人類補完委員會召開緊急會議。
“EVA系列不可能天生就擁有的S2機關，竟然透過這種方式自己取得。”一個陰陽怪氣的聲音說道。
“劇本剛開始就出了偏差，碇，你要負責。”
“這個是意外情況，原因已經查明，駕駛員被使徒之血汙染導致初號機失控，具體報告我會在三天內提交。”老碇辯解道。
“必須要對初號機做出限制，畢竟那是神的力量。”
“好好利用NERV吧，碇，不要讓我們失望。”基爾議長做出總結。
老碇離開後，委員會非常不滿。
“碇源渡，也許一開始把NERV交給他就是個錯誤。”
“可是沒有他一切計劃都無法實行。”
“我們得給他繫上告警鈴鐺。”
……
老碇回到自己的辦公室，臉色陰沉無比。
“計劃太過提前了，要修正可不容易，應付那幫老人不容易吧。”冬月道。
老碇扶了扶眼鏡，“沒關係，這本來就在計劃中，提前發生了而已，省了我很多功夫。一開始方向有誤比較容易糾正，總比進行到關鍵出錯好。沒想到他們研究了十幾年的S2機關，被初號機先得到了，對神的力量存在恐懼在所難免。”
現在初號機的狀態相當於一個沒有靈魂的使徒，只要置入人類駕駛員，就有了靈魂。相當於智慧之果與生命之果的融合，力量一旦爆發起來後果難料。
按照TV版與舊劇場版的劇情，人類補完計劃，分別由SEELE和碇元渡這兩條線在進行。並且進行過程中有互相交叉衝突的地方，比如說在對初號機的利用上，SEELE之前並未打算將初號機作為最後處刑的物件，之所以最後不得不使用初號機，是因為失去了原版朗槍的情況下已經無法使用莉莉絲實施處刑，所以只能使用莉莉絲的“唯一分身”初號機。而另一方面，初號機是否能成為神對於碇元渡來說是至關重要的。於是在這個問題上雙方就有了必然的衝突。
SEELE的人類補完計劃是以死海文書為劇本來執行的，上面記載並預言了所有關於使徒、亞當、莉莉絲、人類的來源以及未來。死海文書的預言部分，總體來說還算是靠譜的，畢竟上面說道了使徒的入侵，並且單從結果上來看，第三次衝擊的發生也被其言中。
然後結合SEELE這個團體本身的意志來看，該組織的實際地位與權利都高於聯合國，幕後操縱力強，能夠直接呼叫國際儲備，只要內部達成一致，就無需再向外界徵求意見。
SEELE在很久以前就已經成立，在漫長的歷史進程中，老人們開始對自己所屬的人類產生蔑視情緒，在學習聖經得知人類是帶著原罪出生後，這種情緒就更加強烈，為此他們嘗試人類的進一步進化，卻苦於沒有正確的引導與方案，此計劃暫時擱淺。而這就是SEELE本身的意志，任何組織一旦有了這種意志，它就會瘋狂地蒐集能夠佐、引導、傳播它的意志的教科書，然後根據這個教科書去照本宣科。沒錯，在SEELE看來，死海文書就是再好不過的教科書。
死海文書之所以能被SEELE升格為綱領性檔案，就是因為它那後半部分的預言，人類將被補完，集體迴歸莉莉絲，之後就可以統一為一體，產生新的進化生命體。這種看似進化人類，實則滅亡地球論調，正好與SEELE的老人們的想法不謀而合，並且在上個世紀那個末世論橫行的年代，死海文書對SEELE那幫冥頑不化的老頭們來說簡直就是救命稻草，他們總算找到一處能使自己心安理得的避難所。
在此之後，SEELE忙不迭地制定人類補完計劃，緊接著又人為引發了第二次衝擊，之後一邊不惜巨資成立NERV及其配套設施（包括EVA零號機到伍號機），一邊催促碇源渡趕緊照他們的要求進行計劃的操作，他們就等著坐享其成，等著變成LCL，這就是他們所期盼的人類美好補完結局。
第二次衝擊是SEELE引導的，但在當時它是拯救了全人類的。如果它不透過發動第二次衝擊來使亞當胚胎化並且捕捉之，那麼亞當就有被使徒搶先一步進行補完的可能，假如使徒補完成功，全人類就要面對被當作祭品的命運，人類全滅。然後透過第二次衝擊，SEELE付出了損失全球一半的人口的代價，卻保護了剩餘的人類，同時將亞當複製，製造了EVA以對抗使徒。而且後來SEELE指揮NERV不斷擊殺使徒，在一定意義上也起到了保護人類的正面作用。
在客觀上，SEELE的分水嶺是渚薰的死，渚薰死亡後，3到17使徒全員滅亡，人類已經失去了補完上的對手，也就不必擔心會被當做祭品而全滅。但是此時SEELE依然堅定不移地執行著自己的人類補完計劃，而這麼做卻會使全地球人類滅亡，SEELE很清除這一點，所以在此時，SEELE等於說是從使徒手裡拿過接力棒，正是開始蔑視人類現有的生命，在道義上已經徹底地蛻變為一個邪教組織。SEELE開始發動第三次衝擊，目的是讓人類自行贖罪。作為人類補完計劃的領導者，基爾議長一直對人類的自行贖罪抱著虔誠的心態。
說完了SEELE，再回頭來理論一下碇源渡這方面的真實意圖。雖然他也不是什麼好人，相比較而言，卻比SEELE要有人情味兒得多。
縱觀整個動畫，碇源渡的一生只在乎一個人，那就是他的媳婦碇唯。碇源渡原本姓六分儀，後來為了追老婆連姓都改了，當然也有說法是為了向SEELE靠攏，這都無所謂，總之是姓了媳婦的姓。他的一切計劃，都就是為了再與碇唯相會。碇源渡的計劃其核心宗旨是要與妻子唯相見。當然這是非常籠統的說法，按照碇源渡的性格，計劃搞了這麼大，很明顯這個相見不是牛郎織女似的，而是一種為了高階也更為貪婪的形式。
（1）碇源渡自己本來就是有野心的，他不贊同SEELE的贖罪式補完，而堅信人類可以直接成神，所以一直主張“人工成神之道”。
（2）唯的事故，不論碇源渡之前是否知曉，客觀上確實讓碇源渡更為堅定了推行自己計劃的想法。即讓唯神化，之後自己神化，他們二人（二神）一同樣的神的身份相會。
（3）SEELE的計劃與碇源渡的計劃實際上是有一部分交集的，即消滅所有使徒（使徒要來找亞當，他也需要亞當）。這也是碇源渡能夠跟SEELE合作那麼久的原因。
（4）碇源渡在初號機對第14使徒力天使上這一點與SEELE產生了分歧。初號機攫取了第14使徒的S2機關，成為了神。這是SEELE所懼怕看到的，因為這種行為在SEELE看來實際上是更大的罪惡。而初號機成為神卻正是碇源渡想要的，他想要唯成神。
（5）在對待朗槍的態度上，碇源渡也與SEELE持截然相反的態度。朗槍是化作生命之樹的道具，是贖罪儀式中的核心物件。而碇源渡不要贖罪，所以朗槍絕對不是碇源渡希望看到的東西，最好能丟的越遠越好。於是他趁第15使徒鳥天使來襲之時，以近乎拙劣的理由命令零號機使用朗槍攻擊。這也讓SEELE方面十分震怒，同時對碇源渡徹底失去信心。
（6）初號機成神之後，碇源渡需要的是自己成神。但是碇源渡很明顯不可能像初號機那樣獲得S2機關，唯一可行的辦法就是利用手中的亞當胚胎。並且使用麗，將他帶往莉莉絲的身體。屆時，亞當的身體加莉莉絲的身體等於神，同時加碇源渡自己的靈魂與自我意識，這就是他最終的目的，
如果碇源渡成功了，首先SEELE是肯定要被他剿滅的，那是對他最大的威脅，當然EVA各機體也肯定要毀掉。其次是普通人，碇源渡最有可能的做法是當上這個世界的領導者，他已經是神了嘛，碇唯自然成了神後，然後就是千秋萬代，一統江湖。但是這些其實都是黃粱美夢，最後故事的發展並沒遂了碇源渡的心願，原因只有一個，綾波的背叛。
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碇源渡當時的做法很明確，自己已經和亞當處於半融合狀態，接著自己與綾波融合，綾波帶著他再與莉莉絲融合就大功告成！但是進行到要與綾波融合的時候，綾波把碇源渡手中的亞當吸取掉後，將碇源渡的手排斥了出去，自己飛空與莉莉絲融合去了，丟下了碇源渡在原地發呆。究其原因，是綾波擁有了自我意識，她想按自己的想法去做，她想去找正在慘叫的碇真嗣，她不想成為碇源渡的玩偶。這是碇源渡最大的悲哀，無論再怎麼克隆碇唯，綾波終究不是她本人，終究會在最後捨棄他。眼看自己失敗，既然找媳婦重逢不成，就又想起了自己的兒子，又覺得對不起兒子，最後在被補完的時候，他選擇了自己被初號機吃掉的意向，而那時初號機代表這碇真嗣。而那個恐怖的意向表達的是碇源渡對兒子的歉疚與後悔，也是作為企圖染指神權的懲罰。
在實際的劇情中，碇源渡計劃的實際效果只是造就了一個即擁有神格又擁有人格的大號綾波（擁有亞當與莉莉絲的身體以及莉莉絲的靈魂相當於神格，擁有麗的自主意識相當於人格），且大號綾波不聽命於碇源渡而投奔真嗣（此為意外）。這一點亦在SEELE的計劃之外。這樣，SEELE的計劃被這樣一個神人綾波插手，形式上就大不相同了。且補完亦沒有“完全”順應SEELE的目的，結果上SEELE的計劃也失敗了（真嗣和明日香依然以個體的形式存活了下來）。
在大號綾波浮上天之後，立刻同化了量產機（量產機生出綾波的頭，且貳號機的頭也變成了綾波的樣子說明貳號機也被同化了），這可以理解為原版莉莉絲和亞當結合之後產生的神所具有的“神力”。一開始補完的過程似乎也與SEELE料想的沒什麼偏差，由於真嗣的厭世導致人類全部化為LCL，靈魂被回收到莉莉絲之卵黑之月中。但結果還是不一樣了，要是沒有大號綾波的幫助，真嗣也許早已失去了自我，而正是綾波的循循善誘，真嗣最後還是認清了現實，不願浸淫在虛幻的歡樂中，而是回到了雖然會彼此傷害，但是卻無比真實的現實世界。
亞當與莉莉絲的合體，並且擁有莉莉絲的靈魂以及綾波麗的自主意識。這樣這個神一樣的存在打亂了所有的補完計劃。從此補完計劃將完全按照碇真嗣的意願來進行。
經過上面的分析，可以總結一下補完要的具體條件和道具了。
（1）人類的補完，首先需要莉莉絲的身體或者是莉莉絲的複製體（初號機），還需要朗槍或者山寨朗槍。到底用哪個取決於手中有沒有原版的朗槍。有原版朗槍則可以使用莉莉絲的身體，無原版朗槍則只能使用山寨朗槍加初號機。之後需要量產機作為祭品參與補完的儀式，並在儀式中獻出自己的生命（S2機關）。當然，最後還有一樣道具，就是全體人類。
（2）使徒方面的補完需要亞當的身體。所謂的人類補完計劃的情況大致就是這樣了。從實際的結果來看，碇源渡的計劃完全失敗。SEELE的計劃本來成功了大部分，但是在最後，由於一個小小人物的選擇，他們也徹底的失敗了。
實際劇情中發展出來的人類補完計劃，是SEELE、碇源渡、大號綾波三方共同參與的混合體，而到最後，一切又都取決於真嗣的決定。
不過，這個嶄新的EVA世界，補完計劃真的如此嗎？