裡人格真嗣對美里提到的資訊，省略了使徒起源和第二次衝擊的很多細節。
生命之樹最終生出Adam(亞當)和Lilith(莉莉絲)。
亞當的老巢存在於的南極地下準球體空洞中，被稱為“白之月”。
40億年前莉莉絲隨一塊隕石撞擊地球，此為第一次衝擊，導致生物大滅絕，太平洋一側的地球物質被甩出，月球因此形成。
撞擊坑就是“黑之月”，即莉莉絲之卵，在當今NERV總部位置，這個球體空間跟亞當的白之月是一致的。
亞當及其使徒是地球原住民，而且亞當有個愛好就是種田——播撒生命之種，他用生命之樹的樹根作為勞動工具，開山劈地，辛苦種田幾億年，地球終於從石頭岩漿變得生機勃勃，他很有成就感。沒想到被莉莉絲的天地大衝撞滅絕了他的小生命，小弟使徒也被衝擊打回胚胎狀態陷入沉睡，當然氣得大暴走。
為爭奪地球霸主地位，兩者打得日月無光天地失色，亞當雖然戰鬥力強悍但早在莉莉絲的衝擊中受了重傷，莉莉絲沒有生命之果雖然弱了些，橫渡星河也要靠月球這個大殼子保護自己，但勝在腦子聰明，力量運用更加靈活多變，好在亞當把生命之樹的樹根做成叉子當武器，挽回一點劣勢，不然莉莉絲早趁他病要他命了。
兩人勢均力敵，最後兩敗俱傷，亞當回到白之月長睡不起，沉睡前對各位小弟說，你們將來覺醒後跟我合體再去翻本。莉莉絲也被打得羊水破裂LCL流滿大地形成海洋，直到幾億年後NERV建好了還在繼續流。
為了尋求再生，莉莉絲向整個LCL海洋散播了自己的智慧種子，地球海洋再次充滿生命。源自智慧之果的催化因子能夠引導生物的進化方向，朝著智慧種族發展。
幾億年後，由古猿進化而來的智人出現了，其中最強的一支幹掉了其他品種的智人同類，腳印迅速遍及全球。他們打破了亞當遵循的“物競天擇適者生存“的進化原則，貫徹了自己堅持的“智者生存”的概念，透過對工具的運用，獲得了遠勝於亞當製造的生命的競爭能力，並最終統治了地球。
持續透過LCL散播智慧，令莉莉絲也失去了全部能量，陷入了沉睡。
而得到了智慧的原始人類，則偶爾能從基因記憶裡，得到一點點莉莉絲遺留的指點。這些指點，被人類先賢發掘、拼湊、整理出來，形成個各種散碎的神話傳說。
其中，比較完整流傳下來的記載就是《死海文書》，裡面詳細記載並預言了使徒的起源和覺醒，以及“人類補完計劃”，就是全人類化為LCL靈魂迴歸莉莉絲之卵，本質是莉莉絲收回力量的過程，卻被極端宗教組織SEELE稱為洗去原罪，獲得救贖的過程。
SEELE在德語中是“靈魂”的意思，經常被稱為“魂之座”。SEELE的高階成員一般並不直接露面，都是以聲音（Sound_Only）的形式出現的，其數目加上人類補完委員會的成員共計12名，中心人物是基路·洛倫茲議長。本部所在位置不明。SEELE和NERV的關係，就是靈魂與神經，適格者與插入栓的關係。這個極端宗教組織神秘並有很大權利，能呼叫世界上很多資金，甚至可以干涉聯合國事務，手中有《死海文書》，背後操縱整個人類。最終目的是實施“人類補完計劃”，其核心理念是“自我贖罪”。
SEELE認為現在的人類是罪惡的，讓人類都變橙汁(LCL之海，是一個沒有AT力場的世界。在這個世界，人類的意識無分彼此，所有人的靈魂都棲息於由莉莉斯的羊水構成的巨大海洋之內)，這個過程也正是向神贖罪。而且人類並不是單純的滅亡，而是轉化成新的形態，所有人合而為一，成為單一生命體。然而實際上是莉莉絲回收力量恢復實力的陰謀，所幸她失去太多力量導致意志湮滅，唯有靈魂不滅被注入凌波麗體內。
SEELE口中所謂的神，應該是指概念上的神，哲學神而不是指亞當或莉莉絲。因為他們對亞當和莉莉絲的所作所為完完全全是瀆神之舉。研究複製他們的肉.體，把亞當炸得四分五裂，甚至玩弄控制他們的靈魂，毫無敬畏之心。
人類(無論是肉.體還是心靈)都是由脆弱的物質構成的，非常容易受到傷害，而在人與人之間，心靈的世界是彼此隔絕的，要使人類向更高的領域進化，就必須使人的心靈擺脫軀體的束縛，重新回到人類的誕生之地“莉莉絲之卵”中。唯有如此，才能最終拆除人與人之間的心靈屏障，使不同的心靈世界能夠相互補充，走向進化的終點——引領人類迴歸原始。人類補完計劃就是為了實現這個神聖目的而創立的。不過當然，Seele實施“人類補完計劃”的原因並不是想成為神，也不是讓人類進化，而是贖罪——向神低頭。
葛城研究組在南極發現沉睡的亞當，在死海里發現朗基努斯槍，並證實了亞當的動力源是可以提供無限動力的S2機關，而且也已經取得了關於AT力場的一些實驗資料。
他們在衝擊發生之日，2000年9月13日，他們是準備做一個“人體接觸試驗”，根據《死海文書》記載的方法，給亞當注入“人類遺傳因子”，而朗基努斯槍用來在S2機關失控的時候對其進行壓制。
【穩定運行多年的小說app，媲美老版追書神器，老書蟲都在用的換源App，huanyuanapp.org】
他們雖然知道朗基努斯槍可以壓制S2機關，卻不知道朗基努斯槍要是同時接觸了力量之果和智慧之果，就會釋放出巨大的反AT力場，所謂給亞當注入人類遺傳因子，相當於注入了智慧之果的產物。
所以，在試驗當天，因為注入了智慧之果(人類遺傳因子)的關係，亞當甦醒，力量之果的產物S2機關失去控制，釋放巨大的AT力場。
在10分鐘後，為了壓制亞當的S2機關，葛城研究組把早就準備好的朗基努斯槍插入S2機關，因而釋放的巨大反AT力場毀壞了研究所。
又過了34分鐘，研究人員對亞當進行反AT力場干涉，意圖把亞當的反AT力場的範圍限制在了最小範圍，並且把亞當的S2機關和連線其上的保險裝置(其實就是自爆裝置)進行了設定，要是亞當展開了用來補完的反AT力場，自爆裝置會引發可以波及整個研究所的爆炸，希望把亞當炸燬。
再經過了若干時間，研究所已沒多少活人，葛城教授把他的女兒放入了安全裝置後，亞當就釋放了身體的全部能量，導致大爆炸，冰川溶解，地軸偏轉，地球被滅一半人口。
估計朗基努斯槍的效果無法馬上就把亞當壓制住，但是後來自爆裝置還是把亞當肉.體炸散了，受到干涉的反AT力場的範圍也只侷限在極地附近。
老碇之所以會在12號離開南極，估計是因為他知道研究所的研究進度，以及《裡·死海文書》裡的完整記載，所以他知道某個實驗計劃是會導致災難的，因此他就離開了，他知道研究所的裝置是足以炸散亞當的，這對SEELE也有好處。
亞當形成的光之巨人釋放完能量後就掛了，但肉.體永生，被SEELE製成肉乾——微縮胚胎，加持偷走後，又被老碇植入手中。
P.S.
各位讀者，用手機看章節目錄，如果發現已下載的章節右邊還有個雲狀圖示，說明章節做了重要修改。長按該章節選擇重新下載即可。