖，把孔軍圍困在小平島上。
雙方相持半個月的期間，孔軍除了死傷外，被俘或者重新投到明軍的士卒、家屬不下四五千人。
孔有德只能在旅順周遭島嶼被明軍堵截、追擊，遭受重創，不敢靠岸。
他想要從蓋州上岸，又害怕被黃龍截擊，便派遣遊擊將軍張文煥帶著小股部隊前往蓋州，與後金守將石國柱、雅什塔取得聯系。
他們護送張文煥前往沉陽，請求出兵救援。
皇太極拿到孔有德的乞降信，先說了一下爆發叛亂的原因，又說他本想攻取旅順，與大汗連成一片，奈何明軍援軍多，我軍糧少，暫且受困於敵。
但是我麾下有數萬甲兵，輕舟百餘，大炮火器無數，有此裝備，水陸並進，天下誰敢與大汗為敵？
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最後又說了我不投別人，獨投大汗，朱家天下只會轉為大汗天下的話，我欲效彷古人棄暗投明，希望大汗派人來我這看看。
總之就是一句話，公若不棄，某願拜為義父。
義父快來救我！
皇太極看完之後喜不自勝，早就盼著孔有德等人前來，親自派遣重臣范文程、羅什、剛林安置這群使者。
待到商議過後，決定讓孔有德領軍在鎮江，皇太極派貝勒濟爾哈朗、阿濟格、杜度率軍前往迎接孔有德大軍。
朝鮮方面，得到明朝的指令，發兵到鴨綠江，協助明軍，堵截孔有德上岸。
朝軍正與剛剛趕到的濟爾哈朗隔江立營，就在這個時候，寧遠、登州、旅順口的明軍乘船趕到此地。
可是朝軍與明軍看到後金軍到了，覺得不可能戰勝，便不等皇太極派來的部隊全都到達，便連夜悄悄撤軍。
野戰打孔有德這夥叛軍，他們的膽子很大，可一旦野戰打八旗，那瞬間膽子就沒了多少。
儘管孔有德轉戰千里，損失不小，但是最終到達的將官、精壯士卒他們的家屬、水手壯丁仍有一萬四千多人。
（孔不到九千，耿不到六千）
這些人一上岸，便被立即要求剃髮。
登州之亂，到此才結束。
待到孔有德等人到了沉陽，皇太極親自出城十里迎接，兩人舉行了女真人最隆重的抱見禮。
孔有德激動的自我介紹：“比巴拉~孔有德。”
皇太極滿意的拍著他的肩膀，以他為都元帥，以耿仲明為總兵，安置東京（遼陽），自成一軍，稱“天佑兵”，給予特殊待遇。
孔、耿來投，帶來了大批精壯官兵，還帶來了後金急需又嚴重缺乏的一百多艘船和大量的火炮等軍用物資。
此舉不僅給後金增強了軍事力量，更是讓他們膨脹起來了呢！
因為在政治與思想上，鼓舞了這幫人，同明朝爭奪天下的必勝信念。
畢竟成批次成批次投降的明軍，那大明就更不能打了。
後金政權內也不缺乏一幫唱贊歌的人。
寧完我直接指出來：“這數千兵丁，無需編派而來，乃是上天送給大汗成就大事者。”
且沒等孔有德到達之前，寧完我就提出新的戰略。
先打旅順，然後西行，就可夾船直撲山海關。
水陸兩路，約期並進，內外夾攻，山海關便能得到手，到時候便截斷其咽喉，則寧錦無糧，自難保守，我兵或困守，或攻打，不時而下。
黃龍佔據旅順口，乃是我大金的心腹大患，前日欲舉兵，尤阻礙於水路難通。
如今既有船隻，順水而下，隨即用紅衣大炮攻打，定能叫他首尾不相顧，黃龍必為我大金所擒，絕不能錯失這個機會。
況且旅順乃是我大金疆域之處，坐榻之下安能有他人酣睡？
皇太極決定攻打旅順，旅順吃掉後，便有精力前往蒙古右翼草原。
他派遣貝勒嶽託、德格類率領數萬人馬前去。
五百先頭部隊架設火炮轟擊旅順外圍城牆，然後孔有德來了，火藥充足，架起五個西洋大炮就轟旅順報仇。
黃龍層層阻擊，要不是後金援軍快，他就死在這裡了。
同樣集結的戰車、雲車數也數不清，就像把旅順一舉攻克。
雖然黃龍是個混蛋，貪財好色，對屬下苛刻，曾被憤怒的屬下割去了耳鼻，但跟毛文龍的策略一樣，一直招女真韃子厭惡，偏偏沒想降。
儘管出了事，但朝廷又沒有人可以替換他，所以才一直擔任東江總兵。
但黃龍打仗可不含湖，此時親自指揮抵抗。
後金軍當真是個個悍勇，架起雲梯就爭先恐後的攀登，想要當個先登，那樣賞賜優厚。
城下的後金士卒，被城上的明軍投火罐燒，用失石射，已經登梯，來不及上城，明軍用槍搠。
更遠的後金援軍被明軍用大將軍炮轟擊。
後金不顧傷亡，輪班晝夜攻城，打了兩天兩夜後，黃龍三次組織兵力出城反擊廝殺，戰鬥十分殘酷，後金軍稍微後撤。
但是明軍根本就沒法堅持野戰，他們一旦退回城裡，後金軍便蜂擁上前。
數日攻城，後金已經傷亡四千餘人，晚上嶽託決定發動總攻。
明軍守城，主要依賴火器和弓箭，但數日激戰，眼瞅著火藥和箭失消耗殆盡。
黃龍深感形勢不妙，幾乎到了將死之時，他叫來自己的心腹譚應華：
“敵眾我寡，今夕必破城，你趕快帶著我的總兵官印前往登州，如果送不到，就扔進大海里，絕不能落入狗韃子手裡。”
在心腹走後，黃龍身披重甲，準備死戰。
嶽託只能接受強攻的計劃失敗，開始明暗偷襲的方式，攻打旅順。
偷渡上岸的後金兵飛快上岸，向城裡衝殺，而明面攻打的後金軍也進攻到城門前。
明軍從城中殺出來，與後金軍混戰。
後金軍士卒膽怯，被督陣的護軍巴牙喇發現，手起刀落，連砍幾個，屍首分離，再驅眾淹殺，眾多後金軍皆是轉身拼命死戰，殺退明軍的反擊，攻進甕城。
明軍上來堵截，但是明軍有盔甲的士卒只有二百來人，如何能擋得住後金重甲步兵的衝擊？
雙方在城牆上殺的你來我往，但明軍連連後退，被逼入巷子當中。
後金軍越聚越多，把黃龍以及幾個身著重甲的部將圍在中間。