雷之國，雲隱村
木葉一行人抵達這裡，來到海邊，坐上一條小船。
在船上他們一行人就會被帶往龜島。
鳴人很興奮，跟著大和隊長一起出任務。卡卡西騙鳴人過來是調查島上的生物報告。
他已經很久沒有做任務了，上次的尾獸暴走之後，就沒有機會出任務。
卡卡西老師當上火影之後，就沒有機會組成小隊，小櫻成為了醫療部的部長，作為靜音大力推薦的人，綱手的關門弟子，第七代火影旗木卡卡西的學生，加上本身精湛的醫療忍術，她成為部長沒有人有意見。
左井被安排在暗部做分隊長，作為前暗部隊長大和的學生，他對於這個職位還是可以勝任的。雖然對比前輩來說他的實力稍微差了些。無論這麼說左井還是有上忍的實力的。
鳴人之前跟著自來也出去旅行，算是散心了。隨著宇智波斑的復活，忍界的局勢變得惡劣，自來也不敢帶著鳴人亂跑，就帶回木葉保護。
前往雲忍的地盤躲藏，木葉的高層的考慮除了在大海上隱蔽也有禍水東引的意思。實在不行，就禦敵在木葉之外。
鳴人在上島，沐軻在做實驗，
音忍村大蛇丸的秘密基地裡，人體經絡計劃最後的難題，直接吸收自然能量的體內經絡圖，實驗體就是原來鷹小隊的成員重吾。
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他本身的天賦異稟，可以直接用人體吸收自然能量，沐軻寫信給達魯尹就把他換過來了，對於重吾這個囚犯，雲忍一直都只是關在監牢裡。
他的咒印對於雲忍來說威力不大，後遺症還多，一不小心還會失控。屬於食之無味棄之可惜的忍術。趁這個機會讓沐軻欠一個人情，得到一個影級強者的友誼是惠而不費的事情，以後即使兩個村子對戰，可以少死好多人。
對於沒有仙術傳承的忍村，重吾沒什麼用。對於有仙術傳承的忍者來說，重吾就有價值了。大蛇丸不是因此發明出咒印，讓他獲得不死之身，只有咒印還在大蛇丸就可以一直復活。堪稱忍界伏地魔。
有仙術傳承的人在忍界就只有三忍而已，所以說沒有廢物，就看在誰的手上，怎麼用。
沐軻和大蛇丸在今天就終於找到了一條完整的迴路，這樣的自然能量就可以在這條回路上迴圈，向查克拉一樣可以直接使用，弊端也跟查克拉很像，不能儲存。現提現用，沒有查克拉之後忍術全廢，需要重新結構忍術，把他用自然能量用出來。
自然能量不需要查克拉，卻需要精神力量，只是剔除了身體能量。無法無限使用。從使用的威力上和查克拉差不多，查克拉在控制上會更好用一些。
在大蛇丸看來這個實驗出來的結果算是失敗了，創造出來的方法還沒有普通的查克拉好用。
沐軻自然知道大蛇丸的看法，沒有大筒木一族，這個自然能量使用的確是挺雞肋的，唯一的好處是用作體術，身體在自然能量的覆蓋下，身體的硬度變得非常的高。
在忍界之中，沐軻的肉體強度甚至可以和雷影媲美，雷影是透過不斷的用電刺激肉體來實現的肉體刺激，這種方法在前期很好，到了後期肉體進入衰退期，實力會腰斬，衰老的速度也比普通的忍者快。
只要堅持使用自然能量對肉體的強度的補益，沐軻會成為忍界一個打不死的忍者。任何的刀劍對他來說都是沒用的武器，即使是現代武器也可以硬抗。
這等於是重新開始開闢另一條道路，大蛇丸對此不感興趣。他的目標是長生不死，在忍界這個地方對靈魂的管制不嚴格的地方，是完全可以的。
“實驗已經成功，後面的實驗還需要更多的時間才會得到更多的線路，就放給實驗人員做吧。我們開始另一個實驗，你說的白絕是不是真的很好用。我們去抓幾個回來，我等不及了，世間上居然有這麼好的肉體，感覺我的身體都開始起排斥反應了。”
“漩渦一族的死神面具已經帶回來了，等白絕的身體一搞到手，大蛇丸前輩就可以進行不屍轉生了。”
大蛇丸這具身體也快到崩潰的邊緣了，之前宇智波鼬對宇智波左助身上的咒印進行封印，對大蛇丸的靈魂傷害一直都還殘留，後面即使大蛇丸把靈魂養回來了，身體也逐漸開始崩潰了。
沐軻的建議正好符合大蛇丸的心意，用這具身體釋放因為屍鬼轉生而被吸進死神肚子的靈魂，裡面有三代火影和四代火影，尤其是四代火影肚子裡有一半九尾的力量，這可是一個強大的助力。
本來還想召回藥師兜，沐軻看見他在孤兒院做院長做的很開心，就打消了念頭。藥師兜去孤兒院，醫療部還是很不捨得的，認為是浪費了人才。
藥師兜在醫療忍術上的天賦比他忍術的天賦強多了，在醫療部成為小櫻重要的助手，小櫻作為綱手的關門弟子，還是在藥師兜的身上學到很多新奇的醫療手段和觀念。
這些都來自於大蛇丸和藥師兜一直對人體的研究，這些東西對木葉醫療部的技術產生了極大的推動作用。
在把自己的技術教會給小櫻後，他就主動提出去孤兒院當院長，原來的院長藥師野乃宇死後，孤兒院一直處於無人看管的地方，完全是靠這些孤兒自己的努力生存。
在沐軻當警務部長的時候，斬斷了團藏根部的手伸向孤兒院，這樣孤兒院的孤兒不會被根部調去做殘酷的培養，壞處也導致孤兒院的資金斷裂。
警務部也因此成為了孤兒院的上級部門，專門為警務部培養新血。院長的人選卻一直空缺下來。
藥師兜會木葉後，經常會去孤兒院看望孤兒，他以前的認識的孤兒，幾乎都死了。團藏的根部對孤兒的需求是很大的，又是殘酷的養蠱式培養，同期培養的人才只留下最強的幾個人。
根部的忍者在國外一直都是執行最危險的任務，被發現的結果只有死，在忍界這個弱肉強食的世界生存，拼盡全力也不一定可以生存下來。
藥師兜在根部時也是一直執行最危險的情報工作，一直完美執行，最後卻要被團藏安排殺掉，藥師野乃宇死在刺殺藥師兜的工作中，不得不說輪人性之黑暗，團藏一定排在第一。
為了自己的權力欲，犧牲這麼多無辜的人，最後還要包裝自己，是為了木葉，團藏是沐軻見過的人之中最虛偽的傢伙。
藥師兜就是知道在院長藥師野乃宇死後，沒有人接手孤兒院的工作，他才會在結束醫療部的工作後，馬上申請過來成為孤兒院的院長。
自從孤兒院被藥師兜接手後，孤兒們的笑容也多了。起碼在孤兒院這裡獲得了些許溫暖，有些溫暖可以支撐一些人一輩子，哪怕以後吃再多的苦。
雨之國，也有一個孤兒。以前她還有同伴，現在的她完全變成了一個孤家寡人。
她認為自己生活對她已經失去了意義，彌彥為了救她而死，長門也被抓走。宇智波斑毀滅巖忍村的訊息傳過來時，她就明白長門應該是死了。
雨隱村曉的天使小南，她身上的紙片熊熊燃燒，這是她的復仇之火。她在歷經半個月的尋找，終於在之前面具男的一個據點找到了宇智波三人。
小南的實力是有的，只是她對面的人是超越時代的強者，或許曾經的宇智波帶土會被小南逼著廢掉一隻眼來逃脫小南的同歸於盡的起爆符之海。
現在的宇智波斑只是簡單的忍術也讓小南無法抵抗，紙片再防火，也有被燃燒起來的時候，只要溫度夠高。
宇智波斑的火遁，宇智波左助的黑炎，都不是小南可以抵擋的火焰，在冒起熊熊火焰之後，小南點燃了一萬億的起爆符，不再是長時間的爆炸，而是同時爆炸，宇智波帶土的神威空間根本不敢開啟，這些起爆符也會被神威空間卷進去。
三個宇智波被小南用最後的生命之火，點燃的復仇之火，燒的遍體鱗傷。三個狼狽的宇智波都不同程度的受傷了。
小南的爆炸比迪達拉的自爆更加勐烈，在最勐烈的一瞬，被逼無奈的宇智波帶土帶著兩人進入神威空間，卷進去的起爆符讓三個人避無可避。
三個人在小南死後，都有些心有餘季，即使強如宇智波斑，面對敵人的決死攻擊，也是只能暫避鋒芒的。
兩個玩弄人性的大師，嘗到了苦果。宇智波左助看見失去一切的女性，那種癲狂。從小到大都被女性簇擁的他，第一次感受到女性的力量，不由自主的想，香燐會不會在他拋棄她之後也會這樣找他復仇。
小南死了，雨之國的孤兒三人組，終於在這一刻在另一個世界團聚。曉組織正式滅亡。死之前，忍界弱肉強食，死之後，忍界依舊如此。一代代的忍者所追求的和平並沒有到來，受到戰爭傷害的平民也依舊還要繼續生存下去。
小南只是一個短暫的插曲，宇智波三人還要繼續他們的計劃。五尾人柱力的死亡對於想復活完美狀態的十尾來說的確是一個麻煩，但是在五尾人柱力死之前，已經抽取了一點查克拉，只要有五尾的查克拉，還是可以繼續復活十尾，只不過不能達到完美的狀態。
原來的時空的中，十尾復活用的只是金角銀角的九尾查克拉。現在也一樣，宇智波斑可不會為了等待五尾的復活，等待幾年的時間。
宇智波斑不要完美狀態的十尾，那接下來就只剩下八尾和九尾，宇智波三人在養好傷後，就開始向雲隱村進發。
宇智波三人的動向已經成為忍界的焦點，他們三個人的動向也被各國的情報部門掌握。
宇智波三人朝著雲隱村的方向走，各個大國開始活動起來。這次雲隱村和木葉的想法都是一樣的，要把敵人攔截在國門之外，他們已經選好了決戰的地點，就在火之國和雷之國之間，沒錯，又是在小國的國土上戰鬥。
大國之間的戰爭在小國上決戰，大國為忍界拼命，也在小國的地盤上。他們選擇的戰場就在霜之國和湯之國。
既然決定在此決戰，五影開始對這兩個國家的大名下達疏散國民的命令，兩個小國的大名也是無奈又無力，只能乖乖的選擇照做。
這兩個國家的國民很少，本身就是小國寡民，疏散的速度也很快。兩個國家的人民安排他們南下進入火之國暫時躲避。這次的忍者聯軍總部則安排在雷之國，在眾人的一直推舉下雷影成為忍者聯軍的總指揮。
首先是忍者聯軍第一部隊，第一部隊由擅長中距離戰鬥的忍者們組成，主力是擅長武器和暗器的忍者們，第一部隊隊長是堪稱雷影左右手的達魯尹。
第二部隊是擅長近身戰的忍者的部隊，這部人忍者是忍者聯軍戰鬥在最前線的忍者，第二部隊中我們比較熟知的就是日向雛田還有寧次這些忍者，他們擅長近身戰，聯軍隊長是新一代土影黑土。
第三部隊是中短距離支援部隊，這支隊伍中的忍者都是兼備體力和速度的忍者，隊長是第七代火影旗木卡卡西。
第四部隊是遠距離支援部隊，主要任務是負責密切配合情報部隊並且支援前線的戰鬥，同時肩負著保護後方支援部隊的任務，隊長是風影我愛羅。
第五部隊是使用特殊忍術和攻擊方法的戰鬥特別部隊，這支部隊主要是擁有秘傳忍術的忍者們，比如說油女一族，還有就是來自於鐵之國的武士們，這支隊伍的戰鬥方式非常特殊，主要任務就是處理忍界大戰中可能出現的各種問題，隊長是鐵之國的三船。
除了這五支部隊之外，還有其他的部隊，比如說奇襲部隊，隊長是砂隱村的勘九郎。
醫療後勤部隊在忍者聯軍中也是非常重要的一支隊伍，靜音則是這支隊伍的指揮官，在戰爭之中，醫療部隊除了負責治療傷員之外，還負責管理整個忍者聯軍的糧食，可以說是非常重要的崗位，而小櫻也屬於醫療後勤部隊的一員。
情報部隊的隊長是山中一族的族長山中亥一，在戰爭之中，情報可以說是非常重要，如果說奈良鹿久是忍者聯軍的大腦，那麼山中亥一就是忍者聯軍的神經脈絡，忍者聯軍透過山中亥一將情報傳達給其他部隊。