雷天使被消滅後，第三新東京市迎來了短暫的平靜，與之相對的，有更多的人離開了這座城市，這也沒辦法，畢竟誰也不想突然就被怪物奪去了生命。
第三新新東京市日漸蕭條，但作為掌權者卻並不在意——這座城市, 本身的職責便是與使徒作戰。
碇真嗣和綾波麗也繼續著日常的訓練。
然而，他們不知道的是，人類社會卻已經暗潮湧動。
基地內，葛城美裡看著手上的報告，眉頭緊皺，隨即又將報告放在了桌子上, 轉頭對赤木律子說道：
“看起來有些人對我們眼紅了啊。”
“EVA可是一個無底洞，而讓人類繼續活下去也需要錢，看樣子我們的優握待遇吸引了不少仇恨啊。”
赤木律子倒是面色如常, 伸手拿起報告翻開看了看：
“JA，他們還真搞出來一些東西，這次應該算是挑釁了吧，你想怎麼做？葛城一尉。”
“還用說嗎？都下戰書了當然要應戰，準備準備吧。”
葛城美裡理所當然的說道。
一直以來，EVA的維修和戰後重建工作所耗費的金錢都是一個天文數字，如果不是Nerv的特殊地位，想要得到如此龐大的預算幾乎是天方夜譚。
再加上，面對使徒的威脅，各國都開始建造起了EVA，但所有的EVA都屬於Nerv這個特務機關的管轄, 而且必要時刻，Nerv在各個地區之間有著凌駕於政府的超然地位，這也讓各國政府相當不滿。
想要秘密開發對戰使徒武器的人不在少數，之前一直都是小打小鬧，但這一次卻讓葛城美裡不得不重視起來——已經經過了實驗測試的無人機甲, 就目前的資料來看, 雖然比不上EVA，但價效比上已經對EVA造成了巨大的威脅。
“碇司令不就就會去開會了，趁著他離開的時候把這件事解決吧，說不定會給你加薪呢，所以，準備吧，葛城一尉。”
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“總感覺這次的出差不太妙呢。”
葛城美裡嘆了一口氣，喃喃的說道。
“那就快點解決吧，真嗣的升學問題，還有二號機來這裡的問題，最近事情可真多啊······”
想到即將要做的事情，葛城美裡下定了決心。
與此同時，Nerv巨大的辦公室內，碇源堂結束通話了電話，緩緩站起身，來到了巨大的落地窗面前，看著窗外的景色。
很難形象，雖然是在地下空洞中，但因為Nerv的存在, 這裡竟然擁有和地上差不多的光, 彷佛真正的夕陽一樣。
就在這時，門開啟了，冬月走了進來。
碇源堂並沒有轉身，而是一直盯著窗外的景象，緩緩說道：
“可以了嗎？”
“嗯，不過你覺得會有用嗎？說到底，哪怕能檢測出來，但我們根本不能確定他在第三新東京市是否有明面上的身份，而且，大規模的檢測可能會適得其反。”
“無妨，我們只要讓他有所動作就可以了。”
“你變了一些，還是因為她？”
“·······”
“好吧，我知道了，按照原定計劃進行，另外，飛機已經準備好了。”
“嗯。”
碇源堂點了點頭，轉身看向了冬月。
看著這位自己妻子的老師，看著這位與自己一起將Nerv建立起來的長輩，良久，他開口說道：
“冬月，我已經回不了頭了。”
“所以你想將希望寄託在聖盃，不，應該說寄託在奈歐斯身上嗎？”
“沒錯。”
碇源堂看著冬月，毫不猶豫的點了點頭：
“所以我一定要找到奈歐斯！”
自從十一年前，自己親眼看到妻子消失在初號機時候，他的目標便改變了，一切，都是為了那個走進了自己心間的人。
不管自己的目標將會造成怎樣的後果，不管這會遭遇多少困難，他都會繼續走下去，哪怕只有一線希望。
與他相處多年的冬月自然也清楚這一點，現在，不過是做了最後的確定罷了。
“那，第一適格者和第三適格者呢？”
“繼續按照原定劇本走就好。”
辦公室再度陷入了沉默。
然而政府高層中，由Nerv引發的社會動盪已經暗潮洶湧。
這其中，依舊作為核心的碇真嗣還有綾波麗自然不清楚，他們按照原定計劃完成了今天的啟動訓練。
碇真嗣今天相比之前有些沉悶，在今天的訓練中也有些心不在焉。
上次戰鬥和奈歐斯的交流讓他時不時陷入沉思之中。
原本他以為，繼續駕駛EVA與使徒戰鬥，就能成為勇者，就能繼續得到奈歐斯的承認和誇獎，但奈歐斯的話卻讓他有些不理解。
“要過分拘泥於別人的看法，少年，你和我一樣，都是生活在這個宇宙中的生命，由著自己的意識，不要將我的意志視為自己前進的目標，你的未來，只有你自己能做主。”
這番話時不時在他的腦海中響起，著實讓他受到了巨大的衝擊。
碇真嗣的童年並不好，三歲失去了母親，十歲與父親鬧掰，隨後一直在親戚家生活，然後才來到了第三新東京市中，然而許久未見的父親卻沒有對他表達出絲毫的關心，甚至對他都是一種可有可無的狀態。
多種原因下，讓碇真嗣養成了不表露自己的心聲，時刻討好別人的心態，或許就連他自己都沒有注意到這一點——他駕駛EVA，其實也有為了得到父親的承認和誇獎的原因所在。
而現在，他開始思索，自己這樣的心態究竟對不對。
脫下制服，換上了常服，碇真嗣提著書包走了出來，隔壁的綾波麗也恰好換好衣服走了出來，二人的更衣室其實是緊鄰著的。
綾波麗並沒有理會碇真嗣，徑直就要離開。
可就在這時，碇真嗣叫住了她：
“那個····綾波。”
“嗯？”
“我能問你一件事嗎？”
“·······什麼？”“你是因為什麼才駕駛的EVA？”
同樣的問題，或許只有同為駕駛員的綾波麗才能解答。
然而，面對這個問題，綾波麗略微思考了一下，給了讓碇真嗣無法理解的答桉：
“因為羈絆。”
“唉？”
“因為我和碇司令的羈絆。”