時間轉眼就來到了6月，阿來克修斯在這兩個月裡做了許多救國的事，首先他回到了特拉比松，控制來往人群，隨後他又收留從君士坦丁堡逃來的難民，盡全力為他們提供幫忙，接著他又臨時拼湊了一支規模不大的軍隊，向被普洛尼亞領主控制的農村地帶擴張，透過一系列妥協領主的辦法換取了他們對自己的信任，使他們接受了統一領導，從而在最大程度上整合了抵抗拉丁帝國的羅馬人勢力，有了一定的代表性。
到如今，阿來克修斯·科穆寧的勢力已經完全控制了特拉比松地區，在本都山脈以外還有一些不願意合作的領主由於靠近羅姆蘇丹國的領土，阿來克修斯一時半會還不能動他們。
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雖然現在做到了名義上的統一，但實際情況遠比想象中的糟糕。
第一是農業問題，要知道在生產力落後的古代，農業的發展是至關重要的，農業的興衰為國之根本，是國家生存的基礎和保障，即使是東羅馬帝國這樣高度依賴貿易稅收的商業帝國，田稅也佔國庫收入很大的比例。
而在阿拉伯人入侵，帝國丟失了埃及、阿非利加這些重要的產糧區後，帝國的國庫稅收直接銳減三分之一以上！後者不得不實行軍區制。在接下裡的幾百年裡，帝國最重要的產糧區則轉變為了肥沃的小亞細亞沿海地區，西西里島或許還可以為帝國提供糧食供給，但不久後也被外敵入侵徹底丟失。
小亞細亞地區最肥沃最精華的地區就是沿海地帶，這裡生活著數百萬希臘人，加之自古希臘人就喜歡居住在沿海地區，所以這裡的人流量一直很高，長期保持著人口逐步上升的情況；直到後來土地被突厥人逐步吞噬，奧斯曼帝國強制移民大量的突厥人到這裡，才導致當地希臘人比例逐漸下降。
古代農業除了需要當地肥沃值高，還需要有足夠的人來耕種。1204年後帝國被分割成幾塊，拉丁帝國佔據了色雷斯一塊，在薩洛尼卡、雅典一帶還有一些由拉丁騎士建立的公國，而尹庇魯斯、尼西亞、特拉比松構成了帝國的三股流亡勢力，但卻又勾心鬥角，權力讓昔日的同胞兄弟成為了戰場上的敵人。因此，阿來克修斯雖然佔據了特拉比松這塊寶地，但勞動力緊缺，沒有足夠的年輕人來耕種土地，加上本都海岸走廊地帶時常受到突厥人的進攻，很難從西小亞細亞調動人力過來，更何況佔據尼西亞的拉斯卡利斯家族自身難保，更不可能將本就緊缺的人力資源送給特拉比松，兩個勢力之間不存在和解的理由。
沒有足夠的勞動力，意味著土地大量荒廢且沒人耕種，加之可用土地基數少，與橫跨三洲的東羅馬帝國不可同日而語，其可耕地面積不足，嚴重束縛了農業的發展；人力資源短缺將會是阿來克修斯長期面臨的經濟、軍事雙重問題，廣袤的土地上勞動力嚴重缺乏意味著連擴軍都成為了難題，這些都對阿來克修斯的勢力發展將受到極大的影響。
第二，是工商業問題。由於帝國的海軍幾乎消耗殆盡，無力對抗海上貿易強國威尼斯，威尼斯人強佔了大片地理位置優良的貿易港口，將沿途而來的財富通通彙集在自己手中，但特拉比松位於小亞細亞東北部，對於黑海貿易有著至關重要的地位，在克里米亞半島的殖民據點也被熱那亞人佔領，使得威尼斯的壟斷貿易無法進行，一向看重利益的威尼斯人必然會透過戰爭、經濟制裁等手段解決這一問題，因此也將影響特拉比松的工商業發展；加上剛才說的缺糧問題，還有一些急需的資源，如人力、蠶絲、茶葉、絲綢、玻璃等等，這些都是特拉比松短缺的。以上幾點構成了嚴重的貿易逆差問題，說簡單點，特拉比松要花費大量的資金進口物資，而能出口換錢的商品卻少之又少，國內商品需求不穩定，政府開支將消耗極大，對這個新生的勢力來說將非常不利。
第三，是當地社會矛盾問題。東羅馬帝國的危機始於11世紀，究其原因大貴族土地兼併、小農日益貧困、最終破產是最重要的社會矛盾，帝國的財政出現困難，嚴重打擊了帝國的經濟基礎，加之中央的無能和日益嚴重的腐敗問題，導致當地社會出現兩極化的消極情況，富人越來越有錢，地主（富農）階級越來越龐大；自耕農越來越少，破產者越來越多，被飢餓和疾病逼急的窮人到處掠奪物資，給當地社會的秩序帶來了沉重打擊。
這個問題也將極大限制農業的發展，農民沒了自己的土地，加上被壓迫，勞動積極性便會極速下降，自然糧產量會降低。
第四，是僱傭軍問題。對外戰爭的勝負對國家的重要性不必多說，阿來克修斯必須建立一支強大的、羅馬人自己的軍隊。讓羅馬人自己來保護國民免受虎視眈眈的狼群的侵害。
外國僱傭軍在羅馬歷史上幾乎始終活躍，即使在軍區制時期，它也是一股重要的軍事力量。
僱傭軍叛亂、拒絕出兵等問題時常發生，如果特拉比松真的想要“富國強兵”，就不能過度依賴這些反覆無常的僱傭軍，軍隊“羅馬化”的重要性尤為重要；而不是像以往皇帝一樣指望外國軍隊。
羅馬人要想在戰爭中取勝，就必須得依靠自己的力量，而不是聯盟軍隊或外國僱傭軍。過於依賴外國僱傭兵是科穆寧王朝後期，帝國的邊防力量薄弱的重要原因，君士坦丁堡被攻佔的直接原因之一就是僱傭軍的言而無信，未參與君士坦丁堡保衛戰。
第五，軍區制問題。羅馬帝國四分五裂，阿來克修斯只能偏居特拉比松，自奪取特拉比松起，他的最終目標便是重返君士坦丁堡，再現東羅馬帝國往日的輝煌，因此，如何強軍是阿來克修斯最該考慮的問題。
東羅馬帝國的軍區制，最早在7世紀出現，是一種軍政合一的制度，按軍區、師、團、營等軍事序列管理帝國各級行政區域，各級管理機構實行戰時體制，不僅軍政權利由將軍控制，而且軍區的各級權力機構也按軍事建制設立，行政系統附屬於軍事系統，軍區首腦“將軍”比以前的“總督”擁有更大的權利。國家給予小農世襲土地換取小農服兵役的義務與稅款收入。
士兵從政府那裡領取農田，自己耕種或僱人耕種，提供自給自足的軍糧。在軍區制下，軍區制主要是透過在各地區分別建立新軍區、確定軍區內部軍事序列和以田代餉建立軍役地產等一系列措施逐步確立起一個以農兵階層為主體的小農經濟形態為帝國經濟基礎的政治軍事管理體系。
這種軍政相容、兵農合一的制度促使農兵階層的形成和發展，對加強帝國國防力量，穩定社會經濟均起到極為重要的作用。拜占庭帝國初立時，帝國內部及周邊國家也是戰事不斷，甚至面臨危機，但軍區制使帝國有了強大的軍事力量，不僅可以保衛帝國，並且支援著它一路擴張。12世紀時軍區制在帝國範圍內無法為繼而被廢除，帝國的軍事力量急劇下滑。
阿來克修斯知道12世紀廢除軍區制之後對於帝國軍事實力的影響，他必須立即著手恢復軍區制，並與社會改革同時進行。
軍區制之所以衰落是因為土地兼併小農破產，農兵階層瓦解，但君士坦丁堡的陷落使得貴族土地不復存在，小農與其的人身依附關係也隨之解除，如果再把社會兩極化問題暫時解決，那麼軍區制的最重要弊端會被暫時的消除，阿來克修斯想恢復軍區制的想法便有了可能性。
東羅馬帝國在公元7世紀左右強敵環伺，特拉比松也一直被塞爾柱突厥帝國、羅姆蘇丹國或蒙古帝國，甚至於其他羅馬人勢力所擾，二者的所面對的局面何其相似，所以特拉比松欲恢復軍區制也就不難理解了。
軍區的農兵以終身服役換取經營小塊軍區地產的權利，平時攜家帶口耕種農田，戰時則自備武器給養，隨軍作戰。
只要搞好軍區制，那麼特拉比松人力資源貴乏、兵源不足的問題得到解決，穩定的兵將極大的提高了部隊的戰鬥力和作戰效率；加之小農的耕種增加了國家的農業稅，同時農兵自備武器、乾糧為政府節省了常年征戰所產生的大筆開支，這一切都將極大減輕了政府的財政負擔；此外軍役地產使會讓流亡的羅馬人安定下來，人口流動受到限制，社會階層趨於穩定，這有利於社會秩序恢復和重建。
總之，特拉比松倘若能解決以上幾點問題，那麼特拉比松將脫胎換骨，容光煥發，甚至會比科穆寧王朝晚期和安格洛斯王朝治下的帝國更為健康，在各個方面都將比以前更完美，帝國的活力和氣數也尚未耗盡，重建強大的科穆寧王朝，羅馬帝國的重新復興也是完全有可能的。