黃篇（漫畫4——7卷）
故事舞臺：關東地區
故事梗概：
兩年後，神秘的訓練師黃來到了因為赤失蹤而騷動不安的大木研究所。黃一路追尋赤的訊息，不了以渡為首的關東四天王出現在她的面前，在深紅島戰役中，黃最終粉碎了四天王的野心。
具體時間軸：
兩年後。
事件一：赤收到了來自關東四天王之一，志霸的挑戰書。
事件二：赤來到了月見山，與志霸戰鬥。四天王的科拿和橘子邀請他加入隊伍，赤拒絕，便被三打一整個人凍在了月見山的山底。唯有皮卡丘逃了出來。
事件三：一個月後，皮卡丘傷痕累累的跑回大木研究所。同時草帽訓練家黃（11歲）來到了這裡，初始精靈是拉達和嘟嘟，接手了赤的精靈圖鑑和皮卡丘，宣言要找到失蹤的赤。
事件四：黃在常磐森林遇到了觀察精靈的正輝，並在這裡遭到了科拿的襲擊。
能力曝光：黃擁有感知精靈想法並治癒精靈的力量——出生在常磐市的人，每隔十幾年就會有人擁有這樣的力量。
事件五：黃從常磐市逃到了彩虹市，在那裡遇到了假扮赤的理科少年的襲擊。途中霞剛夏伯莉佳都趕來幫助，引出了關東四天王之一的橘子。
【新章節更新遲緩的問題，在能換源的app上終於有了解決之道，這裏下載 huanyuanapp.org 換源App, 同時查看本書在多個站點的最新章節。】
事件六：綠出面解決了橘子的鬼斯，黃跟著綠開始學習戰鬥的技巧。臨走前，得到了剛的隆隆石和霞的菊石獸。
事件七：黃特訓中，捕捉了綠毛蟲。
事件八：拉達進化成了拉達，黃不願意讓自己的精靈進化，從此，每次精靈要進化的時候，她都會按取消鍵取消精靈的進化。
事件九：黃離開了綠，來到了枯葉市的聖安奴號，在那裡擊退了火箭隊的殘餘分子。
事件八：黃得知當年赤的蚊香蛙之所以會進化，是因為枯葉市的海底有著可以無限使用的進化石。黃潛入海底探索，卻發現可以無限進化的火之石，水之石，雷之石已經被拿走了。
事件九：藍為了搜尋赤的下落來到了正輝家，但中途卻被四天王的精靈軍團襲擊，線索全滅。
事件十：黃為了渡海，參加了哈克龍為獎品的大賽。但四天王首領的渡卻出現接手了哈克龍。
事件十一：皮卡丘就這樣學會了衝浪，黃用皮卡丘追擊渡，對他使用十萬伏特，渡暫時撤退。
事件十二：剛在月見山發現了赤的冰雕，但冰雕裡早已經沒有了人。
事件十三：黃用衝浪來到了紅蓮島，遇到了夏伯。同時四天王的軍隊開始襲擊關東地區。
事件十四：夏伯調查到了四天王的隱藏地，準備和黃一起趁軍隊襲擊關東地區的時候對總部發動突襲。
事件十五：綠趕到紅蓮島，藍和正輝趕到紅蓮島，與此同時火箭隊的三幹部，馬志士，娜姿，阿桔也趕到紅蓮島。兵分四路前進。
事件十六：阿桔和綠遇到了橘子，激戰後將其打敗。
事件十七：娜姿和娜遇到了科拿，激戰後將其打敗。
事件十八：馬志士和正輝遇到了志霸，激戰後精疲力盡，此時赤趕到。
事件十九：黃是女孩這件事暴露。
事件二十：黃和夏伯遇到了渡，並與之開始激戰。
事件二十一：夏伯使用了超夢，一開始佔上風，但迫於時間限制最後敗給了渡。
事件二十二：回憶殺，黃是藍派過來的。同時，黃是赤三年前救的一個女孩子，黃的拉達就是赤給她的。
事件二十三：赤與志霸戰鬥，赤用三個可以無限使用的進化石讓伊布改變形態戰鬥從而獲得了勝利。
事件二十四：黃與渡戰鬥，面臨危機，此時趕來的坂木老人出手相助，之前救了赤的人就是他。
事件二十五：坂木與渡對戰，打敗了渡。但渡卻巧妙的利用坂木身上的徽章湊齊了八個徽章召喚出了洛奇亞。
事件二十六：渡的目的便是要利用洛奇亞的力量解放精靈，創造出只屬於精靈的美好世界，準備捕捉洛奇亞。
事件二十七：黃為了阻止渡需要更強大的力量，感受到她心意的精靈們紛紛因為進化多次的取消直接進化成了最終形態。嘟嘟進化成嘟嘟利，隆隆石進化成隆隆巖，菊石獸進化成多刺菊石獸，綠毛蟲進化成鐵甲蛹進化成巴大蝴。
事件二十八：赤，綠，藍三人會和，三人將力量傳給了黃，皮卡丘使出了一百萬伏特打敗了渡。
事件二十九：坂木老人再度失蹤，其餘的火箭隊三幹部重新回來到了各自的道館工作。四天王事件由此結束。
黃的隊伍：皮卡丘，拉達，嘟嘟利，隆隆巖，多刺菊石獸，巴大蝴。