其實楊小山的大軍還未到達南京前，他就派出羅大綱等人潛入南京，聯絡會黨收集城內情報。
目前南京的基本情況，楊小山已經掌握。陸建瀛這樣怕死無能的人，楊小山並不擔心，在他計劃中城破是遲早的事，自己的責任就是盡量減少戰士們的死亡，不要讓他們在勝利前夕倒下。
為此，楊小山做了不少工作。他讓潛伏進南京城的羅大綱對清軍發動心理攻勢，他們夜裡在城裡每家每戶的牆壁上畫上圈圈、三角、或者是一、二等數字暗號，第二天南京城立刻就軍心不穩，之後又編出十日城破的流言，更弄得人心惶惶，坐臥不安。
趁著土營還在挖地道的空擋，他又派林鳳祥從西天寺運來五百羅漢像放在雨花臺上，白天插旗、晚上點燈，讓幾十人在周邊吶喊助威，擺出菩薩陣引誘清兵發炮攻擊，又浪費了他們不少彈藥。
攻擊前夜，楊小山又派出幾百紅衣騎士，一馬一燈從南門向水西門方向賓士，又成功勾引守城清軍發炮轟擊，其實這些騎士都是披著紅衣的稻草人。
楊小山做了種種**陣後，終於打算在儀鳳門發動總攻，給清軍最後一擊。
理論上南京城要比武昌難攻，因為它全城周長九十六裡，大概是武昌的三倍，防守的垛口是武昌的七倍，城外高山險峻，城內十三座城門，又有長江天險，自古都是易守難攻。
但此時的清軍一來領導能力太差，沒有得力的將領；二來士兵人數太少，正規軍不到一萬人，加上臨時招募的鄉勇，全部守軍不到兩萬人，南京城越大反而破綻越多。現在的南京城，長江在太平軍手上，城外的險要在太平軍手上，僅憑城牆想防住太平軍，幾乎是不可能的。
這一天對於清軍來說狼來的故事結束了，天剛剛矇矇亮，昨天剛剛挖好的地道內，太平軍放入了幾十個棺材炸彈。隨著“轟”的一聲，幾乎是全大清最厚的城牆也被炸開了一個七米多長的口子。
楊小山考慮到武昌用的是陳玉成，作為平衡把這次首功交給了林鳳祥，讓他擔任突擊敢死隊長。
林鳳祥也是一員猛將，不由分說，帶著三四百名敢死隊員就衝了上去。
此時大部分守城清軍還在睡夢之中，直到聽到巨大的爆炸聲，得知城牆被毀，鎮守儀鳳門的總兵程三光這才意識到這次太平軍是玩真的了。
“快快，快堵住缺口。”程總兵連忙披掛上陣，他知道現在是生死時刻了。
好在這缺口不算大，程總兵第一時間用自己的親兵頂住了林鳳祥的敢死隊。
林鳳祥豈是輕易低頭的人，他越戰越勇，揮舞大刀接連砍下了幾名清軍小頭目的腦袋。
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陳總兵手下能打的人就是那麼百來個人，隨著時間的推移，他的親兵消耗殆盡，眼看頂不住的時候，布政使祈宿藻帶了一千士兵來援，讓快要崩潰的程總兵緩了一口氣。
“什麼？長毛攻進來了？”陸欽差得到這個讓他哀嚎的訊息，他如坐針氈，“怎麼辦？這可怎麼辦？”陸建瀛慌得六神無主起來。
“大人，我們去滿城躲一躲吧。”一名手下提議道。
“好好好，你們趕快備轎！”陸建瀛終於想起來，還有一座滿城可以緩口氣。
於是陸欽差坐著四人大轎，由數十名衛兵開路，逃向滿城。
可等到他達到後，面對的是江寧將軍祥厚的一張冰冷的臉。
“將軍，快開門，長毛殺進來了。”陸欽差面對緊閉的滿城城門，焦急地在城下大喊。
“陸大人，你怎麼能跑到我們滿人的地盤上來？你的職責是守衛南京，這裡不是你該來的地方。”祥厚根本沒有給他開門的意思，他早看透了陸建瀛的無能，對外城防守沒有信心，早就打起了棄外保內的打算。
他在滿城囤積了大量物資軍火糧草，把大炮密密麻麻地排滿了城樓，率領數千八旗兵和滿人兵勇妄圖在滿城死守。
“將軍，長毛就在外面，放我進去，看在同僚一場的份上，幫幫忙。”陸欽差已經顧不上臉面，幾乎是哀求道。
祥厚不願理睬這怕死鬼，轉過身去，吩咐道：“開炮，轟走他們！”
隨著身邊數聲炮響，陸建瀛終於死心了，看來這祥厚是真不打算救自己了。只能讓轎伕回頭，去找布政使祁宿藻商量如何突圍。
可還沒走到太平門，就撞上了楊小山帶領的隊伍。原來負責守衛太平門的祁宿藻去救程三光了，太平門城防薄弱。楊小山這次依舊是一處重點，多點開花的方針。
楊小山負責攻取的太平門被太平軍輕易攻破，楊小山正帶兵在城內會黨的帶領下，準備去滿城呢，途中正好撞見了這位陸欽差。
四個轎伕一見太平軍，立刻丟下轎子，四散逃命，而負責保護他的清兵也一鬨而散，關鍵時刻竟無一人願意給這位陸大人賣命，陸建瀛做人實在是失敗之至。
“這位大人，請吧。”楊小山讓士兵把陸建瀛從轎子裡架出來，俘虜了這位南京城內最大的官。
很快，其他各門也紛紛報捷，陳玉成負責的水西門，李秀成負責的朝陽門，李開芳負責的正陽門也相繼攻破。受到清兵強烈圍堵的儀鳳門，林鳳祥也咬著牙連殺程三光和祁宿藻衝了進來。
楊小山各部開始肅清清兵，控制各條街道，終於在南京城內順利會師。
死於此次戰鬥的清軍文武官員又是一大串：前廣西巡撫，城防局長鄒鶴鳴、江南提督福珠洪阿、布政使祁宿藻、江南鹽巡道塗文均、江南督糧道陳克讓，總兵程三光、副將沈鼎和佛爾國春、上元知縣劉同櫻、江寧知縣張行樹。。。。。。一共二百多大大小小的官員，創造了太平軍俘獲和殺死清軍官員最多的記錄。
不過戰鬥還沒有結束，江寧將軍祥厚帶著副都統霍龍武等數千名八旗兵還在滿城負隅頑抗。南京城還沒有徹底被太平軍佔領。