崇禎十七年六月中旬、錦衣衛報來了最新的情報，闖軍在兵敗宣化後，李自成帶著主力退到太原休整。大同交給了姜襄繼續掌管，陳奇瑜在紛陽重設山西總督府，他對朝廷的態度並不明朗。川陝總督孫傳庭、重佔洛陽，暫時沒有宣佈效忠新皇，沿用崇禎年號。南方兩廣、福建、浙江、江西、湖廣等省已經確定宣佈效忠南京，改用弘光年號。
東林那邊的人也是沒創意，南京太子登基時，他們用了真實歷史上福王稱帝時用過的年號，看來年號這塊似乎早有準備的樣子。
李自成休整一段時間後，會向什麼地方用兵，現在已經不好判斷了。天下的形勢大變，朱由檢根本沒法用記憶中的歷史走向來判斷。按道理來說，宣化一戰的慘敗，會讓李自成長點記性，不敢隨意北伐、可這傢伙說不準會記吃不記打、執意北上和自己死磕。
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因此趁著這段平靜期，將軍事準備做好是必須要進行的工作。與中樞政體暫時不大動不同，軍事這塊、朱由檢的想法是要從上到下徹底變了。
“諸位將軍、還有內閣、御馬監、兵部、太僕寺、錦衣衛的主要負責人都在，朕現在說說此次軍改的主要方略。大明以後的最高軍事決策機構為軍令堂、軍令堂大印由朕直接掌管，平常軍令由中軍都督府簽發、報朕審定。五軍都督府官衙保留、但職能將進行大變。中軍都督府又稱軍令部負責全軍指揮、調遣、戰令簽發事務。後軍都督府又稱總後勤部負責掌管全軍錢糧、軍需輜重等後勤事務。前軍都督府又稱總參謀部、負責軍略的贊畫和謀略議定。右軍都督府又稱總裝備部、負責全軍軍械的生產、研製和配發工作！左軍都督府又稱總監軍部、負責監督軍令、軍紀實施、並審定戰功、核議軍官人事工作。”這個架構基本上是仿照了後世的四總部制度，只不過多了個軍令部而已。
喝了口茶、朱由檢繼續開口道：“中軍都督府基本上和軍令堂是一套班子、兩種稱謂，設中軍都督一名、兼軍令堂執事，副都督七名、兼軍令堂執贊、由其它四軍都督和兵部尚書、太僕寺卿、京城衛戍區指揮使兼任，副都督之下再設一些差遣職位即可。軍令堂和中軍都督府的區別在於、內閣首輔將再兼一個軍令堂執事名額。軍令堂為兩執事、七執贊的配置、所有軍機要事軍令堂所有成員合議、報朕用印簽發。有成規的常規軍略則中軍都督府合議、中軍都督簽發、報朕審議、內閣備案留底即可。”
聽到此處、兵部尚書陳新甲差點就急了！這麼一搞、兵部的軍權盡失啊。他實在想不到，還能有什麼軍權是兵部能幹的。
“御馬監涉及到軍權的事務全部移交到五軍都督府，不再涉軍！兵部以後負責的軍務主要有以下幾處、一、全軍的徵兵、招募工作由兵部及下設到省、府、縣的兵部機構負責！二、將校堂生員的招募和教學由兵部負責。三、國朝的防務、防區規劃和建設由兵部負責。四、軍費的總體預算由後軍都督府粗算之後，報兵部核審然後廷議。此項工作暫時沒有展開條件、以後再議。太僕寺將直接涉軍的事務移交給軍令堂，以後專管涉及民務的軍產，算是半個軍事機構。除太僕寺和兵部外，其它軍事機構一律不得參與民事，特別是經商事務絕對不能涉及。軍隊就是保家衛國、打仗用的！經費的事、朕和朝廷來想辦法！”
將軍令中樞的改制大略講完後，朱由檢又說了這塊的人士安排。中軍都督自然是黃得功、後軍都督暫定是陳新甲兼著、左軍都督是兵部的張國維兼著、前軍都督為張鳳翔兼著，右軍都督是御馬監的王之心兼著。另外馬科、白廣恩、唐通三人出任前軍副都督，秦良玉兼任左軍副都督，宋應星兼任右軍副都督，王德化和太僕寺卿兼任後軍副都督。等改制完成後，再確定最終人選，最終包括兵部在內所有軍事部門的人員將全部轉為武職軍官體系，無論之前他們是文官還是太監。
“暫定、大明的戰兵編為八個主戰師，另設四個獨立旅！其中四個主戰師合編為兩個整編軍、整編軍由兩個師、加一個軍屬騎兵團、一個炮兵團、兩個輜重團、一個軍屬醫院、以及一些其它雜務人員共計三萬人組成！除主戰師、軍外，再編一個騎兵突擊旅、一個重炮旅、兩個車廂機動旅作為戰事支援力量。這是戰兵體系、另外暫編八個保安旅、分駐在北直隸的主要府縣，負責地方防務、保安旅遇到突發和緊急情況可歸駐地總督、知府臨時節制指揮。旅以上軍事單位、前、後、左、右、四軍都督府需派相應人員協助軍事主官處理日常事務、由他們的正職和正副軍事主官共同組成該軍事單位的指揮部，平時軍令由指揮部合議決定，戰時則軍事主官可獨斷專行！軍事主官不能理事時，副軍事主官順位遞補、副軍事主官不能理事時由負責前軍軍務的參謀長接任。”
八個主戰師、再加四個旅、以及兩個軍部、戰兵總數將在十三四萬的樣子，再加上京城的衛戍部隊和保安旅，總兵力在十七八萬，目前來說、財政收支最多只能撐起這麼多常備軍隊了。大致算了一下，只要整編到位，靠這麼多兵應該夠應付目前的局勢。眼下的敵人、除了李自成外，其它勢力還都沒有這麼多兵馬可用。李自成那邊雖然人數多，但真正頂用的也沒這麼多，所以兵力來說暫時夠用。
朱由檢的設想是兩個整編軍，其中一個由一個騎兵師和一個騾馬化步兵師組成，算是超級機動兵力，另外一個軍則是常規武裝。四個獨立的主戰師，分駐到保定、宣化、密雲、和山海關，四個獨立旅在重大戰事時當支援力量來用。保安旅平時負責屬地安保事務，戰時要轉為後勤保障力量來用。京城這塊、秦良玉的白桿兵和之前錦衣衛的大漢軍將負責宮城衛戍、儀仗，以及京城的日常防務。戰時若是京城臨兵，肯定要調其它戰兵進城協防。至於城裡的日常治安，就需要衙門來建立治安隊伍來解決了。