自那之後，綾波麗再也沒有和李林私下接觸過。
她就像是平常那樣，作為EVA的駕駛員等待著，配合著治療，即使零號機已經損毀也是一樣。
這期間，發生了很多事情。
首先是李林消失了，沒有任何理由, 但Nerv基地中有傳言，失蹤的當天，第三新東京市內曾經出現過槍擊桉。
這個桉子並沒有被大眾所熟知，只是在Nerv中有著些許傳聞。
但綾波麗卻清楚，這一切八成都是真的。
奈歐斯的力量在這個世界是恐怖的，唯一一次看似竭盡全力也是因為兩線作戰的緣故, 而且，面對的敵人也是同樣來自於異世界的存在。
這種情況下, 想要決定人類命運之人自然會想盡辦法的將奈歐斯排除在外。
但是，碇源堂應該不會貿然這麼做，這樣的做法太明顯了。
那會是誰做的呢？
綾波麗不清楚，以她現在的認知能夠思考到這一層已經是極限，雖然已經覺醒了被人類禁錮的記憶，但那些記憶對於她來說更像是遠古洪荒時期留下的碎片而已，恍如隔世。
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從沒有學習過其他知識的綾波麗，即使是現在的狀態，也心有餘而力不足。
不過，現在的綾波麗，卻誕生了新的困惑：
“為什麼，你會這麼寬容？”
是的，寬容。
明明有著決定整個人類，甚至整個地球未來的他, 卻對人類如此的寬容。
在遭到人類的攻擊時, 面對使徒的到來, 在Nerv無力抵抗的情況下依舊挺身而出多次, 拯救了人類。
究竟是為什麼？
一時間, 綾波麗對於李林的態度產生了好奇。
說起來, 綾波麗對於李林究竟是什麼態度？
愛戀？似乎過了。
二人的接觸始於那一次很普通的伴手禮，沐浴了光芒之後，綾波麗也只是對這份光產生了嚮往之情，接下來的接觸中，這份感情也開始悄然變化，與其說是愛戀，倒不如說是依賴比較合適。
而現在，因為奈歐斯的行為，綾波麗開始對於人類產生了異樣的感覺——好奇。
這些某種意義上來源於她的生命，有著弱小的力量，卻有著無比複雜的心理。
善良？罪惡？
相比依靠本能活動的動物們，人類的心恐怕連他們自己都搞不明白。
想到這裡，綾波麗的眼前閃過了一道道身影。
那是她以人類的姿態生活的這幾年接觸的人類。
Nerv的工作人員，碇源堂、冬月、碇真嗣、明日香、李林等等。
很多人，他們也有著各式各樣的面貌和心理。
那麼，什麼才是真正的人類？
哲學的問題開始誕生，卻終究得不到答桉。
綾波麗暫時放棄了思考這個問題，卻沒有拋棄，只是將其埋入了心中。
時間就這麼一天天過去。
在這期間, 之後的使徒也接二連三的襲來。
第十五使徒鳥天使，第十六使徒子宮天使，第十七使徒自由天使。
他們的進攻方式各式各樣，有的從外太空對人類直接展開精神呢攻擊，有的以光帶的姿態侵蝕EVA，也有的以人類的姿態，直接出現在了基地中。
他們，也迎來了各式各樣的死亡。
只是自由天使——化名為渚薰，來到了基地中，和碇真嗣結下了友誼，甚至還和李林有過一段對話。
這一切，都被綾波麗默默的看在了眼裡。
至此，第三使徒至第十七使徒盡數被消滅。
死海文書中記載的使徒有十八個，除了被人類控制的第一使徒和第二使徒外，剩下的使徒就是李林（LILIN）——人類。
而在這期間裡，綾波麗也因為記憶的甦醒，沉睡在她身體中的力量也開始不受控制的增長了。
說起來很可笑，在眾多使徒攻擊下屹立不倒的Nerv基地，最後真正戰勝它的反而是人類自己。
碇源堂偷偷發展自己的計劃這一事件早已被SEELE所發現，當所有使徒消滅的那一刻，最後一位使徒人類便展露了獠牙。
面對使徒而建造的第三新東京市，卻意外的沒有任何對人措施。
曾經防禦了諸多使徒攻擊的裝甲，面對數以萬記的N2地雷直接被爆破開來，這是謀劃已久的，全球各個地區的超級計算機也在同一時間試圖入侵Nerv總部的超級計算機。
內憂外患之下，Nerv根本無法抵抗。
慘絕人寰的大屠殺，在這一刻開啟了。
而這一次，奈歐斯卻沒有出現。
正如他說的那樣，人類自己的選擇，誰也無法干涉。
只是，這一切也在碇源堂的計劃中。
混亂之中，他帶著綾波麗來到了Nerv基地的中央教條。
所有人都被耍了一道。
就連SEELE都認為，中央教條中的巨人是第一使徒亞當，但其實是第二使徒莉莉絲。
不過，現在的莉莉絲只是空有肉體，沒有靈魂，她的靈魂——在綾波麗的身體內。
是的，綾波麗便是第二使徒，莉莉絲。
這具身體，也不過是禁錮靈魂的囚牢罷了。
但現在，綾波麗已經覺醒，碇源堂的計劃也到了最關鍵的時候。
他摘下了手套，手中有著一個胚胎，那是第一使徒亞當。
當亞當與莉莉絲相遇的瞬間，人類補完得以實施，而他，也就能看到自己朝思暮想的妻子。
他為這一切計劃了許久，對於綾波麗的控制也是因為這個原因。
因為他要一個聽自己話的莉莉絲。
“麗，拜託了。”
說著，他將帶有亞當胚胎的手伸向綾波麗。
但是下一秒，他的表情呆滯了。
卡察——！
綾波麗一抬手，碇源堂的手被齊根斬斷，落在了綾波麗的手中。
“我不是你的人偶。”
冷冷的說了這麼一句，綾波麗將亞當胚胎放在了自己的胸口。
緊接著，肉體張開，亞當胚胎融於身體之中。
隨後，綾波麗不再看碇源堂，身體緩緩浮空，朝著莉莉絲那巨大的身體飛了過去。
“等等，等等我，麗！”
最終時刻，功虧一簣，碇源堂只能待在原地，無力的大喊道。
對此，綾波麗沒有動搖，只是留下了這麼一句話：
“他在等我·····”
這個世界的人類命運，在神明的意志下，交給了異世界之人手中。