“零號機駕駛員已經失去意識！”
“快彈出插入栓！”
“LCL緊急排水。”
初號機把水中的零號機撈出，強行拔出插入栓，再把零號機的插入栓小心平放在地面，開啟插入栓的緊急出口。
“綾波！你怎麼樣了？！綾波……綾波！”真嗣抱起綾波柔弱的身子著急道。
綾波纖長的睫毛抖了抖，緩緩睜開了紅眸，眼神帶著喜悅。
地面是染紅的焦土，在熱氣下散發著一股噁心的甜腥味。
“我沒事。”
綾波喘息了一會兒，看著真嗣擔心的樣子，不由得心裡一暖，回想起真嗣那幅帶著笑容的畫像，不由得微笑起來，像綻放的曇花般美麗。
這個世界上有兩個人的微笑最珍貴，一個是蒙娜麗莎，另一個就是綾波麗了。
“沒事就好，以後別說再見那種訣別的話……”真嗣的視線逐漸模糊起來，“我好像看到綾波的微笑，也許是眼花了……”，剛才的戰鬥實在太燒腦了，特別是在最後的時刻，計算力透支了，現在大腦在自我保護機制下強制關機了。
之前的綾波像一張白紙。
她不知道這個身體是什麼。
她不知道自己的真實身份是什麼。
她不知道自己活著的原因以及追求是什麼。
她什麼都不知道……
毫無情感交流，哪怕她有多渴望交流，多渴望愛與被愛，她也無法識別這種情感，更無法為之付諸行動。沒關係，這就是老碇想要的狀態，夠用了，夠可靠，也不會引起懷疑。
在NERV僵硬封閉的環境下，綾波麗則冷靜地思考著，用著異常理性類似機械的方法來感受這個世界，無用的事不去做，浪費時間的事不去做。所以在他人面前，她從頭到尾都是三無。
直到她遇到了真嗣，被迫與他人互動和接觸，才意識到“情感”這種複雜的體驗。綾波麗的微笑，代表著她的心已經開始解凍。
這大概是她第一次知道內在的情感。
這大概是她第一次知道內在的情感可以表達出來。
這大概是她第一次向他人表露自己的情感。
翌日。
辦公室裡，老碇正在跟一個男的通話。
“又要欠你人情了。”老碇說，整張臉藏在背光陰影裡。
“反正你也不打算還了吧。”對方調侃道，“這是他們以情報公開法為由索要到的資料。但已先混入了假情報。關於那個計劃，這邊要不要也設法處理？”
“不用，照你的資料來看，應該不會有問題。”老碇道。
“那麼，按照劇本行事吧。”對方結束通話了電話。
NERV所屬中央醫院病房裡，真嗣悠悠醒來時，已經是下午三點半了。
“嘶……頭好痛，感覺想死……”真嗣只覺得像通宵幹了一夜苦力，現在渾身痠軟無力，完全不想動。
旁邊忽然傳來翻書頁的聲音，真嗣側頭一看，是綾波守候在一邊，正好背光看到女神的側顏。
殷紅的眸子不喜不憂，寧靜安謐；不急不緩，純真柔軟。
她穿著校服低頭俯身坐在椅子上，也許是坐累了，右腿伸在前邊，鞋跟輕輕地點地。這右腿修長而動人，大小腿的外側形成了弧，圓柔和順，好看得就像白鷺撐開了臂彎，左腿卻是向裡縮墊著腳尖。兩小腿雖間隔較遠，大腿卻緊貼在一起，少女的靦腆可見一般。
而且這款校服的樣式，據說是源自老一代的ＡＶ女優加藤美雪和秋`元`友`美兩人的某部作品……真嗣的視線慢慢往上移動。
她的雙手臂肘亦緊貼腹腰，左手拿著一本書看得入神，右手卻柔弱無力般，手背在外，掌面向著心肝。
真嗣看呆了，只想永遠守護女神這份寧靜安逸。
“還是讓綾波受傷了……”真嗣痛恨自己的無能，又覺得自己配不上女神的拼命保護，無以為報……原劇情的綾波，就為廢柴真嗣犧牲了兩次！
第一次是為了保護廢柴真嗣而選擇與子宮天使同歸於盡，自爆身亡，只留下一隻燒焦的手。
第二次是繼承了２號綾波情感的３號綾波，明明沒有跟真嗣之間的回憶，卻莫名地流淚。最後，為了真嗣的呼喚（慘叫）而選擇自我犧牲，背叛老碇並融入莉莉絲的身體，從此人神永隔，再也無法跟他作為夥伴一起生活和戰鬥了。
“綾波……”
“你醒了，感覺怎樣？”綾波放下手頭的書。
“還好，你沒受傷吧？”真嗣嘗試坐起來，薄薄的毯子滑落，露出結實的上身肌肉，甚至能看到兩條明顯的人魚線……顯然，下身也是真空的，真嗣把憤怒的蛇按下去。
“我沒事，早上就醒了。”綾波側頭答道，顯得不好意思的樣子
真嗣默默拉起了毯子，不知道是不是醫院的大媽幫忙脫的衣服。
“謝謝你一直陪在我身邊。”真嗣是發自內心的，別人對他一點好，他都強烈地想要回報對方，何況女神救了他，現在只想把自己整個世界都給她。
“這是我能做的……”綾波的表情一向清冷，但真嗣卻能在那雙殷紅的眼睛裡讀到資訊。
“對了，該吃藥了。”綾波拿出一小袋藥丸。
“我要吃什麼藥？”真嗣疑惑了。
“不是，這是我的藥。”綾波仰頭吞下一口藥丸，細嫩的脖子白得耀眼，讓真嗣背光的面部蒙上一層柔光。
“你一直都要定時吃藥嗎？這個藥有什麼作用呢？”真嗣想瞭解更多資訊。
“這具身體，是赤木博士維護的。”綾波像在描述一個普通的物品，“如果不吃藥，就無法維持，會崩潰的。”
這與真嗣瞭解到的有些區別，小Q從傀儡系統獲取到的，有一部分資訊是關於綾波的身體維護的，其中提到了“壓制本能”的資訊，但沒有詳述，僅僅隻言片語，難以琢磨。
“咕嚕嚕……”真嗣的肚子開始叫喚，真嗣這才感覺飢餓難耐，畢竟睡了大半天。
“我幫你叫營養餐吧。”綾波暫時離開了。
“小Ｑ，NERV那邊有什麼新資訊嗎？”真嗣戴上耳機，開始透過文字資訊與小Q互動，表面看起來是在玩手機。畢竟這裡耳目眾多，鬼知道還有什麼隱藏的監控裝置。
“有一份檔案是關於日本重化學工業共同體所研製的機器人，名為J.A.，全名為‘JetAlone’。”小Ｑ繼續顯示，
“這是從刪除快取裡截獲的，來自司令辦公室的終端。相關語音通話記錄如下……”小Q播放了老碇與他人的加密通話。
“這樣啊，看來J.A.的破壞計劃已經部署下去了，老碇決不允許有任何機構挑戰NERV的地位，讓J.A.在公開測試中出大問題無疑是打臉妙計。”真嗣分析道。
“如果我把這個情報洩露給政府，相信會發生一些有趣的事情……”真嗣開始當攪屎棍了。
由第二次浩劫引發的世界經濟的混亂與崩潰，至2015年亦無法完全恢復。此時的日本經濟，由於水位上漲，平野被淹沒，工業生產的確是遭到了致命的打擊。然而，國土復興的工程所消耗的物資，簡直就是天文數字，所以日本政府與民間企業，一直將吞食了大量資產的對使徒軍事企業視為大敵，故始終都在尋找可替代NERV的廉價企業。
除了政府外，也有許多其他組織看不慣NERV。而且EVA對付使徒的效率不顯，稍有不慎便造成大災害，還存在暴走這個**ug，被敵對方定義為半失控的吞金怪獸，維護費用驚人。
迎戰使徒並非只是NERV一家獨大，無數的企業都想在這亂世之中分得一杯羹，這些企業的目標是研製出勝過EVA的機器人，欲藉此取代NERV，也無非是對於名利的盲目追求而已，老碇當然要殺雞儆猴。
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為此在軍方和政府的支援下，民間團體也推出了迎擊使徒專用無人駕駛機器人J.A.，真嗣很想看到這個無人機甲對付使徒是什麼樣的表現。