京都皇宮內。
孝明天皇靜靜地望著面前的庭院，神色有些著急，不時看看院門，彷彿那裡隨時會出現什麼似的。
也難怪。他才三十歲不到，正是揮斥方遒的大好時候，可他登上天皇之位已經十多年，仍是一籌莫展，天皇之位，根本就沒有一絲實際的權利，所有的權利都在徵夷大將軍府那邊，整個日本的權利核心，都在江戶城中。而他所居的京都，名義是皇城，可實際上，卻宛如一個牢籠，將他囚禁在這裡。
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這麼多年，他如何不明白，所謂的天皇，不過就是一個傀儡而已。
不過，前天長州藩的毛利藩主派人送來密信，說是派特使前來有要事要稟報他。孝明天皇心中一動，莫非這個日本最強的藩國終於忍不住要出手了？
孝明天皇對日本的形勢瞭如指掌。幕府將日本分封成二百多個藩國，其目的自然是不想出現強大的藩國來威脅到他的地位，如今拋開九州藩不說，長州藩、四國藩等強藩已然崛起，幕府必然會有所行動將其打壓下去，如此一來，自己重塑天皇的機會便到了！
孝明天皇自然恨不得幾個強藩聯合起來，將幕府擊敗，再恭恭敬敬地將自己迎立親政，不過，如今他只能等待。
“天皇陛下，長州藩藩士高杉晉作拜見陛下！”一名年輕的武士開啟院門，看見孝明天皇，急忙拜倒在地。
“愛卿平身！”孝明天皇直接道：“不知毛利藩主所謂何事要報給寡人？”
“陛下，我長州藩已召集天下藩兵，準備三日後起兵十萬眾，以‘尊王攘夷’的口號，討伐幕府。還請天皇陛下屆時出面，昭告天下，敕許長州眾藩的政策。”高杉晉作對天皇還是十分恭敬。
“什麼？‘尊王攘夷’？長州藩和其他藩國已經出兵？”孝明天皇大驚失色，繼而是一陣狂喜：多少年了，終於有藩國願意挑頭對抗幕府了。想象著自己可以如同天朝皇帝一樣權柄無雙，便是一陣激動。
然而，在次日的半夜時分，孝明天皇經過仔細思量，認為長州藩兵力過於弱小，打不過幕府大軍。於是，他喚過一名親衛，悄悄囑咐一番，次日的上午，幕府便受到一番來自京都的信：“長州藩連同幾藩要征討幕府，還請將軍早做防備！”
……
日本孝明天皇安政四年初，長州藩帶領四國藩和本州各藩等大名，正式發動“尊王攘夷”運動，得到數十個藩國的響應。訊息傳開，整個日本紛紛震動。尤其是江戶的德川幕府，連忙派出特使前往各藩封賞拉攏，終於也團結了百餘個藩國，組成幕府勢力進行抗衡。
但長州藩兵勢力不弱，加上幕府要征討長州藩，便向另外一家仍處於中立地位的九州藩要求結盟。頓時，整個日本儼然成為一個三方勢力的三國時代。
九州藩還沒回覆。一直龐大的海上艦隊倒是出現了，直接來到江戶灣，近十艘軍艦陳列在海灣裡。幕府將軍德川家定被驚嚇之後忽然病倒，當夜竟然過世。而這時，主持幕府的兩位大老阿部正弘和井伊直弼相互之間開始進行權利的爭奪互鬥，阿部正弘落敗被殺。井伊直弼成為主持幕府的大老。
大權在握的井伊直弼為了保證自己的權利平穩過渡，一意孤行，未經天皇批准便與來襲的艦隊談和。
他擔心受到兩面夾擊，兵力不足，想著攘外必須安內的打算，決定對內強硬，對外妥協。
於是，幕府大軍一方面從本州島向西部進發，直逼中部的京都，一方面，向逼近江戶灣的艦隊求和。原來，陳兵江戶灣的艦隊是中華帝國的北洋艦隊和東洋艦隊組成，趁火打劫來到江戶灣示威，沒想到，幕府無人，還真威逼成功了。
無奈之下，幕府派出井上清直、巖瀨忠震兩人作為全權代表，趕赴軍艦之上，與趕來的中華帝國特使羅森簽訂了《日中友好通商條約》。
條約規定，日本同意中華帝國向江戶派駐公使，向開港地區派駐領事。日本向中華帝國開放神奈川、箱館、兵庫、下田、大阪為通商口岸，中華帝國有自由出入等一切自由。日本向中華帝國輸出貨品關稅稅率為5%，而中華帝國輸入日本的貨品關稅為免稅，日本無權自主確定關稅。中華帝國的錢幣可在日本國內自由流通。中華帝國在日本駐地領事擁有領事裁判權。日本外海防務遭受攻擊時，可向中華帝國請求出兵，並支付相應兵餉；日本遭受叛亂或是外來攻擊時，可以借用中華帝國的軍隊進行抵擋和鎮壓。
這個條約一簽訂，整個日本一下譁然。
長州藩藩主毛利敬親當即宣告幕府是大日本賣國賊，要求幕府將軍下臺，強烈請求孝明天皇出來親政。
只有幕府有苦難言。他們其實也是為了能專心出兵征討長州藩的討幕大軍，不想再同時與中華帝國開戰，加上長崎已經被九州藩所佔，再多開幾個港口正好可以更多的徵收關稅。因此，幕府毫不猶豫地便簽署了條約。
外部解決，井伊直弼扶持血統最近的德川慶福繼任徵夷大將軍，並將其改名為德川家茂，一時間，大權在握，成為幕府的實際掌控者。他當即下令，和百餘藩國組成的幕府大軍攻打長州藩。
在中華帝國這個外來力量的影響下，日本近代歷史開始了改變。
因為沒有原本兩大強藩摩薩和佐賀藩的參與，長州藩和幕府軍勢均力敵，雙方在距離京都不遠的地方發生激戰，各有死傷，雙方你來我往，相持下來，不過，總體來說，幕府兵力雖然眾多，但長州藩武器精良，幕府軍竟隱隱有落敗跡象。
而這時，身在九州藩的羅森，從中華帝國運來一大批原本繳獲的滿清老式鳥槍，源源不斷地出售給幕府，讓幕府兵重新穩住了勢頭。